Seis semanas después de que Matt y los otros borrasen la mente de Sylar, los Heroes intentan seguir llevando una vida normal. Se nos presenta a una "familia" de feriantes con habilidades. Angela Petrelli y H.R.G. están trabajando para restablecer La Compañía mientras Claire hace nuevos "amigos" en el colegio. Tracy sigue cazando a todos los del Edificio 26, mientras Hiro y Ando comienzan un negocio de "Heroes de alquiler"

Peter encara circunstancias inesperadas por sus heróicos actos y conoce a un nuevo héroe poco dispuesto. Como Claire continúa ajustando su vida de estudiante, debe pensar cómo llevar que su habilidad haya sido revelada. Mientras tanto, Samuel mueve cielo y tierra para recuperar las memorias de su difunto hermano Joseph. En otro lugar, Matt lucha con sus demonios internos mientras Sylar resurge misteriosamente.

Debido a sus nuevos poderes, "Nathan" tiene visiones de un incidente de su pasado acerca de una chica y decide investigarlo. Hiro intenta salvar la vida de un compañero de trabajo y aprende una verdad sobre sí mismo. Tracy intenta volver a su vieja vida y trabajo.

Samuel se prepara para los nuevos miembros de su familia, mientra Lydia le advierte de las consecuencias. Claire descubre que su compañera de cuarto Gretchen puede tener un diario secreto. Mientras, Peter encuentra una inesperada forma de conectar con Emma, quien prefiere mantenerse a distancia. En otro lugar, un lado diferente de Sylar emerge e intenta recordar desesperadamente la clase de persona que era.

Con la ayuda de Samuel, Sylar comienza un camino para redescubrir su verdadera identidad. Hiro ayuda a Emma a aceptar y entender las grandes posibilidades que van unidas a su habilidad. Mientras tanto, Peter se apunta para ayudar a H.R.G. en la búsqueda de alguien que pueda salvar la vida de Hiro.

Cuando Hiro viaja tres años atrás, tiene una segunda oportunidad para salvar a Charlie de las manos de Sylar. De todos modos, la presencia de Samuel sirve para complicar la misión de Hiro todavía más. En otro lugar, el pasado de H.R.G. con su compañera en Primatech es revelado.

El viaje de Hiro tres años atrás en el tiempo le da la oportunidad de salvar a Charlie del destino que le aguardaba a manos de Sylar. Mientras tanto, el pasado del hombre de las gafas de pasta con su compañero de Primatech sale a la luz.

Un choque de trenes en Nueva York provoca numerosas víctimas y Peter se desplaza hasta el lugar para ayudar. El único problema es que, cada vez que cura a alguien, su energía disminuye. Por otro lado, a pesar del caos, Emma finalmente logra utilizar sus conocimientos para salvar la vida de una niña. Además, Gretchen tiene tanto miedo tras lo que pasó con Becky que Claire pide al hombre de las gafas de pasta que las ayude. Esto no alivia a Gretchen, que decide tomar el primer vuelo a casa y dejar la escuela. Claire pronto descubre que no es a ella ni a Gretchen a quien quiere matar Becky. Por otro lado, Samuel se despierta en casa de Lidia como Nathan. Asustado, Nathan se pone la ropa de Sylar y vuela a Nueva York, donde se desmaya en los brazos de Peter. Nathan tiene problemas y necesita ayuda.

Tras perder el control de sus poderes, Tracy se refugia en el apartamento del hombre de las gafas de pasta, donde Claire se la encuentra medio derretida. Cuando Claire trata de ayudarla, Tracy la congela. Afortunadamente, Claire logra regenerarse. Por otro lado, Peter acompaña a Nathan en su primer día de vuelta al trabajo, pero se encuentran con el Haitiano. En vez de lavar sus cerebros por orden de Angela, el Haitiano envía a Peter a un almacén que contiene la respuesta que los hermanos buscan: el cadáver embalsamado de Nathan. Los hermanos deciden ir a buscar a Matt, que está a punto de morir en un hospital de Texas. Peter le cura, sacando a la superficie a Sylar.

Peter y Nathan obligan a Angela a decirles la verdad sobre la muerte de Nathan. La chica confiesa que obligó a Matt a introducir la personalidad de Nathan en el cuerpo de Sylar. Sylar toma control del cuerpo de Nathan y está a punto de matarla, pero Nathan logra evitarlo. Por otro lado, Claire da a su familia una noticia bomba: está a punto de dejar la escuela. El hombre de las gafas de pasta trata de persuadirla para que reconsidere su decisión, pero ella no quiere oír hablar del tema. Gretchen llega a su casa y hacen las paces.

Noah descubre que la brújula ha desaparecido y que Claire tiene muchas posibilidades de habérsela llevado. Lauren se ofrece para utilizar la tecnología de la CIA con el objetivo de localizar el teléfono móvil y averiguar así hacia dónde se dirige la joven.

Samuel trata de captar a Emma para su causa regalándole los oídos y diciéndole lo especiales que le parecen sus poderes. Mientras tanto, en la feria de los hermanos Sullivan, Claire cada vez sospecha más de las auténticas intenciones del hombre. La animadora deberá vérselas no sólo con la mano derecha de Samuel, Eli, sino también con Eric Doyle. Por otro lado, Hiro regresa a Japón y habla en clave a Ando para tratar de convencerle de que rescaten a Mohinder del psiquiátrico de Florida en el que se vio obligado a internarlo para protegerlo de Samuel.

Claire asiste al funeral de Nathan mientras Peter trata de calmar su dolor a su manera: buscando venganza. Mientras tanto, Noah y Lauren interrogan a Edgar, al que han capturado, para obtener información sobre la situación exacta de la feria de Samuel. Por otro lado, Sylar regresa a la feria, donde tratará de introducirse en la mente del asesino con la ayuda de Lydia y descubrir así qué es lo que le atormenta.

El hombre de las gafas de pasta pide ayuda a Matt para cazar a Samuel. El hombre pretende utilizar a su amor perdido, Vanessa, para que les ayude a encontrarle. Samuel, sin embargo, tiene otros planes para la joven. Mientras tanto, Hiro y Ando se ponen en marcha para sacar al doctor Suresh del psiquiátrico. Además, Peter presenta a Emma a su madre, lo que le provoca visiones de un futuro desalentador.

Los médicos practican la cirugía a Hiro, en un intento desesperado de salvar su vida. Mientras está inconsciente, tiene una visión en la que se encuentra en un tribunal presidido por su padre Kaito y Adam Monroe. Hiro es hallado culpable de utilizar sus poderes de manera egoísta, delito penado con la muerte. Por otro lado, Sylar pide a Claire que le ayude a resolver sus problemas emocionales. La joven está furiosa, pero cuando Sylar amenaza con hacer daño a Gretchen, Claire decide colaborar. Mientras tanto, Samuel trata de reconquistar a Vanessa. Le compra un nuevo vestido y se la lleva a la casa de ensueño que ha construido para ellos en el valle. Tras besarla, Samuel le propone que se embarque con él en una nueva vida. Vanessa está halagada, pero su vida está en Los Ángeles.

Preocupado por su sueño sobre Emma, Peter convence a Angela para que le diga dónde encontrar a Sylar. Éste se encuentra con Matt y quiere que acabe con sus poderes para poder llevar una vida totalmente diferente. Matt cree que no podrá lograrlo, pero le promete intentarlo cuando Sylar amenaza la vida de su familia.

Tras el tiroteo de la feria, Eli se encuentra con Claire en la caravana de Samuel. Éste tiene un plan para poner a la joven de su parte: mostrarle los recuerdos del hombre de las gafas de pasta. Al parecer, su primera esposa estaba embarazada cuando fue asesinada por un 'especial'. El hombre, como venganza, cazó a otro personaje con poderes y lo mató. La Compañía, entonces, lo reclutó y le obligó a casarse con Sandra.

La serie se despide de sus seguidores con un episodio en el que Eli aparece en casa de Matt tratando de prevenir a Peter y Sylar de encontrar a Samuel. Éstos no le hacen caso y siguen con su búsqueda. Mientras tanto, el oxígeno se acaba en la caravana de Samuel.