Cuando Teal'c hace que Sam Carter se dé cuenta de lo valioso que es el conocimiento dejado por Tok'ra Jolinar en su cerebro y la oportunidad de una alianza, convencen al General Hammond de que permita a SG-1 intentar una reunión. Llegan a un planeta que está desierto en la superficie, pero son esperados por Tok'ra bien camuflados y armados que los llevan a túneles que crean mediante un misterioso cristal, que también puede deshacerlos después. Ambas partes son bastante sospechosas, el equipo se siente como prisionero, y de hecho, el líder Tok'ra Yosuuf teme que no puedan ser liberados, al menos hasta que todo el sitio sea trasladado. Mientras tanto, los Tau'ri apenas superan su sospecha contra la biología Tok'ra Goa'uld (con simbionte), cuando se les pide que se ofrezcan como "huéspedes", y Carter descubre que Martouf (y su simbionte, Lantash) era el amante de Jolinar, por lo tanto, tiene una conexión especial con ella.

Stargate Command abre un agujero de gusano hacia un planeta con un agujero negro en órbita.

Daniel falls victim to an invention that swaps his body with that of a dying man.

O'Neill, Carter y Jackson están atrapados en el planeta de Hathor. Teal'c y Hammond van a Chulak para forjar un plan de rescate y recuperar al equipo.

El equipo SG1 se embarca en un viaje para visitar un planeta con una playa idílica, pero tan pronto como atraviesan el portal estelar, se encuentran de vuelta en el SGC. Pensaban que acababan de salir, pero han estado desaparecidos durante horas. Pronto descubren que un dispositivo alienígena ha sido implantado en sus cerebros y un ser llamado Urgo se revela ante el equipo. Sin embargo, nadie más puede verlo y es extremadamente irritante. ¿Podrán extraerlo antes de que pierdan la cordura?

El SGC es contactado por una civilización humana alienígena avanzada y en guerra que busca ayuda militar, pero sus razones exactas para ello se vuelven cada vez más sospechosas.

When Cassandra collapses at home, she is taken to the SGC for treatment. A retrovirus is causing her to emit an EM field and she expresses a need to return to her planet for an initiation ritual. SG-1 investigates and finds a Goa'uld laboratory, probably having belonged to Nirrti, meant for experimentation on the planet's population. They find that the ritual is part of the experiment, a time when Nirrti studies her subjects and cures them when she is done. SG-1 has found a way to cure Cassandra, but now all that remains to be found is Nirrti.

SG-1 brings back an Ancient device, the purpose of which is unknown. When Jonas touched it the device activated. Upon reaching the SGC Jonas sees a large red insect fly into a wall, but no one else can confirm his sighting. The SGC is put into lockdown, but nothing is found. Jonas suspects that the Ancient device is causing his hallucinations, but to his dismay it is set to be shipped to Area 51. When Teal'c and Jack see the bugs as well, General Hammond decides to let Jonas take a crack at deciphering the Ancient text on the device.

The Russian SG team brings back a man who claims that his people are being experimented on by Nirrti. SG-1 investigate where the experiments are conducted, with the Russian SG team as backup. The inhabitants worship Nirrti as their god and savior from a terrible plague. SG-1 attempts to use the same device Nirrti used on the people to reverse the mutations, but the people turn on them at the arrival of Nirrti.

Teal'c está teniendo extrañas pesadillas en las que Apophis aparece y él es humano, un bombero junto con su equipo.

Durante un crucero de prueba del Prometheus, el regulador del hiperimpulsor de la nave queda irreparablemente dañado. Se descubre que un planeta cercano está listado en la cartulina de direcciones encontrada en Abydos, por lo que podría haber un Stargate. Después de un corto salto hacia el planeta, el reactor de Naquadria se sobrecarga y debe ser eyectado. Tras la explosión del reactor sobre el planeta, causando daños, el destino del SG-1 y la tripulación del Prometheus está en manos de un mundo que antes estaba controlado por los Goa'uld y con el que tienen un comienzo difícil.

Un chico adolescente se presenta en el SGC afirmando ser Jack O'Neill. Recuerda un sueño en el que un Asgard lo estaba estudiando. Determinan que deben encontrar a este Asgard para arreglar lo que le han hecho a Jack.

In a firefight with Jaffa, Teal'c takes a staff blast to the gut. Without his symbiote, he cannot regenerate as he once did. Daniel feels that he cannot remember something important, so he goes searching through the logs for any sign of his lost knowledge. Teal'c expresses his feelings that the Tritonin has made him weak.

Cuando una misión de exploración geológica de SG se encuentra en conflicto mortal con un clan indígena de Unas, Daniel convence a Chaka para que lo ayude a buscar un acuerdo con ellos.

El presidente ha pedido que un documentalista vaya a SGC para crear una película sobre sus operaciones. Su llegada es poco deseada para la mayoría y comienza a chocar con el personal de la base. Sin embargo, realiza sus entrevistas con SG-1 y los científicos empleados por SGC. Mientras tanto, un equipo SG en otro mundo encuentra los restos de una ciudad Antigua.

SG-1 is tasked to accompany members of the International Oversight Advisory, including Richard Woolsey, on a tour of the Gamma site. The visitors are suitably impressed but everyone is put in danger when a carnivorous insect escapes from the lab. The base is locked down and no one is allowed to travel through the gate. The bug is linked to the Ori - it's appeared on several planets that they've visited - and Daniel thinks it may be their follow-up to the virus. SG-1 and the IOA visitors take refuge in a cave, but Gen. Landrey is left with little choice but to flood the planet with a deadly neurotoxin to destroy the bugs. SG-1 looks for away out before that happens.

Vala es secuestrada por agentes de la Confianza que intentan encontrar un antiguo tesoro cuando un accidente hace que Vala olvide quién es.