La Patrulla Fronteriza arresta a Michael y Lincoln, salvándolos de Mahone que afirma que quiere recuperar su vida. Sucre cruza la frontera y salta en paracaídas en el Desierto de Sonora en México. T-Bag va a un bar de veteranos de guerra en Pratt, Kansas, y roba un trabajo protésico a un sargento veterano. Michael y Lincoln son detenidos en la Instalación de Detención de la Patrulla Fronteriza, en Las Cruces, Nuevo México, esperando el transporte a la Prisión Fox River, pero Bill Kim ordena a Mahone que los mate. T-Bag conoce a Denise, que trabaja en la oficina de correos, y la seduce para obtener la dirección de Susan Hollander. Bellick es enviado al Tribunal de Distrito en el Condado de Greeley, Kansas, y le niegan la fianza. Hace un trato para ser enviado a la Prisión Fox River esperando tener una buena vida. Sin embargo, el nuevo director decide usarlo como ejemplo de la nueva administración. Mientras tanto, Mahone intenta transportar a los prisioneros, pero el procedimiento estándar no lo permite. Kellerman hace un acuerdo para interceptar el convoy en un túnel bloqueado y matar a los prisioneros. Sin embargo, Michael y Lincoln son ayudados por un aliado sorprendente. T-Bag encuentra a Susan.

En Cutback, Montana, Kellerman atrae a la policía y Michael y Lincoln secuestran al camarógrafo Greg de Fox News y logran escapar del asedio. Michael y Lincoln deciden grabar un mensaje para ser transmitido en las Noticias de Última Hora. Mahone está de regreso en Chicago y analizando el mensaje; interroga a Greg y este le cuenta que escuchó a Michael decir que debían recorrer 460 millas en seis horas. Mahone deduce que tienen la intención de reunirse con la Presidenta Caroline en Denver. Wheeler discute con Mahone y le grita que el Departamento de Asuntos Internos le pidió que siga todos los movimientos de Mahone. Bellick está gravemente herido en la enfermería de Fox River. Sucre entabla amistad con un viejo pasajero en un autobús hacia Ixtapa; sin embargo, el conductor le pide que se baje en un pequeño pueblo y Sucre roba el Volkswagen del anciano. En Algoma, Winsconsin, Haywire hace amistad con una joven pareja y la chica tiene moretones en el brazo; ella cuenta que su padre alcohólico y abusivo la golpeó.

C-note ha saltado con la soga alrededor de su cuello, pero es salvado por los carceleros; le dicen a Mahone que aún lo hará. En un hotel de Chicago, se espera la llegada de la presidenta Caroline Reynolds para un discurso. Michael envía al verdadero Cooper Green lejos y acuerda un punto de encuentro con Linc y Sarah. Mahone entra en la habitación de Sarah y solo finge no encontrarla debajo de la cama para atraparla, ella finge que los hermanos la dejaron. En México, T-bag descubre que Bellick está esperando en la cinta transportadora de equipaje y debe obtener el suyo desde el lado del servicio, pero el obrero al que golpea cae sobre él, por lo que debe huir. Lincoln sorprende a su antiguo compañero Derrick Sweeney y le pide un favor: tres boletos en un barco de carga para Panamá. Kellerman está listo para dispararle a la malvada presidenta, pero cuando está a la vista de Michael, es arrestado justo después de estrecharle la mano, y es interrogado por Kim, quien exige estar a solas con él, para preguntarle dónde está Linc, luego intenta literalmente sacarle la información a golpes; la presidenta entra y saca a Kim justo cuando estaba a punto de dispararle a Michael; le dice que la cinta es una conversación delicada que tuvo con su hermano después de su "muerte", y aún tiene copias en veinte lugares. Fernando ve en la televisión que T-bag está en México y fue grabado intentando robar, por lo que deduce que los $5,000,000 deben estar cerca y le dice a Maricruz que regresará enseguida; a su regreso, solo está Bellick, armado y esposando a Sucre, para cobrar la recompensa, por lo que Fernando ofrece compartir los $5,000,000 encontrando a T-bag. Sarah adivina correctamente que Mahone está bajo el efecto de una droga adictiva. Caroline llama a Linc, quien reproduce la cinta que demuestra que su hermano estaba vivo

Ahora que Caroline Reynolds ha renunciado como presidenta, ya no puede firmar un indulto, por lo que los hermanos deben desaparecer de inmediato, para siempre. En el muelle, Sarah se da cuenta de que la están siguiendo y finge, en el teléfono, que ya está a bordo, por lo que ellos zarpan sin ella mientras es arrestada. Lincoln impide que Michael regrese por ella. Una semana después, un alto funcionario del FBI ofrece a C-note una sentencia más leve a cambio de su testimonio contra Mahone, incluso libertad y protección de testigos para su familia. Fernando toma la pistola de Bellick mientras busca a T-bag, pero Bellick muestra un crucifijo para demostrar que tiene a Maricruz. El desgraciado disfruta de su fortuna con una mujer de la calle que interpreta a su Susan-Q. Los hermanos llegan a Cristobal, Panamá. Mientras tanto, el equipo de Mahone deduce que los tatuajes de Scofield se refieren a su madre, Christina, presumiblemente muerta, y él supone que su ordenador contenía mucha información sobre Panamá por alguna razón. El hombre en el poder interroga a Kim en un pequeño barco y decide cambiar la estrategia. Mahone descubre las intenciones de su colega del FBI, Wheeler. C-note se reúne con su familia y es liberado. Los hermanos tienen una pelea, atormentados por la culpa de demasiadas personas inocentes que sufren por sus buenas intenciones, luego abordan un yate llamado Christina. Mahone le dice a Kim que no está contento con los resultados, ya que sigue separado de su familia, pero le dicen que ahora necesita ayuda para escapar y, por lo tanto, debe ir a México para ayudar a T-bag.

De vuelta en el yate, Michael se da cuenta de que Lincoln se ha ido y lo llama. Alex Mahone le dice que Linc no es un asesino despiadado, por lo que fue dominado y esposado, y el rescate es el yate y la fortuna que supone que está en él, que deben acordarse en cinco minutos. Ahora Mahone es incluso más buscado que los hermanos. El testimonio autoincriminatorio de Kellerman y los documentos que trae hacen que todos los cargos contra Sarah y Lincoln sean retirados, y él es arrestado. Mahone llama a Kim para que vuele de inmediato. Alex llama a su esposa para que lleve a los niños de vacaciones a su Colombia natal, en Cartagena. A pesar de haber perdido el 30% de sangre, Fernando sale del hospital para informar de la desaparición de Bellick, quien ya está en la cárcel y se une a T-Bag. El vendedor Chaco presenta a Michael a un propietario local de yates al que sugiere cobrar la recompensa de $100,000 por su cabeza, luego hace una mejor oferta. Mahone llama a la policía con la intención de incriminar a los hermanos por su intento de asesinato contra "un asiático", pero Michael se niega a entregar el dinero y Kim aparece temprano, con refuerzos armados. Mahone huye pero es arrestado. Kellerman sabe la situación en la que está involucrado y espera ser asesinado, por lo que se organiza un problema en el transporte hacia la prisión y un hombre enmascarado lo dispara. Chaco entrega a los hermanos, quienes se llevaron el dinero e intentaban huir y no mirar hacia atrás, un barco miserable con una sorpresa invaluable: Sarah y las buenas noticias para Linc, con buenas esperanzas para Michael. Justo en ese momento, Kim aparece, rechaza el dinero, apunta a Linc y Sarah le dispara. La policía llega, persiguiendo y atrapando al trío. Michael toma el arma y finge tomar a Sarah como rehén, luego se

Lincoln le dice a Michael que tienen cuatro días más para rescatar a Whistler, pero Michael está molesto con su hermano por haberlo utilizado. Gretchen tiene una reunión con el General y deciden usar la fuerza para liberar a Whistler en una operación llamada "Bang and Burn". Luego le pide a Whistler que mate a Michael. En Sona, los guardias refuerzan los barrotes de las ventanas, y Michael le dice a Lechero que de esta manera será difícil escapar. Sammy le pide a Lechero más hombres para mantener Sona bajo control. Sofia recibe una llamada del misterioso casero de Whistler que le dice que tiene algunos "papeles de seguro" de su novio, sin embargo, la Compañía intercepta la conversación. Cuando Sofia recibe los documentos, encuentra un pasaporte de Whistler a nombre de Gary Miller. Pero Gretchen llega y se lleva los documentos. Mahone le cuenta al Agente Lang cómo mató a Shales y luego, bajo los efectos de las pastillas, le pide que le consiga drogas, de lo contrario no podrá hablar en la audiencia. T-Bag entrega un mensaje de Lechero con el plano de su celda, que tiene una puerta oculta y un código de acceso. Whistler está listo para apuñalar a Michael cuando llega Lechero y él esconde el cuchillo. Michael le pide a McGrady que le pida a su padre que llame a Lincoln y le dé un mensaje: "No vuelvas a casa para cenar". Mahone fracasa en la audiencia y es enviado de vuelta a Sona. Lincoln, Sucre y Sofia son atacados por los agentes de la Compañía y los hermanos se dan cuenta de que algo está ocurriendo, es decir, la Compañía ya no los necesita. Cuando comienza la operación "Bang and Burn", Michael atrapa a Whistler y Gretchen falla en su intento. El General Zavala hace que Michael sea llevado para ser interrogado por el intento de fuga.

Michael, Mahone, Sucre y Lincoln intentan ingresar a la casa donde se encuentra guardada Scylla. T-Bag y Sancho se dirigen a San Diego en el desierto.

La pandilla tiene que infiltrarse en la casa bien protegida del hombre de negocios Stuart Tuxhorn. Mientras tanto, T-Bag debe llegar a extremos para sobrevivir.

Michael y el equipo tienen un día para localizar al próximo poseedor de la tarjeta o corren el riesgo de volver a la prisión. Mientras tanto, Mahone busca venganza contra Wyatt.

Para obtener la siguiente tarjeta de datos, Michael, Lincoln y Sucre deben arruinar un evento benéfico de la policía. Mientras tanto, T-Bag levanta sospechas en su primer día de trabajo nuevo.

La pandilla, con la ayuda de Don, debe entrar en una caja fuerte en el Departamento del Tesoro para obtener la siguiente tarjeta de Scylla. Mientras tanto, Gretchen logra escapar.

Mahone es arrestado, poniendo en peligro a todo el grupo y dejando a Mahone directamente en la mira de Wyatt. Mientras tanto, se descubre el engaño de T-Bag.

Lincoln, Sucre, Sara y Roland siguen a un poseedor de tarjeta Scylla a Las Vegas, donde Roland tiene su dispositivo confiscado después de ser atrapado apostando.

Se trama un audaz plan para obtener la última carta de Pad Man, y se forma una alianza incómoda con Gretchen, pero hay un traidor entre las filas.

El equipo necesita abrirse paso a través de una tubería de agua de 30,000 galones para llegar a Scylla. Mientras tanto, T-Bag se defiende de una investigación.

Michael se desploma y debe ir al hospital. En otro lugar, Sucre pisa una mina terrestre y se descubre el sorprendente secreto de Trishanne.

A pesar de la condición de Michael, el equipo continúa con sus planes de robar Scylla. Gretchen y T-Bag trabajan juntos para conseguir la sexta tarjeta del General pero sin éxito. Michael, Lincoln, Sucre y Mahone rompen la pared.

Michael y la pandilla logran llevar a cabo el robo de Scylla desde lo más profundo de la sede de la Compañía, pero una terrible sorpresa les espera.

Mientras la pandilla lidia con la traición de Don, Lincoln es capturado. Mientras tanto, Don obliga a Gretchen a ayudarlo al tener como rehenes a su hija y hermana.

Don y Gretchen, Michael y La Compañía están todos tras Scylla. En otro lugar, T-Bag tiene que tomar una decisión difícil mientras mantiene como rehenes a la familia de Gretchen.

Cuando Michael se somete a una cirugía, tiene visiones de Westmoreland. Mientras tanto, Lincoln y Sucre intentan recuperar Scylla antes de que Don y Gretchen la vendan.

Lincoln llama a Sara desde Miami para preguntar por noticias sobre Michael y le cuenta que está intentando recuperar Scylla para La Compañía con Gretchen, T-Bag y Self. Encuentran una pista en el Club Grafton, y Lincoln va al lugar donde secuestra a Tia Hayden intentando encontrar al representante del dueño de Scylla. Mientras tanto, Michael despierta encerrado en una casa en el bosque bajo la vigilancia de los guardaespaldas de La Compañía. El psiquiatra, Dr. Roger Knowlton, le dice que su madre está viva y trabaja para "La Compañía" en la selva tropical de Madagascar. Quiere preparar a Michael para unirse a "La Compañía" y usar sus habilidades a nivel global trabajando con su madre. Tia engaña a Lincoln y logra escapar, pero él se queda con su cartera y encuentra su dirección. Sara le dice al General Krantz que quiere quedarse con Michael, pero él se lo niega. T-Bag y Self van a la casa de Tia y Self conspira contra el liderazgo de Lincoln. Traen fotos y un disco duro que encontraron en la casa. Self discute con Lincoln y Mahone llega para equilibrar la situación. Michael ve fotos de su infancia y recuerda la reunión familiar mientras el Dr. Knowlton lo evalúa para el General Krantz y se ve presionado para usar un proceso rápido y desagradable para forzar a Michael a unirse a La Compañía. Lincoln y Mahone van al puerto deportivo para investigar al representante del dueño de Scylla. Sara recibe un misterioso mensaje en su teléfono celular para una reunión y es secuestrada cerca de un teléfono público por hombres de Lisa, y Lisa le dice que Michael está a 60 millas al noreste del centro. Gretchen encuentra a Scott, el representante del dueño de Scylla, mientras investiga en una base de datos, pero engaña al resto del grupo y se encuentra con Scott, quien le promete diez millones de dólares. T-Bag escucha la conversación entre Sara y Lincoln y llama al General Krantz. Él,

Lincoln y su equipo (Self, T-Bag, Mahone) están tratando de encontrar Scylla. Intentan encontrar una pista para la llave del comprador falso que mató a Gretchen. Encuentran una iglesia y una mansión que coinciden con la llave. Cuando Lincoln y Mahone investigan la mansión, Lincoln encuentra una foto de él con su madre. Mahone descubre que la foto fue editada y contiene una pista sobre el lugar de encuentro. Lincoln va al encuentro y encuentra a su madre. Christina quiere dos días de Lincoln para eliminar a Krantz. Mientras tanto, los hombres de la Compañía encuentran a Michael y Sara, pero ellos escapan en un camión. Finalmente, Lincoln regresa al lugar de encuentro y comienza el fin.

Michael and Lincoln square off over Scylla as Christina sets her plan in motion. Meanwhile, T-Bag causes a scene at the Indian embassy.

Michael tiene un reencuentro incómodo con Christina, quien revela una noticia impactante sobre Lincoln. Mientras tanto, Lincoln corre para detener el plan mortal de Christina.

El pandemonio estalla en el Hotel Panda Bay después de un asesinato en la conferencia global de energía.

Mientras rostros familiares regresan para ayudar a Michael en su misión de derribar "The Company", Lincoln hace un descubrimiento sobre su relación con Michael.

Después de que el general atrapa a los hermanos y aumenta las apuestas secuestrando a más de sus familiares, Michael escapa con Scylla.

La felicidad recién encontrada de Michael y Sara es efímera, ya que Sara pronto se encuentra en prisión, y Michael debe rescatarla antes de que Krantz, sediento de venganza, la mate.

En un episodio continuado de 90 minutos, la felicidad recién encontrada de Michael y Sara es efímera, ya que Sara pronto se encuentra en prisión y Michael debe rescatarla antes de que Krantz, sediento de venganza, la mate.