Will Schuester, profesor de Español y antigua estrella del coro Club Glee, se hace cargo del actual coro, el Club Glee, de la escuela McKinley con la esperanza de devolverle su antigua gloria. Los integrantes del coro son un grupo de inadaptados a los que Will deberá convertir en un equipo de cantantes. El grupo está originalmente constituido por: Rachel Berry, desesperada por la fama; Mercedes Jones, una chica negra con sobrepeso y aires de diva; Kurt Hummel, que pone en evidencia tanto su talento como una meticulosidad y un afán por la moda que provocan que finalmente revele su homosexualidad posteriormente; Artie Abrams, toca la guitarra eléctrica y va en silla de ruedas; Tina Cohen-Chang, una muchacha china-americana, gótica y tartamuda. Will descubre que Finn Hudson, quarteback del equipo de futbol americano, tiene un talento secreto para cantar y le chantajea para que se una al club. Mientras tanto, Terri, la esposa de Will, le obliga a buscar un trabajo mejor remunerado en pos de su futura vida familiar. Él considera dejar su trabajo y el compromiso con el coro Club Glee, pero, aconsejado por otra profesora, Emma Pillsbury (secretamente enamorada de Will), retoma la dirección del coro, con la esperanza de ganar la liga Nacional.

Sue presiona a Will para que abandone el coro y le recuerda que el reglamento exige un mínimo de 12 componentes para participar en el campeonato regional. Para atraer a nuevos talentos, preparan una actuación en el instituto, pero la canción elegida crea discrepancias.

Will decide formar un grupo masculino de baile y música a capela, dejando un poco de lado el coro. Sus alumnos suplen su ausencia contratando al severo coreógrafo profesional Dakota Stanley, que será muy duro con ellos. Mercedes empieza a sentir algo especial por Kurt.

Kurt decide inscribirse en el equipo de fútbol americano del instituto para tapar las sospechas de su padre sobre su sexualidad. Quinn le dice a Finn que está embarazada y que el hijo es de él. Sue se alía con Sandy, el ex director del coro, para conspirar contra Will.

Tras la baja de Rachel del coro, Will no sabe cómo suplir a la cantante principal. Cuando descubre que cualquier alumno que no se haya graduado puede formar parte del club, recurre a April Rhodes, una ex compañera suya de gran talento que jamás acabó los estudios.

Los miembros del coro empiezan a estar demasiado seguros de sí mismos y dejan de esforzarse en sus actuaciones. Para motivarlos, Will decide fomentar la competitividad proponiendo un concurso de chicas contra chicos en el que cada equipo deberá remezclar dos canciones.

Sue trata de provocar la discordia entre los miembros del Glee Club, pero el verdadero enfrentamiento comienza cuando ella y Will deben ir a la oficina del director.

Motivado por los estudiantes, Will compone una mezcla para una ocasión muy especial. Entretanto, en una sorprendente inversión de papeles, Sue muestra su lado suave.

Puede que Artie no pueda viajar con el grupo a la competición, así que Will reta a los chicos a experimentar la vida desde un punto de vista diferente.

Will divide el Glee Club en parejas para cantar baladas. Pero cuando alguien se pone enfermo, Will se ve obligado a intervenir y termina en una complicada situación.

La instructora Eve y su coro son invitados por el Glee Club. Los chicos, admirados por la puesta en escena, tratan de imitar a la competencia. Kurt propone a Rachel un cambio de look.

Llega el momento de las fotografías del anuario escolar y los miembros del club Glee tienen miedo a ser víctimas de las burlas del resto de la escuela. Rachel intenta motivarlos haciéndoles participar en un anuncio de colchones, lo que trae sus consecuencias negativas para el club y para su director. Will descubre que Terry no está embarazada y se separa de ella.

El club Glee debe enfrentarse a la competición eliminatoria con la ausencia de Will y con la trampa tendida por Sue, que ha revelado a sus competidores la lista de temas que interpretarán por lo que en el último momento deben cambiar el repertorio. Finn se entera de la mentira del embarazo, lo que desestabiliza al club. Will se da cuenta de sus sentimientos por Emma y antes de que se vaya decide confesarle sus sentimientos.

La victoria en las Eliminatorias ha hecho que el club Glee se sienta más relajado, pero el director Figgins no va a seguir financiando el coro si no ganan los Regionales. Sue va a impedirlo por todos los medios, y para ello se entrometerá entre Finn y Rachel.

Mr Schuester ha escuchado a las chicas quejarse de cómo las tratan sus compañeros. Además, animado por una actuación de las animadoras, decide retar al Glee Club a que interpreten un tema de Madonna.

Cuando Kurt hace que su padre y la madre de Finn empiecen a salir, no cuenta con que las cosas no salgan como esperaba. Sue obliga a Mercedes a perder peso, mientras April Rhodes regresa para ayudar a Will y al Glee Club.

Will comienza una investigación en el Glee Club a raíz de la aparición de una lista salaz. Por otro lado, Sue recibe de su propia medicina cuando es humillada con un vídeo suyo imitando a Olivia Newton-John.

Cuando un problema en la gargante impide a Rachel cantar en condiciones, se pone de manifiesto el poco esfuerzo que ponen el resto de miembros del Glee Club en los ensayos. Por eso, Will les hará enfrentarse, individualmente, a sus compañeros cantando una canción que refleje el momento que están viviendo.

En un episodio dirigido por Joss Whedon, ganador del premio Emmy, el antiguo rival del señor Schuester en el instituto, Bryan Ryan, causa problemas al Glee Club.

El señor Schuester anima a los chicos del Glee Club a expresarse a través de la música de Lady Gaga. Mientras tanto, Tina explora su lado gótico.

Después de que Vocal Adrenaline les asuste con un nuevo número musical, los miembro del Glee Club están convencidos de que no tienen nada que hacer contra ellos. Además, Will comenzará una venganza contra Sue que no terminará bien.

Ha llegado el momento que Nuevas Iniciativas estaba esperando: ¡el concurso estatal! Pero tras el juego sucio de Sue, sus posibilidades de ganar podrían peligrar.

Cuando Will y Sue son bombardeados por los recortes presupuestarios, Finn y Rachel tratan de encontrar nuevos reclutas para New Directions, mientras tanto al equipo de fútbol se agrega la nueva entrenadora de fútbol americano Shannon Beiste, que temporalmente deja a Finn fuera del equipo por Sam, Quinn sustituye a Santana como jefa de las Cheerios, Tina y Mike empiezan a salir, Charice es la estudiante de intercambio de Filipinas.

Cuando New Directions quiere llevar a cabo canciones de Britney Spears en la Fiesta de la Asamblea, Will se resiste a aceptar. Al mismo tiempo, Brittany, Santana, Rachel, y Artie van a la consulta del dentista y nuevo novio de Emma, Carl, para tener sus dientes limpios, la experiencia de Britney Spears les hace fantasías mientras están bajo anestesia. Artie se une al equipo de fútbol.

Al ver el rostro de Jesús en su sándwich de queso a la parrilla, Finn tiene una crisis existencial, debido a esto, los chicos hablan de religión y la importancia para ellos. Kurt también se enfrenta a una crisis cuando su padre Burt tiene un ataque al corazón y queda en estado de coma. Sue tiene sus propias creencias y habla con su hermana Jean acerca de Dios también.

Will Schuester propone un desafío de duetos en el que los ganadores ganarán una comida gratis. Esto causa algunos problemas sentimentales entre los miembros del club.

Después de que Will se entera del nuevo amor de Emma por The Rocky Horror Picture Show, impulsivamente decide que el club Glee interprete la música, sin embargo, hay un problema tras otro, incluyendo a Sue quien va encubierta para exponer al club ante los límites en la televisión.

Will Schuester presenta la segunda competición anual de chicos contra chicas. Entretanto, Puck finalmente sale del centro de detención de menores.

Will se enferma y es reemplazado por la profesora suplente Holly Holliday (estrella invitada Gwyneth Paltrow). Mientras tanto, Sue se hace cargo como directora cuando Figgins también se enferma, y dobla su poder en la secundaria.

La caza nazis y madre de Sue, Doris Sylvester (Carol Burnett) hace una visita debido a la boda de Sue con ella misma, Finn y Kurt se preparan para el matrimonio de sus padres, y la administración tiene una postura en contra de Karofsky, quien conduce a Kurt dejar la secundaria McKinley.

New Directions, los Warblers y los rebeldes se enfrentan en las locales, resultando un empate entre New Directions y los Warblers. El romance entre Carl y Emma se desarrolla, llevándolos al matrimonio, dejando en consternación a Will.

El personal educativo hace el típico intercambio de regalos de Santa, pero Sue altera el resultado a su favor. Mientras tanto, Finn decide aclarar su mente con las vacaciones de invierno que se avecinan. Artie descubre que Brittany todavía mantiene la creencia en Santa Claus.

Está planeada una gran actuación en el descanso del partido de fútbol americano en el instituto McKinley. Los animadores de Sue tienen problemas en el estatal.

Will Schuester asigna al club Glee realizar canciones de amor en honor del Día de San Valentín. El club también establece una cabina de besos para la ocasión. Mientras tanto, Blaine (Darren Criss) y la Academia Dalton realizan «When I Get You Alone» en una tienda de ropa Gap.

Rachel intenta volver al nivel social alto de la secundaria McKinley, con la ayuda de Brittany. Sam forma una banda tributo con los chicos del club (a excepción de Finn), interpretando dos canciones de Justin Bieber.

El señor Schuester hace que el club cante una canción sobre el consumo de alcohol entre menores, pero el mensaje podría perder impacto cuando llegan a clase con resaca.

Cuando el espíritu libre y profesora sustituta Holly Holliday llega para ser la profesora de educación sexual, se une con el señor Schuester para enseñar a los niños de New Directions los hechos de la vida. Mientras tanto, Emma dirige el Club de celibato, y ella y el Dr. Carl resuelven algunos problemas en su vida personal.

Comienza con los Warblers practicando para las regionales, y deciden que Kurt y Blaine serán los que canten, luego su mascota Pavarotti muere. Quinn planea un plan para recuperar a Finn, se planean canciones originales para las regionales, Algunos cantan canciones de mal gusto en una práctica de originales. Blaine y Kurt hablan acerca de la competencia y Blaine confiesa que le gusta, terminan besándose. Las regionales comienzan y Aural Intensity comienza con una canción cristiana (por el jurado), los Warblers presentan sus canciones a capella, New Directions presenta sus dos canciones originales, el jurado luego de una discusión sobre religión, homosexualidad, etc., deciden darle la victoria a New Directions, lo que enfurece a Sue y golpea a la mujer que da los resultados. Kurt y Blaine entierran a Pavarotti y luego se van de la mano. Termina con Will enviando saludos al club por parte de Holly, y Will le entrega un reconocimiento a Rachel

El señor Schuester quiere conseguir dinero para enviar a los chicos al nacional. Sandy forma el Club del Saboteador con la mirada puesta en el Glee Club.

Finn le rompe la nariz a Rachel de forma accidental durante un ensayo de baile. La campaña para convertirse en reina del baile se caldea entre las chicas.

El director Figgins le pide a los miembros del club Glee que canten en la fiesta de graduación del colegio McKinley [pese a las objeciones de la coordinadora del baile (Sue)]. Mientras tanto, en el concurso para elegir al rey y a la reina del baile se calientan los ánimos.

Piden al grupo Nuevas Iniciativas que actúe en el baile tras la cancelación de Air Supply. Los estudiantes intentan conseguir pareja para el baile de graduación.

Nuevas Iniciativas sigue su lista de estrategias establecidas para las nacionales con un poco de ayuda de Jessie St. James (estrella invitada Jonathan Groff). Mientras tanto, la muerte de Jean Sylvester (Robin Trocki) da un giro en las vidas de los estudiantes del colegio McKinley, especialmente a la de su hermana Sue Sylvester.

Nuevas Iniciativas va a Nueva York para participar en el concurso nacional de coros, donde se enfrentan de nuevo a Vocal Adrenaline y al resto de coros ganadores del país.

Will intenta organizar una sorpresa especial para Emma y recluta al Glee Club para que la chica caiga rendida a sus pies.

A medida que el año 2012 se acerca a su fin, Sam y Brittany viven la vida al máximo antes del apocalipsis maya. Entretanto, Kurt tiene una Navidad que nunca olvidará.

Nuevas Iniciativas vuelve al año 2009 y los miembros originales revelan por qué se inscribieron en el Glee Club.

En este emocionante broche final de la serie, el instituto McKinley se despide y los antiguos y actuales miembros del Glee Club dicen adiós para siempre.

Los miembros del coro empiezan a estar demasiado seguros de sí mismos y dejan de esforzarse en sus actuaciones. Para motivarlos, Will decide fomentar la competitividad proponiendo un concurso de chicas contra chicos en el que cada equipo deberá remezclar dos canciones.

Cuando el espíritu libre y profesora sustituta Holly Holliday llega para ser la profesora de educación sexual, se une con el señor Schuester para enseñar a los niños de New Directions los hechos de la vida. Mientras tanto, Emma dirige el Club de celibato, y ella y el Dr. Carl resuelven algunos problemas en su vida personal.

Will se enferma y es reemplazado por la profesora suplente Holly Holliday (estrella invitada Gwyneth Paltrow). Mientras tanto, Sue se hace cargo como directora cuando Figgins también se enferma, y dobla su poder en la secundaria.