Dos pasos adelante y uno atrás. Michael consigue a Abruzzi de su lado y demuestra la confiabilidad de Sucre, pero luego pierde una pieza valiosa de su plan.

Michael obtiene más de las herramientas y personas que necesita, pero alguien muy importante ha tomado nota y ha empezado a preguntarse qué está tramando.

Después de quemarse el hombro, el tatuaje de Michael que mostraba el camino a través del pabellón psiquiátrico ahora está incompleto. Con otro recluso intimidado para delatar los planes de escape, Michael Scofield debe usar su ingenio para encontrar una nueva forma de salir de la prisión de Fox River.

Improvisando un nuevo plan, Michael busca a un conocido que podría tener la clave para su plan de escape. En la población general, los otros miembros del equipo de P.I. descubren que los guardias están subastando la celda de Michael al mejor postor. Lincoln y Sucre idean un plan para lograr que Michael regrese a la población general. Veronica informa a Lincoln que L.J será juzgado por el asesinato de su madre, y Lincoln desea ver a su hijo.

El equipo comienza a escapar del agujero en la celda de Scofield.

A medida que la fuga continúa, se pierden vidas y el Papa y Bellick hacen todo lo posible por capturar a los convictos.

Con hospitales y clínicas bajo vigilancia, Michael lleva a Lincoln a la casa de Nika para que sane su pierna herida. Luego regresa al lugar donde estacionó su Accord y descubre que el auto ha sido remolcado. Mientras tanto, el agente Mahone recupera la mochila de Michael con su pasaporte de un vagabundo que rompió la ventana trasera del auto de Michael para robar la mochila. Michael va al depósito de Brewster Towing para recuperar su auto. Mientras tanto, Sucre descubre que Maricruz se casará con Héctor en un par de días y se dirige a Nueva York en un auto robado. Sara es arrestada y su padre la visita, paga su fianza y le ordena que cuente una versión falsa sobre el incidente en Fox River, ya que él será el próximo Vicepresidente de los Estados Unidos. Más tarde, ella va a rehabilitación donde Kellerman finge ser un paciente adicto. C-Note programa una reunión con su esposa, pero su conversación es interceptada por el agente Mahone. Bellick y Geary se encuentran por casualidad y luego se unen para obtener la recompensa de $400,000 por capturar a Michael y Lincoln. Van a Fox River y Bellick interroga a Manche Sanchez, quien revela el plan de los fugitivos. Michael y Lincoln simulan un accidente automovilístico para escapar de Mahone, pero no se dan cuenta de que Bellick y Geary los siguen de cerca.

Mahone llega a Salt Lake City, tratando de localizar exactamente dónde están los fugitivos en Utah. Michael y Linc idean un plan con T-Bag y Tweener que les permitirá cavar en el lugar correcto. C-Note y Sucre se encuentran en la autopista y se dirigen hacia Tooele. Kellerman, en Washington, D.C., informa a Kim. El gobernador Tancredi llama a Sara con una advertencia.

El plan de Michael encuentra un obstáculo cuando la hija del dueño de la casa, que es policía, llega. Mahone discute con Lyle Sands sobre cómo proceder, pero espera que Tweener, bajo custodia del FBI, revele la ubicación de los otros fugitivos. Sara comienza a sospechar de Kellerman, por lo que él intenta algo diferente para encontrar a Lincoln Burrows. En una instalación de detención en Arizona, L.J. descubre que será liberado al día siguiente; Linc va a buscarlo. Haywire, en Wisconsin, roba suministros de una tienda de campamento.

La Patrulla Fronteriza arresta a Michael y Lincoln, salvándolos de Mahone que afirma que quiere recuperar su vida. Sucre cruza la frontera y salta en paracaídas en el Desierto de Sonora en México. T-Bag va a un bar de veteranos de guerra en Pratt, Kansas, y roba un trabajo protésico a un sargento veterano. Michael y Lincoln son detenidos en la Instalación de Detención de la Patrulla Fronteriza, en Las Cruces, Nuevo México, esperando el transporte a la Prisión Fox River, pero Bill Kim ordena a Mahone que los mate. T-Bag conoce a Denise, que trabaja en la oficina de correos, y la seduce para obtener la dirección de Susan Hollander. Bellick es enviado al Tribunal de Distrito en el Condado de Greeley, Kansas, y le niegan la fianza. Hace un trato para ser enviado a la Prisión Fox River esperando tener una buena vida. Sin embargo, el nuevo director decide usarlo como ejemplo de la nueva administración. Mientras tanto, Mahone intenta transportar a los prisioneros, pero el procedimiento estándar no lo permite. Kellerman hace un acuerdo para interceptar el convoy en un túnel bloqueado y matar a los prisioneros. Sin embargo, Michael y Lincoln son ayudados por un aliado sorprendente. T-Bag encuentra a Susan.

En Cutback, Montana, Kellerman atrae a la policía y Michael y Lincoln secuestran al camarógrafo Greg de Fox News y logran escapar del asedio. Michael y Lincoln deciden grabar un mensaje para ser transmitido en las Noticias de Última Hora. Mahone está de regreso en Chicago y analizando el mensaje; interroga a Greg y este le cuenta que escuchó a Michael decir que debían recorrer 460 millas en seis horas. Mahone deduce que tienen la intención de reunirse con la Presidenta Caroline en Denver. Wheeler discute con Mahone y le grita que el Departamento de Asuntos Internos le pidió que siga todos los movimientos de Mahone. Bellick está gravemente herido en la enfermería de Fox River. Sucre entabla amistad con un viejo pasajero en un autobús hacia Ixtapa; sin embargo, el conductor le pide que se baje en un pequeño pueblo y Sucre roba el Volkswagen del anciano. En Algoma, Winsconsin, Haywire hace amistad con una joven pareja y la chica tiene moretones en el brazo; ella cuenta que su padre alcohólico y abusivo la golpeó.

Sara se encuentra con Michael y Lincoln en una estación de tren en Evansville, Indiana; cuando ve a Kellerman con ellos, se perturba y se pone molesta. Kellerman le dice que ella tiene una llave de un club privado de cigarros en Chicago. Caroline llama a Kellerman y él le dice que se dirige a Chicago en tren, y ella promete devolverle su vida, incluido el puesto de jefe de personal. T-Bag le dice a Susan que están pasando por un "período de ajuste" en sus vidas; cuando ella le dice que tendrá una invitada llamada Patty Wallace, T-Bag recibe a Patty con un magnífico brunch familiar y utiliza la figura de padre autoritario para disciplinar a Zack, seduciendo a la invitada con su encanto y actitud. Wheeler informa las acciones de Mahone a la sede del FBI y descubren que Haywire mató a un hombre en Algoma, Wisconsin. Mahone visita a Bellick en River Fox, lo libera utilizando un habeas corpus para que haga su trabajo sucio, y le da un auto, una pistola y una placa del FBI al hombre despreciable. Bellick persigue y atrapa a Haywire, y espera a Mahone. En Benson, Minnesota, C-Note y Dede están saliendo de un bar cuando un ladrón adicto anuncia un atraco. Cuando Kellerman ve un bloqueo en el tren, se da cuenta de que fue traicionado.

Después de la muerte de Sara, Lincoln decide no contarle a Michael sobre ello. Susan B. le dijo a Lincoln que si volvía a hacer algo mal, iba a enviarle partes de LJ. Mientras tanto, Sucre consigue un trabajo en Sona. Y Sofia comienza a ayudar a Linc.