Tras lo ocurrido con Tuco y la paliza a uno de sus hombres que materializó delante de sus ojos Walt empieza a echar cuentas del dinero que puede necesitar su familia para salir adelante cuando él falte y llega a la conclusión de que ganando 70 mil dólares semanales por la venta de drogas sólo necesita 11 ventas más. Pero las cosas se tuercen cuando a punto de salir del desguace donde habían realizado en intercambio Tuco regresa con el hombre herido sufriendo convulsiones. El tipo acaba muriendo y Walt y Jesse intentarán poner fin por todos los medios a su acuerdo con Tuco dado el peligro que conlleva seguir tratando con él. Skyler lleva días sin cogerle el teléfono a Marie y Hank se da cuenta de que algo le pasa con su hermana. Acude a ver a Skyler para pedirle que llame a su hermana pero Skyler acaba por contarle que Marie roba aunque eso Hank ya lo sabía. Le explica que Marie acude a un psicólogo para superar su cleptomanía. Skyler no está por la labor de ayudar a su hermana porque piensa que en ese momento es ella quien tiene serios problemas.

Los hombres de Hank hacen una visita al garito de Tuco Salamanca tras encontrar a su secuaz y su cuñado muertos en el desguace de coches y han realizado una redada en el garito que Tuco paga a su novia, una joven enganchada al cristal, pero a pesar de haber atrapado a algunos de sus hombres no pudieron capturar a Tuco. Tuco es ahora la prioridad del equipo de la DEA, tras cargarse en el 98 a un hombre, en el 2003 haber acuchillado a un mexicano y ser sospechoso de la desaparición de Loco 8. Ahora, la DEA tiene pruebas contra él ya que en uno de los cadáveres encontraron una huella que le incrimina. Hank abandona a sus hombres para acudir con su esposa a ver a Skyler ya que la noche antes Walt había desaparecido de casa y no se sabe nada de él. Hank teme que Walt se haya suicidado aunque en realidad Walt y Jesse están retenidos por Tuco.

Tras lo ocurrido con Tuco y con Hank, Walt trata de cubrir sus huellas deshaciéndose del arma y haciéndose el desorientado apareciendo desnudo en un supermercado para no tener que dar explicaciones sobre donde ha estado al decir que no recuerda nada de los dos días que lleva desaparecido. Aunque su mujer se siente aliviada por su aparición, Marie ve lo ocurrido desde otro ángulo y encuentra rara la historia que llevó a su cuñado a estar desnudo en un supermercado. Mientras Hank se recupera de su tiroteo con Tuco y ya aliviado por la aparición de Walt trata de seguirle el rastro a Jesse tras encontrar su coche en manos de Tuco. Jesse acude a Badger para que le ayude a deshacerse de todo lo que les pueda relacionar con las drogas aunque la DEA sigue una pista que podría llegar directamente hasta ellos.

Jesse y Walt quedan discretamente en un supermercado de gasolinera para hablar ya que Walt desea dejar que se calmen las cosas antes de volver a la fabricación de la droga. Está decidido a esperar un tiempo tras el calvario que le ha hecho pasar a su familia y además en esos momentos si sale sólo más de veinte minutos su mujer comienza a preocuparse. El problema de Jesse es que Hank se ha llevado su dinero y Walt no puede darle más de 600 euros y ha de comenzar a luchar para reconstruir su vida.

Mientras Walt ha de pagar la extensa factura de su tratamiento e ingreso, su recién ascendido cuñado Hank sufre las consecuencias de su encuentro con Tuco y el primer indicio le ocurre en el ascensor del trabajo ya que empieza a marearse y a perder la compostura. Jesse recupera la caravana con el dinero que le ha dado Walt, además de un coche y alquila una casa a una joven que vive en la casa de al lado. Como no quieren tratar con otro Tuco y Jesse está muy perseguido por la DEA llega a la conclusión de que pueden manejar la producción y la distribución contratando a conocidos para distribuir su producto en las calles. Walt acepta porque tras pagar la primera fase del tratamiento y su costosa coartada se ha quedado sin dinero.

Gretchen, recién llegada de Santa Fe, llama a casa de Walt para saber como se encuentra por lo que Skyler la llama para agradecerle que paguen su tratamiento. Por suerte Gretchen no la saca del error aunque queda con ella para esa tarde pero cuando se encuentran todos juntos Gretchen sigue disimulando. Walt ha vuelto a dar clases y Carmen, la directora, habla con él para saber como se encuentra y por si necesita hablar con alguien. Tras recibir el consejo de Walt de que ha de mostrarse firme con los ladrones o en la calle se lo comerán vivo, Jesse acude a casa de la pareja que le había robado a uno de sus muchachos para conseguir su dinero pero allí solo encuentra a un crio con hambre viendo la tele. Cuando llegan trata de sacarles lo que robaron pero ya casi no tienen material aunque le ofrecen el dinero de un cajero que robaron.

Walt acude a casa de Jesse para hablar con él haciéndose pasar por su padre delante de la casera, pero Jesse está medio dormido y drogado lo que enfada mucho al profesor. Pero más se enfada cuando Jesse le da su mitad, unos 4.600 dólares, y le dice que el hombre que debía intimidar está muerto. En principio cree que Jesse lo ha matado pero al ver todas las balas descubre que no ha sido así lo cual lo deja algo aliviado. Corren rumores sobre la reciente actividad de Jesse cuando él y Walt tratan el tema de la expansión de sus negocios en nuevos territorios. Mientras Hank se esfuerza por encajar con sus nuevos compañeros de trabajo en El Paso y Skyler tiene una nueva oportunidad de trabajo que la reconecta con su ex colega. Jesse llega a conocer a su casera, Jane.

Brandon "Badger" Mayhew se encuentra en un banco cuando un joven con pinta poco sospechosa le pide drogas, pero el rápidamente se da cuenta de que huele a madero y pronto localiza un par de furgonetas de la policía camufladas. Le pide una demostración de que no es poli por lo que le pide que se identifique como tal si lo es, ya que según la constitución no puede mentir. Le dice que no pero finalmente resulta ser un policía de Albuquerque a pesar de todo. Mientras Jesse se ha acostado con Jane Margolis, que ya lleva 18 meses sin tomar drogas. Walt y Jesse buscar el asesoramiento legal de un abogado para Badger, Saul Goodman. La DEA cree que puede echar el lazo a Heisenberg. Marie llama a su hermana desesperada pero como esta se ha ido a trabajar quien le contesta es Walt. Acude a casa de sus cuñados porque Marie está desesperada con Hank que ha regresado a Albuquerque sin avisar y en un estado terrible a consecuencia del asesinato de su compañero y los numerosos heridos habidos en la explosión de la bomba trampa en Juárez.

Walt habla con su abogado y socio en el negocio de blanqueo de dinero, Saul Goodman, sobre la necesidad de fabricar más droga para conseguir más dinero por lo que Walt decide cocinar durante cuatro días seguidos y durante este tiempo decirle a Skyler que ha estado con su madre. Jesse se muestra reacio a interrumpir sus planes para el fin de semana porque quiere pasar más tiempo con Jane pero Walt lo convence asegurándole que el lote de metilamina está a punto de caducar.

Walt y Hank entrar en una acalorada discusión en una fiesta. Skyler se abre a su jefe. Jane esconde su relación con Jesse a su padre.

Circunstancias imprevistas hacen que Walt y Jesse pierdan algunos distribuidores, Saúl les sugiere unirse a otro socio comercial. En el trabajo, Skylar se enfrenta a Ted acerca de la información inquietante que había descubierto. Jane se entera de lo que Jesse hace para vivir, y termina en resultados desastrosos.

Walt explora las opciones para lavar el dinero. Walt y Jesse discuten por las ganancias de su ultimo acuerdo, Jane y Jesse discuten con el padre de Jane y Walt toma una decisión fatal.

Skylar se enfrenta a Walt por su secreto, Jesse se derrumba El padre de Jane, apenado, toma una decisión que resulta en una tragedia mayor.