Un autobús lleno de estudiantes desaparece durante una excursión. El equipo de Jack Malone, que se hace cargo del caso, sospecha que los hermanos Doug y Richard han secuestrado el autobús y confiscado todos los teléfonos móviles de los viajeros, impidiendo que éstos puedan contar lo que les está ocurriendo. Gracias a la astucia de un estudiante llamado Trish, que consigue ocultar un teléfono móvil de alta tecnología que capta imágenes, la Oficina de Desaparecidos del FBI consigue averiguar el lugar en el que permanecen retenidos los escolares. Una vez allí, los agentes encuentran a Johnny Atkins, un joven que culpabiliza a Doug y Richard de lo ocurrido, pero el fallecimiento de dos personas y la aparición de nuevas fotos dan un giro a la historia. En el plano personal, Samantha trata de recuperarse de las secuelas físicas y psicológicas que le dejó el tiroteo que sufrió buscando apoyo en Martin. Jack intenta recuperar a su esposa y sus hijas.

El padre Henry Stephens se encuentra en paradero desconocido y la Oficina de Desaparecidos del FBI se pone en su busca de inmediato. Reconocido por su labor al frente de la iglesia de Saint Germain, su reputación cae en entredicho cuando el equipo de Jack Malone comienza a descubrir que puede estar implicado en algunos asuntos de dudosa honorabilidad. Su búsqueda se acelera cuando descubren que el padre necesita un transplante de hígado si quiere sobrevivir. Si el equipo de Malone no le localiza en las próximas 24 horas, ese órgano pasará a manos de otros paciente.

Una noche desaparece misteriosamente Whitney Ridder, una bella y rica joven, propietaria de un negocio de mucho éxito y que parece tenerlo todo en la vida. Cuando Jack y su equipo comienzan a investigar su desaparición, descubren que está usando una identidad falsa y que además tiene relación con un hombre llamado Lucas Vohland que estuvo en prisión 10 años acusado de homicidio involuntario. Al parecer, la chica le debe a Vohland una gran suma de dinero. Por otra parte, Samantha acude a una terapia para tratar de sobrellevar sus dificultades laborales.

Jack y su equipo buscan a una brillante, pero complicada joven violinista rusa de 14 años, llamada Natasha Tzetcovich, que ha desaparecido después de un ensayo para un importante concierto. La investigación demuestra que la joven sufre ataques de pánico. Natasha además mantiene una relación con el hijo de su manager, un joven complicado que le suministra drogas, y que éste también haya desaparecido, sólo agrava los hechos. La Oficina de Desaparecidos del FBI descubre además que un extraño hombre acosa a Natasha con e-mails que envía desde todas las ciudades en las que la joven ha tocado en el último año.

Jack recuerda un caso de hace doce años en el que un asesino mató a 5 mujeres sin que él fuese capaz de prevenirlo. Ahora, Jack y su equipo buscan a una chica cuya descripción es muy similar a la de estas víctimas. El culpable de los asesinatos, Randy Thorton, sigue en la cárcel pero descubren que un pedófilo llamado Graham Sapaulding ha estado visitando a Thorton últimamente. Pronto se dan cuenta de que Spaulding está imitando la actitud de Thorton para vengarse de Jack.

Jack y su equipo buscan a Ethan Sawyer, un joven que acaba de desaparecer de su casa. Sus padres creen que Ethan es un chico normal a punto de hacer los exámenes para acceder a al universidad. Pero los agentes descubren que el chico había dejado los estudios después de que se enterara de que su novia y otros amigos participaban en orgías.

Nelson Rodríguez, un joven de origen hispano, desaparece en el barrio neoyorkino de Harlem. El equipo de Jack se extraña de que nadie muestre interés en encontrar al chico. Pronto descubren que Nelson ha podido estar siendo acosado por un pedófilo que acaba de instalarse en la zona y que sus padres, Ana y Jorge, son inmigrantes ilegales que ocultan un oscuro secreto que pone en peligro sus vidas.

El equipo de Malone busca a Scott Marshall, un reputado bombero que ha desaparecido después de rescatar a dos colegas de un edificio en llamas. La mujer de Marshall informa a los agentes de que su marido la llamó para decirle que planeaba dejar su trabajo y éstos deducen que algo dramático ha tenido que ocurrir para que se produzca ese cambio tan repentino de actitud. Cuando un inspector de bomberos descubre en el escenario del incendio un aparato que se utiliza para provocar fuego, los hombres de Jack empiezan a sospechar que el incendio pudo ser intencionado.

Jack y su equipo investigan la desaparición de la neurocirujana Liana Sardo, a la que la última vez que se le vio estaba con su ex marido, el Doctor Evan Mayhew. Según éste, en el último mes, Lianna parecía mucho más estresada de lo habitual. A parte de Evan, aparecen como sospechosos de su desaparición un violento ex novio y otro medico contra el que ella iba a declarar en un juicio. Todo parece aclararse cuando una información revela que Liana había tratado de contactar con su hija, a la que abandonó al nacer cuando ella era todavía muy joven.

Luke Horton parece un hombre feliz a la espera de la llegada de su nuevo hijo. El día de la reunión de su escuela superior desaparece y los hombres de Malone encuentran sangre en los alrededores. Los agentes descubren que Horton estaba siendo investigado por irregularidades financieras y que, además, mantenía una relación extramarital con un hombre casado, Alan.

Jack y su equipo buscan a un paparazzo, Brian Owen, que desaparece después de haber fotografiado a una celebridad y cuya cámara aparece llena de sangre. Pronto descubren que Owen había sido seriamente cuestionado por sus colegas de profesión tras haber fotografiado a una persona famosa en actitud comprometida que se suicidó después. Los hombres de Jack se enteran de que actualmente, el fotógrafo estaba sacando fotos de un controvertido grupo ecologista.

Malone y sus colaboradores buscan a un hombre llamado Joe Gibson que ha desaparecido tras una persecución y un tiroteo con unos desconocidos. Los investigadores descubren que Joe sufre esquizofrenia y pone a los demás y a él mismo en peligro continuamente. El caso se complica cuando Joe secuestra a una niña pequeña.

Un renombrado hombre de negocios, Will Sterling, es secuestrado en su mansión minutos antes de que una limusina le recogiera para llevarle al aeropuerto. Cuando Jack y su equipo empiezan a investigar el gran imperio creado por Sterling, descubren que están buscando a un ex convicto con numerosas sospechas de que sus negocios no sean tan limpios como aparentan. Los hombres de Malone empiezan a creer que el propio Sterling es quien ha planeado su desaparición.

Jesse Prince, una ex policía a la que Jack conocía, desaparece después de haber recibido un tiro en frente de la casa de un fugitivo. Los hombres de Malone deciden investigar en casos pasados en los que trabajó Prince para tratar de encontrar a posibles sospechosos.

Jack y su equipo tratan de dar con Eric Miller, un chico de 12 años que fue visto por última vez en el baño del colegio, donde se encontraron restos de su sangre en el espejo. Los investigadores empiezan por interrogar a los padres del chico, a sus compañeros y a los psicólogos de la escuela. Éstos les cuentan que Eric estaba desesperado por entrar a formar parte del grupo de los más populares del colegio y que puede que su desaparición tenga que ver con una cruel broma preparada por ellos

Vivian convence a Jack para reabrir el caso de la joven Jessica Raab, desaparecida hace cuatro años. En la búsqueda semanal de huellas que hace la investigadora, descubre unas que coinciden con las encontradas años atrás en una puerta de la casa de Jessica. Se trata de las de un fugitivo que recientemente atacó a una mujer en la habitación de un motel. Tras la reapertura del caso, el equipo de Jack descubre que antes de desaparecer, Jessica estaba intentando superar su adicción al sexo

El equipo de Jack Malone busca a Kevin Grant, un joven soldado que acaba de regresar de la guerra de Irak. Al volver descubre que su negocio está en bancarrota y que está a punto de perder la casa que comparte con su prometida, Sara. Ésta les cuenta que Kevin ya trató de arreglar sus asuntos antes de volver de Irak, donde recibió un disparo en circunstancias todavía no aclaradas. Jack y Danny viajarán hasta este país para descubrir pistas que les aclaren la misteriosa desaparición de Grant.

George Stanley discute con su esposa en la peluquería de ésta y después desaparece. Jack y sus investigadores encuentran un diente y numerosos signos de lucha en la parte de atrás del salón de belleza y Martha, la esposa de Stanley, y su hijo Sean se convierten en los primeros sospechosos de su desaparición. Los hombres de Jack descubren que George tenía una amante con la que se encontraba regularmente en un bar y empiezan a pensar que es posible que George haya desaparecido por su propia voluntad. Mientras, Danny intenta involucrarse lo menos posible en la vida de su hermano, un convicto en libertad condicional.

Jack y su equipo buscan a Julie Cochran, una mujer que vivía en Manhattan y que desapareció la mañana que debía abandonar la ciudad. Pronto descubren que el coche que Julie había pedido a las 8 de la mañana para que le llevara a la estación, fue cancelado por un hombre y el portero del edificio asegura no haber visto a la joven abandonarlo. Los primeros sospechosos para el grupo de investigadores son Greg Knowles, su novio y Rick, el hermano gemelo de éste y con el que Julie flirteó durante su fiesta de despedida.

El equipo de Jack se encarga de buscar a Bonnie, la tía de Martin. Para el chico, la situación no es cómoda ya que acaba descubriendo cosas de su tía que desconocía, como la posibilidad de que tuviera un amante, que estuviera metida en negocios ilegales y que deseara suicidarse. Mientras, Jack se entera de que su padre tiene Alzheimer y decide recuperar el tiempo perdido antes de que sea demasiado tarde.

El equipo de Jack Malone busca a Mark Wilson, desaparecido mientras trataba de probar la inocencia de su hijo Ricky, condenado a morir dos días más tarde acusado de asesinato. Mark había pasado los últimos 11 años de su vida intentando demostrar que su hijo no asesinó a una pareja delante de su hija de 5 años. Los investigadores se preguntan si la investigación que estaba llevando a cabo Mark ha podido ser la causa de su desaparición.

Jack y su equipo buscan a Jim Cooper, el entrenador de un equipo de fútbol universitario desaparecido tras finalizar la temporada con nefastos resultados. Los investigadores descubren que Cooper no permitía jugar a aquellos jugadores con malos resultados académicos o con faltas de disciplina. Esta decisión provocó que las grandes estrellas del equipo no jugaran y los resultados acabaran en desastre. Los investigadores sospechan de algunos enfadados jugadores, de altos cargos de la administración de la universidad y de un grupo de aficionados a las apuestas. Mientras, Jack debe tomar una importante decisión familiar y laboral. Su mujer quiere trasladarse con sus hijos a Chicago porque le han ofrecido un excelente trabajo.

Jack y su equipo tratan de averiguar si hubo deficiencias en la adopción de la joven de 16 años Serene Barnes después de que la chica se presentase en las oficinas del FBI asegurando que fue secuestrada cuando tenía 3 años. Serene descubrió un artículo en un periódico de la época en el que se hablaba del secuestro de una niña de 3 años con su mismo nombre de pila. La joven se pregunta si sus padres adoptivos, en realidad, la secuestraron. Los investigadores comprueban que hace 13 años desapareció una niña llamada Serene Andrews y nunca fue encontrada. Mientras, Jack sorprende a todos al comunicar que se traslada a Chicago con su familia.

Jack y su equipo buscan a la mujer y los dos hijos de un millonario. Los tres iban en un yate que fue encontrado a la deriva con su capitán asesinado. El marido y padre de los desaparecidos, Ben Palmer, recibe una llamada en clave de los secuestradores que le dan solamente a 8 horas para descubrir qué es lo que quieren a cambio de su familia. Mientras, Jack y su equipo preparan el traslado de éste a Chicago y Vivian está ansiosa por saber algo sobre su posible promoción.