Con Clark en la Zona Fantasma, una cárcel Kriptoniana creada por Jor-El, Clark se encuentra sin poderes. Mientras tanto, Metrópolis es un caos. Zod sigue controlando el cuerpo de Lex y mantiene a Lana cautiva. Pretende convertir a la Tierra en un planeta parecido a Krypton.

Todavía sintiéndose culpable por la destrucción que causó mientras fue Zod, Lex organiza un baile de disfraces para recaudar fondos. Mientras tanto, Clark y Chloe persiguen a una criatura que usa cuerpos humanos como ungüento para procrear y la persecución se intensifica cuando la criatura secuestra a Jimmy.

Clark se preocupa cuando averigua que Raya consiguió escapar de la Zona Fantasma y que ha venido a verle a Smallville. Ambos se sienten unidos y Raya le enseña cómo restaurar el poder en la Fortaleza de la Soledad, sin embargo Baern, un asesino que escapó de la Zona Fantasma, quiere vengarse por su encarcelamiento.

Clark descubre que un Zoner ha aterrizado en Seattle y que absorbe los huesos de las personas. Mientras tanto, un paciente con la habilidad de transformarse en diferentes frecuencias, escapa del laboratorio secreto de LuthorCorp y quiere vengarse de Lex, haciéndole prisionero de otro tiempo espacial, desde el que puede ver y oír a todos, pero nadie le ve.

Un inmigrante ilegal de la granja de Mc Nally le pide ayuda a Clark. Entonces descubre que su vecino mantiene secuestrados a inmigrantes para que trabajen en su campo. Viéndose a sí mismo como un inmigrante ilegal, Clark le pide ayuda a Martha para que un chico y su madre se puedan quedar en el país.

Después de que Lana le confiesa a Chloe que tiene sus dudas con respecto a casarse con Lex debido a sus sentimientos por Clark, la columnista del Daily Planet, Linda Lake, escribe una historia al respecto. Chloe investiga y averigua que tiene la habilidad de convertirse en agua para escuchar conversaciones secretas y escribir sobre ellas en su columna. Mientras tanto, Lois sospecha que Oliver es la Flecha Verde y le pide a Clark que le ayude a probarlo.

Después de que Lois utilice la kriptonita roja en su lápiz de labios, se siente fuertemente atraída por Clark. Ambos se besan y ella le transfiere la kriptonita roja, por lo que el malvado Clark emerge rápidamente. Afectado por la piedra roja, Clark decide evitar la boda de Lex y Lana y secuestra a la novia.

Tras recibir una fotografía de sí misma cambiándose en su habitación, Lana se da cuenta de que alguien le está acosando. Mientras tanto, Jimmy termina su relación con Chloe porque, según él, ella no ha superado sus sentimientos hacia Clark.

Chloe encuentra a una persona afectada por la lluvia de meteoritos. El hombre, Tobías, es ciego pero puede descubrir quién tiene poderes. Chloe advierte a Clark del peligro y Lana, temerosa de que Tobías puede descubrir las habilidades de Clark, le promete un transplante de córnea. Sin embargo, no está preparada para la noticia que le dará Tobías.

Tras una reunión secreta con Lionel, Lana es disparada en el Daily Planet por un francotirador misterioso. Jimmy es dejado inconsciente mientras estudiaba unas fotografías de los años 40 y sueña con que Lana es la mujer fatal que planeaba matar a su marido Lex, Clark trabaja como reportero en el Daily Planet y Lois es una cantante escultural de un bar, propiedad de Lionel. Mientras tanto, en el presente, Clark descubre por qué Lana se casó con Lex.

Clark se enfrenta a Bizarro, el último ocupante de la Zona Fantasma. Durante su enfrentamiento, se rompe una presa y el agua fluye peligrosamente hacia tierra. Lex, acaba de ser arrestado por el asesinato de Lana y se ve sumergido en el coche de policía, sin embargo, es rescatado por una misteriosa mujer joven. Lois consigue poner a Chloe a salvo, pero en el hospital certifican la muerte de su prima.

Clark y Lois descubren la nave de Kara, pero antes de poderla abrir, aparece Kara y deja a Lois sin sentido. Clark se sorprende cuando Kara le informa que ella está ahí para proteger al bebé Kal-El. A pesar de la aparición de Kara, Clark decide que sin Lana, no hay nada que le retenga en Smallville y se marcha a la Fortaleza de la Soledad donde empieza su entrenamiento como superhéroe. Jor-El le dice quién es el padre de Kara y que ella es peligrosa, por lo que Clark se debe quedar en Smallville para averiguar por qué ella ha venido a la Tierra. Lex averigua algo sorprendente sobre Lana y el proyecto 33.1.

Kara quiere hacer amigos a la desesperada, para encajar en la Tierra, pero Clark le dice que debe pasar desapercibida hasta poder controlar sus poderes. A pesar de sus avisos, cuando averigua sobre un concurso de belleza, Kara se apunta. Entonces llegan tres seres dispuestos a robar un mapa del tesoro.

Chloe averigua que un medico, el doctor Curtis Knox, ha estado tratando personas afectadas por los meteoritos, eliminando sus habilidades. Desesperada para que le quiten sus poderes, Chloe se cita con él sin saber que el medico se dedica a matar a sus pacientes y a utilizar sus órganos.

Los residentes de Smallville están acosados por el Ángel de la Guerra, una película basada en un tebeo hecha realidad. Cuando Clark interviene para detener un vehículo, es observado por una testigo que decide que Lana impide que el superhéroe pueda llevar a cabo su verdadero destino y que hay que eliminarla.

Clark averigua que Kara se encuentra en Washington buscando el cristal. Kara es sedada y capturada después de entrar en el laboratorio. Clark llega a tiempo para salvarle, pero también cae víctima del suero que sedó a Kara y ve lo que está viendo Kara: a su madre.

Gracias a un accidente, Lana tiene los poderes de Clark. Clark averigua que Lana los ha estado escondiendo para que él no lo supiera. Lana se comporta de forma diferente con los poderes y su comportamiento molesta a Lex y a Clark.

Clark escucha la voz de su madre biológica, Lara, pidiendo ayuda desde el cristal de Kara y decide liberarla a pesar de las advertencias de Jor-El. Pronto descubrirá que ha sido manipulado, aunque demasiado tarde. Mientras tanto, Chloe y Lex descubren que Lois y Grant se han estado viento y le advierten que se detenga.

Chloe y Jimmy se encuentran atrapados en un ascensor con una bomba y Jimmy no comprende por qué Chloe no utiliza su teléfono para contactar con Clark.

Clark se encuentra tan feliz con su relación con Lana, que le cuenta que se siente como si pudiera volar. Lex trabaja en un negocio nuevo. Hay otro Kriptoniano oculto en la Tierra.

Oliver regresa y consigue que Chloe se una a él en su venganza de Lex, aunque hay un nuevo superhéroe que se pondrá en medio, a pesar de que Lex es uno de los chicos malos.

Aprovechando que Lex ha sido herido de bala, Clark es convencido de que puede hallar el paradero de su prima si entra en la mente de Lex y lo averigua.

Pete Ross vuelve a Smallville y se encuentra varios cambios desde su partida. Además de resolver sus sentimientos hacia Clarke, Pete tiene que apañarse con la adquisición de un nuevo superpoder por haber mascado un chicle de kriptonita. Lex descubre sus poderes y le chantajea.

Lionel secuestra a Clark y lo mantiene en una celda de kriptonita en Luthorcorp. Chloe y Lana se enfrentan a Lionel que hace recaer las sospechas sobre Lex.

Kara decide enseñar a Clark a volar para aumentar sus posibilidades. Sin embargo, Brainiac tiene otra ventaja frente a ellos. Algunos seres queridos de Clark se verán envueltos en su fuego cruzado.

A pesar de las advertencias de su padre, Lex se encuentra en una encrucijada donde se desata una lucha importante de energía… Con consecuencias mortales.

Clark busca a Brainiac, el único que puede revertir la situación de Lana. Chloe intenta aumentar su energía y entrar en los ordenadores del gobierno.

Jor-El le enseña a Clark lo que hubiese sido la vida en la Tierra si él no le hubiese enviado a ella y le hubiera dejado seguir la misma suerte que los habitantes de su planeta.

Lex es atacado por un miembro de Veritas que talla símbolos kriptonianos en el pecho. Es un mensaje para Clark. Clark, fiel a sus principios, no quiere intervenir en el destino de las personas, incluso si la víctima es Lex Luthor.

Clark piensa que Kara se encuentra bajo los efectos de la kriptonita roja cuando descubre que ella es la razón de la explosión del avión donde iba el último miembro de Veritas. Lex consigue averiguar un lugar donde se encuentran las respuestas de Clark: la Fortaleza de la Soledad y conoce el secreto de Clark.

El primer episodio de la octava temporada arranca unas semanas después del derrumbe de la Fortaleza, con un equipo de excavaciones árticas de LuthorCorp tratando de descubrir dónde se encuentra Lex. La Liga de la Justicia, liderada por Flecha Verde, llega al Ártico buscando a Clark, que desapareció después del derrumbamiento.

Es el primer día de Clark en el Daily Planet con Lois, y pronto los dos tienen que trabajar juntos en un artículo al explotar un autobús justo delante de las oficinas del periódico. Clark rescata a Bette, una joven que simpatiza con Chloe porque tienen en común los poderes que les dieron los meteoritos, aunque oculta un gran secreto.

Oliver se desmaya en una gala benéfica y confiesa que solo le quedan 24 horas de vida. Clark y Chloe piden ayuda a Davis pero su pronóstico no es bueno. Oliver, delirante, recuerda la época en la que estuvo solo en una isla y aprendió a usar el arco y las flechas. También recuerda que la primera vez que vio a Tess fue en esa misma isla, cuando la secuestró un traficante de droga. Mientras, Chloe decide utilizar sus nuevos poderes para ayudar a salvar a Oliver, para sorpresa de Clark.

Tess y su equipo realizan pruebas al cristal de Clark que Tess encontró en el Ártico, lo que provoca que envíe un haz de luz al universo. Esto desencadena la llegada de Máxima, el personaje de DC comics, una reina del planeta Almerac que está buscando a su alma gemela y cree que es la persona que ha enviado la señal.

Al salir de su fiesta de compromiso, Chloe y Jimmy son secuestrados por un joyero psicótico. Este hombre, que quedó trastornado tras una infidelidad de su mujer, se dedica a secuestrar parejas y a someterlas a un detector de mentiras que funciona con criptonita y que provoca un shock a quienes mienten.

Clark investiga una agresión que ha tenido lugar en un teatro y que podría ser obra de un asesino en serie. Sospecha que podría tratarse de alguna persona infectada por los meteoritos, por eso le pide a Chloe que le revele los nombres de las personas a las que está asesorando en la Fundación Isis, lo que provoca una discusión entre ellos. Davis está preocupado por la posibilidad de que sus desvanecimientos, en los que pierde temporalmente la memoria, signifiquen que él es el asesino en serie, y reúne pruebas que podrían implicarlo.

Jimmy consigue una foto de Clark usando la supervelocidad para salvar a Lois de un atracador, y en ella se ve una mancha roja y azul. Jimmy se la muestra a Tess, que decide ponerla en la portada del Daily Planet. Clark teme que se descubra su identidad y le pide a Chloe que tome cartas en el asunto, pero ella se niega.

Clark recibe un paquete sin remitente que contiene el cristal que Tess encontró en el Ártico. Cuando toca el cristal, éste se activa y los lleva a él y a Lois hasta la Zona Fantasma, donde se encuentran con Kara. Kara abre un portal para que Lois pueda regresar, pero la esposa de Zod escapa con ella y se apodera del cuerpo de Lois. Una Lois poseída arrasa la ciudad de Metrópolis.

Los recuerdos de Chloe empiezan a desvanecerse uno por uno hasta el punto de que la única persona a la que recuerda es Davis. Clark se da cuenta de que el culpable es Brainiac, que está borrando los recuerdos de Chloe. El único modo de impedir que se apodere de su mente es reconstruir la Fortaleza y pedirle a Jor-El que la cure.

Es el día de la boda soñada de Chloe y Jimmy. Chloe está emocionada por casarse con Jimmy pero le preocupa la posibilidad de que Davis pare la boda. Mientras, Oliver le dice a Clark que cree que ha descubierto dónde se esconde Lex y se marcha a Cuba para enfrentarse a él. Cuando llega, para su sorpresa, en lugar de con Lex se encuentra con Lana. Clark y Lois van intimando pero se desata el caos cuando "Juicio Final" se cuela en la boda e intenta secuestrar a Chloe.

Clark queda en estado de shock tras el ataque de "Juicio Final" en la boda de Chloe y Jimmy, y antes de que pueda empezar a buscar a Chloe, secuestrada, el Persuader, aparece y lo ataca. Rokk, Imra y Garth –también conocidos como la Legión- llegan desde el futuro para ayudar a acabar con "Persuasor", y el grupo se da cuenta de que Brainiac ha vuelto a apoderarse de la mente de Chloe. Mientras tanto, en la Fortaleza, Chloe, como Brainiac, informa a Davis de que es "Juicio Final" y que ha sido creado para matar «al otro habitante de Kripton» y destruir el mundo.

Clark descubre que a John Jones le dispararon mientras trabajaba como policía, así que decide ponerse el uniforme y tratar de localizar al culpable. Mientras, Lana se enfrenta a Tess y le dice que Lex no es el hombre que ella cree que es. Lo que le cuenta Lana obliga a Tess a volver a plantearse su papel como líder de LuthorCorp.

Clark encuentra a Tess en el apartamento de Lana, que ha sido saqueado, y se da cuenta de que Lana ha desaparecido. Tess le cuenta que Lex está vivo y que quizá haya secuestrado a Lana, y por fin le confiesa la verdad sobre lo que le ocurrió a Lana cuando se despertó del coma que le había provocado Brainiac. Mientras, Tess se cuela en unas instalaciones secretas de LuthorCorp y descubre algo inesperado.

En LuthorCorp se produce una explosión que mata a todos los miembros de la junta directiva y deja herido a Oliver, que estaba allí para anunciar la fusión de su empresa con LuthorCorp. Oliver cree que Lex es el responsable de la explosión, pero Clark y Lana descubren que el culpable es Winslow Schott, un fabricante de juguetes ex empleado de Queen Industries que le guarda mucho rencor a Oliver.

Linda Lake regresa a Metrópolis y amenaza con desvelar el secreto de Clark si no le promete darle información exclusiva sobre la mancha roja y azul para que pueda volver a ser una periodista famosa. Clark se niega a aceptar el chantaje y le cuenta su secreto a Lois, pidiéndole que escriba su historia para el Daily Planet.

Tess invita a Clark a una conferencia de prensa en Nueva York, pero de pronto se produce una explosión en el avión privado en el que viajan y Clark se ve obligado a buscar el modo de salvarlos sin que Tess descubra su secreto. A espaldas de Clark, Tess había programado la explosión para conseguir que Clark dejase al descubierto sus poderes. Mientras, Davis descubre una manera sorprendente de controlar al monstruo que lleva dentro.

En la fiesta de cumpleaños de Chloe, una misteriosa maga llamada Zatanna le concede a Chloe su deseo de parecerse más a Lois e intercambia los cuerpos de las dos mujeres. Zatanna busca el libro de hechizos de su padre para poder conjurar su espíritu, pero antes también le concede a Clark su mayor deseo.

Tess intenta matar a Davis haciendo que su camión salte por los aires. Sin embargo, David consigue escapar y Tess se da cuenta de que necesita ayuda para acabar con él, por lo que recurre a Clark. Tess le habla sobre la infancia secreta de Davis con los Luthor y deja entrever que conoce la verdadera identidad de Clark. Mientras, Davis pide ayuda a Chloe.

Lois piensa que necesita un gran artículo para afianzar su reputación de reportera estrella, pero la mancha roja y azul se le sigue escapando. Sin embargo, cuando atracan a Chloe, Lois consigue esquivar a uno de los atracadores y aprovecha la oportunidad para fingir que ha llegado a la ciudad un nuevo superhéroe, Estiletto, y que le está concediendo exclusivas a ella. Clark teme que Lois se haga daño fingiendo ser un superhéroe, pero cuando lo capturan unos matones que tienen criptonita, es Lois quien salva la situación.

Clark descubre que Davis sigue vivo y se enfrenta a Chloe por haberlo protegido. Oliver sorprende a Jimmy colándose en el apartamento de Chloe, y la situación empeora rápidamente cuando Davis aparece de entre las sombras y los ataca. Además, Davis le pide a Chloe que se vaya de la ciudad con él.

Chloe regresa y le suplica a Clark que mate a Davis, ya que él ya no es capaz de mantener a la bestia a raya. Tess ha reunido un grupo de personas afectadas por los meteoritos, entre ellas Plastique, con el objetivo de localizar a Davis para que Clark pueda matarlo. Sin embargo, la situación se desmadra cuando el equipo de Tess descubre que ella los ha engañado.

Oliver le dice a Clark que tiene que matar a Davis, porque "Juicio Final" es un peligro muy serio y hay que detenerlo cueste lo que cueste. Sin embargo, Clark se resiste a acabar con la vida de un ser humano, por lo que la Flecha Verde y su equipo deciden solucionar el problema por su cuenta. Lois se enfrenta a Tess, pero la pelea da un giro inesperado. Mientras, Chloe queda atrapada en medio de la discusión de Oliver y Clark acerca de si hay que matar o no a Davis.

La historia de Clark Kent culmina en este final de dos horas de la serie mientras Clark da el último paso para convertirse en el Hombre de Acero.

Oliver le dice a Clark que tiene que matar a Davis, porque "Juicio Final" es un peligro muy serio y hay que detenerlo cueste lo que cueste. Sin embargo, Clark se resiste a acabar con la vida de un ser humano, por lo que la Flecha Verde y su equipo deciden solucionar el problema por su cuenta. Lois se enfrenta a Tess, pero la pelea da un giro inesperado. Mientras, Chloe queda atrapada en medio de la discusión de Oliver y Clark acerca de si hay que matar o no a Davis.

Tras una reunión secreta con Lionel, Lana es disparada en el Daily Planet por un francotirador misterioso. Jimmy es dejado inconsciente mientras estudiaba unas fotografías de los años 40 y sueña con que Lana es la mujer fatal que planeaba matar a su marido Lex, Clark trabaja como reportero en el Daily Planet y Lois es una cantante escultural de un bar, propiedad de Lionel. Mientras tanto, en el presente, Clark descubre por qué Lana se casó con Lex.

Clark busca a Brainiac, el único que puede revertir la situación de Lana. Chloe intenta aumentar su energía y entrar en los ordenadores del gobierno.

Jimmy consigue una foto de Clark usando la supervelocidad para salvar a Lois de un atracador, y en ella se ve una mancha roja y azul. Jimmy se la muestra a Tess, que decide ponerla en la portada del Daily Planet. Clark teme que se descubra su identidad y le pide a Chloe que tome cartas en el asunto, pero ella se niega.

Tess invita a Clark a una conferencia de prensa en Nueva York, pero de pronto se produce una explosión en el avión privado en el que viajan y Clark se ve obligado a buscar el modo de salvarlos sin que Tess descubra su secreto. A espaldas de Clark, Tess había programado la explosión para conseguir que Clark dejase al descubierto sus poderes. Mientras, Davis descubre una manera sorprendente de controlar al monstruo que lleva dentro.

Clark descubre que un Zoner ha aterrizado en Seattle y que absorbe los huesos de las personas. Mientras tanto, un paciente con la habilidad de transformarse en diferentes frecuencias, escapa del laboratorio secreto de LuthorCorp y quiere vengarse de Lex, haciéndole prisionero de otro tiempo espacial, desde el que puede ver y oír a todos, pero nadie le ve.

Chloe averigua que un medico, el doctor Curtis Knox, ha estado tratando personas afectadas por los meteoritos, eliminando sus habilidades. Desesperada para que le quiten sus poderes, Chloe se cita con él sin saber que el medico se dedica a matar a sus pacientes y a utilizar sus órganos.

Tras recibir una fotografía de sí misma cambiándose en su habitación, Lana se da cuenta de que alguien le está acosando. Mientras tanto, Jimmy termina su relación con Chloe porque, según él, ella no ha superado sus sentimientos hacia Clark.

Clark se preocupa cuando averigua que Raya consiguió escapar de la Zona Fantasma y que ha venido a verle a Smallville. Ambos se sienten unidos y Raya le enseña cómo restaurar el poder en la Fortaleza de la Soledad, sin embargo Baern, un asesino que escapó de la Zona Fantasma, quiere vengarse por su encarcelamiento.

Un inmigrante ilegal de la granja de Mc Nally le pide ayuda a Clark. Entonces descubre que su vecino mantiene secuestrados a inmigrantes para que trabajen en su campo. Viéndose a sí mismo como un inmigrante ilegal, Clark le pide ayuda a Martha para que un chico y su madre se puedan quedar en el país.