SG-1 discovers an ancient artifact and brings it back to the SGC. Ariving at the SGC, it becomes active, pins O'Neill to the gate room wall, and unleashes a virus into him.

SG-1 viaja a un planeta cuya gente son aliados de los Asgard.

Stargate Command abre un agujero de gusano hacia un planeta con un agujero negro en órbita.

Siguiendo una pista de los Tok'ra, el SG-1 va a un planeta donde encuentran al odiado Apophis, casi muriendo y bajo el ataque de death-gliders. Lo llevan de vuelta con ellos, dándose cuenta de que fue torturado por un rival señor del sistema con daño duradero. Apophis exige refugio, siempre y cuando la Dra. Fraiser pueda salvar su vida, al menos por el bien del anfitrión humano, pero sin un sarcófago el pronóstico para su simbionte es malo; ofrece todo su conocimiento Goa'uld a cambio de un nuevo anfitrión, es decir, su vida, revelando que fue derrotado por el terrible Sokar, una vez señor del sistema supremo hasta que una alianza liderada por Ra y Apophis lo destituyó. El enfrentamiento con Daniel, debido a Amaunet/Sha're y su hijo Klorel, y con el antiguo primer ministro Teal'c, es amargo para los tres. Los Tok'ra envían a Martouf para advertir que los Tau'ri deben entregar a Apophis, pero su advertencia es ignorada, hasta que Sokar demuestra que puede bombardear el iris con partículas aceleradas y finalmente atravesarlo, por lo que la Casa Blanca ordena su extradición, pero antes de que puedan hacerlo, él muere, a diferencia de su anfitrión, un escriba de un antiguo templo egipcio de Amun.

Colonel O'Neill awakens and is told by new staff everything in the SGC is different because he was just revived after 79 years of cryogenic hibernation, as sole survivor of a disastrous SG-1 mission on a Goa'uld-ruled planet. He accepts to undergo a 'high tech hypnosis' to retrieve information of use in the present war against them, which is going badly, involving earth's ten endangered colonies on other planets. However Major General Trofsky, the new base commander, and his female assistant tell Daniel and Sam, in different sections, that each of them is the sole survivor: it's all make-believe to probe their brains about the weaknesses of earth and the Alliance of the four races. Meanwhile, Teal'c awakes on earth, where it took Dr. Frasier months to save him from death; there was no trace of his teammates, and he resigns when General Hammond refuses permission to keep searching. O'Neill hears Goa'uld language, gets himself free and discovers he's on a fake SGC, frees Sam and Daniel, only to be stopped by the female Goa'uld system-lord Hathor, who employs both Horus and Serpent Jaffa and demands the humans' help against her rival system-lords.

El Maestro Bra'tac llega con malas noticias: la esposa de Teal'c está gravemente enferma, y Teal'c se va para estar con ella. Poco después, se abre el portal pero no pasa nada. Entonces Carter descubre una señal de muy baja potencia que está aumentando lentamente hasta alcanzar una sobrecarga lo suficientemente poderosa como para destruir la Tierra.