Michael Scofield está encarcelado en la Penitenciaría Estatal de Fox River. Encuentra a su hermano, Lincoln Burrows, quien es un prisionero condenado a muerte, y le dice que va a sacarlos a ambos de la prisión.

Los problemas son inevitables en la prisión, con un motín racial inminente. Michael tiene problemas para recuperar un tornillo de las gradas. Veronica recibe una cinta de seguridad que muestra a Lincoln disparando a Terrence Steadman.

Dos pasos adelante y uno atrás. Michael consigue a Abruzzi de su lado y demuestra la confiabilidad de Sucre, pero luego pierde una pieza valiosa de su plan.

Michael obtiene más de las herramientas y personas que necesita, pero alguien muy importante ha tomado nota y ha empezado a preguntarse qué está tramando.

Michael obtiene una pieza de información necesaria para lograr su escape, pero ¿podrá evitar que el Director lo eche?

La idea de Michael de obtener más tiempo de perforación provocando un cierre se vuelve en su contra de manera horrible.

Michael salva al Dr. Tancredi de los presos amotinados, pero Lincoln y Veronica necesitan su propio rescate.

Verónica, Nick y LJ deben esconderse, mientras Bellick sin saberlo proporciona la motivación de Westmoreland para ayudar en la fuga.

Con Abruzzi volviéndose más desesperado por recuperar autoridad dentro de la prisión, parece que el tiempo de Fibonacci se ha agotado.

Michael le entrega una dirección a Falzone, permitiendo que el trabajo se reanude en el túnel. Mientras tanto, el vicepresidente recluta la ayuda de un especialista peligroso.

Michael recibe una visita de su esposa, mientras que Veronica y Nick reciben una visita de Quinn.

C-Note escucha a Michael y Lincoln discutir que hay demasiados fugitivos para el tiempo disponible y comparten la información con el grupo diciendo que uno deberá quedarse atrás. T-Bag se siente amenazado y llama a su primo James Bagwell, revelando el plan de escape y pidiéndole a James que llame al Alcaide Pope en caso de que T-Bag no se comunique con él más tarde. Abruzzi le pide a su hombre de confianza que secuestre a James, pero las cosas salen mal y el mafioso mata a James y a su hijo de cinco años, Jimmy. Abruzzi se siente culpable por la muerte del niño y siente la necesidad del perdón de Dios, pero T-Bag traiciona a Abruzzi como Judas. Mientras tanto, Veronica y LJ llevan a Nick al hospital y mientras está en cirugía, LJ escapa para ver el funeral de su madre. Daniel Hale ve al adolescente en el cementerio pero no lo arresta; más tarde le dice a su esposa que deberían mudarse al oeste y hace una llamada anónima a Veronica para programar una reunión en el Highland Cafe. Maricruz le dice a Sucre que está embarazada pero se casará con Héctor. El Capitán Bellick presiona a David para que delate a Michael, informando todo lo que dice. Michael prueba el plan de escape e informa al grupo que están listos para ir esa noche, pero Lincoln es enviado a confinamiento solitario protegiendo a su hermano.

El escape está a punto de llevarse a cabo cuando el equipo se topa con un obstáculo de acero inoxidable, mientras que Veronica llega apenas un momento tarde para obtener toda la información que necesita para demostrar la inocencia de Lincoln.

Con la tubería hacia la enfermería reemplazada y la vida de Lincoln en peligro, Michael debe replantear su plan de escape y salvar la vida de su hermano. Un compañero de prisión puede tener la clave para evitar la ejecución de Lincoln.

El plan de Michael para escapar ha fracasado. Mientras Lincoln está atado a la silla eléctrica, ve un rostro extrañamente familiar en la multitud. ¿Hay alguna última esperanza para salvar la vida de Lincoln, o ha llegado su viaje a su fin?

Los flashbacks proporcionan exposición sobre cómo los reclusos llegaron a la Penitenciaría de Fox River, desde la incriminación de Lincoln por parte de The Company hasta la creación del plan de Michael para salvar la vida de su hermano.

Después de quemarse el hombro, el tatuaje de Michael que mostraba el camino a través del pabellón psiquiátrico ahora está incompleto. Con otro recluso intimidado para delatar los planes de escape, Michael Scofield debe usar su ingenio para encontrar una nueva forma de salir de la prisión de Fox River.

Improvisando un nuevo plan, Michael busca a un conocido que podría tener la clave para su plan de escape. En la población general, los otros miembros del equipo de P.I. descubren que los guardias están subastando la celda de Michael al mejor postor. Lincoln y Sucre idean un plan para lograr que Michael regrese a la población general. Veronica informa a Lincoln que L.J será juzgado por el asesinato de su madre, y Lincoln desea ver a su hijo.

Después del accidente, Kellerman intenta asfixiar a Lincoln, pero es salvado en el último momento por un desconocido. Sucre sale del confinamiento solitario y Michael les dice a sus compañeros que ha completado el mapa, pero necesita la llave de la enfermería. Abruzzi regresa a Fox River, aparentemente convertido en un hombre religioso. El director Pope envía al Capitán Bellick a buscar a Lincoln antes de notificar a las autoridades. Nick intenta convencer a Veronica de que están perdiendo tiempo revisando las llamadas del teléfono celular de Quinn. Michael besa a Sara y le pide que espere por él. Tweener tiene problemas con Avocado y castra al abusador. Lincoln ve que el desconocido es en realidad su padre, y este le explica que trabajaba para una poderosa compañía y que Lincoln es víctima de una gran conspiración en su contra. Había filtrado información de EcoField y lo utilizaron a él para obligarlo a presentarse. Michael pide ayuda a Nika. Veronica encuentra muchas llamadas de Montana en el teléfono de Quinn. El Vicepresidente le dice a su hermano que está vivo solo gracias a ella, y él responde que no entiende cómo no la han matado aún. Abruzzi se encuentra con T-Bag y le pide que olvide todo, y hacen una tregua. Nika busca a Sara y le cuenta sobre su vida y cómo Michael la ayudó, pero en realidad roba la llave de Sara. Un chico ve el Mustang en un desguace donde Aldo y Lincoln están escondidos, pero Kellerman intercepta la conversación y se dirige al lugar. Sin embargo, la policía llega y el Capitán Bellick arresta a Lincoln, salvándolo de Kellerman. Sara busca su llave y recuerda su encuentro con Nika Volek; llama al servicio de mantenimiento para reemplazar la cerradura. Nick trabaja para Abruzzi. Michael invita a David y este traiciona el plan al Capitán Bellick. Lincoln regresa a Fox River bajo vigilancia las 24 horas del día.

Westmoreland utiliza a Bellick para tapar un agujero en el plan de escape, lo que obliga a Michael a adelantar el cronograma de fuga. Un temeroso Tweener promete lealtad a Michael y, a cambio, puede salir de la cárcel gratis; Michael siente que no tiene más opción que involucrar a Sara en el plan y debe traicionar a su figura paterna; y Veronica ve su vida en peligro por parte de su aliado más cercano, quien tiene una conexión sorprendente con un recluso de Fox River.

El equipo comienza a escapar del agujero en la celda de Scofield.

A medida que la fuga continúa, se pierden vidas y el Papa y Bellick hacen todo lo posible por capturar a los convictos.

Es la mañana después de su escape de la prisión de Fox River, y los reclusos evitan por poco ser atrapados por Bellick mientras saltan a un tren de carga. El agente especial del FBI Alex Mahone ha sido asignado a su caso y convoca una conferencia de prensa instando al público a entregar a los "Fox River 8". Michael, Lincoln, Abruzzi, C-Note y Sucre se encuentran con un cazador y su hija. Él los apunta con un arma hasta que Abruzzi toma a la hija y obliga al cazador a darles su SUV y dejarlos ir. Los fugitivos se dirigen a un lugar donde Michael tiene cosas guardadas. El agente Mahone rastrea la tarjeta de crédito de Michael hasta una instalación de almacenamiento en Oswego, pero rápidamente descubre que uno de los tatuajes de Michael contiene la ubicación real. El tatuaje de Michael "Ripe Chance Woods" es una pista que apunta a un cementerio donde Michael tiene objetos enterrados en la tumba de "E. Chance Woods". Justo dos pasos detrás, el agente Mahone llega a la escena justo cuando los reclusos han reunido lo que necesitan. Mientras tanto, T-Bag descubre una clínica veterinaria y obliga al veterinario a volver a unirle la mano amputada. La Dra. Sarah Tancredi se recupera de su sobredosis. Dentro de su bolso, encuentra un cisne de origami dejado por Michael con un mensaje que dice: "Hay un plan para arreglar todo esto" y un código. El código es una serie de números que lee 3221243324 para la primera línea, 4221312231 para la segunda y 23133121 para la tercera. Veronica localiza a Terrance Steadman en Montana y descubre que las puertas están cerradas desde el exterior, manteniéndolo como rehén (aunque de manera voluntaria). Veronica llama al 911 y luego habla con Lincoln y le cuenta lo que ha descubierto. Empleados de The Company llegan y matan a Veronica por haber descubierto su conspiración y haber encontrado a Steadman. Lincoln

Con hospitales y clínicas bajo vigilancia, Michael lleva a Lincoln a la casa de Nika para que sane su pierna herida. Luego regresa al lugar donde estacionó su Accord y descubre que el auto ha sido remolcado. Mientras tanto, el agente Mahone recupera la mochila de Michael con su pasaporte de un vagabundo que rompió la ventana trasera del auto de Michael para robar la mochila. Michael va al depósito de Brewster Towing para recuperar su auto. Mientras tanto, Sucre descubre que Maricruz se casará con Héctor en un par de días y se dirige a Nueva York en un auto robado. Sara es arrestada y su padre la visita, paga su fianza y le ordena que cuente una versión falsa sobre el incidente en Fox River, ya que él será el próximo Vicepresidente de los Estados Unidos. Más tarde, ella va a rehabilitación donde Kellerman finge ser un paciente adicto. C-Note programa una reunión con su esposa, pero su conversación es interceptada por el agente Mahone. Bellick y Geary se encuentran por casualidad y luego se unen para obtener la recompensa de $400,000 por capturar a Michael y Lincoln. Van a Fox River y Bellick interroga a Manche Sanchez, quien revela el plan de los fugitivos. Michael y Lincoln simulan un accidente automovilístico para escapar de Mahone, pero no se dan cuenta de que Bellick y Geary los siguen de cerca.

Michael, Linc y Nika son capturados por Bellick y Geary, quienes intentan recuperar el dinero de Westmoreland en Utah. Tweener continúa su viaje con Debra Jean. Abruzzi se reúne con su esposa e hijos y planea huir del país con ellos, pero decide ocuparse de Fibonacci primero. T-Bag tiene un susto cerca de la policía en una gasolinera de Nebraska, y luego se hace pasar por un marine que perdió una mano en Iraq. Mahone espera confirmación de la muerte de Michael y Linc en la explosión del automóvil, y al mismo tiempo obtiene pistas sobre uno de los otros fugitivos. Kellerman (haciéndose pasar por un adicto en recuperación llamado Lance) entabla amistad con Sara.

Michael y Linc llegan a Tooele, pero el mapa que necesitan para localizar la doble-K ranch está desaparecido. Se encuentran con T-Bag y Tweener, quienes también han venido a Tooele en busca del dinero de Westmoreland. Mientras tanto, C-Note se dirige en tren hacia Tooele. Sucre llega a Las Vegas e intenta detener la boda de Maricruz y Héctor. Sara invita a Kellerman a su apartamento, creyendo que no representa ningún peligro. En la oficina del FBI en Chicago, Mahone revisa los archivos recuperados del disco duro de Michael y comienza a juntar las piezas.

Mahone llega a Salt Lake City, tratando de localizar exactamente dónde están los fugitivos en Utah. Michael y Linc idean un plan con T-Bag y Tweener que les permitirá cavar en el lugar correcto. C-Note y Sucre se encuentran en la autopista y se dirigen hacia Tooele. Kellerman, en Washington, D.C., informa a Kim. El gobernador Tancredi llama a Sara con una advertencia.

El plan de Michael encuentra un obstáculo cuando la hija del dueño de la casa, que es policía, llega. Mahone discute con Lyle Sands sobre cómo proceder, pero espera que Tweener, bajo custodia del FBI, revele la ubicación de los otros fugitivos. Sara comienza a sospechar de Kellerman, por lo que él intenta algo diferente para encontrar a Lincoln Burrows. En una instalación de detención en Arizona, L.J. descubre que será liberado al día siguiente; Linc va a buscarlo. Haywire, en Wisconsin, roba suministros de una tienda de campamento.

En sus esfuerzos por tratar de hacerse con todo el dinero, Sucre se encuentra con algunas dificultades inesperadas. Y el Capitán Bellick y su compañero no se han dado por vencidos en encontrar a sus antiguos reclusos.

Michael intenta recuperar un objeto del Jardín Botánico de Blanding en Utah, pero el equipo de Mahone llega primero. Mahone cree que alguien de su equipo está filtrando información a la prensa; mientras tanto, Michael investiga a Mahone en un café de Internet y luego viaja a Durango, Colorado, para ver a una mujer allí. Linc y L.J. están en la carretera en Arizona. C-Note está en Chicago, y el Agente Lang intenta utilizar a su esposa para capturarlo. Bellick y Geary llaman al oficial Patterson, en la prisión de Fox River, para obtener información sobre dónde buscar a T-Bag. Sara está en un motel en Elgin, Illinois, tratando de descifrar el código de Michael. T-Bag llega a Tribune, Kansas, en busca de "romance", como él lo llama. Kellerman está siguiendo a Sara.

El capitán Bellick tortura a T-Bag para obtener el dinero, durante lo cual T-Bag se traga la llave y Bellick utiliza trucos sucios para sacar la llave. Bellick y Mac dejan a T-Bag en el límite de la policía. Sarah y Michael Scofield se encuentran, pero son constantemente perseguidos por Alexander Mahone. Michael se acerca a la impotencia de Mahone. Mientras tanto, Lincoln Burrows y LJ son rescatados por el padre de Lincoln, pero aún no están protegidos de los sucios juegos políticos. Sucre intenta contactar a Maricruz, pero ese plan falla debido a que la policía estatal hace rondas.

En Maljamar, Nuevo México, Michael toma lo que necesita de una tienda de artículos deportivos y luego tiene una crisis de conciencia. En Tribune, Kansas, T-Bag escapa por poco de la policía pero tiene que dejar su mano atrás. En Trinidad, Colorado, los tres Burrows discuten política, pero enfrentan una amenaza inesperada. En Gila, Nuevo México, Kellerman ata a Sara y resuelve obtener lo que necesita de ella. Mahone conoce a Kim por primera vez. Bellick recibe tratamiento por el golpe en la frente e interactúa con un detective de policía local.

Continuando desde donde lo dejamos, Sucre, Michael, Linc y Aldo están juntos, con Mahone pisándoles los talones. Sara está boca abajo en la bañera mientras Kellerman se prepara para deshacerse de su cuerpo. C-Note está en Harvey, Dakota del Norte, con Kacee y Dede, quien necesita su medicación. En Tribune, Kansas, el detective Slattery interroga a Bellick.

La Patrulla Fronteriza arresta a Michael y Lincoln, salvándolos de Mahone que afirma que quiere recuperar su vida. Sucre cruza la frontera y salta en paracaídas en el Desierto de Sonora en México. T-Bag va a un bar de veteranos de guerra en Pratt, Kansas, y roba un trabajo protésico a un sargento veterano. Michael y Lincoln son detenidos en la Instalación de Detención de la Patrulla Fronteriza, en Las Cruces, Nuevo México, esperando el transporte a la Prisión Fox River, pero Bill Kim ordena a Mahone que los mate. T-Bag conoce a Denise, que trabaja en la oficina de correos, y la seduce para obtener la dirección de Susan Hollander. Bellick es enviado al Tribunal de Distrito en el Condado de Greeley, Kansas, y le niegan la fianza. Hace un trato para ser enviado a la Prisión Fox River esperando tener una buena vida. Sin embargo, el nuevo director decide usarlo como ejemplo de la nueva administración. Mientras tanto, Mahone intenta transportar a los prisioneros, pero el procedimiento estándar no lo permite. Kellerman hace un acuerdo para interceptar el convoy en un túnel bloqueado y matar a los prisioneros. Sin embargo, Michael y Lincoln son ayudados por un aliado sorprendente. T-Bag encuentra a Susan.

En Cutback, Montana, Kellerman atrae a la policía y Michael y Lincoln secuestran al camarógrafo Greg de Fox News y logran escapar del asedio. Michael y Lincoln deciden grabar un mensaje para ser transmitido en las Noticias de Última Hora. Mahone está de regreso en Chicago y analizando el mensaje; interroga a Greg y este le cuenta que escuchó a Michael decir que debían recorrer 460 millas en seis horas. Mahone deduce que tienen la intención de reunirse con la Presidenta Caroline en Denver. Wheeler discute con Mahone y le grita que el Departamento de Asuntos Internos le pidió que siga todos los movimientos de Mahone. Bellick está gravemente herido en la enfermería de Fox River. Sucre entabla amistad con un viejo pasajero en un autobús hacia Ixtapa; sin embargo, el conductor le pide que se baje en un pequeño pueblo y Sucre roba el Volkswagen del anciano. En Algoma, Winsconsin, Haywire hace amistad con una joven pareja y la chica tiene moretones en el brazo; ella cuenta que su padre alcohólico y abusivo la golpeó.

Sara se encuentra con Michael y Lincoln en una estación de tren en Evansville, Indiana; cuando ve a Kellerman con ellos, se perturba y se pone molesta. Kellerman le dice que ella tiene una llave de un club privado de cigarros en Chicago. Caroline llama a Kellerman y él le dice que se dirige a Chicago en tren, y ella promete devolverle su vida, incluido el puesto de jefe de personal. T-Bag le dice a Susan que están pasando por un "período de ajuste" en sus vidas; cuando ella le dice que tendrá una invitada llamada Patty Wallace, T-Bag recibe a Patty con un magnífico brunch familiar y utiliza la figura de padre autoritario para disciplinar a Zack, seduciendo a la invitada con su encanto y actitud. Wheeler informa las acciones de Mahone a la sede del FBI y descubren que Haywire mató a un hombre en Algoma, Wisconsin. Mahone visita a Bellick en River Fox, lo libera utilizando un habeas corpus para que haga su trabajo sucio, y le da un auto, una pistola y una placa del FBI al hombre despreciable. Bellick persigue y atrapa a Haywire, y espera a Mahone. En Benson, Minnesota, C-Note y Dede están saliendo de un bar cuando un ladrón adicto anuncia un atraco. Cuando Kellerman ve un bloqueo en el tren, se da cuenta de que fue traicionado.

Michael Scofield y Sara Tancredi no logran obtener la cinta del club de cigarros Corona de Oro en Chicago, donde la seguridad estaba preparada, y acuden al exdirector de la prisión Henry Pope, miembro del club, pero él quiere llamar a la policía. Michael saca su pistola y se la entrega para demostrar su veracidad; Sarah lo convence de entrar con la llave del humidor de su difunto padre y encuentra una memoria USB. En México, Fernando Sucre tiene problemas con su coche y recibe un aventón de un empleado de seguridad del aeropuerto de Ixtapa que ve su cartel de búsqueda justo después de separarse en el aeropuerto, por lo que debe huir con su novia. T-Bag y su familia forzada encuentran su propia casa vandalizada y saqueada, excepto por la biblia familiar, lo cual le hace recordar los recuerdos de juventud de su padre pervertido, y asegura a Suzy que desea su amor y está feliz de ser infértil, su linaje debería ocupar el lugar de los Bagwell. Cuando ella se niega, él los encierra, considera asesinarlos con un hacha pero finalmente los deja atrás. El agente especial del FBI Alexander Mahone ha localizado a Benjamin Miles "C-Note" Franklin y a su hija, pero los deja escapar en un autobús en lugar de dispararle al niño. C-Note la lleva a un médico preocupado por la enfermedad renal PKD, pero se niega a permitir la inserción de un catéter, en su lugar se entrega a Mahone, quien está con su propio hijo en Colorado, y hace un trato para conseguir a Scofield. Pope ya no está en el club, pero es recibido en la entrada por el agente especial del Servicio Secreto William "Bill" Kim, a quien solo Paul Kellerman, observando desde un techo con Linc, conoce por su apariencia. Michael atropella a Kim y escapa con Pope, Sarah y Linc, dejando a Kellerman afuera. Cuando Michael les dice a los demás que está dispuesto a cumplir su promesa a Pope (que los demás no conocían

El Capitán Brad Bellick entra a la oficina del FBI exigiendo que Mahone le pague. Michael y sus compañeros están impresionados con las grabaciones en el dispositivo, pero solo ayudará si los contactos de Kellerman en Washington lo usan adecuadamente, en particular el alto funcionario de Justicia, Cooper Green, quien acepta reunirse y cooperar, pero es seguido por hombres de Kim. Linc llama a su hijo L.J., quien se niega a renunciar a su vida relativamente normal hasta nuevo aviso. Sarah se encuentra con Bruce Bennett. Bellick intenta sobornar al primo encarcelado de Sucre para que revele su paradero en México. T-Bag encuentra al terapeuta Dr. Stammel, quien se parece a él, y lo asesina para robar su identidad. Mahone recibe la orden de deshacerse de C-note de una vez por todas cuando Kim cree que tiene a Scofield; promete seguir cuidando de la familia de C-note, pero solo si utiliza el contenido de un paquete que enviará a su celda: una soga. Sarah llega demasiado tarde para llamar a Linc, el verdadero Cooper Green está en su oficina, pero Michael engaña al falso, quien fingía tener asma, justo a tiempo y lo derriba. Paul Kellerman visita a su hermana Kristine. Fernando Sucre está en el cielo en la cama con Maricruz Delgado cuando su bebé patea. El verdadero Cooper Green podría ayudar con la cinta, pero luego descubre que el dispositivo de memoria tiene la fecha de copia, no la fecha de grabación, sin la cual no es admisible como prueba, solo para chantajear al presidente para que firme un indulto.

C-note ha saltado con la soga alrededor de su cuello, pero es salvado por los carceleros; le dicen a Mahone que aún lo hará. En un hotel de Chicago, se espera la llegada de la presidenta Caroline Reynolds para un discurso. Michael envía al verdadero Cooper Green lejos y acuerda un punto de encuentro con Linc y Sarah. Mahone entra en la habitación de Sarah y solo finge no encontrarla debajo de la cama para atraparla, ella finge que los hermanos la dejaron. En México, T-bag descubre que Bellick está esperando en la cinta transportadora de equipaje y debe obtener el suyo desde el lado del servicio, pero el obrero al que golpea cae sobre él, por lo que debe huir. Lincoln sorprende a su antiguo compañero Derrick Sweeney y le pide un favor: tres boletos en un barco de carga para Panamá. Kellerman está listo para dispararle a la malvada presidenta, pero cuando está a la vista de Michael, es arrestado justo después de estrecharle la mano, y es interrogado por Kim, quien exige estar a solas con él, para preguntarle dónde está Linc, luego intenta literalmente sacarle la información a golpes; la presidenta entra y saca a Kim justo cuando estaba a punto de dispararle a Michael; le dice que la cinta es una conversación delicada que tuvo con su hermano después de su "muerte", y aún tiene copias en veinte lugares. Fernando ve en la televisión que T-bag está en México y fue grabado intentando robar, por lo que deduce que los $5,000,000 deben estar cerca y le dice a Maricruz que regresará enseguida; a su regreso, solo está Bellick, armado y esposando a Sucre, para cobrar la recompensa, por lo que Fernando ofrece compartir los $5,000,000 encontrando a T-bag. Sarah adivina correctamente que Mahone está bajo el efecto de una droga adictiva. Caroline llama a Linc, quien reproduce la cinta que demuestra que su hermano estaba vivo

Ahora que Caroline Reynolds ha renunciado como presidenta, ya no puede firmar un indulto, por lo que los hermanos deben desaparecer de inmediato, para siempre. En el muelle, Sarah se da cuenta de que la están siguiendo y finge, en el teléfono, que ya está a bordo, por lo que ellos zarpan sin ella mientras es arrestada. Lincoln impide que Michael regrese por ella. Una semana después, un alto funcionario del FBI ofrece a C-note una sentencia más leve a cambio de su testimonio contra Mahone, incluso libertad y protección de testigos para su familia. Fernando toma la pistola de Bellick mientras busca a T-bag, pero Bellick muestra un crucifijo para demostrar que tiene a Maricruz. El desgraciado disfruta de su fortuna con una mujer de la calle que interpreta a su Susan-Q. Los hermanos llegan a Cristobal, Panamá. Mientras tanto, el equipo de Mahone deduce que los tatuajes de Scofield se refieren a su madre, Christina, presumiblemente muerta, y él supone que su ordenador contenía mucha información sobre Panamá por alguna razón. El hombre en el poder interroga a Kim en un pequeño barco y decide cambiar la estrategia. Mahone descubre las intenciones de su colega del FBI, Wheeler. C-note se reúne con su familia y es liberado. Los hermanos tienen una pelea, atormentados por la culpa de demasiadas personas inocentes que sufren por sus buenas intenciones, luego abordan un yate llamado Christina. Mahone le dice a Kim que no está contento con los resultados, ya que sigue separado de su familia, pero le dicen que ahora necesita ayuda para escapar y, por lo tanto, debe ir a México para ayudar a T-bag.

Linc encuentra que Michael ha desaparecido de su yate Christina Rose después de recibir el mensaje de Sucre (también interceptado por Mahone, quien piensa haber encontrado una salida); el despreciable T-bag está en el hotel Fin del Camino de la Ciudad de Panamá con el dinero. Un petardo que paga a un niño local para que plante muestra a Michael las dos plantas de Mahone en la plaza, pero Bellick saca su arma, acompañado por Fernando, quien niega haber enviado el mensaje. Scofield huele una trampa y establece sus objetivos: dinero para Bellick, Maricruz para Sucre, T-bag para él, luego le recuerda a Fernando en privado que Maricruz es su prioridad legítima, no la venganza. El juicio de Sarah Tancredi continúa y el juez permite mostrar la cinta de Michael que la absuelve; su abogado le aconseja que acepte una condena de doce años, en realidad nueve años en seguridad máxima. Cuando T-bag se va, los dos hombres de Mahone lo siguen, seguidos por el trío de fugitivos. Mahone es atacado repentinamente por Lincoln, quien lo llama el asesino de su padre. El trío sorprende y desarma al dúo de Mahone, que no lleva identificación del FBI, y luego a T-bag, pero escuchan sirenas de la policía afuera. Después de alinear sus medallas y ponerse su uniforme, Paul Kellerman se dispara en la cabeza, pero su pistola se atasca; su hermana insiste en que es una señal para comenzar una nueva vida. Él va a testificar en favor de Sarah. En lugar de dinero, Fernando encuentra a una chica herida, T-bag escapa corriendo mientras la policía entra; Michael y Sucre los siguen por la escalera de incendios, un coche que lo roza hace que T-bag sea atrapado nuevamente. Él trata con Michael para intercambiar su escape, sin el dinero, por información, pero Scofield decide dejarlo en la embajada. El monstruo encuentra un destornill

De vuelta en el yate, Michael se da cuenta de que Lincoln se ha ido y lo llama. Alex Mahone le dice que Linc no es un asesino despiadado, por lo que fue dominado y esposado, y el rescate es el yate y la fortuna que supone que está en él, que deben acordarse en cinco minutos. Ahora Mahone es incluso más buscado que los hermanos. El testimonio autoincriminatorio de Kellerman y los documentos que trae hacen que todos los cargos contra Sarah y Lincoln sean retirados, y él es arrestado. Mahone llama a Kim para que vuele de inmediato. Alex llama a su esposa para que lleve a los niños de vacaciones a su Colombia natal, en Cartagena. A pesar de haber perdido el 30% de sangre, Fernando sale del hospital para informar de la desaparición de Bellick, quien ya está en la cárcel y se une a T-Bag. El vendedor Chaco presenta a Michael a un propietario local de yates al que sugiere cobrar la recompensa de $100,000 por su cabeza, luego hace una mejor oferta. Mahone llama a la policía con la intención de incriminar a los hermanos por su intento de asesinato contra "un asiático", pero Michael se niega a entregar el dinero y Kim aparece temprano, con refuerzos armados. Mahone huye pero es arrestado. Kellerman sabe la situación en la que está involucrado y espera ser asesinado, por lo que se organiza un problema en el transporte hacia la prisión y un hombre enmascarado lo dispara. Chaco entrega a los hermanos, quienes se llevaron el dinero e intentaban huir y no mirar hacia atrás, un barco miserable con una sorpresa invaluable: Sarah y las buenas noticias para Linc, con buenas esperanzas para Michael. Justo en ese momento, Kim aparece, rechaza el dinero, apunta a Linc y Sarah le dispara. La policía llega, persiguiendo y atrapando al trío. Michael toma el arma y finge tomar a Sarah como rehén, luego se

Michael está una vez más encarcelado, pero ahora en SONA (Panamá), junto con T-Bag, Mahone y Bellick. La prisión es gobernada exclusivamente por los reclusos, cuyo señor de la prisión local, Lechero, se siente amenazado por la "fama" de Scofield. Lincoln intenta medios legales para trasladar a Michael, y recibe una llamada de un familiar. Ambos reciben el mismo mensaje, a través de diferentes canales, de The Company.

Lincoln intenta salvar a LJ y Sara. Pero no puede. Mientras tanto, Michael tiene una conversación telefónica con Sara. Y Lincoln recibe una llamada de Susan B. diciendo que dejó algo en el garaje para él.

LJ y Whistler son intercambiados, pero más sorpresas surgen. Mientras tanto, los planes de T-Bag finalmente tienen éxito.

Michael, Mahone, Sucre y Lincoln intentan ingresar a la casa donde se encuentra guardada Scylla. T-Bag y Sancho se dirigen a San Diego en el desierto.

La pandilla tiene que infiltrarse en la casa bien protegida del hombre de negocios Stuart Tuxhorn. Mientras tanto, T-Bag debe llegar a extremos para sobrevivir.

Michael y el equipo tienen un día para localizar al próximo poseedor de la tarjeta o corren el riesgo de volver a la prisión. Mientras tanto, Mahone busca venganza contra Wyatt.

Para obtener la siguiente tarjeta de datos, Michael, Lincoln y Sucre deben arruinar un evento benéfico de la policía. Mientras tanto, T-Bag levanta sospechas en su primer día de trabajo nuevo.

La pandilla, con la ayuda de Don, debe entrar en una caja fuerte en el Departamento del Tesoro para obtener la siguiente tarjeta de Scylla. Mientras tanto, Gretchen logra escapar.

Mahone es arrestado, poniendo en peligro a todo el grupo y dejando a Mahone directamente en la mira de Wyatt. Mientras tanto, se descubre el engaño de T-Bag.

Lincoln, Sucre, Sara y Roland siguen a un poseedor de tarjeta Scylla a Las Vegas, donde Roland tiene su dispositivo confiscado después de ser atrapado apostando.

Se trama un audaz plan para obtener la última carta de Pad Man, y se forma una alianza incómoda con Gretchen, pero hay un traidor entre las filas.

El equipo necesita abrirse paso a través de una tubería de agua de 30,000 galones para llegar a Scylla. Mientras tanto, T-Bag se defiende de una investigación.

Michael se desploma y debe ir al hospital. En otro lugar, Sucre pisa una mina terrestre y se descubre el sorprendente secreto de Trishanne.

A pesar de la condición de Michael, el equipo continúa con sus planes de robar Scylla. Gretchen y T-Bag trabajan juntos para conseguir la sexta tarjeta del General pero sin éxito. Michael, Lincoln, Sucre y Mahone rompen la pared.

Michael y la pandilla logran llevar a cabo el robo de Scylla desde lo más profundo de la sede de la Compañía, pero una terrible sorpresa les espera.

Mientras la pandilla lidia con la traición de Don, Lincoln es capturado. Mientras tanto, Don obliga a Gretchen a ayudarlo al tener como rehenes a su hija y hermana.

Don y Gretchen, Michael y La Compañía están todos tras Scylla. En otro lugar, T-Bag tiene que tomar una decisión difícil mientras mantiene como rehenes a la familia de Gretchen.

Cuando Michael se somete a una cirugía, tiene visiones de Westmoreland. Mientras tanto, Lincoln y Sucre intentan recuperar Scylla antes de que Don y Gretchen la vendan.

Lincoln llama a Sara desde Miami para preguntar por noticias sobre Michael y le cuenta que está intentando recuperar Scylla para La Compañía con Gretchen, T-Bag y Self. Encuentran una pista en el Club Grafton, y Lincoln va al lugar donde secuestra a Tia Hayden intentando encontrar al representante del dueño de Scylla. Mientras tanto, Michael despierta encerrado en una casa en el bosque bajo la vigilancia de los guardaespaldas de La Compañía. El psiquiatra, Dr. Roger Knowlton, le dice que su madre está viva y trabaja para "La Compañía" en la selva tropical de Madagascar. Quiere preparar a Michael para unirse a "La Compañía" y usar sus habilidades a nivel global trabajando con su madre. Tia engaña a Lincoln y logra escapar, pero él se queda con su cartera y encuentra su dirección. Sara le dice al General Krantz que quiere quedarse con Michael, pero él se lo niega. T-Bag y Self van a la casa de Tia y Self conspira contra el liderazgo de Lincoln. Traen fotos y un disco duro que encontraron en la casa. Self discute con Lincoln y Mahone llega para equilibrar la situación. Michael ve fotos de su infancia y recuerda la reunión familiar mientras el Dr. Knowlton lo evalúa para el General Krantz y se ve presionado para usar un proceso rápido y desagradable para forzar a Michael a unirse a La Compañía. Lincoln y Mahone van al puerto deportivo para investigar al representante del dueño de Scylla. Sara recibe un misterioso mensaje en su teléfono celular para una reunión y es secuestrada cerca de un teléfono público por hombres de Lisa, y Lisa le dice que Michael está a 60 millas al noreste del centro. Gretchen encuentra a Scott, el representante del dueño de Scylla, mientras investiga en una base de datos, pero engaña al resto del grupo y se encuentra con Scott, quien le promete diez millones de dólares. T-Bag escucha la conversación entre Sara y Lincoln y llama al General Krantz. Él,

Lincoln y su equipo (Self, T-Bag, Mahone) están tratando de encontrar Scylla. Intentan encontrar una pista para la llave del comprador falso que mató a Gretchen. Encuentran una iglesia y una mansión que coinciden con la llave. Cuando Lincoln y Mahone investigan la mansión, Lincoln encuentra una foto de él con su madre. Mahone descubre que la foto fue editada y contiene una pista sobre el lugar de encuentro. Lincoln va al encuentro y encuentra a su madre. Christina quiere dos días de Lincoln para eliminar a Krantz. Mientras tanto, los hombres de la Compañía encuentran a Michael y Sara, pero ellos escapan en un camión. Finalmente, Lincoln regresa al lugar de encuentro y comienza el fin.

Michael and Lincoln square off over Scylla as Christina sets her plan in motion. Meanwhile, T-Bag causes a scene at the Indian embassy.

Michael tiene un reencuentro incómodo con Christina, quien revela una noticia impactante sobre Lincoln. Mientras tanto, Lincoln corre para detener el plan mortal de Christina.

El pandemonio estalla en el Hotel Panda Bay después de un asesinato en la conferencia global de energía.

Mientras rostros familiares regresan para ayudar a Michael en su misión de derribar "The Company", Lincoln hace un descubrimiento sobre su relación con Michael.

Después de que el general atrapa a los hermanos y aumenta las apuestas secuestrando a más de sus familiares, Michael escapa con Scylla.

La felicidad recién encontrada de Michael y Sara es efímera, ya que Sara pronto se encuentra en prisión, y Michael debe rescatarla antes de que Krantz, sediento de venganza, la mate.

En un episodio continuado de 90 minutos, la felicidad recién encontrada de Michael y Sara es efímera, ya que Sara pronto se encuentra en prisión y Michael debe rescatarla antes de que Krantz, sediento de venganza, la mate.

Han pasado siete años, y todos han seguido adelante con sus vidas. Se descubre que Michael sigue vivo después de su aparente muerte y ha terminado en una prisión en Yemen. Lincoln recibe la visita de una cara conocida y se entera de las noticias sobre Michael y su paradero.

Mientras Lincoln y C-Note buscan al "Sheik de la Luz", Michael y su compañero de celda, Whip, intentan escapar de Ogygia. Mientras tanto, la investigación de Sara sobre la reaparición de Michael la lleva al departamento de estado y a un reencuentro incómodo con Paul Kellerman.

Cuando T-Bag embosca a Sara, la advierte de que dos secuaces de Poseidón, Van Gogh y A&W, podrían estar siguiéndola. Mientras tanto, Lincoln intenta recuperar su pasaporte confiscado para escapar de Yemen, y Michael planea su próximo movimiento.

Lincoln intenta descubrir qué le sucedió a Michael y C-Note espera ejecutar un nuevo plan de escape con Cyclops pisándoles los talones.

Michael, Lincoln y la pandilla de Ogygia corren a través del desierto perseguidos por Cyclops; A&W y Van Gogh cuestionan sus roles cuando seguir a los fugitivos los lleva a Graceland.

Sara teme por la seguridad de su familia cuando descubre la razón por la cual Michael fingió su muerte; Sucre ayuda a Michael y Lincoln a encontrar una forma de regresar a casa; la verdadera identidad de Poseidón es revelada.

Michael y Lincoln solicitan la ayuda de Sheba y C-Note para atrapar a Poseidón cuando Sara y su hijo están amenazados; Whip emprende una misión aparte; T-Bag revela un secreto.

Las peligrosas amenazas mantienen a Michael y Lincoln luchando para proteger a Sara y Mike. Mientras tanto, Poseidón sigue intentando superar a Michael y al resto de la pandilla, lo que los lleva a un enfrentamiento final, y no todos logran salir con vida.

Michael tiene un reencuentro incómodo con Christina, quien revela una noticia impactante sobre Lincoln. Mientras tanto, Lincoln corre para detener el plan mortal de Christina.

Con la tubería hacia la enfermería reemplazada y la vida de Lincoln en peligro, Michael debe replantear su plan de escape y salvar la vida de su hermano. Un compañero de prisión puede tener la clave para evitar la ejecución de Lincoln.

Michael, Mahone, Sucre y Lincoln intentan ingresar a la casa donde se encuentra guardada Scylla. T-Bag y Sancho se dirigen a San Diego en el desierto.

En Maljamar, Nuevo México, Michael toma lo que necesita de una tienda de artículos deportivos y luego tiene una crisis de conciencia. En Tribune, Kansas, T-Bag escapa por poco de la policía pero tiene que dejar su mano atrás. En Trinidad, Colorado, los tres Burrows discuten política, pero enfrentan una amenaza inesperada. En Gila, Nuevo México, Kellerman ata a Sara y resuelve obtener lo que necesita de ella. Mahone conoce a Kim por primera vez. Bellick recibe tratamiento por el golpe en la frente e interactúa con un detective de policía local.

El capitán Bellick tortura a T-Bag para obtener el dinero, durante lo cual T-Bag se traga la llave y Bellick utiliza trucos sucios para sacar la llave. Bellick y Mac dejan a T-Bag en el límite de la policía. Sarah y Michael Scofield se encuentran, pero son constantemente perseguidos por Alexander Mahone. Michael se acerca a la impotencia de Mahone. Mientras tanto, Lincoln Burrows y LJ son rescatados por el padre de Lincoln, pero aún no están protegidos de los sucios juegos políticos. Sucre intenta contactar a Maricruz, pero ese plan falla debido a que la policía estatal hace rondas.

Se trama un audaz plan para obtener la última carta de Pad Man, y se forma una alianza incómoda con Gretchen, pero hay un traidor entre las filas.

Después del accidente, Kellerman intenta asfixiar a Lincoln, pero es salvado en el último momento por un desconocido. Sucre sale del confinamiento solitario y Michael les dice a sus compañeros que ha completado el mapa, pero necesita la llave de la enfermería. Abruzzi regresa a Fox River, aparentemente convertido en un hombre religioso. El director Pope envía al Capitán Bellick a buscar a Lincoln antes de notificar a las autoridades. Nick intenta convencer a Veronica de que están perdiendo tiempo revisando las llamadas del teléfono celular de Quinn. Michael besa a Sara y le pide que espere por él. Tweener tiene problemas con Avocado y castra al abusador. Lincoln ve que el desconocido es en realidad su padre, y este le explica que trabajaba para una poderosa compañía y que Lincoln es víctima de una gran conspiración en su contra. Había filtrado información de EcoField y lo utilizaron a él para obligarlo a presentarse. Michael pide ayuda a Nika. Veronica encuentra muchas llamadas de Montana en el teléfono de Quinn. El Vicepresidente le dice a su hermano que está vivo solo gracias a ella, y él responde que no entiende cómo no la han matado aún. Abruzzi se encuentra con T-Bag y le pide que olvide todo, y hacen una tregua. Nika busca a Sara y le cuenta sobre su vida y cómo Michael la ayudó, pero en realidad roba la llave de Sara. Un chico ve el Mustang en un desguace donde Aldo y Lincoln están escondidos, pero Kellerman intercepta la conversación y se dirige al lugar. Sin embargo, la policía llega y el Capitán Bellick arresta a Lincoln, salvándolo de Kellerman. Sara busca su llave y recuerda su encuentro con Nika Volek; llama al servicio de mantenimiento para reemplazar la cerradura. Nick trabaja para Abruzzi. Michael invita a David y este traiciona el plan al Capitán Bellick. Lincoln regresa a Fox River bajo vigilancia las 24 horas del día.

Sara teme por la seguridad de su familia cuando descubre la razón por la cual Michael fingió su muerte; Sucre ayuda a Michael y Lincoln a encontrar una forma de regresar a casa; la verdadera identidad de Poseidón es revelada.

Lincoln llama a Sara desde Miami para preguntar por noticias sobre Michael y le cuenta que está intentando recuperar Scylla para La Compañía con Gretchen, T-Bag y Self. Encuentran una pista en el Club Grafton, y Lincoln va al lugar donde secuestra a Tia Hayden intentando encontrar al representante del dueño de Scylla. Mientras tanto, Michael despierta encerrado en una casa en el bosque bajo la vigilancia de los guardaespaldas de La Compañía. El psiquiatra, Dr. Roger Knowlton, le dice que su madre está viva y trabaja para "La Compañía" en la selva tropical de Madagascar. Quiere preparar a Michael para unirse a "La Compañía" y usar sus habilidades a nivel global trabajando con su madre. Tia engaña a Lincoln y logra escapar, pero él se queda con su cartera y encuentra su dirección. Sara le dice al General Krantz que quiere quedarse con Michael, pero él se lo niega. T-Bag y Self van a la casa de Tia y Self conspira contra el liderazgo de Lincoln. Traen fotos y un disco duro que encontraron en la casa. Self discute con Lincoln y Mahone llega para equilibrar la situación. Michael ve fotos de su infancia y recuerda la reunión familiar mientras el Dr. Knowlton lo evalúa para el General Krantz y se ve presionado para usar un proceso rápido y desagradable para forzar a Michael a unirse a La Compañía. Lincoln y Mahone van al puerto deportivo para investigar al representante del dueño de Scylla. Sara recibe un misterioso mensaje en su teléfono celular para una reunión y es secuestrada cerca de un teléfono público por hombres de Lisa, y Lisa le dice que Michael está a 60 millas al noreste del centro. Gretchen encuentra a Scott, el representante del dueño de Scylla, mientras investiga en una base de datos, pero engaña al resto del grupo y se encuentra con Scott, quien le promete diez millones de dólares. T-Bag escucha la conversación entre Sara y Lincoln y llama al General Krantz. Él,

Ahora que Caroline Reynolds ha renunciado como presidenta, ya no puede firmar un indulto, por lo que los hermanos deben desaparecer de inmediato, para siempre. En el muelle, Sarah se da cuenta de que la están siguiendo y finge, en el teléfono, que ya está a bordo, por lo que ellos zarpan sin ella mientras es arrestada. Lincoln impide que Michael regrese por ella. Una semana después, un alto funcionario del FBI ofrece a C-note una sentencia más leve a cambio de su testimonio contra Mahone, incluso libertad y protección de testigos para su familia. Fernando toma la pistola de Bellick mientras busca a T-bag, pero Bellick muestra un crucifijo para demostrar que tiene a Maricruz. El desgraciado disfruta de su fortuna con una mujer de la calle que interpreta a su Susan-Q. Los hermanos llegan a Cristobal, Panamá. Mientras tanto, el equipo de Mahone deduce que los tatuajes de Scofield se refieren a su madre, Christina, presumiblemente muerta, y él supone que su ordenador contenía mucha información sobre Panamá por alguna razón. El hombre en el poder interroga a Kim en un pequeño barco y decide cambiar la estrategia. Mahone descubre las intenciones de su colega del FBI, Wheeler. C-note se reúne con su familia y es liberado. Los hermanos tienen una pelea, atormentados por la culpa de demasiadas personas inocentes que sufren por sus buenas intenciones, luego abordan un yate llamado Christina. Mahone le dice a Kim que no está contento con los resultados, ya que sigue separado de su familia, pero le dicen que ahora necesita ayuda para escapar y, por lo tanto, debe ir a México para ayudar a T-bag.