Junto con la llegada de los meteoritos, llegan dos seres Kriptonianos malvados, Aethyr y Nam-Ek, en busca de Kal-El. Clark Kent es transportado junto con Chloe desde las cuevas Kawatche al Ártico y la Fortaleza de la Soledad se crea en el hielo. Jor-Er empieza a educar a Clark, pero cuando Clark ve que Chloe necesita ayuda, detiene la clase y le promete a Jor-Er regresar antes de la puesta de sol.

Jor-Er le quita los poderes a Clark, convirtiéndole en un humano. Feliz por ser “normal”, Clark intenta continuar su relación con Lana, sin embargo, Jonathan y Martha son retenidos como rehenes por tres individuos y Clark se da cuenta de cuánto necesita a sus poderes.

Gabriel Duncan, trastornado mentalmente, roba un arma nuclear y empieza la cuenta atrás para que un misil impacte sobre Smallville en una hora. Gabriel llama a su amiga Chloe, que se dirige hacia la universidad y le pide que se marche porque va a destruir a toda la población. Mientras tanto, Clark y Lana han dormido en su habitación y, a primera hora, Lana se marcha a hurtadillas de la casa, pero Jonathan y Martha le ven. Cuando Chloe llama a Clark, él simula un accidente de coche con Chloe para que aparezca Gabriel. Cuando Gabriel se encuentra con Clark, dispara a Clark, que aún no tiene poderes y se encuentra gravemente herido.

Clark conoce a Arthur “AC” Curry, un chico joven con una extraordinaria fuerza bajo el agua. AC se encuentra en Smallville deseando sabotear un experimento de LuthorCorp que amenaza la vida marina. Mientras permanece en Smallville, AC siente atracción por Lois.

Lana Lang le cuenta a Clark que se muda a la Universidad de Metrópolis y que ha sido aceptada por la Hermandad de Vampiresas liderada por Buffy Sanders. Mientras tanto, en el Daily Planet, Pauline Kahn le niega un puesto a Chloe Sullivan, pero al final le propone que escriba una buena historia y que pruebe que puede formar parte del equipo de reporteros.

Mientras trabaja en el turno de noche del Daily Planet, Chloe recibe una preocupante llamada de una mujer que afirma estar en peligro. Chloe y Lois quedan con la mujer, pero un coche le atropella y las dos amigas son testigos del asesinato. Al mismo tiempo, el Senador Jack Jennings visita la granja de sus amigos los Kent, intentando descansar de su campaña para el senado.

En su visita a Lana en Metrópolis, Clark abre un paquete dirigido a Lana, aparentemente enviado por Lex Luthor y resulta infectado por una astilla de un meteorito plateado de kriptonita. Clark sufre alucinaciones y cree que Chloe, Jonathan, Martha, Lana y Lex actúan contra él, por lo que se defiende de sus “enemigos”.

Al regresar a casa con Lois, Martha es alcanzada por una luz seguida de un rayo y contrae una enfermedad kriptoniana letal. Clark sospecha de Jor-El y le pide ayuda al profesor Milton Fine. El profesor le explica que Jor-El fue un dictador en Krypton, que destruyó a su líder Zod y al planeta y que envió a Clark a la Tierra para dominar el mundo. Además, le dice que la única manera de salvar a Martha es destruyendo la Fortaleza de la Soledad. Mientras tanto, Lionel convence a Chloe para que investigue al profesor Milton Fine y averigüe quién es realmente.

En un barrio peligroso de Granville, Kansas, tratando con maleantes para frenar el ascenso de Jonathan Kent al senado, Lex es disparado en dos ocasiones mientras intentan robarle el coche y cae en coma. En su experiencia cercana a la muerte, Lex sueña que es un hombre normal y querido en Smallville, y que sus mejores amigos son Jonathan y Clark. Además, sueña con ser de clase media y estar con una embarazada Lana y su hijo Alexander.

En su campaña hacia el senado, Jonathan contrata a Lois como asesora. Mientras tanto, su oponente, Lex, es visitado por un grupo de fans liderados por una fanática Samantha Drake. Esta mujer amenaza la seguridad de Jonathan.

El agente de policía que sobrevivió al ataque de los Kriptonianos y su novia, irrumpen en la mansión de Lex pidiendo la ubicación de la nave espacial, pero Lex se encierra en la habitación del pánico. Accidentalmente, Clark averigua la asociación de Lana y Lex en su búsqueda de la nave. Lana es secuestrada para obligar a Lex a salir de la habitación. Le disparan pero Lana consigue escapar a la habitación del pánico con él.

Clark le confía su secreto a Lana. Jonathan y Lex son informados de los resultados de las elecciones y en un trágico accidente de coche en la autovía, alguien querido muere, obligando a Clark a pedirle ayuda a Jor-El.

Clark Kent pierde el resto de semestre en la universidad para ayudar a Martha en la granja. Echa de menos a Jonathan y no ha superado la pérdida de su padre adoptivo. Martha le ofrece el reloj de Jonathan a Clark, pero éste lo rechaza. Martha acude a Metrópolis para donar las pertenencias de Jonathan a una misión, pero es asaltada por dos delincuentes. Aunque le rescata un vigilante, uno de los ladrones roba el reloj. Clark se siente culpable con respecto al reloj y visita a Chloe, para tratar de encontrar a los ladrones. Deciden contactar con el Ángel de la Venganza, quien les revela su identidad. Es una compañera de Chloe, Andrea Rojas, que consiguió poderes hace seis meses a raíz de un transplante de corazón de un donante que había sido alcanzado por una lluvia de meteoritos.

Chloe empieza a ver el espíritu de una chica muerta. Por supuesta, nadie le cree, ni siquiera Clark. Cuando encuentra el cuerpo en una pared del Talón, es poseída por el espíritu de la chica y busca a su asesino.

Víctor Stone era un jugador de fútbol de Metrópolis hasta que un accidente de coche le mató, junto con algunos de sus amigos. Todos pensaron que había muerto, pero Víctor fue rescatado por un científico loco que lo convirtió en un ciborg: mitad humano, mitad máquina.

Simone, usa su encanto para seducir a la gente y que cumplan sus deseos. Cuando hipnotiza a Clark con un pendiente azul, arruina su relación con Lana e hipnotiza a Martha y Lex.

Distraída por la ruptura de su relación con Clark, Lana cae en manos de un estudiante de medicina que experimenta con un suero de kriptonita, que permite a las personas permanecer en estado de semi-muerte para ver a sus amados muertos. Lana intenta ver a sus padres utilizando el suero y cuando Clark regresa de Honduras para ayudarle, el médico le inyecta el suero. Clark habla con su padre fallecido, que le advierte que Lionel conoce su secreto.

Clark y Martha acogen a una niña pequeña, Maddie, después de que su madre haya sido apuñalada brutalmente hasta causarle la muerte. Cuando se descubre que Maddie tiene el poder de romper cristales, se convierte en la principal sospechosa. Mientras tanto, Chloe interrumpe a Lex y Lana en una situación comprometida.

Lionel Luthor es secuestrado. Su secuestrador le dejará marchar si sobrevive a unas pruebas que le presentará. Además, secuestra también a Martha Kent. Con el tiempo en contra, Lionel tiene que salvar a Martha y sobrevivir lo suficiente como para que Chloe y Clark les encuentren.

Clark le salva la vida a un chico joven que resulta ser un asesino a sueldo con poderes camaleónicos que le convierten en invisible. Este chico, Graham, quiere concederle a Clark lo que quiera a cambio, incluida la oportunidad de que vuelva con Lana. Para alcanzar su propósito, intenta matar a Lex Luthor.

Jonathan Kent se le aparece a Clark en su cumpleaños y le sorprende aún más cuando le dice que tiene que matar a Lionel Luthor.

Cuando Lex es abducido por Fine, Clark recibe extrañas advertencias de Jor-El diciéndole que tiene que sacrificar el navío. Clark teme que esto signifique que tiene que matar a Lex para que el malvado Zod no pueda escapar de la Zona Fantasma. Para empeorar las cosas, Fine libera el virus en la ciudad de Metrópolis, con consecuencias impactantes…