El equipo de personas desaparecidas tiene que resolver el caso de una ejecutiva de marketing de 28 años que aparentemente dejó todo para atrás. Fue vista por la última vez por el portero de su edificio la noche en que desapareció, y su apartamento aparenta estar intacto, ya que su bolso y su móvil fueron dejados allí. Sus padres y compañeros de trabajo revelan que ella trabajaba mucho, que era solitaria y había acaba de ser abandonada por su amante, un hombre casado que trabajaba con ella. La cámara de seguridad de su edificio la muestra saliendo de su apartamento aquella noche. Jack teme haberla perdido para siempre, hasta que un petición de rescate aparece entre los e-mails de su madre, exigiendo un millón de dólares para ella regrese sana y salva.

Jack y su equipo buscan a un chico de once años que desapareció en el metro mientras se dirigía al estadio de los Yankees para celebrar su cumpleaños. Su padre asegura que lo vio subir a un tren y pensó que se bajaría en la siguiente parada, pero no fue así. Después de buscarle durante un rato decidió llamar a la policía. De eso hace ya 16 horas. Tras estudiar el lugar de la desaparición y hablar con algunas personas, comienzan a sospechar que el niño trataba conscientemente de alejarse de su padre.

Los habitantes de una pequeña ciudad de Long Island están preocupados desde que Annie Miller, una chica de 13 años, desapareció cuando iba camino del colegio. La intriga continúa cuando 24 horas después de este suceso, la mejor amiga de Annie, Siobhan, desaparece también en extrañas circunstancias. Jack y su equipo esperan que una serie de vídeos grabados por la pareja antes de desaparecer puedan ayudarles a resolver el caso. Poco después, cuando Annie es encontrada muerta, Jack se muestra convencido de que la chica conocía a la persona que le secuestró y comienza la búsqueda de Siobhan con el presentimiento de que pueda ocurrirle lo mismo que a su amiga Annie.

Jack y su equipo investigan el caso de Audrey Rose, que ha desaparecido el día de su boda. El novio, Charlie Beckworth, no tiene ninguna explicación, aunque todo parece indicar que la novia se ha ido con alguien que conocía. El equipo se entera de que Audrey tiene un problemático pasado y que estaba siendo chantajeada por un hombre que había grabado cómo la chica había timado a su confiado prometido. Cuando los investigadores encuentran al chantajista muerto en un edificio abandonado y sin rastro de Audrey, empiezan a sospechar que un miembro de la familia de Charlie puede estar involucrado en la desaparición.

Samantha recibe un disparo de Mashburn y es herida de gravedad. Jack negocia con el secuestrador y le ofrece dejar libre a Samantha, que está muy grave, y en su lugar, convertirse él en rehén.

Un autobús lleno de estudiantes desaparece durante una excursión. El equipo de Jack Malone, que se hace cargo del caso, sospecha que los hermanos Doug y Richard han secuestrado el autobús y confiscado todos los teléfonos móviles de los viajeros, impidiendo que éstos puedan contar lo que les está ocurriendo. Gracias a la astucia de un estudiante llamado Trish, que consigue ocultar un teléfono móvil de alta tecnología que capta imágenes, la Oficina de Desaparecidos del FBI consigue averiguar el lugar en el que permanecen retenidos los escolares. Una vez allí, los agentes encuentran a Johnny Atkins, un joven que culpabiliza a Doug y Richard de lo ocurrido, pero el fallecimiento de dos personas y la aparición de nuevas fotos dan un giro a la historia. En el plano personal, Samantha trata de recuperarse de las secuelas físicas y psicológicas que le dejó el tiroteo que sufrió buscando apoyo en Martin. Jack intenta recuperar a su esposa y sus hijas.

Jack y su equipo buscan a una brillante, pero complicada joven violinista rusa de 14 años, llamada Natasha Tzetcovich, que ha desaparecido después de un ensayo para un importante concierto. La investigación demuestra que la joven sufre ataques de pánico. Natasha además mantiene una relación con el hijo de su manager, un joven complicado que le suministra drogas, y que éste también haya desaparecido, sólo agrava los hechos. La Oficina de Desaparecidos del FBI descubre además que un extraño hombre acosa a Natasha con e-mails que envía desde todas las ciudades en las que la joven ha tocado en el último año.

Jack recuerda un caso de hace doce años en el que un asesino mató a 5 mujeres sin que él fuese capaz de prevenirlo. Ahora, Jack y su equipo buscan a una chica cuya descripción es muy similar a la de estas víctimas. El culpable de los asesinatos, Randy Thorton, sigue en la cárcel pero descubren que un pedófilo llamado Graham Sapaulding ha estado visitando a Thorton últimamente. Pronto se dan cuenta de que Spaulding está imitando la actitud de Thorton para vengarse de Jack.

Un renombrado hombre de negocios, Will Sterling, es secuestrado en su mansión minutos antes de que una limusina le recogiera para llevarle al aeropuerto. Cuando Jack y su equipo empiezan a investigar el gran imperio creado por Sterling, descubren que están buscando a un ex convicto con numerosas sospechas de que sus negocios no sean tan limpios como aparentan. Los hombres de Malone empiezan a creer que el propio Sterling es quien ha planeado su desaparición.

Jack y su equipo tratan de dar con Eric Miller, un chico de 12 años que fue visto por última vez en el baño del colegio, donde se encontraron restos de su sangre en el espejo. Los investigadores empiezan por interrogar a los padres del chico, a sus compañeros y a los psicólogos de la escuela. Éstos les cuentan que Eric estaba desesperado por entrar a formar parte del grupo de los más populares del colegio y que puede que su desaparición tenga que ver con una cruel broma preparada por ellos

Vivian convence a Jack para reabrir el caso de la joven Jessica Raab, desaparecida hace cuatro años. En la búsqueda semanal de huellas que hace la investigadora, descubre unas que coinciden con las encontradas años atrás en una puerta de la casa de Jessica. Se trata de las de un fugitivo que recientemente atacó a una mujer en la habitación de un motel. Tras la reapertura del caso, el equipo de Jack descubre que antes de desaparecer, Jessica estaba intentando superar su adicción al sexo

Los investigadores de la Oficina de Desaparecidos tratan de determinar si una niñera, desaparecida junto al niño del que cuidaba, es víctima o sospechosa de dicha desaparición. Los padres del niño informan al equipo de Malone de que sospechan que la niñera, June, ha desaparecido con su hijo tras despedirla por haber robado en su casa. Poco tiempo después, un interlocutor anónimo llama a la familia pidiendo un rescate a cambio de devolver sanos y salvos a June y al niño.

Jack and the team search for Peter Dusek, a wealthy, 72-year-old murder trial juror, whose disappearance could cause a mistrial. Although the agents initially suspect that the defendant may have orchestrated Peter's disappearance as a means of forcing a mistrial, they soon wonder if the juror disappeared of his own volition, since he tried to recuse himself with a note from his cardiologist the day after the defendant threatened a witness in the courtroom.

Jack and the team investigate the disappearance of Chelsea Prince, a 23-year-old society girl known for her constant partying and headline-grabbing escapades. Her badly beaten limousine driver recounts how the limo was ambushed and Chelsea was taken.

El equipo ayuda a Danny a buscar a su hermano desaparecido y distanciado, Rafael "Rafi" Álvarez (interpretado por Alex Fernández), un ex adicto a las drogas y ex convicto en proceso de recuperación, a quien Danny sospecha sombríamente que podría haber recaído en sus hábitos ilegales y destructivos pasados.

Durante una emboscada, una lluvia de disparos hiere gravemente a Martin y mata al detenido del FBI que él y Danny estaban transportando.

Secuestran al hijo adoptado de una famosa pareja. El equipo debe determinar si el motivo tiene que ver con la popularidad de sus padres o por el origen sudanés del niño.

El equipo busca a una madre desaparecida que creen que puede estar buscando a su hijo, también desaparecido.

Cuando una mujer desaparece después del asesinato de su novio por parte de la policía, el equipo sospecha sobre su participación en bandas.

Cuando un estudiante desaparece despues de hacer comentarios racistas en clase, el equipo se plantea si estos comentarios pueden estar en relación con su desaparición.

El equipo de Malone trata de localizar a Lucas, un investigador privado que ha desaparecido mientras trabajaba en un caso. La lista de sospechosos es larga ya que los métodos de Lucas para resolver sus casos no eran muy ortodoxos...