El equipo está en Dagan, donde deben encontrar piedras clave para recuperar un ZPM. Zelenka descubre que Atlantis tiene un escáner espacial profundo.

McKay finds a way to send a message to Earth, leaving space for personal messages. Sheppard and Teyla are off to spy on the Wraith fleet approaching Atlantis.

Teyla is haunted by nightmares, leaving her agitated. After seeing a psychologist, an old Athosian woman tells her a secret about her ability to sense the Wraith.

McKay y Zelenka idean un plan para reparar el satélite de armas de los Antiguos. Bates y Teyla se meten en una pelea. Poco después, lo encuentran inconsciente y gravemente herido.

Toda esperanza parece perdida, hasta que el Coronel Everett llega de repente desde la Tierra. Está decidido a defender la ciudad hasta la llegada de un ZPM, traído por una nueva nave.

El Daedalus llega y las dos naves colmena son destruidas. Parece que Atlantis está a salvo, luego Zelenka detecta 12 naves más. Ford parece cambiado después de caer al agua.

The team discovers a planet where the Stargate is kept on a prison island to keep the Wraith satisfied. Their magistrate is willing to trade a rare mineral.

El equipo descubre un antiguo proyecto para crear la fuente de energía definitiva. McKay cree que puede terminarlo. Ronon descubre que no es el único sobreviviente de Sateda.

El interrogatorio de Sheppard es interrumpido repentinamente. Teyla siente que otra nave colmena ha llegado. Mientras tanto, McKay intenta convencer a su guardia de llamar en busca de ayuda.

La Confianza, una organización terrorista Goa'uld, ha colocado una bomba en Atlantis.

McKay y un piloto se estrellan con un saltador de charcos en el océano en Atlantis. Comienzan a hundirse.

Colonel Sheppard's team finds a world where the leader lives in a tower that possesses the power to stop Wraith attacks.

The team discovers two life pods with a dying woman and man in it. Upon opening Weir gets imprinted with the mind of the woman. She asks a special favor.

Mientras Teyla y Ronon investigan la misteriosa muerte del Mayor Lorne, el genio Ladon Radim contacta con Atlantis. Él quiere intercambiar un ZPM por suministros de armas.

Atlantis ayuda con la reparación de un generador de escudos antiguos en Taranis. Descubren que los taranianos están en posesión de una nave de guerra antigua.

La nave colmena que se acerca a Atlantis es de Michael. Él quiere hacer un intercambio: el retrovirus a cambio de no revelar el secreto de Atlantis y obtener información sobre la tecnología de los Wraith.

Atrapado en la trampa de los Wraith, McKay inicialmente se resigna a ser capturado fatalmente en un capullo, pero Ronon sigue luchando para intentar escapar, o al menos llevarse a algunos Wraith con ellos. Sheppard logra esconder su deslizador en la misma nave colmena, buscando una salida, sorprendido al establecer contacto por radio con Michael, quien busca venganza después de que la ingrata reina lo tiene parcialmente restringido como sospechoso de ser "demasiado humano". Mientras intentan sabotear la colmena y tal vez escapar, la Daedalus y la Orion llegan justo a tiempo para enfrentarse a las dos naves colmena antes de que puedan atacar la Tierra. Weir es convocada al SGC para un interrogatorio sin sentido por parte del Consejo de Supervisión Internacional, encontrándolos como burócratas incapaces de arriesgarse a tomar una decisión más allá de cuestionar lo que ya se hizo. Así que ella regresa, sin importarle el riesgo para su carrera en comparación con un exterminio de los Wraith. Sheppard logra llegar a la Daedalus y su grupo elabora un plan audaz para vencer a la colmena con el retrovirus militarizado, a pesar de los daños sufridos que comprometen incluso sus sistemas de soporte vital.

Sheppard and the others are now in control of the one remaining hive ship with most of the Wraith transformed into human form, courtesy of the retrovirus. They do learn something interesting about female Wraiths, however. After they return to Atlantis, the question becomes one of what to do with the Wraiths who are again human, especially Michael who has proved to be quite helpful. Elizabeth Weir meanwhile is surprised to hear that she is to return to Atlantis as the expedition leader. She will be accompanied however by Richard Woolsey who is to review her leadership and make recommendations to the International Oversight Advisory on whether she should be allowed to continue.

Sheppard and the team continue their visits to new planets. McKay is tired of all these visits and is keen on implementing a series of gates that will allow them to travel from Atlantis to Earth in a mere 30 minutes without using the power of a ZPM or the two weeks it takes them on the Daedalus. He takes a somewhat different tack however when he sees all of the very friendly young women in the village. Their leader, Lucius Lavin, seems to be a very affable sort and has the locals eating out of their hands. He claims to be an apothecary of sorts and have a cure for every disease, which is certainly of interest to Dr. Beckett. Lavin is invited to Atlantis and soon everyone, including Elizabeth Weir and McKay have fallen victim to his charms. It's left to Sheppard to sort it all out.

Después de que un grupo de personas capturan y entregan a Ronon a los Wraith, él vuelve a convertirse en un fugitivo, pero esta vez lo dejan en su planeta natal, Sateda, donde el Stargate ha sido desactivado.

La expedición de Atlantis se encuentra con una raza altamente avanzada, los Asurans. Inicialmente, creen que son los Antiguos. Sin embargo, esta nueva raza es solo una nueva cara de un viejo enemigo.

John Sheppard es secuestrado por los Genii y está en compañía de un Wraith.

La expedición de Atlantis debe recurrir a un viejo amigo para obtener ayuda, ya que los Asurans se preparan para invadir la ciudad.

Teyla presencia lo que parecen ser apariciones de los Antiguos, que pronto otras personas comienzan a ver.

Cuando Rodney usa un dispositivo Antiguo, obtiene poderes especiales, pero pronto la Dra. Weir descubre que es un regalo de doble filo: si no asciende, morirá.

The team boards a crippled space station to discover people have been preserved there with the hope to outlive their enemy, the Wraith.

Con todos teniendo un domingo libre, algo recomendado por la psicóloga Dra. Heightmeyer, todos los miembros del equipo de Atlantis buscan actividades de ocio. Rodney McKay y Carson Beckett tienen planeado ir a pescar; Sheppard decide enseñarle a Ronon Dex sobre golf; Teyla pasa algún tiempo en el gimnasio; y Elizabeth Weir tiene una cita para almorzar con el apuesto Mike Branton. Sin embargo, su día libre se ve interrumpido por una potente explosión cerca del comedor que mata e hiere a varios miembros del equipo. McKay cree que sabe la causa del problema: un dispositivo encontrado por dos miembros jóvenes de su equipo podría haber convertido a algunos de ellos en bombas de tiempo ambulantes al crear tumores explosivos en ellos.

After losing contact with the new Taranin (the people rescued by the Atlantis team when a super volcano threatened to destroy their planet) settlement, Sheppard's team leaves to investigate. Finding the town deserted, they move to investigate an extensive subterranean tunnel system. What they find there holds dark tidings for the entire Pegasus Galaxy.

Después de descubrir que los Asurianos están construyendo una flota de naves, la Tierra envía su nave más nueva, el Apolo, bajo el mando del Coronel Abe Ellis, para iniciar un ataque preventivo y detenerlos antes de que ataquen a Atlantis o, aún peor, a la Tierra misma.

Con un ZPM dañado y pocas esperanzas de sobrevivir, el equipo de Atlantis se encuentra varado en medio del espacio vacío con muy poco tiempo antes de quedarse sin energía por completo. El Dr. McKay se enfrenta a un desafío máximo mientras intenta encontrar una forma de salvar a Atlantis de su destino. Mientras tanto, la Dra. Keller corre para tratar las crecientes lesiones en la cabeza de Weir, pero la única solución que puede encontrar podría tener graves consecuencias para todos a bordo.

Rodney McKay despierta en su laboratorio, atado a una silla y sin memoria de quién o dónde está. Aparentemente, él mismo dejó un mensaje de video diciéndole que buscara a Teyla. El problema comenzó unas 14 horas antes cuando la Dra. Katie Brown regresó a Atlantis con plantas de un planeta que había visitado. Las plantas habían pasado por el procedimiento normal de cuarentena, pero pronto ella se ve afectada por fuertes dolores de cabeza y pérdida de memoria, llegando finalmente a caer en coma. La pérdida de memoria comienza a afectar a otros miembros de la tripulación, pero pronto se vuelven desconfiados unos de otros, sacando conclusiones basadas en suposiciones erróneas y una interpretación incorrecta de la situación. Afortunadamente, hay dos miembros del equipo que parecen ser inmunes.

Después de haber sido informada por el espía Genii en New Athos de que su gente aún estaba viva, Teyla pide permiso para visitar a un hombre llamado Davos, quien es un legendario vidente y podría ayudarla. Cuando llegan, la Dra. Keller se da cuenta de que el hombre está muriendo. Su habilidad para ver el futuro es real, pero los fragmentos del futuro que puede mostrarles están abiertos a interpretación. John es llamado de regreso a Atlantis cuando reciben un mensaje del Wraith cuya vida había salvado anteriormente. Ofrece trabajar con McKay para arreglar el nano virus que ahora está fallando. Como si esto no fuera suficiente, Richard Woolsey llega desde la Tierra para realizar la evaluación de 3 meses de Samantha Carter.

Cuando lo que parece ser un satélite se estrella contra Atlantis, el equipo se da cuenta de un comportamiento extraño en la base.

El equipo de Atlantis decide atacar las numerosas naves de los Replicadores, con la ayuda de alianzas incómodas.

The entire city locks down for a false quarantine, leaving people stranded with a decreasing amount of oxygen, while Rodney is unable to reach a computer.

Keller, Carter and McKay are stranded in an abandoned Genii mine while off-world.

La IOA está realizando entrevistas de regreso a la Tierra para asegurarse de que todo el personal que sirve en Atlantis (en particular, los extraterrestres) sean adecuados para sus roles. El episodio comienza con Teyla, quien está embarazada, habiendo sido entrevistada y reportando de vuelta a Atlantis. Luego le toca a Ronon. La Coronel Carter no está segura de la capacidad de Ronon para manejar la entrevista de la IOA y, por lo tanto, le pide a Teal'c que vaya a Atlantis en calidad de entrenador para Ronon. Después de un comienzo difícil en su relación, Ronon y Teal'c regresan a la Tierra a través de una serie de Stargates y una Estación Midway que McKay había diseñado previamente. La Estación Midway, ubicada entre las galaxias de la Vía Láctea y Pegaso, sirve principalmente como un lugar para que aquellos que viajan entre las galaxias cumplan una cuarentena de 24 horas. Mientras Teal'c y Ronon están cumpliendo su cuarentena en la extremadamente estrecha Estación Midway, esta es abordada por los Wraith, a través del Stargate, con la intención de llegar al Comando Stargate en la Tierra. Logran este objetivo, pero solo con Teal'c y Ronon a bordo. Lo que sigue es una batalla entre los Wraith y el dúo de Teal'c y Ronon por el control del Comando Stargate.

Una especie de plaga se está propagando por la galaxia Pegasus y la Dra. Keller estima que cientos de miles morirán si no encuentran la manera de detenerla. Sin embargo, su investigación muestra que el origen de la enfermedad está en los Hoff, quienes habían estado trabajando en una forma de matar a los Wraith. Sheppard y los demás creen saber quién podría estar propagando el virus y por qué. Mientras tanto, Teyla cree que está recibiendo mensajes de Kanaan, el padre de su hijo. Recibe sus mensajes mientras duerme y la mayoría piensa que solo está soñando. Sigue las pistas que él le da, pero es capturada por un viejo enemigo que tiene planes muy específicos para ella. En su búsqueda de Teyla, sin embargo, Sheppard y McKay encuentran a alguien completamente inesperado.

Después de otra búsqueda infructuosa de la desaparecida Teyla, Sheppard regresa a Atlantis solo para encontrarla desierta. Peor aún, la ciudad no solo está anormalmente caliente, ¡sino que todo el océano se ha secado por completo, dejando un desierto de arena! Sheppard luego encuentra un holograma del envejecido Dr. McKay, quien le dice que una llamarada solar lo había enviado 48.000 años al futuro. Una vez que se entera de la desaparición de Atlantis y de todos los que estaban en ella, y peor aún, de que el sol en el sistema solar está muriendo y él no sobrevivirá allí por mucho más tiempo, él y el holograma de McKay deben encontrar una forma de enviar a Sheppard a casa y potencialmente cambiar todo esto.

Se encuentra una nave Daedalus vacía orbitando el planeta. El equipo va a investigar y son transportados a un universo alternativo.

Un grupo de seres varados en el subespacio busca ayuda de Atlantis para regresar al espacio normal. Sin embargo, sus afirmaciones extravagantes y su comportamiento errático ponen a prueba la confianza de sus benefactores y los obliga a tomar una solución dolorosa.

El Dr. Daniel Jackson llega a Atlantis en busca de una sala perdida de los atlantes. El descubrimiento revela una nueva raza. Daniel y McKay son secuestrados por la nueva raza y son obligados a terminar un dispositivo que podría matar a los Wraith. Todd se siente traicionado y se lleva el Daedalus.

La nueva raza que robó el dispositivo, sin mencionar a Rodney y Daniel, resulta ser una antigua, lo que significa muy antigua y bien conocida por la raza humana. Con una antigua rencilla por resolver, obligan a Rodney a activar el dispositivo contra los Wraith con un efecto secundario que podría matar a millones en toda la galaxia. Esto enoja a los Wraith, así que se llevan a la Daedalus para tomar represalias. Una vez más, nosotros, los humildes humanos, tenemos que tomar el control de una situación complicada para evitar que las razas maestras causen estragos en la galaxia.

Radek descubre un dispositivo alienígena que Rodney encuentra guarda sorpresas serias. Sheppard se encuentra con un Acastus Kolya reencarnado que planea atacar Atlantis. Llega un representante del COI para reemplazar a Woolsey, quien recibe consejos de una mujer misteriosa.

Una nave colmena con turbocarga y un PMZ ha recibido el mensaje de los Wraith de un universo alternativo que contiene la ubicación de la Tierra. La nave se dirige ahora hacia la Tierra.