Lana Lang intima cada vez más con Clark. El doctor Fredrick Walden recupera la conciencia y repite siempre la misma frase: “el día llegará y él reinará en el mundo”. Cree que Clark es una amenaza para la humanidad y se escapa de la institución mental, utilizando el enorme poder que ha adquirido, con la intención de matar a Clark.

Clark ha empezado a salir con Lana. Helen Bryce cancela su boda con Lex, pero después se da cuenta de que le quiere y se casan. Jonathan y Martha están entusiasmados al saber que Martha está embarazada. La memoria de Jor-El le habla a Clark, revelándole que debe abandonar Smallville, sus amigos y parientes y cumplir con su destino. Clark decide destruir la nave. La nave explota, causándole un aborto a Martha.

En Metrópolis, tres meses más tarde, influido por la kriptonita roja, Clark se convierte en un criminal. Mientras tanto, Lex Luthor es declarado muerto, pero está vivo en una isla remota. Lana Lang y Jonathan Kent intentarán traer a Clark de vuelta a Smallville.

Lex se apunta a un programa especial para intentar recuperar su memoria. Cuando Clark es informado de ello, intenta convencerle para que no lo haga. Preocupado por Lex, acude a Lionel en busca de ayuda, pero éste le pone una trampa. Cuando Clark es sometido al aparato para recuperar su memoria, recuerda el momento en el que su madre, Lara, preocupada por si le querrían o no, le introduce en la nave que salvará su vida. Clark se da cuenta de que su madre biológica le quería y adquiere una nueva perspectiva de sus verdaderos orígenes.

Clark Kent se ve sorprendido por Kara, una mujer que dice proceder de Krypton y que le pide que le siga a través de las cuevas. Mientras tanto, decide testificar contra Lionel Luthor para mantenerle en la cárcel y Lana Lang se marcha a Paris.

El disco metálico le es devuelto a Clark después de la muerte de Virgil Swann. Al insertar el disco en la cueva, éste revela un mensaje de Jor-El que le dice a Clark que debe encontrar los cristales de Kripton. El mensaje le explica a Clark que si un humano une los cristales, podría destruir la Tierra, por lo que Clark se une a Lana, Lex y Jason para hallar uno de los cristales en China.

Cuando Lana mata a Genevive Teague con uno de los Cristales del Conocimiento Kriptoniano, pone en marcha un evento cósmico que envía meteoritos hacia la Tierra y Smallville. Temiendo que él está unido a estos meteoritos, Clark se marcha a hablar con Jor-El. Jor-El le informa que su única esperanza es la de reunir los cristales del conocimiento en la cueva. Con el tiempo en contra, Clark se desplaza hacia donde se encuentran los otros dos cristales.

Junto con la llegada de los meteoritos, llegan dos seres Kriptonianos malvados, Aethyr y Nam-Ek, en busca de Kal-El. Clark Kent es transportado junto con Chloe desde las cuevas Kawatche al Ártico y la Fortaleza de la Soledad se crea en el hielo. Jor-Er empieza a educar a Clark, pero cuando Clark ve que Chloe necesita ayuda, detiene la clase y le promete a Jor-Er regresar antes de la puesta de sol.

Al regresar a casa con Lois, Martha es alcanzada por una luz seguida de un rayo y contrae una enfermedad kriptoniana letal. Clark sospecha de Jor-El y le pide ayuda al profesor Milton Fine. El profesor le explica que Jor-El fue un dictador en Krypton, que destruyó a su líder Zod y al planeta y que envió a Clark a la Tierra para dominar el mundo. Además, le dice que la única manera de salvar a Martha es destruyendo la Fortaleza de la Soledad. Mientras tanto, Lionel convence a Chloe para que investigue al profesor Milton Fine y averigüe quién es realmente.

Clark le confía su secreto a Lana. Jonathan y Lex son informados de los resultados de las elecciones y en un trágico accidente de coche en la autovía, alguien querido muere, obligando a Clark a pedirle ayuda a Jor-El.

Cuando Lex es abducido por Fine, Clark recibe extrañas advertencias de Jor-El diciéndole que tiene que sacrificar el navío. Clark teme que esto signifique que tiene que matar a Lex para que el malvado Zod no pueda escapar de la Zona Fantasma. Para empeorar las cosas, Fine libera el virus en la ciudad de Metrópolis, con consecuencias impactantes…

Con Clark en la Zona Fantasma, una cárcel Kriptoniana creada por Jor-El, Clark se encuentra sin poderes. Mientras tanto, Metrópolis es un caos. Zod sigue controlando el cuerpo de Lex y mantiene a Lana cautiva. Pretende convertir a la Tierra en un planeta parecido a Krypton.

Clark y Lois descubren la nave de Kara, pero antes de poderla abrir, aparece Kara y deja a Lois sin sentido. Clark se sorprende cuando Kara le informa que ella está ahí para proteger al bebé Kal-El. A pesar de la aparición de Kara, Clark decide que sin Lana, no hay nada que le retenga en Smallville y se marcha a la Fortaleza de la Soledad donde empieza su entrenamiento como superhéroe. Jor-El le dice quién es el padre de Kara y que ella es peligrosa, por lo que Clark se debe quedar en Smallville para averiguar por qué ella ha venido a la Tierra. Lex averigua algo sorprendente sobre Lana y el proyecto 33.1.

Clark escucha la voz de su madre biológica, Lara, pidiendo ayuda desde el cristal de Kara y decide liberarla a pesar de las advertencias de Jor-El. Pronto descubrirá que ha sido manipulado, aunque demasiado tarde. Mientras tanto, Chloe y Lex descubren que Lois y Grant se han estado viento y le advierten que se detenga.

Clark se encuentra tan feliz con su relación con Lana, que le cuenta que se siente como si pudiera volar. Lex trabaja en un negocio nuevo. Hay otro Kriptoniano oculto en la Tierra.

Jor-El le enseña a Clark lo que hubiese sido la vida en la Tierra si él no le hubiese enviado a ella y le hubiera dejado seguir la misma suerte que los habitantes de su planeta.

Los recuerdos de Chloe empiezan a desvanecerse uno por uno hasta el punto de que la única persona a la que recuerda es Davis. Clark se da cuenta de que el culpable es Brainiac, que está borrando los recuerdos de Chloe. El único modo de impedir que se apodere de su mente es reconstruir la Fortaleza y pedirle a Jor-El que la cure.

Clark le dice a Jor-El que está preparado para empezar con su entrenamiento, pero Jor-El lo envía de vuelta a Metrópolis para cortar los vínculos con Lois antes de que pueda empezar. Chloe se queda conmocionada cuando Lois de repente aparece después de haber estado desaparecida durante semanas, pero Lois no recuerda haberse desvanecido en el aire con el anillo de la Legión. Mientras investiga el descarrilamiento de un monoraíl, Lois se encuentra con John Corben, un nuevo reportero del Daily Planet, con una actitud negativa hacia el Borrón-Rojo-Azul. Chloe le suplica a Clark que use el anillo de la Legión para volver atrás en el tiempo y salvar a Jimmy, pero él se niega, provocando una fisura en su amistad. Mientras tanto, Oliver continúa avanzando en un oscuro camino, y Zod llega a la mansión de los Luthor...

Tess obliga a Oliver a ir a la gala de las Industrias Queen para hacer descansar al Consejo, pero las cosas se tuercen cuando Toyman aparece con una bomba y planea cobrarse venganza contra Oliver. Toyman le dice a Oliver que debe confesar el haber asesinado a Lex o volará el lugar. Mientras tanto, como parte de su entrenamiento, Jor-El le da a Clark la habilidad de escuchar los pensamientos de la gente.

El estreno de la décima temporada comienza exactamente donde terminó la novena. Lois encuentra el cuerpo sin vida de Clark y elimina la kryptonita azul que le permite curarse a sí mismo. Lois se escabulle antes de que Clark despierte totalmente, con el fin de proteger su secreto. Chloe está desesperada por encontrar a Oliver, por lo que acude a una fuente poco ortodoxa para las respuestas. Jonathan Kent vuelve a la granja con un mensaje para Clark, y Tess se despierta en un laboratorio de LuthorCorp.

Clark Kent está en un estado de nostalgia después de que Martha le cede la escritura de la granja como regalo de bodas, preguntándose si eso sugiere que él y Lois deberían vender y mudarse. Clark Luthor lo sorprende, usando la caja de espejo y rompiéndola después de haber enviado a Kent a su mundo, luego engaña a todos por un tiempo, en busca de una venganza sangrienta contra al menos un Luthor. Kent se encuentra a sí mismo como el enemigo público número uno, contra quien todos llevan kryptonita verde, en el funeral de Oliver, donde un amargo Jonathan reprende al "Scrooge". Reconocido y ayudado por la otra Lois, él busca apaciguar el odio y encontrar una manera de regresar. El Dr. Emil Hamilton intenta frenéticamente reparar la caja de espejo, justo a tiempo.

Buscando el Arco de Orión, el único medio conocido para detener la Oscuridad, Oliver y Kara llegaron independientemente al mismo santuario subterráneo lleno de trampas. Kara quedó atrapada, pero Oliver la rescata al estilo de Indiana Jones. Juntos descifran y siguen las pistas hasta el arco, solo para llevarse una amarga sorpresa. Mientras tanto, en lugar de dar su bendición en la fortaleza, Jor-El transfiere temporalmente los superpoderes de Clark a su novia, quien ya es demasiado engreída.

La historia de Clark Kent culmina en este final de dos horas de la serie mientras Clark da el último paso para convertirse en el Hombre de Acero.