Mientras el Dr. Baltar va rezagado en las encuestas para la elección y trata desesperadamente de revertir la situación, Starbuck está planeando una misión para rescatar a Anders de Caprica.

Los Cylons han estado en control de Nueva Caprica durante más de cuatro meses. Gaius Baltar está bajo su control y básicamente sigue sus órdenes. Hay una resistencia que hace estallar bombas y hace todo lo posible para interrumpir la actividad de los Cylons. El Coronel Tigh está en prisión y a pesar de ser sometido a torturas extensas, incluyendo la pérdida de un ojo, no les ha revelado nada. Su esposa Ellen hará cualquier cosa para asegurar su liberación y pronto comienza una relación sexual con uno de los Cylons, John Cavil. Hay sentimientos encontrados entre los sobrevivientes. Algunos sienten que los actos aleatorios de violencia contra sus captores no sirven para nada, mientras que otros sienten que es su deber resistir. Kara Thrace, Starbuck, está siendo mantenida prisionera en un apartamento por Leoben Conoy. Ella también se resiste, pero cada vez que lo mata, él simplemente se regenera y reaparece insistiendo en que lo seguirá haciendo hasta que ella le diga que lo ama. De vuelta en Galactica, el Almirante Adama reprende a su hijo Lee, Comandante del Battlestar Pegasus, por volverse débil.

Como resultado de los recientes atentados suicidas, algunos de los Cylons ahora argumentan que necesitan tomar represalias. Laura Roslin, entre otros, está bajo custodia y Gaius Baltar intenta hacer que coopere. Sin embargo, Tigh se niega rotundamente a poner fin a los atentados suicidas. Los arrestos nocturnos también conducen al arresto de Cally, pero dejan a su bebé en paz. Sharon Valerii ve lo que puede hacer al respecto. Mientras tanto, John Cavil le dice a Ellen Tigh que debe proporcionar la fecha y el lugar de la próxima reunión de los comandantes de la resistencia. Leoben Conoy todavía tiene a Starbuck prisionera, pero le presenta a su hija, Kacey, que fue concebida a partir de huevos que recolectaron de ella cuando estaba en la Granja. En Galactica, el almirante Adama comienza a planificar un rescate masivo de todos en New Caprica. Se da cuenta de que tendrán que obtener las llaves de lanzamiento de todas las naves en la superficie del planeta. La mejor manera de infiltrarse entre los Cylons es con otro Cylon, por lo que Adama comisiona a Sharon Agathon como oficial.

When a group of refugees board Galactica with a curable illness, it becomes very mysterious when they begin to die after taking the injection they do not believe in.

Cuando el jefe de la planta de producción de combustible mantiene a la flota como rehén al proporcionar combustible inseguro, es arrestado por traición, lo que resulta en que el Jefe sea enviado al barco y sea responsable de poner en marcha nuevamente la planta.

Además de tener que lidiar con la pérdida de Kara Thrace, la tripulación de la Galáctica también está a cargo de la seguridad en torno al juicio del Dr. Baltar y su abogado defensor, quien está reemplazando a un abogado que ya ha sido asesinado.

Baltar es sometido a juicio por su vida, y afecta a todos, desde Lee hasta el presidente.

Gaius Baltar causes intense unrest within the fleet when he begins to openly promote belief in the Cylon god. Colonel Tigh, Galen Tyrol, and Tory Foster argue over how far they should go to ensure their secret is not revealed.

Una alianza inestable entre la Flota Colonial y los rebeldes Cylon es puesta a prueba cuando los dos grupos unen esfuerzos para eliminar un "Resurrection Hub" Cylon. Mientras tanto, Athena pierde el control cuando Hera se siente extrañamente atraída por Natalie.

El secuestro de la Presidenta Roslin por parte del Híbrido Cylon desencadena una amarga lucha de poder dentro de la Flota Colonial.

La Flota se niega a cooperar con los ingenieros cylon y Adama decide poner fin a esto. Envía un mensaje al Quórum declarando que a menos que deseen unirse a Zarek en la celda, deben poner a su gente en orden. Sin embargo, Gaeta ya ha liberado a Zarek con la ayuda de otros supuestos revolucionarios. Permiten que Zarek abandone Galactica en un raptor. Aterriza en Colonial One y entra en una reunión del Quórum. Mientras tanto, Anders es emboscado y capturado. En el CIC, Gaeta manipula astutamente a todos los demás hasta que llega el momento de que la revolución comience.

La Colonia está ubicada en el borde de un agujero negro con solo un punto de entrada en lo que es un campo de escombros muy grande. Sabiendo que la Galáctica ha llegado al final de la línea, el almirante Adama pide voluntarios para llevar a cabo un ataque sorpresa en la base Cylon, dándose cuenta de que puede ser el último salto de la nave. En flashbacks previos a la invasión Cylon, se presentan momentos clave en la vida de varios miembros de la tripulación. Estos incluyen el primer encuentro entre Kara Thrace y Lee Adama; la lucha del almirante Adama con su decisión de retirarse de la flota colonial; la relación de Gaius Baltar con su padre y su relación en desarrollo con Caprica Six; y Sam Anders discutiendo la motivación detrás de su carrera deportiva profesional.

Una Galáctica despojada ataca la nave Colonia de los Cylon en la esperanza de rescatar a Hera. Se revela el significado del sueño compartido en la Ópera House en Kobol. Sam Anders es trasladado en su tanque Híbrido al CIC con la esperanza de que pueda ayudar a los combatientes. Con su misión cumplida, el Almirante Adama ordena a Starbuck que elija un destino, cualquier destino, al cual la nave pueda saltar para escapar de allí. Con eso, se explica el significado de la melodía y las notas musicales. Después de saltar con éxito, la vieja Galáctica ha llegado verdaderamente al final de su vida. Se encuentra un planeta capaz de sostener vida y Lee Adama hace una propuesta radical para el futuro de la humanidad. En un salto hacia el futuro, se revela la importancia de Hera para la raza humana.