Mientras le persiguen unos desconocidos, la búsqueda de la espada por parte de Hiro da un giro cuando su padre aparece. Un rehabilitado Isaac se dedica a parar la destrucción de Nueva York... y a parar a Peter también. Claude, un hombre invisible con un misterioso pasado, puede tener mucho que enseñar a un futuro héroe. D.L. se las ve con sus nuevas responsabilidades familiares mientras Matt se sincera con su mujer Janice. H.R.G. se centra en su asesino cautivo, Sylar. Después de buscar al Haitiano, Claire se embarca secretamente en la búsqueda de sus verdaderos padres biológicos. Mientras Mohinder trabaja buscando a la gente de "la lista", recibe una inesperada visita.

Hiro lucha por hacer entender a su padre, un magnate importante, y a su ambiciosa hermana su nuevo destino heroico. Niki tiene una nueva oportunidad de estar con D.L. y Micah de nuevo, ¿pero se quedará con ellos? Claude intenta enseñar a Peter a aprovechar sus poderes, pero el proceso podría echar por tierra la confianza de Peter en sus personas más allegadas. Convencida de querer encontrar a su madre biológica, Claire llega a un camping de caravanas en Texas. Mientras tanto, Sylar da un giro inesperado contra H.R.G. y su familia.

Matt Parkman y Ted Sprague vuelan a Texas para su búsqueda de respuestas y toman como rehenes al hombre de las gafas de pasta y a su familia. Se revelan nuevos datos sobre el Sr. Bennet, sobre la agencia para la que trabaja y sobre cómo encontró a Claire.

Cuando está todo preparado para convertirse en un miembro del Congreso, Nathan considera el coste que traerá a sus seres queridos, con el consejo de su madre y la profecía de Linderman. Mientras se prepara para enfrentarse a muerte con Sylar, Hiro recibe novedades de su linaje por parte de su padre. Varios "héroes" llegan a Nueva York, mientras que Peter y Ted intentan abandonarla antes de la ya inevitable explosión. H.R.G. y Matt descubren la sorprendente verdad que hay detrás del sistema de seguimiento usado con personas con habilidades especiales.

Con las horribles predicciones de Isaac cumpliéndose delante de ellos, la gente con habilidades extraordinarias se enfrenta a momentos de verdadero dolor y peligro en la Kirby Plaza con inquebrantable heroísmo, mientras el primer volumen de Héroes llega a su fin... y el siguiente comienza de forma sorprendente.

Cuatro meses después de los acontecimientos del enfrentamiento entre Sylar y Peter, surgen nuevos héroes. Entre ellos figuran hermano y hermana, Alejandro y Maya. Hiro sigue en el pasado, pero que deparara todo esto? Alguien muere y alguien no está muerto. Claire y su padre y el resto de su familia tienen una nueva vida.

El señor Bennet se prepara para trasladar a su familia cuando piensa que la empresa les ha encontrado, pero a Claire no le gusta la idea. Hiro vuelve al presente y al descubrir la muerte de su padre, viaja atrás en el tiempo para detenerlo. Mientras tanto, Matt perfecciona sus nuevas habilidades mentales.

Después de un vistazo al futuro, se desvela quién disparó a Nathan. Matt lo persigue y acaba en un desierto. Hiro recibe un importante mensaje de su padre. Sylar visita a Claire. Maya le da una idea a Mohinder para su investigación. Nathan se recupera y recibe una visita de Linderman

El eclipse continua impactando en las habilidades de los héroes mientras Elle y Sylar se enfrentan a un vengativo H.R.G. mientras Claire lucha por sobrevivir. En Haiti, Peter y Nathan unen sus fuerzas con el Haitiano para luchar contra el hermano de éste, Baron Samedi, y Nathan llega a tomar una decisión muy chocante. Mientras, Ando, Sam y Frack trabajan duramente para que Hiro recupere su memoría con la ayuda de los cómics de "9th Wonders" en una tienda de cómics local.

Con la esperanza de encontrar una manera de detener a Arthur, Hiro y Claire se alían juntos y viajan 16 años al pasado, cuando Kaito da a Claire a H.R.G. A su vez, Peter y el Haitiano se unen para acabar con Arthur de una vez por todas pero son interrumpidos por Sylar. Mientras, en el laboratorio, Suresh da un gran paso con la fórmula que cambiará todo.

Tras lo sucedido con Arthur Petrelli, los hermanos Petrelli de repente se encuentran luchando contra ellos mismos y Nathan lleva a cabo un movimiento que tendrá repercusioes globales. Mientras, Sylar mantiene como rehenes a Claire, H.R.G., Meredith y Angela en Primatech y tendrá lugar un enfrentamiento. Por otra parte, Ando, Matt y Daphne continuan con su intento de rescatar a Hiro. El Doctor Suresh quizás sea su única esperanza.

Los médicos practican la cirugía a Hiro, en un intento desesperado de salvar su vida. Mientras está inconsciente, tiene una visión en la que se encuentra en un tribunal presidido por su padre Kaito y Adam Monroe. Hiro es hallado culpable de utilizar sus poderes de manera egoísta, delito penado con la muerte. Por otro lado, Sylar pide a Claire que le ayude a resolver sus problemas emocionales. La joven está furiosa, pero cuando Sylar amenaza con hacer daño a Gretchen, Claire decide colaborar. Mientras tanto, Samuel trata de reconquistar a Vanessa. Le compra un nuevo vestido y se la lleva a la casa de ensueño que ha construido para ellos en el valle. Tras besarla, Samuel le propone que se embarque con él en una nueva vida. Vanessa está halagada, pero su vida está en Los Ángeles.