Las secuelas de un golpe de estado entre los Cylons conducen a más violencia, Lee se encuentra enfrentándose a Roslin durante su primera reunión con el Quórum de los Doce como el nuevo representante de Caprica, y Cally descubre la horrible verdad sobre su esposo Galen Tyrol. Mientras tanto, Starbuck busca sin rumbo la Tierra con Anders y otros oficiales de Galactica.

Gaius Baltar causes intense unrest within the fleet when he begins to openly promote belief in the Cylon god. Colonel Tigh, Galen Tyrol, and Tory Foster argue over how far they should go to ensure their secret is not revealed.

Una alianza inestable entre la Flota Colonial y los rebeldes Cylon es puesta a prueba cuando los dos grupos unen esfuerzos para eliminar un "Resurrection Hub" Cylon. Mientras tanto, Athena pierde el control cuando Hera se siente extrañamente atraída por Natalie.

El secuestro de la Presidenta Roslin por parte del Híbrido Cylon desencadena una amarga lucha de poder dentro de la Flota Colonial.

Adama considera la sugerencia de Saul y Tyrol de que la Flota debería integrar la tecnología de salto de los Cylon, ya que triplicaría la distancia que podrían cubrir antes de quedarse sin combustible. Pero la condición de los Cylon es que se les permita unirse a la Flota, por seguridad contra Cavil, que todavía está allí fuera. En última instancia, la decisión depende de la Presidenta Roslin, pero Zarek convoca al Quórum y consigue que aprueben la propuesta de que ningún Cylon pueda subir a ninguna nave colonial a menos que sea permitido por el capitán del barco. Tyrol se entera de la Dra. Cottle de que Cally hizo realizar una prueba de paternidad del niño y los resultados indicaron que Tyrol no es el padre, por lo tanto, el niño es completamente humano. Roslin comienza a recuperarse de la desesperación en la que cayó poco después de que la Flota encontrara la Tierra.