El dectective Harry Goodman desaparece y su hijo Tom, a sus 21 años, investiga lo ocurrido junto a su antiguo compañero Pokémon: el Detective Pikachu. Ambos unirán fuerzas para resolver las pistas de las calles de Tyme City y así encontrarlo.

En 1561, María, Reina de Escocia, de diecinueve años de edad, católica y reina de Escocia, regresa a su país de origen desde Francia después de la muerte de su esposo, Francisco II de Francia, para tomar su trono, donde es recibida por su medio hermano, James Stewart, primer conde de Moray. En la vecina Inglaterra, su prima, Isabel I de Inglaterra, de veintiocho años, es la reina protestante de Inglaterra, soltera, sin hijos y amenazada por la posible reclamación de María a su trono. María pronto choca con el clérigo Juan Knox y lo despide de su corte. Knox es un protestante y líder de la Reforma Escocesa, y percibe a María como una amenaza para la supremacía protestante del reino.