El Coronel Jack O'Neill es sacado de su retiro para liderar una nueva expedición de regreso a Abydos, solo para encontrarse con un viejo amigo, un nuevo enemigo y un uso mucho más amplio del Stargate.

El equipo, ahora designado como SG-1, está planeando su próxima incursión a través de la puerta mientras intentan mapear la variedad de sitios disponibles y localizar a sus amigos desaparecidos. O'Neill pide que Teal'c se le permita unirse a su equipo, pero el Gral. Hammond piensa que eso será poco probable dado que él es el huésped de un Goa'uld. Sin que nadie lo sepa, sin embargo, el amigo cercano de O'Neill, el Mayor Charles Kawalsky, líder del SG-2, ha sido infectado por un Goa'uld, una versión inmadura que aún no ha tomado el control completo del huésped. Kawalsky tiene apagones regulares durante los cuales el Goa'uld intenta regresar a la puerta. Una resonancia magnética revela cuál es el problema, pero es poco probable que la criatura que se ha fusionado a la columna de Kawalsky pueda ser removida quirúrgicamente. Mientras tanto, el Coronel Kennedy llega para interrogar a Teal'c, quien ha prometido lealtad a su nuevo mundo.

The Stargate team must justify the project's continuation when a doubtful senator, Head of the Congressional Military Appropriations Committee, comes to review the project's performance.

Exploring a strange and beautiful garden, SG-1 comes across a dome containing a race that are connected to machines. The team are captured by the machines and rendered unconscious, but awake to find themselves reliving pivotal moments of their lives, over and over again. Then they discover it is virtual reality and a mysterious keeper appears to persuade them to try different outcomes for the moments. But can the team escape his clutches, when they don't know what is real and what is not?

Versiones de realidad alternativa de Kawalsky y Carter son capturadas en el Área 51 después de haber llegado a través del espejo cuántico.

SG-1 ha cambiado el curso de la historia y ha hecho que el SGC sea prácticamente inexistente. Los doctores Carter y Jackson han ayudado al Brigadier General Hammond a encontrar la Puerta Estelar en la Antártida, pero no se les permite ayudar más. Ayudan a Jack a activar la máquina del tiempo y convencen a Hammond de permitirles unirse a la misión a Chulak para encontrar a Teal'c.