Uno de los dos potentes y entrenados perros robots bajo el mando de los hermanos Zack y Josh Greenfield se escapa y es atropellado por el coche de Lois Lane. Lois se trae al animal herido a la granja de los Kent, Clark se percata del secreto del animal y se siente unido a él.

La hermana de Lois, Lucy, llega a la granja de los Kent después de escaparse de su internado en Suiza porque debía mucho dinero. Consigue la ayuda de Clark, pero no todo es lo que parece. Mientras, roban en el apartamento de Lana y sólo una cosa desaparece: el cristal del Conocimiento Kriptoniano.

El día antes del baile, Dawn Stiles tiene un accidente de coche y se estrella contra un montón de rocas de meteoritos. Su espíritu se separa de su cuerpo, pero rápidamente se percata de que pueda habitar el cuerpo de otras personas. Primero utiliza a Martha Kent, después a Lana, Lois y finalmente a Chloe, que alucina cuando es nombrada del Reina del Baile.

Cuando Lana mata a Genevive Teague con uno de los Cristales del Conocimiento Kriptoniano, pone en marcha un evento cósmico que envía meteoritos hacia la Tierra y Smallville. Temiendo que él está unido a estos meteoritos, Clark se marcha a hablar con Jor-El. Jor-El le informa que su única esperanza es la de reunir los cristales del conocimiento en la cueva. Con el tiempo en contra, Clark se desplaza hacia donde se encuentran los otros dos cristales.

Junto con la llegada de los meteoritos, llegan dos seres Kriptonianos malvados, Aethyr y Nam-Ek, en busca de Kal-El. Clark Kent es transportado junto con Chloe desde las cuevas Kawatche al Ártico y la Fortaleza de la Soledad se crea en el hielo. Jor-Er empieza a educar a Clark, pero cuando Clark ve que Chloe necesita ayuda, detiene la clase y le promete a Jor-Er regresar antes de la puesta de sol.

Gabriel Duncan, trastornado mentalmente, roba un arma nuclear y empieza la cuenta atrás para que un misil impacte sobre Smallville en una hora. Gabriel llama a su amiga Chloe, que se dirige hacia la universidad y le pide que se marche porque va a destruir a toda la población. Mientras tanto, Clark y Lana han dormido en su habitación y, a primera hora, Lana se marcha a hurtadillas de la casa, pero Jonathan y Martha le ven. Cuando Chloe llama a Clark, él simula un accidente de coche con Chloe para que aparezca Gabriel. Cuando Gabriel se encuentra con Clark, dispara a Clark, que aún no tiene poderes y se encuentra gravemente herido.

Al regresar a casa con Lois, Martha es alcanzada por una luz seguida de un rayo y contrae una enfermedad kriptoniana letal. Clark sospecha de Jor-El y le pide ayuda al profesor Milton Fine. El profesor le explica que Jor-El fue un dictador en Krypton, que destruyó a su líder Zod y al planeta y que envió a Clark a la Tierra para dominar el mundo. Además, le dice que la única manera de salvar a Martha es destruyendo la Fortaleza de la Soledad. Mientras tanto, Lionel convence a Chloe para que investigue al profesor Milton Fine y averigüe quién es realmente.

En un barrio peligroso de Granville, Kansas, tratando con maleantes para frenar el ascenso de Jonathan Kent al senado, Lex es disparado en dos ocasiones mientras intentan robarle el coche y cae en coma. En su experiencia cercana a la muerte, Lex sueña que es un hombre normal y querido en Smallville, y que sus mejores amigos son Jonathan y Clark. Además, sueña con ser de clase media y estar con una embarazada Lana y su hijo Alexander.

En su campaña hacia el senado, Jonathan contrata a Lois como asesora. Mientras tanto, su oponente, Lex, es visitado por un grupo de fans liderados por una fanática Samantha Drake. Esta mujer amenaza la seguridad de Jonathan.

El agente de policía que sobrevivió al ataque de los Kriptonianos y su novia, irrumpen en la mansión de Lex pidiendo la ubicación de la nave espacial, pero Lex se encierra en la habitación del pánico. Accidentalmente, Clark averigua la asociación de Lana y Lex en su búsqueda de la nave. Lana es secuestrada para obligar a Lex a salir de la habitación. Le disparan pero Lana consigue escapar a la habitación del pánico con él.

Clark y Martha acogen a una niña pequeña, Maddie, después de que su madre haya sido apuñalada brutalmente hasta causarle la muerte. Cuando se descubre que Maddie tiene el poder de romper cristales, se convierte en la principal sospechosa. Mientras tanto, Chloe interrumpe a Lex y Lana en una situación comprometida.

Cuando Lex es abducido por Fine, Clark recibe extrañas advertencias de Jor-El diciéndole que tiene que sacrificar el navío. Clark teme que esto signifique que tiene que matar a Lex para que el malvado Zod no pueda escapar de la Zona Fantasma. Para empeorar las cosas, Fine libera el virus en la ciudad de Metrópolis, con consecuencias impactantes…

Clark es atacado y despierta en un asilo mental donde es atendido por el especialista, el Dr. Hudson, que le dice que lleva ahí desde hace cinco años debido a su elaborada fantasía de que tiene poderes extraterrestres. En este nuevo mundo, Martha está casada con Lionel Luthor, Chloe está incapacitada mentalmente y Lana elige a Clark en lugar de a Lex. Lana le ruega que acceda a los tratamientos del Dr. Hudson para poder estar juntos, pero cuando un paciente anterior, John, le cuenta que el médico es un fantasma, tiene que matarle para volver a la realidad. Clark tiene que tomar la decisión más difícil de su vida.

Kara decide enseñar a Clark a volar para aumentar sus posibilidades. Sin embargo, Brainiac tiene otra ventaja frente a ellos. Algunos seres queridos de Clark se verán envueltos en su fuego cruzado.

Después de ser atropellado por un camión, John Corben se levanta solo en un apartamento abandonado como un hombre-máquina con un corazón de Kriptonita. Corben se da cuenta de que ahora tiene una fuerza sobrehumana y se propone vengarse en el Borrón Rojo-Azul, quien piensa que es un vigilante irresponsable. Contra los deseos de Clark, Lois se involucra a sí misma en la investigación del Borrón Rojo-Azul, y termina siendo raptada por Corben.

Es el Día de San Valentín y mientras que Clark está en una cita con Lois, sin saberlo se ve infectado por una gema de kriptonita, que tiene propiedades mágicas para satisfacer deseos. Clark le menciona a Lois que él desearía que tuvieran una relación más tradicional, así es que Lois deja el Daily Planet, se muda con Clark y empieza a planear su boda. Aún ajeno a su nuevo poder, Clark también le dice de forma casual a Chloe que desearía que pasara más tiempo vigilándole, así es que una infectada Chloe se toma a pecho su deseo y pone la vista sobre un nuevo objetivo – Lois.

Clark acompaña a Tess, quien tiene pesadillas de la infancia desencadenadas por una caja de música entregada misteriosamente, al orfanato donde fue abandonada por sus padres. Descubren de la peor manera que 'Granny', quien lo dirige, está lejos de su imagen filantrópica, de hecho, gobierna despiadadamente un anillo de chicas con poder lavado de cerebro. Finalmente, el general envía a Lois el video hecho por su difunta madre cuando moría de cáncer. Lidiando con recuerdos dolorosos y dulces, ella termina investigando los antecedentes parentales kryptonianos de Clark en la fortaleza.

La historia de Clark Kent culmina en este final de dos horas de la serie mientras Clark da el último paso para convertirse en el Hombre de Acero.