Una mujer joven se da cuenta de lo oscura que puede ser la ciudad en realidad cuando se entera de la verdad sobre su pasado. Clary Fray, que descubre el día de su cumpleaños que no es quien creía ser: una descendiente de una familia con un largo recorrido como Shadowhunters, híbridos entre humano y ángel que se dedican a cazar demonios. Ahora llevada al mundo de la caza de demonios tras el secuestro de su madre, Clary debe confiar en el misterioso Jace y sus compañeros Shadowhunters Isabelle y Alec para navegar este nuevo mundo oscuro. Con su mejor amigo Simon junto a ella, Clary ahora debe vivir entre hadas, brujos, vampiros y hombres lobo para encontrar respuestas que podrían ayudar a encontrar a su madre. Nada es lo que parece, incluyendo a su amigo de la familia Luke que sabe más de lo que dice, así como el brujo enigmático Magnus Bane que podría ser la clave para desbloquear el pasado de Clary.

Con el conocimiento que Valentine sigue vivo y a la caza de La Copa Mortal, el Instituto está en alerta máxima. Sin perder tiempo, Jace salta a la acción y descubre que los recuerdos de Clary son la llave para encontrar a Jocelyn y a la Copa Mortal. Desafortunadamente, los recuerdos de Clary han sido eliminados dejándola a ella sin el recuerdo de su otra vida que la ayudaría a ella y al equipo. Con solo otra opción disponible, Jace, Isabelle y un Alec muy reacio, llevan a Clary a la Ciudad de Hueso para enfrentarse a los poderosos Hermanos Silenciosos. Mientras tanto, Luke continúa buscando a Clary, y Simon intenta aceptar la nueva vida de su mejor amiga.

Con Simon siendo retenido en el Hotel DuMort, Clary implora ayuda a Jace, Alec e Isabelle para rescatar a su mejor amigo. Mientras el equipo se prepara para la misión, Jace ayuda a Clary a conocer más sobre sus poderes de Cazadora de Sombras, Isabelle acude a su seelie favorito para conseguir información, y Alec empieza a cuestionarse los motivos de Jace y su lugar en su asociación Mientras tanto, un Simon muy asustado se pone muy de cerca y personal con Camille, la líder del clan de vampiros.

Después de obtener una pista acerca de quién puede haber borrado los recuerdos de Clary, el equipo da caza al Gran Brujo de Brooklyn, Magnus Bane. Con todos los brujos escondiéndose de Valentine, el equipo debe atraer a Magnus con algo que no puede rechazar - una fiesta del submundo y algo muy valioso. Pero con las emociones a flor de piel, pueden salir de su reunión con Magnus con algo más que sólo la recuperación de los recuerdos de Clary. Mientras tanto, Simon no parece él mismo después de su reciente encuentro con un Subterráneo

Las tensiones aumentan entre Alec y Clary, ya que no se poner de acuerdo manera de cazar a Valentine. Pero cuando Jace e Isabelle son enviados en una misión de inteligencia para los Seelies por Maryse Lightwood, Alec es puesto a cargo de mantener a Clary segura, muy a pesar de ambos. Con dura madre de vuelta en la ciudad y las tendencias a romper reglas de Clary, Alec se encuentra luchando para atenerse a las reglas de la Clave, manteniendo su promesa a Jace.

Magnus y Luke revelan el pasado de Clary. Mientras tanto, Isabelle y Alec son puestos a prueba para restaurar el nombre de su familia a los ojos de la Clave. Con Luke necesitado de ayuda, Jace, Clary y Simon lo llevan a la casa de Magnus con la esperanza de que le salve la vida. Una vez allí, la historia de como Valentine se volvió malvado y el pasado de Jocelyn y Luke son revelados a Clary con la esperanza de restaurar su memoria y saber qué ocurrió con la Copa Mortal.

Después de juntar las pistas acerca de dónde escondió su madre la Copa, Clary, Jace, Alec e Isabelle van a contra reloj para encontrar antes que nadie el sitio en dónde está escondida. Pero con Demonios y Subterráneos al buscando por todos lados, conseguir la Copa puede no ser tan fácil como ellos creían. Mientras tanto, los síntomas de Simon empeoran, teme estar convirtiéndose en vampiro.

Clary considera si debe revivir a Simon como vampiro. En el instituto, la aparición de la enviada de Clave, Lydia Branwell, obliga a Alec a sacrificarse.

Tras el ataque, el Instituto y la Clave están en máxima alerta y no toman prisioneros para obtener respuestas. Lydia decide trasladar e interrogar a Meliorn. Jace, Clary e Isabelle temen que esta decisión podría ser desastrosa y el camino equivocado para derrotar a Valentine. Al no tener otra opción, el trío toma medidas drásticas para detener lo que está a punto de tener lugar. Mientras tanto, Simon se esfuerza por hacer frente a su nueva situación, y Alec está emocionalmente roto con lo que está sucediendo en el Instituto.

Clary y Jace escuchan un consejo de Meliorn, que les dice que pueden encontrar a Valentine mediante la localización de un portal en otra dimensión, pero sólo Clary puede adentrarse en este nuevo mundo. Clary lo encuentra en este universo alternativo en el que la vida es como si la amenaza de los demonios ya no existiera y los cazadores de sombras ya no fueran necesarios. Allí se da cuenta de que esta dimensión es la vida que siempre soñó, pero Clary debe actuar con rapidez o se perderá a sí misma en el mundo alternativo para siempre. Mientras tanto, Alec e Isabelle deben hacer frente a las consecuencias del ataque de los Subterráneos.

Después de recibir información importante sobre Valentine de un aliado sorprendente, Clary, Jace y Luke idean un plan para rescatar a Jocelyn. Con la misión pareciendo casi imposible, no se detendran ante nada para rescatar a la madre de Clary y detener a Valentine una vez por todas. Mientras tanto, el Inquisidor Herondale llega al Instituto para el juicio de Isabelle mientras Alec recurre a Magnus en busca de ayuda.

El Instituto está en pleno funcionamiento mientras todos se están preparando para la boda de Alec y Lydia. Lydia está recibiendo los últimos retoques en su vestido de novia, las decoraciones de la boda se ponen e Isabelle está tratando de encontrar una manera de hacer una fiesta de soltero mundana tradicional para su hermano-le guste o no. Durante lo que debería ser un momento de gran celebración para muchos es lejano a eso a medida que examinan sus relaciones. Alec está luchando entre dos lados -su matrimonio es uno de los días más importantes de su vida y su parabatai debe permanecer a su lado, pero por desgracia, todavía hay una gran cantidad de tensión entre él y Jace. Alec también continúa luchando con sus sentimientos por Magnus, especialmente cuando Magnus no se da por vencido con Alec. Mientras que en el Instituto hay un aire de romance, Clary trata desesperadamente de hacer funcionar las cosas entre ella y Jace, pero él no parece dispuesto a cambiar de opinión. Entre todo esto, Jace, Clary y Magnus buscan a Ragnor Fell, un brujo poderoso, para ayudarles a crear un antídoto para Jocelyn.

El tiempo corre para los Shadowhunters en su búsqueda de detener a Valentine. Jace, quien aún está lidiando con todo lo que ha sucedido, hace de la cacería de Valentine su prioridad número uno aunque continúa batallando con sus confusos sentimientos. Esperando encontrar una forma de detener a Valentine antes de que sea demasiado tarde, Clary y Simon deben encontrar la llave para desbloquear el coma de Jocelyn. Pero esa llave para desbloquear el hechizo de Jocelyn podría deshacer el tratado de paz con los subterráneos, la relación de Simon con Raphael y el clan de vampiros en el proceso. Mientras tanto, Alec debe lidiar con las consecuencias de su decisión y lo que su elección significa para su futuro.