En Brasil, se contrabandean diversas aves exóticas fuera del país. En Moose Lake, Minnesota, una caja con un polluelo macho de guacamayo de Spix cae de un camión y es encontrada por una niña llamada Linda Gunderson, quien lo llama Blu. Durante los próximos 15 años, Linda llega a ser dueña de una librería. Blu, altamente domesticado y no puede volar porque tiene miedo, es ridiculizado con frecuencia por los gansos de Canadá que pasan afuera de la librería de Linda.

En España, una ganadería propiedad de Moreno (Raúl Esparza) que entrena toros para las corridas de toros llamada Casa del Toro alberga a un becerro de toro llamado Ferdinand (Colin H. Murphy). Es ridiculizado por sus compañeros becerros Bones (Nile Diaz), Guapo (Jet Jurgensmeyer) y Valiente (Jack Gore) por ser poco confrontacional y por su tendencia a oler y proteger flores. Un entristecido Ferdinand huye de Casa del Toro después de que su padre Raf (Jeremy Sisto) no regresa de la corrida de toros para la que fue seleccionado y una flor que le gustaba fue aplastada por Valiente después de que su propio padre fue derrotado por Raf. Eventualmente, termina en una granja de floristería en Sevilla y es adoptado por el dueño Juan (Juanes), su perro Paco (Jerrod Carmichael) y su hija Nina (Julia Saldanha), con quienes comparte un vínculo, causando celos en Paco.

Blu, Perla y sus pequeños disfrutan de una vida cómoda, alegre y perfecta en la ciudad de Río de Janeiro, Brasil. Pero Perla tiene muy claro que sus hijos deben aprender a vivir como los pájaros libres y salvajes que son, y para ello está convencida de que lo mejor es trasladarse al Amazonas. Una vez allí, Blu tendrá que enfrentarse a sus nuevos vecinos y a la idea terrible de perder a Perla y a sus hijos porque decidan vivir en la naturaleza salvaje para siempre.