Es la mañana después de su escape de la prisión de Fox River, y los reclusos evitan por poco ser atrapados por Bellick mientras saltan a un tren de carga. El agente especial del FBI Alex Mahone ha sido asignado a su caso y convoca una conferencia de prensa instando al público a entregar a los "Fox River 8". Michael, Lincoln, Abruzzi, C-Note y Sucre se encuentran con un cazador y su hija. Él los apunta con un arma hasta que Abruzzi toma a la hija y obliga al cazador a darles su SUV y dejarlos ir. Los fugitivos se dirigen a un lugar donde Michael tiene cosas guardadas. El agente Mahone rastrea la tarjeta de crédito de Michael hasta una instalación de almacenamiento en Oswego, pero rápidamente descubre que uno de los tatuajes de Michael contiene la ubicación real. El tatuaje de Michael "Ripe Chance Woods" es una pista que apunta a un cementerio donde Michael tiene objetos enterrados en la tumba de "E. Chance Woods". Justo dos pasos detrás, el agente Mahone llega a la escena justo cuando los reclusos han reunido lo que necesitan. Mientras tanto, T-Bag descubre una clínica veterinaria y obliga al veterinario a volver a unirle la mano amputada. La Dra. Sarah Tancredi se recupera de su sobredosis. Dentro de su bolso, encuentra un cisne de origami dejado por Michael con un mensaje que dice: "Hay un plan para arreglar todo esto" y un código. El código es una serie de números que lee 3221243324 para la primera línea, 4221312231 para la segunda y 23133121 para la tercera. Veronica localiza a Terrance Steadman en Montana y descubre que las puertas están cerradas desde el exterior, manteniéndolo como rehén (aunque de manera voluntaria). Veronica llama al 911 y luego habla con Lincoln y le cuenta lo que ha descubierto. Empleados de The Company llegan y matan a Veronica por haber descubierto su conspiración y haber encontrado a Steadman. Lincoln

El agente del F.B.I. Mahone decide utilizar a L.J. para llegar a Michael y Lincoln, haciendo un trato con él y haciéndolo engañar a los dos fugitivos para que revelen su ubicación. Michael y Lincoln deciden que solo pueden hacer una cosa: rescatar a L.J. en una audaz incursión en la cárcel del condado. Solo hay un problema, Mahone está personalmente custodiando a L.J. y no lo dejará fuera de su vista.

Con hospitales y clínicas bajo vigilancia, Michael lleva a Lincoln a la casa de Nika para que sane su pierna herida. Luego regresa al lugar donde estacionó su Accord y descubre que el auto ha sido remolcado. Mientras tanto, el agente Mahone recupera la mochila de Michael con su pasaporte de un vagabundo que rompió la ventana trasera del auto de Michael para robar la mochila. Michael va al depósito de Brewster Towing para recuperar su auto. Mientras tanto, Sucre descubre que Maricruz se casará con Héctor en un par de días y se dirige a Nueva York en un auto robado. Sara es arrestada y su padre la visita, paga su fianza y le ordena que cuente una versión falsa sobre el incidente en Fox River, ya que él será el próximo Vicepresidente de los Estados Unidos. Más tarde, ella va a rehabilitación donde Kellerman finge ser un paciente adicto. C-Note programa una reunión con su esposa, pero su conversación es interceptada por el agente Mahone. Bellick y Geary se encuentran por casualidad y luego se unen para obtener la recompensa de $400,000 por capturar a Michael y Lincoln. Van a Fox River y Bellick interroga a Manche Sanchez, quien revela el plan de los fugitivos. Michael y Lincoln simulan un accidente automovilístico para escapar de Mahone, pero no se dan cuenta de que Bellick y Geary los siguen de cerca.

Michael, Linc y Nika son capturados por Bellick y Geary, quienes intentan recuperar el dinero de Westmoreland en Utah. Tweener continúa su viaje con Debra Jean. Abruzzi se reúne con su esposa e hijos y planea huir del país con ellos, pero decide ocuparse de Fibonacci primero. T-Bag tiene un susto cerca de la policía en una gasolinera de Nebraska, y luego se hace pasar por un marine que perdió una mano en Iraq. Mahone espera confirmación de la muerte de Michael y Linc en la explosión del automóvil, y al mismo tiempo obtiene pistas sobre uno de los otros fugitivos. Kellerman (haciéndose pasar por un adicto en recuperación llamado Lance) entabla amistad con Sara.

Michael y Linc llegan a Tooele, pero el mapa que necesitan para localizar la doble-K ranch está desaparecido. Se encuentran con T-Bag y Tweener, quienes también han venido a Tooele en busca del dinero de Westmoreland. Mientras tanto, C-Note se dirige en tren hacia Tooele. Sucre llega a Las Vegas e intenta detener la boda de Maricruz y Héctor. Sara invita a Kellerman a su apartamento, creyendo que no representa ningún peligro. En la oficina del FBI en Chicago, Mahone revisa los archivos recuperados del disco duro de Michael y comienza a juntar las piezas.

Mahone llega a Salt Lake City, tratando de localizar exactamente dónde están los fugitivos en Utah. Michael y Linc idean un plan con T-Bag y Tweener que les permitirá cavar en el lugar correcto. C-Note y Sucre se encuentran en la autopista y se dirigen hacia Tooele. Kellerman, en Washington, D.C., informa a Kim. El gobernador Tancredi llama a Sara con una advertencia.

El plan de Michael encuentra un obstáculo cuando la hija del dueño de la casa, que es policía, llega. Mahone discute con Lyle Sands sobre cómo proceder, pero espera que Tweener, bajo custodia del FBI, revele la ubicación de los otros fugitivos. Sara comienza a sospechar de Kellerman, por lo que él intenta algo diferente para encontrar a Lincoln Burrows. En una instalación de detención en Arizona, L.J. descubre que será liberado al día siguiente; Linc va a buscarlo. Haywire, en Wisconsin, roba suministros de una tienda de campamento.

En sus esfuerzos por tratar de hacerse con todo el dinero, Sucre se encuentra con algunas dificultades inesperadas. Y el Capitán Bellick y su compañero no se han dado por vencidos en encontrar a sus antiguos reclusos.

Michael intenta recuperar un objeto del Jardín Botánico de Blanding en Utah, pero el equipo de Mahone llega primero. Mahone cree que alguien de su equipo está filtrando información a la prensa; mientras tanto, Michael investiga a Mahone en un café de Internet y luego viaja a Durango, Colorado, para ver a una mujer allí. Linc y L.J. están en la carretera en Arizona. C-Note está en Chicago, y el Agente Lang intenta utilizar a su esposa para capturarlo. Bellick y Geary llaman al oficial Patterson, en la prisión de Fox River, para obtener información sobre dónde buscar a T-Bag. Sara está en un motel en Elgin, Illinois, tratando de descifrar el código de Michael. T-Bag llega a Tribune, Kansas, en busca de "romance", como él lo llama. Kellerman está siguiendo a Sara.

El capitán Bellick tortura a T-Bag para obtener el dinero, durante lo cual T-Bag se traga la llave y Bellick utiliza trucos sucios para sacar la llave. Bellick y Mac dejan a T-Bag en el límite de la policía. Sarah y Michael Scofield se encuentran, pero son constantemente perseguidos por Alexander Mahone. Michael se acerca a la impotencia de Mahone. Mientras tanto, Lincoln Burrows y LJ son rescatados por el padre de Lincoln, pero aún no están protegidos de los sucios juegos políticos. Sucre intenta contactar a Maricruz, pero ese plan falla debido a que la policía estatal hace rondas.

En Maljamar, Nuevo México, Michael toma lo que necesita de una tienda de artículos deportivos y luego tiene una crisis de conciencia. En Tribune, Kansas, T-Bag escapa por poco de la policía pero tiene que dejar su mano atrás. En Trinidad, Colorado, los tres Burrows discuten política, pero enfrentan una amenaza inesperada. En Gila, Nuevo México, Kellerman ata a Sara y resuelve obtener lo que necesita de ella. Mahone conoce a Kim por primera vez. Bellick recibe tratamiento por el golpe en la frente e interactúa con un detective de policía local.

Continuando desde donde lo dejamos, Sucre, Michael, Linc y Aldo están juntos, con Mahone pisándoles los talones. Sara está boca abajo en la bañera mientras Kellerman se prepara para deshacerse de su cuerpo. C-Note está en Harvey, Dakota del Norte, con Kacee y Dede, quien necesita su medicación. En Tribune, Kansas, el detective Slattery interroga a Bellick.

La Patrulla Fronteriza arresta a Michael y Lincoln, salvándolos de Mahone que afirma que quiere recuperar su vida. Sucre cruza la frontera y salta en paracaídas en el Desierto de Sonora en México. T-Bag va a un bar de veteranos de guerra en Pratt, Kansas, y roba un trabajo protésico a un sargento veterano. Michael y Lincoln son detenidos en la Instalación de Detención de la Patrulla Fronteriza, en Las Cruces, Nuevo México, esperando el transporte a la Prisión Fox River, pero Bill Kim ordena a Mahone que los mate. T-Bag conoce a Denise, que trabaja en la oficina de correos, y la seduce para obtener la dirección de Susan Hollander. Bellick es enviado al Tribunal de Distrito en el Condado de Greeley, Kansas, y le niegan la fianza. Hace un trato para ser enviado a la Prisión Fox River esperando tener una buena vida. Sin embargo, el nuevo director decide usarlo como ejemplo de la nueva administración. Mientras tanto, Mahone intenta transportar a los prisioneros, pero el procedimiento estándar no lo permite. Kellerman hace un acuerdo para interceptar el convoy en un túnel bloqueado y matar a los prisioneros. Sin embargo, Michael y Lincoln son ayudados por un aliado sorprendente. T-Bag encuentra a Susan.

Linc y Michael han decidido tomar las llaves y escapar, pensando que al menos lucharán hasta el final. El agente especial del FBI Alexander Mahone los persigue mientras se mantiene en contacto con el agente especial del Servicio Secreto Paul Kellerman, quien de repente dispara a Mahone y les da un paseo a los hermanos porque quiere vengarse de la Casa Blanca; Linc prefiere vengarse, pero le ofrecen la ubicación de Terence Steadman. T-Bag visita a su ex novia, quien le dice a los niños que él es su tío Teddy en una plataforma petrolera, pero se muda allí; cuando ella busca un arma, él la ataca y su hijo lo ataca a él, así que convierte la casa en una prisión privada. En la prisión, el antiguo jefe Bellick, quien ingenuamente hizo un trato para cumplir su condena en Illinois, tiembla entre la población general entre los prisioneros a los que abusó y sus compañeros, él no tiene ninguno ya que el nuevo director lo ve como un ejemplo de su nuevo y limpio barco; pronto se da cuenta de que no puede complacerlos y trata de ser duro; un guardia leal le advierte que el turno de noche está del lado de sus enemigos, ya que los trató mal. Benjamin Miles 'C-Note' Franklin intenta salvar a su esposa Kacee, quien está bajo custodia, aconsejándole que ponga toda la culpa en él; después de escuchar lo asustada que está su chica, le pide ayuda a uno de sus amigos para huir mientras ella está en libertad bajo fianza, pero el juez se niega a conceder la fianza. Mahone despierta en el hospital y le informa a Kim sobre la traición de Kellerman y la fuga de los hermanos, que está siendo noticia en la televisión, pero se niega a jugar más, incluso si eso significa ir a la cárcel; cuando su esposa Pam llama diciendo que su hijo está herido, sale corriendo hacia Colorado, pero lo detienen para decirle que es una advertencia para obligarlo a seguir las ór

En Cutback, Montana, Kellerman atrae a la policía y Michael y Lincoln secuestran al camarógrafo Greg de Fox News y logran escapar del asedio. Michael y Lincoln deciden grabar un mensaje para ser transmitido en las Noticias de Última Hora. Mahone está de regreso en Chicago y analizando el mensaje; interroga a Greg y este le cuenta que escuchó a Michael decir que debían recorrer 460 millas en seis horas. Mahone deduce que tienen la intención de reunirse con la Presidenta Caroline en Denver. Wheeler discute con Mahone y le grita que el Departamento de Asuntos Internos le pidió que siga todos los movimientos de Mahone. Bellick está gravemente herido en la enfermería de Fox River. Sucre entabla amistad con un viejo pasajero en un autobús hacia Ixtapa; sin embargo, el conductor le pide que se baje en un pequeño pueblo y Sucre roba el Volkswagen del anciano. En Algoma, Winsconsin, Haywire hace amistad con una joven pareja y la chica tiene moretones en el brazo; ella cuenta que su padre alcohólico y abusivo la golpeó.

Sara se encuentra con Michael y Lincoln en una estación de tren en Evansville, Indiana; cuando ve a Kellerman con ellos, se perturba y se pone molesta. Kellerman le dice que ella tiene una llave de un club privado de cigarros en Chicago. Caroline llama a Kellerman y él le dice que se dirige a Chicago en tren, y ella promete devolverle su vida, incluido el puesto de jefe de personal. T-Bag le dice a Susan que están pasando por un "período de ajuste" en sus vidas; cuando ella le dice que tendrá una invitada llamada Patty Wallace, T-Bag recibe a Patty con un magnífico brunch familiar y utiliza la figura de padre autoritario para disciplinar a Zack, seduciendo a la invitada con su encanto y actitud. Wheeler informa las acciones de Mahone a la sede del FBI y descubren que Haywire mató a un hombre en Algoma, Wisconsin. Mahone visita a Bellick en River Fox, lo libera utilizando un habeas corpus para que haga su trabajo sucio, y le da un auto, una pistola y una placa del FBI al hombre despreciable. Bellick persigue y atrapa a Haywire, y espera a Mahone. En Benson, Minnesota, C-Note y Dede están saliendo de un bar cuando un ladrón adicto anuncia un atraco. Cuando Kellerman ve un bloqueo en el tren, se da cuenta de que fue traicionado.

Michael Scofield y Sara Tancredi no logran obtener la cinta del club de cigarros Corona de Oro en Chicago, donde la seguridad estaba preparada, y acuden al exdirector de la prisión Henry Pope, miembro del club, pero él quiere llamar a la policía. Michael saca su pistola y se la entrega para demostrar su veracidad; Sarah lo convence de entrar con la llave del humidor de su difunto padre y encuentra una memoria USB. En México, Fernando Sucre tiene problemas con su coche y recibe un aventón de un empleado de seguridad del aeropuerto de Ixtapa que ve su cartel de búsqueda justo después de separarse en el aeropuerto, por lo que debe huir con su novia. T-Bag y su familia forzada encuentran su propia casa vandalizada y saqueada, excepto por la biblia familiar, lo cual le hace recordar los recuerdos de juventud de su padre pervertido, y asegura a Suzy que desea su amor y está feliz de ser infértil, su linaje debería ocupar el lugar de los Bagwell. Cuando ella se niega, él los encierra, considera asesinarlos con un hacha pero finalmente los deja atrás. El agente especial del FBI Alexander Mahone ha localizado a Benjamin Miles "C-Note" Franklin y a su hija, pero los deja escapar en un autobús en lugar de dispararle al niño. C-Note la lleva a un médico preocupado por la enfermedad renal PKD, pero se niega a permitir la inserción de un catéter, en su lugar se entrega a Mahone, quien está con su propio hijo en Colorado, y hace un trato para conseguir a Scofield. Pope ya no está en el club, pero es recibido en la entrada por el agente especial del Servicio Secreto William "Bill" Kim, a quien solo Paul Kellerman, observando desde un techo con Linc, conoce por su apariencia. Michael atropella a Kim y escapa con Pope, Sarah y Linc, dejando a Kellerman afuera. Cuando Michael les dice a los demás que está dispuesto a cumplir su promesa a Pope (que los demás no conocían

El Capitán Brad Bellick entra a la oficina del FBI exigiendo que Mahone le pague. Michael y sus compañeros están impresionados con las grabaciones en el dispositivo, pero solo ayudará si los contactos de Kellerman en Washington lo usan adecuadamente, en particular el alto funcionario de Justicia, Cooper Green, quien acepta reunirse y cooperar, pero es seguido por hombres de Kim. Linc llama a su hijo L.J., quien se niega a renunciar a su vida relativamente normal hasta nuevo aviso. Sarah se encuentra con Bruce Bennett. Bellick intenta sobornar al primo encarcelado de Sucre para que revele su paradero en México. T-Bag encuentra al terapeuta Dr. Stammel, quien se parece a él, y lo asesina para robar su identidad. Mahone recibe la orden de deshacerse de C-note de una vez por todas cuando Kim cree que tiene a Scofield; promete seguir cuidando de la familia de C-note, pero solo si utiliza el contenido de un paquete que enviará a su celda: una soga. Sarah llega demasiado tarde para llamar a Linc, el verdadero Cooper Green está en su oficina, pero Michael engaña al falso, quien fingía tener asma, justo a tiempo y lo derriba. Paul Kellerman visita a su hermana Kristine. Fernando Sucre está en el cielo en la cama con Maricruz Delgado cuando su bebé patea. El verdadero Cooper Green podría ayudar con la cinta, pero luego descubre que el dispositivo de memoria tiene la fecha de copia, no la fecha de grabación, sin la cual no es admisible como prueba, solo para chantajear al presidente para que firme un indulto.

C-note ha saltado con la soga alrededor de su cuello, pero es salvado por los carceleros; le dicen a Mahone que aún lo hará. En un hotel de Chicago, se espera la llegada de la presidenta Caroline Reynolds para un discurso. Michael envía al verdadero Cooper Green lejos y acuerda un punto de encuentro con Linc y Sarah. Mahone entra en la habitación de Sarah y solo finge no encontrarla debajo de la cama para atraparla, ella finge que los hermanos la dejaron. En México, T-bag descubre que Bellick está esperando en la cinta transportadora de equipaje y debe obtener el suyo desde el lado del servicio, pero el obrero al que golpea cae sobre él, por lo que debe huir. Lincoln sorprende a su antiguo compañero Derrick Sweeney y le pide un favor: tres boletos en un barco de carga para Panamá. Kellerman está listo para dispararle a la malvada presidenta, pero cuando está a la vista de Michael, es arrestado justo después de estrecharle la mano, y es interrogado por Kim, quien exige estar a solas con él, para preguntarle dónde está Linc, luego intenta literalmente sacarle la información a golpes; la presidenta entra y saca a Kim justo cuando estaba a punto de dispararle a Michael; le dice que la cinta es una conversación delicada que tuvo con su hermano después de su "muerte", y aún tiene copias en veinte lugares. Fernando ve en la televisión que T-bag está en México y fue grabado intentando robar, por lo que deduce que los $5,000,000 deben estar cerca y le dice a Maricruz que regresará enseguida; a su regreso, solo está Bellick, armado y esposando a Sucre, para cobrar la recompensa, por lo que Fernando ofrece compartir los $5,000,000 encontrando a T-bag. Sarah adivina correctamente que Mahone está bajo el efecto de una droga adictiva. Caroline llama a Linc, quien reproduce la cinta que demuestra que su hermano estaba vivo

Ahora que Caroline Reynolds ha renunciado como presidenta, ya no puede firmar un indulto, por lo que los hermanos deben desaparecer de inmediato, para siempre. En el muelle, Sarah se da cuenta de que la están siguiendo y finge, en el teléfono, que ya está a bordo, por lo que ellos zarpan sin ella mientras es arrestada. Lincoln impide que Michael regrese por ella. Una semana después, un alto funcionario del FBI ofrece a C-note una sentencia más leve a cambio de su testimonio contra Mahone, incluso libertad y protección de testigos para su familia. Fernando toma la pistola de Bellick mientras busca a T-bag, pero Bellick muestra un crucifijo para demostrar que tiene a Maricruz. El desgraciado disfruta de su fortuna con una mujer de la calle que interpreta a su Susan-Q. Los hermanos llegan a Cristobal, Panamá. Mientras tanto, el equipo de Mahone deduce que los tatuajes de Scofield se refieren a su madre, Christina, presumiblemente muerta, y él supone que su ordenador contenía mucha información sobre Panamá por alguna razón. El hombre en el poder interroga a Kim en un pequeño barco y decide cambiar la estrategia. Mahone descubre las intenciones de su colega del FBI, Wheeler. C-note se reúne con su familia y es liberado. Los hermanos tienen una pelea, atormentados por la culpa de demasiadas personas inocentes que sufren por sus buenas intenciones, luego abordan un yate llamado Christina. Mahone le dice a Kim que no está contento con los resultados, ya que sigue separado de su familia, pero le dicen que ahora necesita ayuda para escapar y, por lo tanto, debe ir a México para ayudar a T-bag.

Linc encuentra que Michael ha desaparecido de su yate Christina Rose después de recibir el mensaje de Sucre (también interceptado por Mahone, quien piensa haber encontrado una salida); el despreciable T-bag está en el hotel Fin del Camino de la Ciudad de Panamá con el dinero. Un petardo que paga a un niño local para que plante muestra a Michael las dos plantas de Mahone en la plaza, pero Bellick saca su arma, acompañado por Fernando, quien niega haber enviado el mensaje. Scofield huele una trampa y establece sus objetivos: dinero para Bellick, Maricruz para Sucre, T-bag para él, luego le recuerda a Fernando en privado que Maricruz es su prioridad legítima, no la venganza. El juicio de Sarah Tancredi continúa y el juez permite mostrar la cinta de Michael que la absuelve; su abogado le aconseja que acepte una condena de doce años, en realidad nueve años en seguridad máxima. Cuando T-bag se va, los dos hombres de Mahone lo siguen, seguidos por el trío de fugitivos. Mahone es atacado repentinamente por Lincoln, quien lo llama el asesino de su padre. El trío sorprende y desarma al dúo de Mahone, que no lleva identificación del FBI, y luego a T-bag, pero escuchan sirenas de la policía afuera. Después de alinear sus medallas y ponerse su uniforme, Paul Kellerman se dispara en la cabeza, pero su pistola se atasca; su hermana insiste en que es una señal para comenzar una nueva vida. Él va a testificar en favor de Sarah. En lugar de dinero, Fernando encuentra a una chica herida, T-bag escapa corriendo mientras la policía entra; Michael y Sucre los siguen por la escalera de incendios, un coche que lo roza hace que T-bag sea atrapado nuevamente. Él trata con Michael para intercambiar su escape, sin el dinero, por información, pero Scofield decide dejarlo en la embajada. El monstruo encuentra un destornill

De vuelta en el yate, Michael se da cuenta de que Lincoln se ha ido y lo llama. Alex Mahone le dice que Linc no es un asesino despiadado, por lo que fue dominado y esposado, y el rescate es el yate y la fortuna que supone que está en él, que deben acordarse en cinco minutos. Ahora Mahone es incluso más buscado que los hermanos. El testimonio autoincriminatorio de Kellerman y los documentos que trae hacen que todos los cargos contra Sarah y Lincoln sean retirados, y él es arrestado. Mahone llama a Kim para que vuele de inmediato. Alex llama a su esposa para que lleve a los niños de vacaciones a su Colombia natal, en Cartagena. A pesar de haber perdido el 30% de sangre, Fernando sale del hospital para informar de la desaparición de Bellick, quien ya está en la cárcel y se une a T-Bag. El vendedor Chaco presenta a Michael a un propietario local de yates al que sugiere cobrar la recompensa de $100,000 por su cabeza, luego hace una mejor oferta. Mahone llama a la policía con la intención de incriminar a los hermanos por su intento de asesinato contra "un asiático", pero Michael se niega a entregar el dinero y Kim aparece temprano, con refuerzos armados. Mahone huye pero es arrestado. Kellerman sabe la situación en la que está involucrado y espera ser asesinado, por lo que se organiza un problema en el transporte hacia la prisión y un hombre enmascarado lo dispara. Chaco entrega a los hermanos, quienes se llevaron el dinero e intentaban huir y no mirar hacia atrás, un barco miserable con una sorpresa invaluable: Sarah y las buenas noticias para Linc, con buenas esperanzas para Michael. Justo en ese momento, Kim aparece, rechaza el dinero, apunta a Linc y Sarah le dispara. La policía llega, persiguiendo y atrapando al trío. Michael toma el arma y finge tomar a Sarah como rehén, luego se