El Capitán Rex y Bad Batch deben infiltrarse en una base enemiga en Anaxes. Es el final de las históricas Guerras Clon, ya que las fuerzas de la oscuridad han acumulado un gran poder en su intento de transformar la República en el Imperio Galáctico. Con la República en una racha perdedora, el Capitán Rex teme que los Separatistas estén usando datos robados para ayudar a predecir cada movimiento del Gran Ejército. A medida que se avecina la amenaza de la derrota, Rex se asocia con Clone Force 99 experimental, también conocido como Bad Batch. Juntos, se embarcan en una misión de alto riesgo detrás de las líneas enemigas para descubrir la verdad detrás de las victorias separatistas en "The Bad Batch".