Harm y Mac se enfrentan en un juicio, en el que tienen que defender a dos acusados de asesinatos durante una misión terrorista. Harm profundiza en la vida personal del acusado, con lo que descubre que no se trata de un caso de asesinato, sino que la víctima rogó que la mataran con el objetivo de mantener el secreto se su padre.

Harm y Marc juegan a un juego mortal de escondite en los Montes Apalaches donde son perseguidos por unos cazadores furtivos que acaban de matar a un guardabosque. En su día libre, Harm lleva a Mac a volar en su antiguo aeroplano. Deben hacer un aterrizaje forzoso en una montaña despeja debido a problemas mecánicos. Mientras buscan ayuda y de manera inconciente sorprenden a un grupo de cazadores furtivos que acaba de asesinar a un guardabosque y que ahora está decidido a matar a Harm y a Marc. Con sus vidas en peligro, Harm y Marc deben utilizar todas las maniobras evasivas que han aprendido para escapar a los asesinos que intentan cazarlos.

Harm es encomendado a la defensa de una Alférez que declara haber matado a un oficial turco porque tuvo el presentimiento de que el oficial intentaba hacerla daño cuando este entró en su apartamento. Harm logra la absolución de su cliente pero, sin saberlo, ayudará a encubrir una operación del Departamento de Estado de la cual no tiene conocimiento.

Harm es secuestrado por Palmer, un renegado agente del gobierno con quien Harm se había cruzado hacía unos meses. Palmer le explica a Harm como va a matar al testigo principal del juicio que Mac y Harm están investigando, haciéndose pasar por Harm con la ayuda de una máscara. Cuando Harm no se presenta a tiempo para el juicio Mac se hace cargo de su puesto mientras que Bud y Harriett se encargan de buscarle. Palmer deja a Harm maniatado en su apartamento y se encamina hacia el cuartel general del JAG mientras tanto Bud logra encontrar a Harm y llegar a tiempo al trubunal para atrapar a Palmer.

Millones de espectadores se convierten en testigos del asesinato de un terrorista a manos de un marine americano puesto que la detención del sujeto estaba siendo retransmitida en televisión. Harm es el encargado de defender a este agresor y en el juicio tendrá que enfrentarse a Mac una vez más.

Mac es detenida junto a su ex comandante y mentor, el Coronel John Farrow. Ambos se enfrentan a una importante condena de varios años de prisión. Harm se ofrece voluntario para preparar la defensa de Mac, pero sus esfuerzos se ven frustrados por el trabajo del abogado defensor de Farrow, que presenta a un testigo estrella en el juicio.

Harm y Mac son asignados a la fiscalía en un caso en el que tres marines le pegaron una paliza al propietario de un bar del muelle. Pronto descubrirán que la paliza se la dieron como un acto de venganza por la violación de una compañera de barco. Mac consigue que la oficial López le cuente todo lo que esta recuerda de la violación ocurrida en una noche en la que ella y sus compañeros habían bebido bastante en el bar como una forma de iniciación e introducción dentro del equipo.

Tres miembros de Naciones Unidas son secuestrados en Kosovo. Los terroristas dan un plazo de 24 horas para que cedan a sus peticiones. Un equipo SEAL es enviado a la zona para rescatarlos pero la pesada niebla retrasa su viaje una media hora. Cuando encuentran a los rehenes ya están muertos y el equipo se responsabiliza de su muerte. Los encargados de defender al equipo son Bud y Mac que tendrán que demostrar que hicieron todo lo posible por rescatar a los miembros de Naciones Unidas con vida. Mientras, el Almirante Chegwidden pasa sus vacaciones como asesor técnico de una película sobre la Armada.

Harm vuelve a decirle al Almirante Chegwidden que ha decido que es hora de volar de nuevo. Chewidden habla de esta decisión a Jordan y a Mac para ver la reacción de ambos, pero no logra nada claro. Poco después Harm va a ver a Mac, pero ella lo despide con una excusa débil. Ya en el apartamento, Chloe le dice a Mac que no se preocupe, que ella sabe que Harm está enamorado de ella. Por otro lado, Harriet da a luz a su bebé.

Mientras patrullaban por el Mediterráneo, en la costa de Yugoslavia, el Teniente Buxton descubre un gran incendio que cree que pueden ser serbios atacando algunos refugios kosovares. Sin embargo, Buxton estaba en un error, el incendio era provocado por los rusos que se encontraban en misión de paz. Así que Buxton es acusado de imprudencia temeraria y Mac es la encargada del caso.

La teniente Mac recibe el encargo de representar a un compañero de la marina que quiere recurrir su sentencia de muerte por haber matado a tres Marines. Ella cree que su cliente merece la pena de muerte, pero debe defender lo contrario en el juicio. Brumby, que no está de acuerdo con la pena de muerte, debe luchar por ella.

Esta vez Harm y Mac tendrán que trabajar en un caso de demanda al ejército de una marine que afirma que cuando entró en el ejército su superior le mintió sobre cuáles serían sus tareas. Mientras tanto, el almirante Chegwidden lleva el caso de un antiguo amigo y colega, que ve en peligro su impecable carrera a causa de los efectos secundarios del viagra.

Harm reabre un caso de asesinato de hace 10 años, porque cree que el abogado que por aquel entonces llevó el caso, no investigó lo suficiente. Esta circunstancia provoca el enfado de la hija de la víctima, la Teniente Comandante Teresa Coulter, forense y amiga de Harm.

Harm tendrá que viajar a Rusia para ayudar a los rusos a mejorar sus métodos de enjuiciamiento militar. Allí se verá envuelto en una investigación de corrupción.

Bud lleva a juicio al doctor de Harriet al que acusa de haber cometido una negligencia en la muerte del hijo que estaban esperando. El caso amenaza con poner en peligro su carrera. Cuando Harriet se recupera, desvela un secreto acerca de su pasado. Mientras tanto, Webb le dice a Harm que su hermano ha desaparecido en territorio Checheno, tras verse obligado a hacer un aterrizaje de emergencia en una misión.

Harm deberá defender a un Sargento de la marina acusado de intento de asesinato. El acusado asegura que un "milagro" le llevó hacia un callejón donde encontró a su mujer gravemente herida.

El suicidio de un marinero, que estaba a bordo de un portaaviones, se convierte en la investigación de un asesinato. Bud trata de averiguar qué ocurrió exactamente.

Harm se hace cargo de un nuevo caso. Esta vez alguien está cometiendo varios asesinatos dentro de un centro de seguridad naval y entre las víctimas mortales se encuentra un buen amigo suyo. Sin embargo, Harm verá obstaculizada su labor como investigador por el servicio de inteligencia. A su vez, Reene le comunicará una noticia que dejará a Harm totalmente sorprendido. Mientras, Mac se centra en buscar a la pequeña que les ayudó a escapar del edificio del consulado en Indonesia.

Un piloto que ha abierto fuego sin consentimiento de un superior contra la base militar china. Su objetivo era volar el avión de la marina de los EEUU para que los espías chino no pudiesen quedarse con la nave. Harm deberá defender a este piloto.

Un reportero gráfico será acusado por Harm de desobedecer las órdenes de los Seals, a los que acompañaba, causando el fallo de la operación. Harm y Marc deberán acudir a investigar la emboscada en esta operación de los Seals en Afganistán.

Harm defiende a un sargento de la Marina acusado de matar a su esposa. El hombre afirma que fue en defensa propia y se niega a permitir que su hijo testifique en su favor en el juicio, decisión que dificulta al abogado demostrar su inocencia.

Harm se enfrenta a otro cambio inesperado en su vida cuando le despiden de la CIa por aparecer en las noticias sin que él lo supiera.