A medida que la flota de ataque de los Goa'uld se acerca a la Tierra, los cuatro miembros del equipo SG-1 son tomados prisioneros. Reciben ayuda de una fuente inesperada cuando Bra'tac, el mentor de Teal'c, revela que está a bordo. Apophis ha retrasado el ataque hasta que su hijo Klorel sea revivido, dándoles algo de tiempo para prepararse. SG-1 ha utilizado todo el C4 en una de las dos naves, pero deben encontrar una manera de deshacerse de la segunda. De regreso en el Comando Stargate, el Teniente Coronel Bert Samuels llega como oficial de enlace del Pentágono, pero también revela un nuevo arma que han desarrollado. El General Hammond está escéptico. Comienzan a transportar humanos a un sitio Alpha para asegurar la continuación de la humanidad.

Martouf lidera una delegación de Tok'ra con una noticia aplastante para Carter: su padre Jacob/Selmak ha sido capturado por Sokar y encarcelado en Netu, un nombre egipcio para el infierno, en una luna del planeta Delmal, donde los prisioneros son enviados a sufrir tortura eterna, y de donde nadie regresa; solo Jolinar ha logrado escapar. SG-1 lleva a cabo una operación de rescate con Martouf, siendo la máxima prioridad cualquier información que Selmak pueda ofrecer sobre el plan de Sokar para someter a los demás señores del sistema, una amenaza sin precedentes para todos los humanoides de la galaxia. Teal'c debe pilotar una nave Goa'uld y mantenerla en órbita, ya que el aterrizaje es imposible excepto mediante una pequeña cápsula, pero primero Martouf accede a la memoria de Jolinar, que está parcialmente bloqueada por algún trauma más allá de la tortura física. Solo cuando están abajo y bajo la custodia del señor de Netu, Bynarr, Sam se da cuenta de que él es la clave, de una manera "personal", pero no voluntariamente, como ella había pensado. Sokar se entera de su presencia a través de Bynarr y ordena que el equipo y la nave sean destruidos, pero esto también significa que debe haber una salida. El primer oficial de Bynarr, Na'onak, tiene, y es él mismo, una gran sorpresa.

Listo para ir de vacaciones, O'Neill es transportado por los Asgard. Thor le dice que la Tierra se enfrenta a un enemigo aún peor que los Goa'uld.

En una misión de rutina, el SG-1 se encuentra con una civilización desesperada por ser liberada de las garras de un Goa'uld. Mientras están en el planeta, Jonas se enferma y es suspendido de sus funciones. Su misteriosa enfermedad es diagnosticada como un tumor cerebral, pero le otorga la increíble habilidad de vislumbrar el futuro, ¡un futuro en el que O'Neill y el SG-1 están cayendo en una trampa!

The SGC is approached by an Al'kesh bomber which lets itself be taken down, so they can capture Ba'al, who offers to exchange the necessary information to find Merlin's weapon for human help to eliminate his clones, which want to kill him. They mistrust his story, as does NID Agent Malcolm Barrett, who, however, fails to take over the investigation. Since the captive might actually be a clone, several missions to different planets retrieve and capture all clones, but which is the real Ba'al, and what are his true intentions?