Un Coronel desafía las órdenes de un superior y del Departamento de Estado y decide rescatar a sus hombres que habían sido secuestrados y torturados por un comandante en Jefe haitiano.

Harm es arrestado por el FBI acusado del asesinato de Konaplanik, un ruso que supuestamente le había vendido a Harm información sobre el paradero de su padre desaparecido El asesino pasará a ser el Coronel Tomashevsky, un agente ruso que seguía la pista de Konaplanik un conocido falsificador de arte. Clayton Webb, el agente de la CIA que ocasionalmente trabaja con Harm arregla la huida de este esperando que Tomashevsky trate de contactar con él. Cuando Harm es llevado a juicio opta por no obtener los servicios del JAG para que sea Mac quien le defienda, la cual es ahora una abogada civil. Harm será absuelto y Mac le pedirá al Almirante Chedwiggen su reincorporación al JAG.

Harm es encomendado a la defensa de una Alférez que declara haber matado a un oficial turco porque tuvo el presentimiento de que el oficial intentaba hacerla daño cuando este entró en su apartamento. Harm logra la absolución de su cliente pero, sin saberlo, ayudará a encubrir una operación del Departamento de Estado de la cual no tiene conocimiento.

Con la ayuda de Harm, Mac, Bud y Harriett, el Almirante Chedwiggen investiga el aparente suicidio de su mentor, el Almirante Clancy, quien por lo visto se pegó un tiro mientras disfrutaba de una jornada de cacería con sus amigos. Mientras que todo apunta a que el asesino podría ser alguno de los amigos que participaron en la cacería, finalmente se descubrirá que el asesino es el guía, quien había planeado el asesinato para vengar la muerte de su hijo el cual murió en prisión después de haber sido erróneamente acusado de sabotear el barco que capitaneaba Clancy hacía años.

Harm se encuentra de crucero con unos jóvenes, cuando la embarcación es asaltada por unos terroristas. La intención es disparar misiles en Cuba. Harm intenta ponerse en contacto con las autoridades para contarles la situación en la que se encuentran, pero sus planes no marchan según lo previsto.

Tras conseguir una evidencia que parece probar que el padre de Harm se encuentra aún con vida en Siberia Harm convence al Almirante para que le de unos días libres y poder ir a Rusia con Mac de acompañante para que le haga de intérprete. Cuando llegan a Moscú son entrevistado por Mark Falcon, el agente de la KGB que había robado para Harm una lista de prisioneros de guerra y recibirán información adicional de manos del Coronel Parlovsky que fue el primero en entregarle a Harm la primera evidencia de que su padre se encontraba aún con vida en 1980. Con los Rusos bloqueando cualquier acceso a Siberia a través de tierra o de aire, con la ayuda de Alexi, un operario del mercado negro, consiguen robar un caza para lograr llegar a Siberia. Nada más aterrizar Falcon y Parlovsky abandonan a su suerte a Mac y Harm mientras que oficiales del ejército del aire ruso les esperan para matarles paro Mac y Harm logran hacer despegar al avión antes de que les alcancen los misiles.

Harm y Mac se encuentran investigando las pistas que han obtenido acerca del paradero del padre de Harm. Pero sus propósitos son algo arriesgados ya que tienen que estar huyendo de los agentes de la KGB. Por su parte, los rusos informan de que ambos marines americanos han muerto en un accidente de avión. Sin embargo, el Almirante Chegwidden no se cree esta versión y se traslada a Rusia para buscarlos.

Durante una fiesta en la Embajada de Sudán, Harm y Mac llevan a cabo una investigación sobre un secuestro. Mientras tanto, Bud sospecha que Harriet está sufriendo algo más que síntomas de gripe.

Millones de espectadores se convierten en testigos del asesinato de un terrorista a manos de un marine americano puesto que la detención del sujeto estaba siendo retransmitida en televisión. Harm es el encargado de defender a este agresor y en el juicio tendrá que enfrentarse a Mac una vez más.

Tres miembros de Naciones Unidas son secuestrados en Kosovo. Los terroristas dan un plazo de 24 horas para que cedan a sus peticiones. Un equipo SEAL es enviado a la zona para rescatarlos pero la pesada niebla retrasa su viaje una media hora. Cuando encuentran a los rehenes ya están muertos y el equipo se responsabiliza de su muerte. Los encargados de defender al equipo son Bud y Mac que tendrán que demostrar que hicieron todo lo posible por rescatar a los miembros de Naciones Unidas con vida. Mientras, el Almirante Chegwidden pasa sus vacaciones como asesor técnico de una película sobre la Armada.

Harm está oyendo la voz de su difunto padre, lo que le hace pensar que está perdiendo la mente. Asustado, decide recurrir a la ayuda de la psicóloga de la marina que ya ha tratado a un marinero con síntomas similares. La experta determina que Harm no tiene nada inusual, que es un problema que puede ocurrir cuando pierdes a un ser querido en circunstancias estresantes.

Harm vuelve a decirle al Almirante Chegwidden que ha decido que es hora de volar de nuevo. Chewidden habla de esta decisión a Jordan y a Mac para ver la reacción de ambos, pero no logra nada claro. Poco después Harm va a ver a Mac, pero ella lo despide con una excusa débil. Ya en el apartamento, Chloe le dice a Mac que no se preocupe, que ella sabe que Harm está enamorado de ella. Por otro lado, Harriet da a luz a su bebé.

Inesperadamente, Buxton es más astuto de lo que parecía, y sus abogados consiguen que Harm testifique contra él. El juicio se convierte en un polémico y duro enfrentamiento entre la Marina de EEUU y el Gobierno ruso, que intentan por todos los medios que sus agendas se lleven a cabo.

El Almirante Chegwidden celebra que a Harm le hayan asignado un caso delicado, la defensa del hijo de un Secretario de la Marina. Nelson está acusado de desobediencia en el mar, por lo que su caso tendrá que ser seguido por un Tribunal marcial.

Harm y Mac tienen que viajar a Panamá para investigar a la esposa de un oficial de la marina, Olivia Dunston, sospechosa de contrabando de drogas en los EEUU. Cuando le presentan las pruebas a la sospechosa, ella lo niega todo, pero esto no evita que Mac piense que es culpable de los cargos.

Una investigación amenazará el ascenso del comandante Harm y su carrera entera en el Jag de manera que un renombrado abogado se ofrece a representarle y éste acepta.

El día de Nochebuena, Harm realiza su visita anual al monumento en honor a las víctimas de Vietnam, donde su padre fue asesinado la víspera de navidad de 1969. Allí conoce a una misteriosa mujer que dice haber conocido a su padre poco antes del fatal vuelo.

Harm y Mac deben investigar un caso en el que los americanos son acusados de haber disparado y asesinado a civiles durante la Guerra de Corea. Para ello, deberán viajar en avión hasta el lugar de los hechos junto a uno de los soldados veteranos demandados. El viaje se complica cuando unos terroristas coreanos se hacen con el control de la aeronave y se toman la justicia por su mano.

El hermano de Bud es acusado de cometer un error durante un ejercicio de entrenamiento que estuvo a punto de acabar con la vida de 15 marines. Probar su inocencia no va a ser nada fácil. Por otro lado, Mic Brumby vuelve a los Estados Unidos, Mac y el resto de sus compañeros se quedan atónitos cuando Mic anuncia que ha rechazado su puesto en la Armada Royal Australian Navy, para poder trastadarse a Estados Unidos y estar con la mujer que ama.

El capitán de una fragata de los EEUU rescata a una joven en aguas cubanas con lo que origina un enfrentamiento internacional, la investigación que deberán realizar Harm y Bud les llevará hasta Cuba donde se entrevistarán con Castro

Boone está a punto de convertirse en Comandante de la sexta flota. Sin embargo, un informante anónimo le acusa de haber matado a civiles durante la Guerra de Vietnam. Mac y Harm tan sólo tendrán cuatro días para investigar las acusaciones.

El consejo de guerra contra el Almirante Boone sigue su curso mientras Harm y Mac ven cómo se complica su futuro militar.

Harm deberá defender a un Marine que se enfrenta a una sentencia de vida. Entre tanto Mac ocupará temporalmente el puesto de Chegwiddden mientras este preside una convención.

Harm y Mac defenderán a un Capitán americano convertido en cabeza de turco tras la colisión entre una fragata americana y unos barcos de guerra griegos y turcos durante unos ejercicios navales

Mientras Mac está preparando un caso de amotinamiento y ejecución a bordo del USS Somer ocurrido en 1842 soñará sobre los sucesos abordo imaginando a sus compañeros en el papel de aquellos que estuvieron en el barco.

Dos pilotos chinos mueren después de que su avión de combate colisione con otro. La marina de EEUU queda acusada por parte del gobierno chino de este incidente. Los oficiales chinos creen que los aviones espías de los EEUU invadieron el espacio aéreo de China y causaron la muerte a los pilotos. Ante esta situación un avión norteamericano y su tripulación quedan secuestrados como rehenes por parte de agentes especiales chinos.

Harm se encarga de un nuevo caso, esta vez debe defender a un Seal de la marina. El hombre está acusado de desobedecer las órdenes de su superior y poner la vida de todo su equipo en peligro, para rescatar el cuerpo de otro Seal.

Un reportero gráfico será acusado por Harm de desobedecer las órdenes de los Seals, a los que acompañaba, causando el fallo de la operación. Harm y Marc deberán acudir a investigar la emboscada en esta operación de los Seals en Afganistán.

Harm y Mac acuden al lugar de un trágico accidente ocurrido en Afganistán que se ha cobrado varias vidas. Por otra parte, continuarán persiguiendo a los terroristas de AlQaeda que planean un atentado contra la Marina de los EEUU. Un terrorista de AlQaeda se encuentra trabajando junto con un oficial ruso. Ambos están planeando llevar a cabo un terrible ataque contra los EE.UU, que los miembros del JAG han descubierto e intentarán evitar.

Tras pisar una mina antipersona, Bud es trasladado en barco para ser intervenido. Mientras, Harm, Sturgis y Mac se encuentran a bordo de un portaaviones tras frustrar un atentado terrorista, durante el trayecto se enteran de la trágica situación de su compañero y amigo, y todos se sienten de alguna forma responsables de lo sucedido. Por su parte, el Almirante Chegwidden deberá afrontar una de las más difíciles misiones de su carrera, contar a Harriet el estado de Bud.