Mientras aún lidian con la pérdida de Daniel Jackson, el SGC es contactado por los Asgard, quienes requieren ayuda para enfrentar a Anubis, quien parece tener nueva tecnología de escudos que puede repeler las armas Asgard.

Un grupo de nómadas en un planeta alienígena encuentran a Daniel Jackson desnudo en medio de ruinas y lo acogen. Jonas traduce la tableta que Daniel dijo que era importante y descubre que describe la última ciudad que los Antiguos estaban construyendo antes de la plaga. Supone que la lista de direcciones que Jack introdujo en la computadora al guardar los datos de los Antiguos eran puestos avanzados Antiguos en orden temporal. Por lo tanto, la última de las direcciones debería ser la "Ciudad Perdida". SG-1 visita el planeta y se encuentra con el pueblo nómada, que ahora habita las ruinas de la ciudad Antigua. Allí encuentran a Daniel, pero descubren que ha perdido la memoria. Deben recuperar sus recuerdos para descubrir el secreto para derrotar a Anubis.

El general O'Neill todavía está en los primeros días de comandar el SGC y enfrenta un problema importante cuando el recién llegado coronel ruso Alexi Vaselov colapsa en sus aposentos. La creencia de la Dra. Brightman de que Vaselof podría ser contagioso parece ser correcta cuando Daniel, quien estaba con el ruso cuando colapsó, aparentemente enloquece e intenta salir de la base a través de la puerta. O'Neill asegura el SGC pero el problema no es el contagio: la esencia de Anubis está viva y bien, y busca un nuevo huésped.

Daniel Jackson, quien fue dejado atrás luchando contra Adria mientras los demás miembros de SG-1 escapaban a través del Stargate, es encontrado trabajando como un Prior: el mejor en el negocio, que no necesita usar amenazas para convencer a las personas de convertirse a Origin. Con la esperanza de que aún quede algo de su personalidad, el equipo (junto con el General Jack O'Neill) lo secuestra. Daniel explica cómo temporalmente tiene la personalidad y el conocimiento de Merlin en sí mismo, y permitió deliberadamente que Adria lo convirtiera en un Prior, mientras se retrasaba para terminar el arma de Merlin que ella quería, esperando conseguir una nave Ori para el lado de la Tierra. Pero el tiempo se acaba, ya que el equipo tardó inesperadamente mucho en capturarlo. Aún así, los generales, Carter y Vala son muy reacios a liberarlo y abrir el agujero de gusano que necesita para traer el arma. Incluso la Casa Blanca quiere matarlo, o en el mejor de los casos, mantenerlo en estasis hasta que sea revertido a su naturaleza humana mediante la manipulación genética de Merlin. Pero luego su plan se desperdicia, a menos que los demás puedan ser entrenados para hacerlo en su lugar (así que solo ellos corren riesgo, no toda la galaxia en caso de que Daniel sea el Caballo de Troya de Adria). Después de darles la información necesaria, Daniel se libera repentinamente mientras Richard Woolsey está con él y toma el control de una nave espacial después de teletransportar también a Jack, justo después de que los demás hayan emprendido su misión hacia el escondite de Adria, donde Daniel, a punto de ser revertido genéticamente, llega justo a tiempo para inclinar la balanza a su favor.