Arturo rescata al anciano Aulfric y a su hermosa hija Sofía de ser secuestrados, tras lo que se instalan en Camelot. Además Arturo se enamora de Sofía y planean fugarse para casarse. Morgana está preocupada, porque ha tenido un sueño en el que Sofía ahoga a Arturo, por lo que confía su profecía a Merlín y Caius. Merlín sigue a Aulfric hasta un lago, donde descubre que tanto él como su hija Sofía son Sidhes, antiguos inmortales que han perdido su poder, y para recuperarlo tienen que asesinar a Arturo.

Tras un duro combate, Arturo consigue rescatar a Morgana, que llevaba meses desaparecida. La vuelta de Morgana a Camelot supone una gran alegría para todos, sobretodo para Uther. Morgana se muestra afectuosa y se reconcilia con Merlín, tras el dramático final que vivieron ambos en la temporada anterior. Pero todos esos sentimientos de Morgana son falsos.En realidad, Morgana ha pasado todos estos meses al lado de Morgause, y juntas han ideado un plan para derrocar a Uther. Así pues, la vuelta de Morgana a Camelot es un montaje para que así ella pueda colaborar con Morgause en su plan, desde Camelot, sin levantar sospechas. El plan consiste en un hechizo que hace que Uther pierda el juicio, y que el histórico enemigo rey Cenred aproveche esa debilidad para acabar con Camelot. Merlín se acaba percatando de la situación y acude a investigar, pero Morgause le tiende una trampa mortal, bajo la mirada satisfecha y maliciosa de Morgana. Merlín no tiene salida, y sólo le queda una opción desesperada: invocar al gran dragón.

Sir Leon es cuidado hasta recuperar la salud por los druidas usando la Copa de la Vida después de ser el único superviviente de un ataque de los hombres de Cenred. Supuestamente otorga inmortalidad a aquellos que beben de ella, y Arthur y Merlin la recuperan de los druidas para evitar que caiga en manos de Cenred. Sin embargo, ellos, junto con Gwaine, son emboscados y la copa es robada. Después de matar a Cenred, Morgause hace que sus soldados beban de ella y, bajo sus órdenes, atacan con éxito a Camelot. Para cuando los tres jóvenes regresan a la corte, Uther está encadenado y Camelot tiene un nuevo gobernante.

Con la princesa Mithian como el cebo perfecto, Morgana conjura un engaño tan poderoso que todo Camelot es afectado - incluso el propio Merlín. Pero a medida que las nubes de tormenta se reúnen, ¿Verá el joven brujo a través de las mentiras? ¿O Morgana finalmente cumplirá sus sueños de venganza?

Cuando Merlín acepta ayudar a un joven druida, no tiene otra opción que dejar Camelot en una peligrosa misión. Y con la ciudadela distraída por la visita del temible Sarrum de Amata, parece que nadie notará su ausencia. Pero a medida que el cielo se oscurece, también lo hacen las sospechas de Merlín - ¿Hay más de Daegal de lo que parece? ¿Y se puede realmente confiar en un hombre tan despiadado como el Sarrum? Demasiado tarde, el joven brujo se da cuenta de que ha cometido un terrible error.