Jane y Maura investigan la misteriosa muerte de un joven cuya familia es originaria de Cabo Verde. Parece que el chico podría haber muerto en un intento de exorcismo y que para resolver el crimen sería necesario recibir un mensaje suyo de ultratumba. Jane tiene dificultades para dar con el asesino cuando su madre le prepara una cita sorpresa.

Una estudiante es asesinada de un tiro a plena luz del día. La investigación revela que la joven tenía algo más que unos cuantos secretos. Mientras tanto, la madre de Jane, Angela, se pelea con su padre por culpa del coche.

El hermano mayor de una de las familias más influyentes de Boston aparece muerto en el puerto después de lo que parece un accidente mientras navegaba. La amistad que une a Maura a la familia choca con la rabia que le da a Jane que el clan sea tan derrochador, poniendo en peligro la investigación de la muerte. Mientras tanto, Angela intenta vender una bebida de Polinesia.

Una maratón se convierte en una escena del crimen móvil cuando un tirador empieza a disparar a los diferentes corredores. Jane y Maura, que tenían pensado competir en la carrera, se ven obligadas a encontrar al responsable antes de que la carnicería vaya a más. Además, las autoridades piden a las chicas que investiguen en secreto para no alarmar a los espectadores de la competición.

La policía encuentra un cadáver en el parque y las pruebas demuestran que es obra del asesino en serie que una vez secuestró y estuvo a punto de acabar con Jane. Maura trata de meterse en la mente del hombre, que se encuentra ahora en prisión, mientras Jane lucha por mantener su miedo bajo control.

Jane investiga el asesinato de un ladrón de identidades. El caso la lleva a sumergirse en el pasado mafioso de los primeros pobladores de Boston. Pronto, Maura inicia una serie de pesquisas personales relacionadas con todo ello. Mientras tanto, Franke Jr. trata de ayudar a su padre a encontrar nuevos clientes para su negocio.

Un policía de incógnito que investigaba una red de contrabando de drogas muere asesinado. Los responsables no se conforman con ello, sino que convierten en su próximo objetivo el cuartel general de homicidios de la policía de Boston. Jane, Maura y Frankie Jr. se quedan allí atrapados y deben luchar para salir con vida. Maura deberá emplearse a fondo para salvar la situación.

Se produce la reincorporación de Rizzoli a su puesto de trabajo. Poco a poco, las cosas se irán complicando de nuevo para las protagonistas, puesto que ahora los casos no sólo implican a terceras personas, sino también a sus familias y allegados.

Rizzoli y Maura se relajan en un spa al aire libre, su descanso se interrumpe cuando deben encontrar a los padres de un bebé de una madre de alquiler.

Una joven mujer es encontrada muerta después de la fiesta los marineros en las calles de Boston durante la Semana de la Flota.

La hija de un policía, es secuestrada y el departamento de Rizzoli trabaja para encontrar a la chica antes de que sea demasiado tarde.

Jane y Maura investigan el asesinato del entrenador del equipo de béisbol ¿Boston Pilgrims¿. Lo que parece un accidente, resulta ser algo más.

Maura investiga un asesinato en una representación de la Guerra de Independencia. El conocimiento de Maura sobre historia ayudará a resolver el caso.

Jane y el equipo de investigación profundizan en el mundo moderno de las brujas. Frankie recibe una visita sorpresa de su ex-novia.

Sin pistas obvias de por qué un hombre fue asesinado, Jane y Maura debe profundizar en sus conocimientos para obtener respuestas.

El equipo investiga la muerte de un trabajador portuario y encuentran conexiones con la mafia.Maura y Tommy comienzan a pasar tiempo juntos.

Tras el asesinato de un preso, un asesino en serie afirma tener información útil para resolver el caso.

Elmore Gregory, un hombre dedicado a los jóvenes de la comunidad, que es asesinado por un mafioso local llamado Terrance "Pequeño T" Jones que le había disparado desde su coche ante la mirada de terror de uno de los jóvenes al que Gregory apoyaba. Dante Moore, el joven, se ha ofrecido como testigo para encerrar a Pequeño T por asesinato. Valerie Delgado es la fiscal del caso y ella y la policía tratan de que Dante siga con vida para el juicio ya que podría correr peligro ya que ningún testigo ha conseguido llegar a declarar contra él en anteriores ocasiones. La madre de Jane es fan de Bill O'Reilly y él estará en la ciudad cubriendo el juicio.

Tommy, que ya tiene 32 años, se muda y aunque todos le ofrecen su ayuda, su hermana no está dispuesta a que nadie le pague sus gatos al emanciparse, sobre todo Maura. Tommy le entrega como regalo de despedida a la doctora un vino de 1994 muy especial y antes de despedirse casi acaban besándose. El FBI se une al equipo para investigar un robo en un banco que causó la muerte de un agente.

Un antiguo compañero de Jane aparece muerto en el campo de fútbol. Con la vuelta al pasado, todos los de su clase son sospechosos potenciales.

La madre de una estrella del baile profesional es asesinada en una competición. Jane y su equipo pronto descubrirán la historia oculta de la mujer.

Un bombero muere en un fuego que estaba intentando apagar. Pero Jane y Maura sospechan de que no se trata de un hecho accidental, sino que alguien tiene intereses ocultos. La investigación acabará con alguien siendo ingresado en el hospital. Por otro lado, el agente del FBI Gabriel Dean trata de recuperar su buena relación con Jane.

La amistad de Jane y Maura sufre tras el tiroteo del padre biológico de Maura, el gánster Paddy Doyle, al que jane no había tenido más remedio que disparar. Jane también se encuentra en medio de una investigación de asuntos internos. Y su relación con el agente Dean queda expuesta al estar presente en el tirotea.

Jane y Maura deberán dejar sus diferencias a un lado cuando se hacen cargo de un caso de una estudiante que aparece muerta en un túnel.

Maura y Jane experimentarán cambios en su vida gracias a una persona nueva en su vida: un nuevo amigo para Maura y una persona del pasado de Jane.

Jane y Maura deberán averiguar la razón del asesinato de jóvenes exitosas y atractivas en el transporte público. Angela lleva a cabo nuevas ideas en la cafetería.

Jane busca una forma para que Maura conozca a su madre biológica, mientras Angela se involucra en una campaña política.

Un financiero millonario es encontrado disecado en un contenedor de basura, con una capa y una máscara. Jane y Maura se harán una idea de lo ocurrido.

Jane y Maura investigarán el asesinato de un matrimonio de psiquiatras. Un asistente a un seminario médico ofrecerá su ayuda para resolver el caso.

Justo al bajar del altar, una novia es asesinada en plena ceremonia. Jane y Maura cercan sus sospechas alrededor de la ex del novio.

Jane y Frankie se harán cargo del caso del asesinato de una estrella de un grupo de música que regresaba de su gira a quien conocían desde niños.

Jane y Maura se harán cargo del caso de una mujer asesinada que ha aparecido dentro de una estatua y deberán actuar rápido.

Jane y su equipo investigarán la muerte de un hombre por envenamiento en la cafetería División 1.

Toda la brigada de homicidios participa por orden de Cavanaugh en la semana de la salud ya que según las estadísticas los agentes suelen durar muy pocos años tras jubilarse. Para tenerlo todo controlado nombra a Jane, Maura y Angela capitanas de bienestar dirigiendo las actividades físicas, la medicación y las comidas respectivamente. Jane y Maura investigar el aparente suicidio de un joven escritor de éxito que acababa de terminar la continuación de su gran éxito “Chico suicida”, “Chico homicida”. Mientras tanto, Frost parece obsesionado con un caso del pasado, y Jane desentierra información acerca de un romance secreto con la implicación de Angela.

El mundo virtual y el mundo real chocan cuando un maestro cervecero es asesinado. Angela intenta dejar atrás su fallido romance y comenzar a salir con alguien nuevo. Y Jane y el equipo comenzarán a ser mentores de adolescentes desfavorecidos, algo que en principio no parece tener mucha importancia pero que se irá complicando.

Cuando un universitario, ex jugador de fútbol americano, es apuñalado en el interior de un tren de lavado durante un evento para recaudar fondos para su alma mater, Jane junto a Maura y al equipo deben juntar todas las pistas para encontrar al asesino. Mientras tanto, la madre de Frost visita Boston con una noticia inesperada. Y el teniente coronel Casey Jones choca con Jane y se ve obligado a revelar una noticia sorprendente ya que quiere que Vince Korsak le cuide a su perra, lo cual hace que Jane se pregunte a donde va sin su compañera.

La doctor Hope Martin vuelve a escena para pedirle un favor a Maura que alterará su vida ya que necesita un riñón para su otra hija. Mientras el equipo trata de dilucidar quien mato a un actor voluntario que ha muerto a manos de su pareja artística en pleno ensayo. Jane está muy preocupada por la inminente cirugía espinal del teniente coronel Casey Jones tras la información que le ha proporcionado Maura. Tommy cuida de su bebé TJ pero todo se complica cuando un edificio se derrumba, atrapando en el interior a sus seres queridos.