Tras décadas de estancamiento, la Humanidad se dispone a investigar el Universo. La tripulación del Enterprise NX-01, al mando del capitán Jonatahan Archer (Scott Bakula), parte en su viaje espacial, con gran disgusto de la Vulcaniana, que considera que la Humanidad no está preparada. A la tripulación se une la subcomandante T'Pol (Jolene Blalock), una vulcaniana cuya relación con el capitán es en un primer momento algo más que tirante. También conoceremos en este capítulo a la alférez Hoshi Sato (Linda Park) la oficial de comunicaciones, al comandante Charlie 'Trip' Tucker III (Connor Trinneer) el jefe de ingeniería, al oficial médico jefe el doctor Phlox (John Billingsley), al alférez Travis Mayweather (Anthony Montgomery) el timonel y al teniente Malcolm Reed (Dominic Keating) encargado de las armas de la nave. La misión del Enterprise es transportar a un Klingon herido a su planeta, después del primer contacto de éstos con los humanos. Pero los Suliban raptan al Klingon . La tripulación del Enterprise dispuesta a rescatar a su pasajero llega al sistema Rigel, último sistema visitado por su pasajero Klang (Tommy "Tiny" Lister, Jr), para buscar información sobre sus captores, el equipo de descenso es capturado por ex soldados Sulivan, estos eran el contacto de Klang en Rigel, estos explican a Archer la situación del Imperio Klingon y la misión de Klang, son atacados y han de salir por piernas de rigel, esto les sirve para encontrar la base de los Sulivan, donde probablemente se encuentre Klang, intentara rescatarlo, pero ¿a que precio?

Tras dos semanas en su primera misión de exploración del espacio profundo, el equipo de Enterprise todavía está adaptando su nave y preparándose para un primer contacto con otra civilización. El Enterprise en su búsqueda de otras especies sólo había logrado encontrar a un gusano que permanece en la enfermería por su mal estado y al que buena parte de la tripulación y en especial Hoshi le ha tomado mucho cariño. Pero el primer contacto aparece ante sus ojos en forma de una nave espacial. T'Pol, como buena vulcana, no siente gran interés por introducirse en la anve a investigar ya que no responde a sus llamadas pero el capitán decide investigar lo que allí ocurre. Entran en la nave y hallan unos humanoides muertos, que parecen haber sido víctimas de crueles experimentos. Hoshi es presa del pánico y quiere que el Enterprise regrese a la Tierra, pero Archer quiere continuar. Poco después son atacados por otra nave extranjera que parece querer llevarlos a la misma situación que los humanoides que habían encontrado. Sin torpedos (vieja versión de los legendarios torpedos fotónicos) y sin velocidad warp están perdidos hasta que aparece una segunda nave similar a la que habían investigado y donde encontraron a la tripulación muerta; pero no consiguen hacerles entender que ellos no son los culpables de estas muertes sino unas futuras víctimas sin su ayuda.

La Entreprise lleva tres semanas viajando cuando descubren un planeta de clase Menshara (viable para formas de vida humanoides). Se trata de un lugar idílico con abundante vegetación y bonitos paisajes que además presenta una atmósfera compuesta por un 17% de oxígeno y un 81% de nitrógeno igual que La Tierra, por lo que deciden explorarlo buscando vida o cualquier clase de huella de ella. Un equipo de investigación con una entomóloga llamada Elizabeth Cutler (Kellie Waymire), Ethan Novakovich (Henri Lubatti), Travis, Tucker, T'Pol y el capitán, embarca en un trasbordador dirigiéndose al planeta. También viaja con ellos Porthos, el perro de Archer. Tras varias peticiones deciden quedarse allí a pasar la noche acampados todos menos el capitán y tras unas cuentas historias de miedo al lado de la hoguera, los campistas se retiran a sus tiendas, pero no pueden dormir mientras que un vendaval repentino y feroz las envuelve. Ethan cree escuchar a alguien fuera de las tiendas. Retirándose a la seguridad de una caverna que habían encontrado aquella tarde a medio kilómetro se dan cuenta que han dejado atrás la comida y Travis se ofrece a ir a buscarla. Golpeado por el virulento viento y envuelto en la oscuridad llega al lugar donde habían acampado y allí puede apreciar a tres formas humanoides antes de regresar a la seguridad de la cueva. T'Pol sugiere que Mayweather imaginaba las figuras, Novakovich oye voces y entra en pánico por lo que quiere escapar de la cueva cuanto antes. Todo ocurre por un agente alucinógeno que les hace ver a seres extraños extraños, y a T'Pol como una traidora.

Mientras el capitán Archer se ducha comienzan a surgir problemas con los paneles de gravedad de la cubierta E que son subsanados rápidamente. Otros problemas surgen con la comida, con la temperatura, fluctuaciones de energía, etc. El jefe de ingeniería Trip Tucker determina que el flujo del extractor del plasma de la nave está siendo limitado por alguna razón afectando a muchos sistemas de la nave. Salen de velocidad warp y T'Pol localiza una distorsión en la estela de la nave que les hace encontrar una nave camuflada en su estela. Al descubrirlo entran en contacto con ellos contestan distanciándose como les ordenaron y solicitando que no les ataquen. Explican que sus motores están averiados y los utilizaban para poder viajar. Al desconectar el sistema de camuflaje muestran su buena voluntad. Trip debe ayudar a la nave extraterrestre durante tres días en las reparaciones a las que ha de someterse arreglando sus problemas de propulsión. Pero antes de entrar ha de pasar un periodo de decomprensión que le hace pasar bastante mal rato. En la sala de máquinas empieza a encontrarse mal, con falta de concentración y síntomas de fiebre, y Trena'l (Randy Oglesby), el capitán de la otra nave, aconseja que el ingeniero descanse para así poder aclimatarse mejor. Archer le ordena dormir por lo menos una hora y Trip cumple la orden a regañadientes. Cuando despierta se encuentra bastante mejor y charla amigablemente con una de las alienígenas de la otra nave, la ingeniera Ah'len (Julianne Christie), pero al tocarse saltan chispas entre ambos y ella le explica que es algo normal. Su nueva amiga le muestra su planeta Vera mediante un holograma, hasta la tierra del suelo parece real gracias a fotones resecuenciados; la imagen cambia y están en el mar en un bote , allí le invita a jugar con un bol lleno de gránulos donde ambos sumergen las manos (hacen falta 4 manos para jugar) y les permite leerse las mentes. Regresa a la Enterprise encantado con lo que ha

Hace más de 75 años que la nave espacial Conestoga, nave Kolinia, partió de la Tierra en una misión unidireccional de nueve años para establecer a la primera colonia humana fuera del Sistema Solar, llamada Terra Nova situada a menos de 20 años luz. Es la historia de una de las primeras colonias extrasolares de los humanos (ya existía Nuevo Berlín en la Luna y Utopía Planeta en Marte y colonias en asteroides), fundada mucho antes del desarrollo de las naves WARP 4.5 como la actual Enterprise NX-01. La misión iba a durar 9 años, en un planeta muy similar a la Tierra. Allí la colonia prosperó y era tal éxito que la agencia espacial tenía intención de enviar a más gente allí. Pero los colonos protestaron ya que llevaban allí 5 años y no querían a 200 personas más con ellos y los mensajes agresivos que se intercambiaban entre Terra Nova y la Tierra cesaron. Ahora el Enterprise pasados 70 años tiene la misión de averiguar qué pasó con ellos La Enterprise entra en orbita sobre la colonia y el capitán Archer intenta mantener un primer contacto. No aparecen bioseñales aunque la colonia parece intacta y hay señales bajas de radiación aunque no conocen su tipo. Archer, T'Pol, Travis y el teniente Malcolm Reed bajan a la superficie y descubren un pueblo desierto cubierto de óxido pero sin señales de lucha. Según sus análisis la radiación hace 70 años era mortal y no podían huir ya que la nave que allí los llevó la utilizaron para montar la colonia. Se trataba de un viaje de ida. Descubren a alguien en el bosque y Reed se dispone a perseguirlo. Persiguiéndolo llega a unas cuevas y todos se reúnen ante la entrada ya que se trata de unos túneles enormes que han de explorar. Allí encontrarán a los descendientes de los colonos, que ni son como los esperaban ni tienen ganas de hacer amistad..

El sobrino de 7 años de Tucker le ha enviado unos dibujos que han hecho y el doctor Phlox, el propio Tucker y T'Pol están observándolos cuando la Enterprise sale de velocidad warp. Un cometa nunca visto ni conocido por los vulcanos ha aparecido ante sus ojos. El cometa tiene unos 82.6 kilómetros de diámetro con una cola espectacular. Archer envía al comandante Reed y el alférez Mayweather a tomar algunas muestras de rocas ya que cuenta con un mineral llamado eisilium que es muy interesante y raro pero cuando se preparan para la misión una nave vulcana se aproxima. Se trata de la nave Ti'Mor, su capitán, Vanik (William Utay), les saluda y le comenta que les llama la atención su interés por el cometa y se quedarán a observar. T´pol no puede explicarle al capitán que hace allí esa nave. Se detectan unas transmisiones codificadas al camarote de T´pol de la nave Ti'Mor y el capitán Archer tiene que hacer frente a que posiblemente la vulcana ha roto su promesa de comentarle sus conversaciones con miembros de su raza por lo que ordena que Hoshi Sato descifre el mensaje. Archer dirige desde el puente un mensaje a los alumnos de cuarto curso que cursan estudios con el sobrino de Tucker en Irlanda y contestan a sus múltiples preguntas sobre la comida, sobre si se liga, como hablan con los alienígenas o la pregunta que le toca contestar a Tucker “al tirar de la cadena a donde va todo”. En el cometa Reed y el alférez Mayweather construyen un muñeco de nieve mientras prosiguen con sus investigaciones. Tras descifrar el mensaje se dan cuenta que es una carta personal para T'Pol y Tucker que la ha leido se siente tremendamente culpable por ello, tanto que decide contárselo. Ella se siente incómoda con Tucker ya que sabe su situación, aunque él acuerda guardarla para si mismo. T'Pol incluso no confiará en el Dr. Phlox cuando recibe tratamiento para un dolor de cabeza y insomnio que le provoca la tensión, pero el doctor aconseja que ella hable con

La nave Fortunate, capitaneada por el capitán Keene (Charles O. Lucia) es atacada por los nausicanos y el alto mando, personificado en la persona del almirante Forrest (Vaughn Armstrong), se pone en contacto a las cuatro de la mañana con el capitán Archer para que de la vuelta y ayude al carguero Fortunate ya que no saben nada de ellos y la Enterprise es quien puede llegar primero para ayudarlos. El Fortunate es un carguera clase Y con una velocidad máxima de warp 1,8 y 23 tripulantes adultos. Equipados con un pequeño cañón de plasma y algún posible refuerzo. La Enterprise llega al lugar y detectan el reactor desactivado y los sistemas sin funcionar. Deciden abrir un canal de comunicación pero no reciben señal ni respuesta a pesar que detectan 24 bioseñales. Acuden a bordo en una lanzadera y ya aproximándose encuentran restos de varias naves pero no se detectan cuerpos, solo materia inorgánica en esos restos. Ya a bordo de la nave gracias a una escotilla no dañada se encuentran con varios tripulantes, el primer oficial Matthew Ryan (Lawrence Monoson) entre ellos. Es ahora el capitán de la nave ante el mal estado de Keene y quien les informa que han sido atacados por piratas nausicanos. Dicen no necesitar ayuda y que la señal de SOS ha sido un ataque de nervios de uno de los tripulantes. Tras la insistencia se dejan ayudar ya que tienen varios heridos. Pero esconden un gran secreto, ya que en una de las bodegas tienen a un prisionero nausicano del que quieren obtener las claves de las frecuencias de la modulación de los escudos de la nave nausicana.

Al líder suliban Silik (John Fleck) su misterioso comandante del futuro le quita los ojos y lo amenaza con deshacerse de él y no devolvérselos si no tiene éxito en su siguiente misión. La Enterprise pasa cerca de un vivero estelar y el capitán Archer decide aproximarse para mantener contacto y saludarlos. El primer contacto es con una nave que escolta a un grupo de individuos profundamente espirituales en su peregrinaje a la gran llama de Agosoria. Cada once años una protoestrella emite una explosión de neutrones y esos “caballeros” creen que eso es algo sagrado. Ocurrirá en un día y Archer pide permiso para acompañarlos y los invita a cenar en la Enterprise aunque el capitán Fraddock (Michael O'Hagan) prefiere quedarse en su nave. Cuando los invitados llegan son bien recibidos por la tripulación con el capitán Archer al frente, Prah Mantoos (Joseph Hindy) uno de los visitantes es el primero en saludar aprendiendo a hacerlo dando la mano y les explica que han viajado muchos años luz para ver el acontecimiento. Además les traen uno presentes, un reloj que cuenta el tiempo desde el origen del universo y un licor. Los invitados visitan la nave pero uno de ellos vemos que es capaz de “dislocarse” un brazo para acceder a uno de los tubos y arrancarlo. El capitán Fraddock les advierte contra la tormenta de plasma que se aproxima y es mejor que intenten rodearla. Mientras el doctor Phlox explica a los invitados su trabajo. Las turbulencias aumentas y se quedan sin electricidad en la cubierta C mientras la tormenta se aproxima y les cuesta bordearla. Además se produce una sobrecarga en los reles de impulso y las anomalías no paran de aparecer en la nave mientras pierden potencia. Pero algo ha pasado que ha evitado que los daños fueran mayores y explotase el reactor. Uno de los visitantes no es quien dice ser, es Silik, pero les ha salvado, y más adelante el capitán descubre que Daniels (Matt Winston), el hombre que le sirve el desayuno, no

El Enterprise explora Valakis, un planeta descubierto recientemente, habitado por dos pueblos distintos. Una de las razas padece una enfermedad incurable, con millones de muertos. A Phlox se le plantea un difícil dilema ético. ¿Podrá Phlox con toda su ciencia médica ayudar a esta gente?....

El Enterprise encuentra una nave Klingon averiada. T'Pol, Hoshi y Reed vuelan hasta allí en una lanzadera para investigar. Mientras el equipo del Enterprise inspecciona la nave, una mujer Klingon roba su lanzadera. T¡pol, Hoshi y Reed están atrapados en el carguero averiado, y ahora al capitán Archer le toca encontrar a la mujer Klingon para poder rescatar a su equipo...

Cuando los Ferengi abordan la nave, toda la tripulación duerme. También Phlox y T'Pol, con quien uno de los ladrones se muestra entusiasmado, están bajo ese efecto. Los Ferengi registran ávidamente la nave y se llevan todo lo que no está sólidamente fijado. La única esperanza que le queda al Enterprise es Trip, vestido con ropa interior azul...

En un almuerzo de negocios con un comerciante que intenta vender seda a T'Pol, surge en la conversación un planeta donde aquél ha encontrado una nave. Al no ver signos de vida, se acercó para echar un vistazo y se dio cuenta que allí había todo lo que la tripulación necesita. Por diez kilos de café estaría dispuesto a darle las coordenadas. ¿Por qué no se las llevó él mismo? Porque la tripulación se lo impidió. Cuando Archer T'Pol, Trip y Merryweather avistan la nave, sus tricordios emiten la misma señal que el del comerciante: ningún signo de vida. Cada vez tienen más la impresión de que el lugar está realmente embrujado. T`Pol oye ruidos sin detectar la menor señal de vida, ni siquiera de ratas, ven sombras, se sienten vigilados. Siguen a una de las sombras hasta un jardín en medio de la nave, envuelto en una nube de vapor. Allí encuentran a la tripulación, a la que enseguida empiezan a ayudar a reparar la nave. Sin embargo, la nave y su tripulación guardan un sombrío secreto...

"¡Comen ustedes como cerdos!", es la única frase que Hoshi creyó entender mientras los Kreetasen abandonaban ofendidos la nave, tras lo que Trip describió como"el primer contacto más corto de la Historia". Hoshi está deprimido, aunque T'Pol le aclara que ha sido culpa suya que el encuentro fracasara, y el capitán se encierra en su cámara. Si el capitán supiera que a bordo hay una forma amorfa y que se deshace, no se hubiera dejado convencer tan fácilmente por Trip. Sólo Hoshi se da cuenta de que algo no va bien. Y mientras la mayoría de la tripulación intenta ver una película de terror, él experimenta la suya propia...

Tras un corto rodeo, el Enterprise se encuentra otra vez rumbo a Risa. Pero en mitad de los preparativos el Enterprise recibe una llamada de socorro y Archer decide ayudar a la nave. El capitán de la nave es un extraterrestre vigoroso y amable llamado Zombral, que invita a Archer y Trip a un banquete en su honor en su planeta, pues al parecer entre ellos no es obligado atender las llamadas de socorro, y además a Trip le ha costado mucho trabajo reparar la pequeña nave. Aunque Trip se muestra poco entusiasmado, entre otras razones porque ya tuvo alguna desagradable experiencia con la carne de serpiente en el desierto australiano, deciden aceptar la invitación ante la perspectiva de una comida suculenta. Pero cuando se descubre que el amable Zombral es un terrorista a en busca y captura, los peores temores de Trip amenazan con hacerse realidad...

Cuando la tripulación visita una colonia de una raza llamada Paraaganos, ocurre un accidente, en el que mueren 3600 habitantes, del que aparentemente es culpable el Enterprise. Aparte de su presencia, no hay pruebas de la culpabilidad del Enterprise, pero para los mandos de la Flota estelar no hay duda: la misión de la tripulación en el espacio debe interrumpirse. A raíz de esto, la Humanidad vuelve a encontrarse como estaba 20 años atrás. Archer se va a la cama tras un día duro, y se despierta al día siguiente en su apartamento de San Francisco con las misma llamada de Trip, diez meses antes, antes del incidente de Broken Bow, antes de que los hombres se lanzaran al espacio en una misión sin un objetivo determinado....

El Enterprise penetra en un sistema desconocido para explorar un planeta similar a la Tierra. Antes de que la nave entre en órbita, es alcanzada por una potente explosión que abre un gran agujero en la cubierta. Otra mina se adhiere a la cubierta de la nave, y sólo el teniente Reed está en condiciones de desactivarla. Cuando está haciéndolo, se presentan los propietarios del sistema y exigen al Enterprise que abandone inmediatamente el sistema, lo que no es posible debido a lo dañado que está y a la otra mina...

Los graves daños causados por el campo de minas enemigo obligan a la tripulación del Enterprise a buscar un lugar adecuado para repararlo. Tras inspeccionar la cubierta exterior, los peores temores del capitán se hacen realidad: sin ayuda exterior, la reparación duraría más de dos años. Un vuelo más largo a velocidad superior a Warp tampoco es posible. El ojo avizor del oficial científico T'Pol descubre un hangar de reparación automática con tecnología extraordinariamente avanzada. La reparación concluye en apenas dos días. De pronto, el alférez Merryweather ha desaparecido, aunque el capitán no le había autorizado a abandonar el puerto, lo que da comienzo a una búsqueda desesperada por la estación desconocida...

El Enterprise se aproxima a una colonia minera de una especie desconocida para reaprovisionar las reservas de deuterium de la nave. Exigiendo un precio desorbitado, los vendedores sólo están dispuestos a suministrarles 100 m de deuterium. Pronto se sabrá la razón, cuando aparece un carguero Klingon. Archer observa la conversación y pronto se da cuenta de que la culpa de este absurdo no es de los nativos, sino de los Klingon. Éstos extorsionan a los colonos desde hace 5 años más de 100.000 m de deuterio al año. En caso de que los colonos no cumplan lo exigido, matan a sus familias y destruyen sus casas. Archer decide ayudar a los colonos a su manera...

"Nota en el cuaderno de bitácora del oficial científico, 14 de agosto de 2152. La Enterprise continúa en ruta hacia el sistema Trinary. He enviado una llamada de socorro, pero la nave vulcaniana más próxima se encuentra a nueve días de distancia. Cuando quieran llegar, lo más probable es que encuentren sólo nuestros restos, o ni siquiera eso. Incluso aunque el Enterprise resista al agujero negro, la tripulación no podrá sobrevivir..."

Trip y Hoshi intentan comprender unos dibujos con miles de años de antigüedad, para lo cual toman datos. Ya han tomado notas en 24 cámaras en ruinas, que recuerdan a los aztecas. Pero ya no harán más por hoy: una tempestad se aproxima a velocidad de vértigo. Desgraciadamente, no pueden usar la lanzadera, así que la única posibilidad es ser teletransportados. Hoshi sostiene que no quiere que dividan sus moléculas y luego las vuelvan a unir. Trip afirma estar dispuesto a ir el primero. Como con él todo sale bien, Hoshi se deja también teletransportar. Y, al menos en apariencia, todo sale bien...

La Enterprise acaba de descubrir un planeta con una extraordinaria riqueza de fauna y flora, y un cañón cinco veces más profundo que el Cañón del Colorado. Además, sólo oscurece cuatro veces al mes: sus dos soles obran el milagro. La próxima semana se anuncia pródiga, no sólo en resultados sorprendentes, sino también en posibilidades de hacer rafting por los ríos y otras muchas cosas. Sin embargo, la alegría no durará mucho. En mitad de los preparativos, les interrumpe la llamada de una nave. El único deseo de su tripulación: que los traigan a bordo para huir tan pronto como sea posible a velocidad warp 7. Una tempestad radiactiva se aproxima a esa velocidad . El problema es que la Enterprise sólo alcanza la velocidad warp 5...

Las constantes vitales de T'Pol siguen aumentando, lo que en opinión de Phlox significa que si no se encuentra una cura mejor, ella morirá. Afortunadamente, hay una conferencia donde están reunidos médicos procedentes de muchos planetas. Allí, Phlox espera obtener una solución de los Vulcanianos. Pero T'Pol cree que es muy peligroso hablar sobre su enfermedad, ya que, si se sabe que ella está enferma, quedará marcada para siempre con el estigma...

La Lanzadera Uno sale sin tripulantes al espacio. Hoshi intenta ponerse en contacto con ella, pero, al no obtener respuesta, abandona. Reed descubre que las armas de la nave han sido disparadas, y que el sistema principal de energía, la gravedad artificial y los sistemas para mantener la vida han sido desconectados, aunque no hay bioseñales de vida. Cuando examinan la lanzadera, descubren restos de sangre de Tucker y Archer, quienes se encuentran encadenados en una nave camino de una colonia penitenciaria: Canamar.

La nave es tragada por una nave alien ocupado por criaturas no corporeas que invaden los cuerpos de los miembros de la tripulación.

El Capitán Archer está acusado ante un tribunal Klingon de conspirar contra el Imperio, y su única esperanza de escapar a una pena de muerte o ser esclavo en la mina de dilithium de Rura Penthe esta en un envejecido y desencantado abogado Klingon con poco interes por el caso.

Cuando la nave invierte su curso para ir a investigar un fenómeno planetario, Mayweather aprovecha la oportunidad de visitar la nave de carga donde nació y creció, el E.C.S. Horizon. Pero su padre, el capitán de la nave, recientemente murió, y Travis descubre que las cosas en casa no son como parecen.

Mientras estudian una estrella en las fases anteriores de volverse supernova, la nave se encuentra con una raza llamada Vissians. Las dos tripulaciones se llevan bastante bien, hasta que Tucker se pone demasiado curioso sobre un miembro del tercer género de la especie: un individuo llamado "cogenitor."

Un equipo de investigación ártica en la Tierra descubre los restos de una nave alien, de casi un siglo atras, enterrado en un glaciar junto con los cuerpos de dos humanoides cibernéticos. Una vez que estos seres se deshielan para investigarlos, vuelven a la vida y raptan a los científicos y se escapan en su nave. La enterprise debe interceptarlos, pero el Capitán y su tripulación descubren que estos cyborgs son un enemigo terrible.

La tripulación sufre los efectos de distorsión espacial producidos por la expansión délfica mientras son atacados por unos aliens.

La Enterprise está a punto de una confrontación con los Xindi cuando de pronto toman a una extraña pasajera, una hermosa esclava Rajiin.

Un poderoso telépata hace contacto con Hoshi y le ofrece ayudarlos a encontrar a los Xindi a cambio de un precio.

Archer, Reed y el Mayor Hayes se infiltran en una colonia minera Xindi con el objeto de descubrir el arma de destrucción masiva que usarán contra la tierra.

Un grupo de religiosos Zealotes secuestran la nave para usarla contra sus enemigos de la fe.

Una nave Andoriana al mando del comandante Shran llega a la Expansión Délfica para ayudar a la enterprise del ataque Xindi.

Archer finalmente se encuentra cara a cara con Degra, el diseñador de la super arma Xindi, a quien trata de forzar para que revele su ubicación.

La vida de los tripulantes de la nave queda en manos del Dr. debido a que deberán ser puestos en coma para poder sobrevivir a un disturbio transdimensional.

Archer es devuelto a la nave inexplicablemente después de una brutal tortura por parte de los Xindi. La Enterprise se recupera de los daños sufridos por el ataque de los Reptilian. Archer se entera que hay una facción del consejo Xindi que quiere dialogar con él, pero son varios años luz y la nave esta averiada.

Un grupo peligroso de humanos mejorados genéticamente llamados Augments escapan de un planeta prisión. Buscan crear una guerra entre Klingons y humanos. La enterprise es alistada junto al criminal Dr. Arik Soong, creador de estos superhombres, para cazarlos.

T'Pol y Archer encuentran a los Syrrannites (una facción religiosa). Archer se entera de los planes del alto mando vulcano de iniciar un ataque contra Andoria, lo que sumergiría a la Tierra en un conflicto interplanetario.

El inventor del transportador, Emory Erickson, viene a la Enterprise a hacer un experimento arriesgado.

Después de un acuerdo con los Orions. El comerciante le obsequia tres mujeres a Archer que cautivan a todos los hombres de la nave excepto a Trip.

En un universo paralelo y como segundo a bordo, Archer y la tripulación de la Enterprise inician un motín contra el capitán Forrest para apoderarse de una nave terrestre en el espacio Tholiano.

Seis años en el futuro, un emotivo Capitán Archer y la tripulación vuelven a la Tierra para entregar la Enterprise.