Will Schuester, profesor de Español y antigua estrella del coro Club Glee, se hace cargo del actual coro, el Club Glee, de la escuela McKinley con la esperanza de devolverle su antigua gloria. Los integrantes del coro son un grupo de inadaptados a los que Will deberá convertir en un equipo de cantantes. El grupo está originalmente constituido por: Rachel Berry, desesperada por la fama; Mercedes Jones, una chica negra con sobrepeso y aires de diva; Kurt Hummel, que pone en evidencia tanto su talento como una meticulosidad y un afán por la moda que provocan que finalmente revele su homosexualidad posteriormente; Artie Abrams, toca la guitarra eléctrica y va en silla de ruedas; Tina Cohen-Chang, una muchacha china-americana, gótica y tartamuda. Will descubre que Finn Hudson, quarteback del equipo de futbol americano, tiene un talento secreto para cantar y le chantajea para que se una al club. Mientras tanto, Terri, la esposa de Will, le obliga a buscar un trabajo mejor remunerado en pos de su futura vida familiar. Él considera dejar su trabajo y el compromiso con el coro Club Glee, pero, aconsejado por otra profesora, Emma Pillsbury (secretamente enamorada de Will), retoma la dirección del coro, con la esperanza de ganar la liga Nacional.

Sue presiona a Will para que abandone el coro y le recuerda que el reglamento exige un mínimo de 12 componentes para participar en el campeonato regional. Para atraer a nuevos talentos, preparan una actuación en el instituto, pero la canción elegida crea discrepancias.

Will decide formar un grupo masculino de baile y música a capela, dejando un poco de lado el coro. Sus alumnos suplen su ausencia contratando al severo coreógrafo profesional Dakota Stanley, que será muy duro con ellos. Mercedes empieza a sentir algo especial por Kurt.

Kurt decide inscribirse en el equipo de fútbol americano del instituto para tapar las sospechas de su padre sobre su sexualidad. Quinn le dice a Finn que está embarazada y que el hijo es de él. Sue se alía con Sandy, el ex director del coro, para conspirar contra Will.

Tras la baja de Rachel del coro, Will no sabe cómo suplir a la cantante principal. Cuando descubre que cualquier alumno que no se haya graduado puede formar parte del club, recurre a April Rhodes, una ex compañera suya de gran talento que jamás acabó los estudios.

Los miembros del coro empiezan a estar demasiado seguros de sí mismos y dejan de esforzarse en sus actuaciones. Para motivarlos, Will decide fomentar la competitividad proponiendo un concurso de chicas contra chicos en el que cada equipo deberá remezclar dos canciones.

Sue trata de provocar la discordia entre los miembros del Glee Club, pero el verdadero enfrentamiento comienza cuando ella y Will deben ir a la oficina del director.

Motivado por los estudiantes, Will compone una mezcla para una ocasión muy especial. Entretanto, en una sorprendente inversión de papeles, Sue muestra su lado suave.

Puede que Artie no pueda viajar con el grupo a la competición, así que Will reta a los chicos a experimentar la vida desde un punto de vista diferente.

Will divide el Glee Club en parejas para cantar baladas. Pero cuando alguien se pone enfermo, Will se ve obligado a intervenir y termina en una complicada situación.

La instructora Eve y su coro son invitados por el Glee Club. Los chicos, admirados por la puesta en escena, tratan de imitar a la competencia. Kurt propone a Rachel un cambio de look.

Llega el momento de las fotografías del anuario escolar y los miembros del club Glee tienen miedo a ser víctimas de las burlas del resto de la escuela. Rachel intenta motivarlos haciéndoles participar en un anuncio de colchones, lo que trae sus consecuencias negativas para el club y para su director. Will descubre que Terry no está embarazada y se separa de ella.

El club Glee debe enfrentarse a la competición eliminatoria con la ausencia de Will y con la trampa tendida por Sue, que ha revelado a sus competidores la lista de temas que interpretarán por lo que en el último momento deben cambiar el repertorio. Finn se entera de la mentira del embarazo, lo que desestabiliza al club. Will se da cuenta de sus sentimientos por Emma y antes de que se vaya decide confesarle sus sentimientos.

La victoria en las Eliminatorias ha hecho que el club Glee se sienta más relajado, pero el director Figgins no va a seguir financiando el coro si no ganan los Regionales. Sue va a impedirlo por todos los medios, y para ello se entrometerá entre Finn y Rachel.

Mr Schuester ha escuchado a las chicas quejarse de cómo las tratan sus compañeros. Además, animado por una actuación de las animadoras, decide retar al Glee Club a que interpreten un tema de Madonna.

Cuando Kurt hace que su padre y la madre de Finn empiecen a salir, no cuenta con que las cosas no salgan como esperaba. Sue obliga a Mercedes a perder peso, mientras April Rhodes regresa para ayudar a Will y al Glee Club.

Will comienza una investigación en el Glee Club a raíz de la aparición de una lista salaz. Por otro lado, Sue recibe de su propia medicina cuando es humillada con un vídeo suyo imitando a Olivia Newton-John.

Cuando un problema en la gargante impide a Rachel cantar en condiciones, se pone de manifiesto el poco esfuerzo que ponen el resto de miembros del Glee Club en los ensayos. Por eso, Will les hará enfrentarse, individualmente, a sus compañeros cantando una canción que refleje el momento que están viviendo.

En un episodio dirigido por Joss Whedon, ganador del premio Emmy, el antiguo rival del señor Schuester en el instituto, Bryan Ryan, causa problemas al Glee Club.

El señor Schuester anima a los chicos del Glee Club a expresarse a través de la música de Lady Gaga. Mientras tanto, Tina explora su lado gótico.

Después de que Vocal Adrenaline les asuste con un nuevo número musical, los miembro del Glee Club están convencidos de que no tienen nada que hacer contra ellos. Además, Will comenzará una venganza contra Sue que no terminará bien.

Ha llegado el momento que Nuevas Iniciativas estaba esperando: ¡el concurso estatal! Pero tras el juego sucio de Sue, sus posibilidades de ganar podrían peligrar.