Carter gets kidnapped and taken to an abandoned hospital where two doctors work to study the remains of Jolinar. She finds out that they have a Goa'uld, taken from the Russians, which they are planning to put inside a man named Adrian Conrad to heal his sickness. They need Carter to tell them how to get the Goa'uld out after he's healed. O'Neill believes the government is involved with Carter's disappearance and contacts Maybourne. Together, with Daniel and Teal'c, they find Carter but also find out that the Goa'uld has escaped inside Conrad's body.

A new leader has risen among the Free Jaffa, K'tano, former First Prime of Imhotep. SG-1, accompanied by Bra'tac, seeks an alliance between the Tau'ri and the large force he has amassed.

SG-1 está proporcionando seguridad a tres científicos que están realizando investigaciones en un planeta lejano. El warlord Goa'uld Khonsu organiza capturar al equipo SG-1 y O'Neill le dice a Jay Felger, nominalmente el líder del grupo, que use la puerta y regrese a la base. Felger está bastante enamorado del equipo SG-1, admirando sus hazañas y audacia. En lugar de seguir las órdenes de O'Neill, Felger y otro científico, Simon Coombs, se transportan a la nave Goa'uld. Lo que los científicos no saben es que la captura de SG-1 es una estratagema para permitir que Khonsu, que en realidad es un Tok'ra, transmita información. O'Neill está bastante molesto con los dos científicos, pero su presencia resulta útil al final.

Los Tok'ra se ven obligados a evacuar su base recién establecida, que está siendo atacada por los Goa'uld. Huyen al sitio Alpha del SGC. Las tensiones aumentan entre las facciones aliadas, los Jaffa Libres, los Tau'ri y los Tok'ra. Jacob y Selmak sienten que el fin de los Tok'ra está cerca, y Sam descubre que un generador de Naquadah ha sido saboteado para funcionar como una bomba. Jack sospecha de los recién llegados Tok'ra y trata de descubrir al traidor.

The Russian SG team brings back a man who claims that his people are being experimented on by Nirrti. SG-1 investigate where the experiments are conducted, with the Russian SG team as backup. The inhabitants worship Nirrti as their god and savior from a terrible plague. SG-1 attempts to use the same device Nirrti used on the people to reverse the mutations, but the people turn on them at the arrival of Nirrti.

Durante un crucero de prueba del Prometheus, el regulador del hiperimpulsor de la nave queda irreparablemente dañado. Se descubre que un planeta cercano está listado en la cartulina de direcciones encontrada en Abydos, por lo que podría haber un Stargate. Después de un corto salto hacia el planeta, el reactor de Naquadria se sobrecarga y debe ser eyectado. Tras la explosión del reactor sobre el planeta, causando daños, el destino del SG-1 y la tripulación del Prometheus está en manos de un mundo que antes estaba controlado por los Goa'uld y con el que tienen un comienzo difícil.

Un grupo de nómadas en un planeta alienígena encuentran a Daniel Jackson desnudo en medio de ruinas y lo acogen. Jonas traduce la tableta que Daniel dijo que era importante y descubre que describe la última ciudad que los Antiguos estaban construyendo antes de la plaga. Supone que la lista de direcciones que Jack introdujo en la computadora al guardar los datos de los Antiguos eran puestos avanzados Antiguos en orden temporal. Por lo tanto, la última de las direcciones debería ser la "Ciudad Perdida". SG-1 visita el planeta y se encuentra con el pueblo nómada, que ahora habita las ruinas de la ciudad Antigua. Allí encuentran a Daniel, pero descubren que ha perdido la memoria. Deben recuperar sus recuerdos para descubrir el secreto para derrotar a Anubis.

In a firefight with Jaffa, Teal'c takes a staff blast to the gut. Without his symbiote, he cannot regenerate as he once did. Daniel feels that he cannot remember something important, so he goes searching through the logs for any sign of his lost knowledge. Teal'c expresses his feelings that the Tritonin has made him weak.

To save his job, Dr. Felger tests a new virus on the Stargate Network to help control it and it ends up disabling it instead.

SG-1 encuentra un híbrido Goa'uld-Humano en estasis en un laboratorio abandonado de los Goa'uld y lo llevan de vuelta a la Tierra para estudiarlo, donde descubren que fue creado utilizando el ADN de Anubis.

Vala apuesta, gana un carguero, pero es descubierta haciendo trampa; luego aparece Adria, echa a todos y afirma que tiene una nueva flota Ori y una Puerta Estelar intergaláctica operativa. Vala le cuenta a su aterradora hija cómo ayudó a Daniel, después de un sueño, leyendo el misterio del símbolo clava thessara, que condujo a la dirección de un solo planeta, donde debe estar el tesoro de Athena; después de una desastrosa visita allí, el equipo se niega a seguir la siguiente interpretación, temiendo que sea solo una trampa preparada por Adria, por lo que Vala es declarada un riesgo de seguridad, restringida y confinada en el Área 51, pero escapa a través de la Puerta Estelar. Adria la lleva consigo al enterarse de que el equipo aún planea visitar la dirección, en nave estelar. Al llegar, quedan atrapados por el SG-1, que sin embargo se encuentra rodeado por las tropas del señor Ba'al. Ba'al utiliza los anillos para teletransportar a Adria a una jaula electromagnética en su nave estelar. De regreso en la Tierra, el general Landry se preocupa por el daño que los dos puedan hacer juntos y quiere recuperar a Adria. Daniel y Sam muestran ahora a Vala que ha sido implantada con tecnología Galaran con falsos recuerdos de toda su aventura hasta el encuentro con Adria. Aunque ella afirma que eso es imposible, Ba'al está seguro de que puede tomar el control de las leales tropas Ori de Adria a través de ella, implantando un simbionte. El equipo encuentra a los Jaffa y clones de Ba'al muertos por veneno de simbionte, excepto un Jaffa que secretamente usó tretonina. El equipo se teletransporta desde la nave estelar Odyssey camuflada hacia la de Ba'al, lo dispara y captura a Adria, pero de regreso en la Tierra, se descubre que está bajo el control de su simbionte. En lugar