Michael Scofield está encarcelado en la Penitenciaría Estatal de Fox River. Encuentra a su hermano, Lincoln Burrows, quien es un prisionero condenado a muerte, y le dice que va a sacarlos a ambos de la prisión.

Dos pasos adelante y uno atrás. Michael consigue a Abruzzi de su lado y demuestra la confiabilidad de Sucre, pero luego pierde una pieza valiosa de su plan.

Michael salva al Dr. Tancredi de los presos amotinados, pero Lincoln y Veronica necesitan su propio rescate.

Verónica, Nick y LJ deben esconderse, mientras Bellick sin saberlo proporciona la motivación de Westmoreland para ayudar en la fuga.

Con Abruzzi volviéndose más desesperado por recuperar autoridad dentro de la prisión, parece que el tiempo de Fibonacci se ha agotado.

Michael le entrega una dirección a Falzone, permitiendo que el trabajo se reanude en el túnel. Mientras tanto, el vicepresidente recluta la ayuda de un especialista peligroso.

Michael recibe una visita de su esposa, mientras que Veronica y Nick reciben una visita de Quinn.

C-Note escucha a Michael y Lincoln discutir que hay demasiados fugitivos para el tiempo disponible y comparten la información con el grupo diciendo que uno deberá quedarse atrás. T-Bag se siente amenazado y llama a su primo James Bagwell, revelando el plan de escape y pidiéndole a James que llame al Alcaide Pope en caso de que T-Bag no se comunique con él más tarde. Abruzzi le pide a su hombre de confianza que secuestre a James, pero las cosas salen mal y el mafioso mata a James y a su hijo de cinco años, Jimmy. Abruzzi se siente culpable por la muerte del niño y siente la necesidad del perdón de Dios, pero T-Bag traiciona a Abruzzi como Judas. Mientras tanto, Veronica y LJ llevan a Nick al hospital y mientras está en cirugía, LJ escapa para ver el funeral de su madre. Daniel Hale ve al adolescente en el cementerio pero no lo arresta; más tarde le dice a su esposa que deberían mudarse al oeste y hace una llamada anónima a Veronica para programar una reunión en el Highland Cafe. Maricruz le dice a Sucre que está embarazada pero se casará con Héctor. El Capitán Bellick presiona a David para que delate a Michael, informando todo lo que dice. Michael prueba el plan de escape e informa al grupo que están listos para ir esa noche, pero Lincoln es enviado a confinamiento solitario protegiendo a su hermano.

Con la tubería hacia la enfermería reemplazada y la vida de Lincoln en peligro, Michael debe replantear su plan de escape y salvar la vida de su hermano. Un compañero de prisión puede tener la clave para evitar la ejecución de Lincoln.

Después de quemarse el hombro, el tatuaje de Michael que mostraba el camino a través del pabellón psiquiátrico ahora está incompleto. Con otro recluso intimidado para delatar los planes de escape, Michael Scofield debe usar su ingenio para encontrar una nueva forma de salir de la prisión de Fox River.

Improvisando un nuevo plan, Michael busca a un conocido que podría tener la clave para su plan de escape. En la población general, los otros miembros del equipo de P.I. descubren que los guardias están subastando la celda de Michael al mejor postor. Lincoln y Sucre idean un plan para lograr que Michael regrese a la población general. Veronica informa a Lincoln que L.J será juzgado por el asesinato de su madre, y Lincoln desea ver a su hijo.

El agente del F.B.I. Mahone decide utilizar a L.J. para llegar a Michael y Lincoln, haciendo un trato con él y haciéndolo engañar a los dos fugitivos para que revelen su ubicación. Michael y Lincoln deciden que solo pueden hacer una cosa: rescatar a L.J. en una audaz incursión en la cárcel del condado. Solo hay un problema, Mahone está personalmente custodiando a L.J. y no lo dejará fuera de su vista.

Michael, Linc y Nika son capturados por Bellick y Geary, quienes intentan recuperar el dinero de Westmoreland en Utah. Tweener continúa su viaje con Debra Jean. Abruzzi se reúne con su esposa e hijos y planea huir del país con ellos, pero decide ocuparse de Fibonacci primero. T-Bag tiene un susto cerca de la policía en una gasolinera de Nebraska, y luego se hace pasar por un marine que perdió una mano en Iraq. Mahone espera confirmación de la muerte de Michael y Linc en la explosión del automóvil, y al mismo tiempo obtiene pistas sobre uno de los otros fugitivos. Kellerman (haciéndose pasar por un adicto en recuperación llamado Lance) entabla amistad con Sara.

El plan de Michael encuentra un obstáculo cuando la hija del dueño de la casa, que es policía, llega. Mahone discute con Lyle Sands sobre cómo proceder, pero espera que Tweener, bajo custodia del FBI, revele la ubicación de los otros fugitivos. Sara comienza a sospechar de Kellerman, por lo que él intenta algo diferente para encontrar a Lincoln Burrows. En una instalación de detención en Arizona, L.J. descubre que será liberado al día siguiente; Linc va a buscarlo. Haywire, en Wisconsin, roba suministros de una tienda de campamento.

En sus esfuerzos por tratar de hacerse con todo el dinero, Sucre se encuentra con algunas dificultades inesperadas. Y el Capitán Bellick y su compañero no se han dado por vencidos en encontrar a sus antiguos reclusos.

Michael intenta recuperar un objeto del Jardín Botánico de Blanding en Utah, pero el equipo de Mahone llega primero. Mahone cree que alguien de su equipo está filtrando información a la prensa; mientras tanto, Michael investiga a Mahone en un café de Internet y luego viaja a Durango, Colorado, para ver a una mujer allí. Linc y L.J. están en la carretera en Arizona. C-Note está en Chicago, y el Agente Lang intenta utilizar a su esposa para capturarlo. Bellick y Geary llaman al oficial Patterson, en la prisión de Fox River, para obtener información sobre dónde buscar a T-Bag. Sara está en un motel en Elgin, Illinois, tratando de descifrar el código de Michael. T-Bag llega a Tribune, Kansas, en busca de "romance", como él lo llama. Kellerman está siguiendo a Sara.

El capitán Bellick tortura a T-Bag para obtener el dinero, durante lo cual T-Bag se traga la llave y Bellick utiliza trucos sucios para sacar la llave. Bellick y Mac dejan a T-Bag en el límite de la policía. Sarah y Michael Scofield se encuentran, pero son constantemente perseguidos por Alexander Mahone. Michael se acerca a la impotencia de Mahone. Mientras tanto, Lincoln Burrows y LJ son rescatados por el padre de Lincoln, pero aún no están protegidos de los sucios juegos políticos. Sucre intenta contactar a Maricruz, pero ese plan falla debido a que la policía estatal hace rondas.

En Maljamar, Nuevo México, Michael toma lo que necesita de una tienda de artículos deportivos y luego tiene una crisis de conciencia. En Tribune, Kansas, T-Bag escapa por poco de la policía pero tiene que dejar su mano atrás. En Trinidad, Colorado, los tres Burrows discuten política, pero enfrentan una amenaza inesperada. En Gila, Nuevo México, Kellerman ata a Sara y resuelve obtener lo que necesita de ella. Mahone conoce a Kim por primera vez. Bellick recibe tratamiento por el golpe en la frente e interactúa con un detective de policía local.

El Capitán Brad Bellick entra a la oficina del FBI exigiendo que Mahone le pague. Michael y sus compañeros están impresionados con las grabaciones en el dispositivo, pero solo ayudará si los contactos de Kellerman en Washington lo usan adecuadamente, en particular el alto funcionario de Justicia, Cooper Green, quien acepta reunirse y cooperar, pero es seguido por hombres de Kim. Linc llama a su hijo L.J., quien se niega a renunciar a su vida relativamente normal hasta nuevo aviso. Sarah se encuentra con Bruce Bennett. Bellick intenta sobornar al primo encarcelado de Sucre para que revele su paradero en México. T-Bag encuentra al terapeuta Dr. Stammel, quien se parece a él, y lo asesina para robar su identidad. Mahone recibe la orden de deshacerse de C-note de una vez por todas cuando Kim cree que tiene a Scofield; promete seguir cuidando de la familia de C-note, pero solo si utiliza el contenido de un paquete que enviará a su celda: una soga. Sarah llega demasiado tarde para llamar a Linc, el verdadero Cooper Green está en su oficina, pero Michael engaña al falso, quien fingía tener asma, justo a tiempo y lo derriba. Paul Kellerman visita a su hermana Kristine. Fernando Sucre está en el cielo en la cama con Maricruz Delgado cuando su bebé patea. El verdadero Cooper Green podría ayudar con la cinta, pero luego descubre que el dispositivo de memoria tiene la fecha de copia, no la fecha de grabación, sin la cual no es admisible como prueba, solo para chantajear al presidente para que firme un indulto.

Michael está una vez más encarcelado, pero ahora en SONA (Panamá), junto con T-Bag, Mahone y Bellick. La prisión es gobernada exclusivamente por los reclusos, cuyo señor de la prisión local, Lechero, se siente amenazado por la "fama" de Scofield. Lincoln intenta medios legales para trasladar a Michael, y recibe una llamada de un familiar. Ambos reciben el mismo mensaje, a través de diferentes canales, de The Company.

Lincoln intenta salvar a LJ y Sara. Pero no puede. Mientras tanto, Michael tiene una conversación telefónica con Sara. Y Lincoln recibe una llamada de Susan B. diciendo que dejó algo en el garaje para él.

Tyge le cuenta a Michael que él y Whistler eran compañeros de trabajo en el McFadden, un hotel en Niza, Francia. Mahone se preocupa por la constante y aguda observación de Tyge sobre Whistler. Teniendo que replanificar rápidamente, Michael le dice a Linc que descubra la ubicación del café cercano y drogue el café del guardia, y también exige fotos de LJ y Sara antes de escapar. Tyge es apuñalado hasta la muerte. Lechero interroga a McGrady y hace arrastrar a Whistler para obtener una confesión. Michael cree en las negaciones de Mahone y Bellick. T-Bag le ofrece a Michael un anillo que robó a Sammy (su rival por la confianza de Lechero) para usarlo como prueba de que Sammy apuñaló a Tyge. Michael encuentra el cuchillo del asesinato debajo de la cama de Mahone y va con Lechero para denunciar a Mahone, solo para descubrir que acaba de salir de la prisión. Los agentes Richard Sullins y Felicia Lang llegan a Sona para presentarle a Mahone una oferta de acuerdo de culpabilidad del Departamento de Justicia de EE. UU.: una reducción de pena a 8 años a cambio de testimonio contra la conspiración del gobierno y Lincoln. Podría salir en 4 años, pero Mahone se niega y ahora enfrenta cadena perpetua. Lechero administra justicia para Tyge a su manera. Linc y Sofia logran drogar al Capitán Hurtado, pero Susan descubre que los hermanos tenían un plan de tiempo diferente y amenaza la vida de LJ. Sin fotos recientes disponibles, Linc confiesa la muerte de Sara, lo que lleva a Michael a tomar una decisión drástica.

Mahone está seguro de que todo lo que tiene que hacer es decir la verdad, disfrutando de inmunidad total. Michael le dice a Whistler que su pelea es parte de una distracción, la escapatoria es ahora o nunca, antes de que el efecto de la droga en el café del guardia desaparezca. Justo cuando el reflejo crítico del sol ciega al otro guardia de la torre, deben esperar y esconderse hasta que Sammy haya pasado, pero pasar por las barras cortadas. Bajan, pero el resplandor desaparece, así que deben subir de nuevo porque no hay suficiente tiempo para escapar. Regresan a tiempo y salen al patio, pero Lechero se niega a permitirles cancelar su duelo a muerte en el patio, que había sido planeado como una distracción falsa. Sofia saca un arma a Lincoln para evitar que entregue a Whistler a los asesinos. Él responde que eso condenaría a L.J., un inocente, a la muerte. Los guardias despiertan al Capitán Hurtado desmayado, ven la cuerda de escalada y entran en la prisión. El Coronel dispara a Papo, uno de los hombres de Lechero, "por no contar" y revela su trato con Lechero, cuestionando si es el hombre adecuado para el trabajo. Al escuchar la sirena de Sona, Linc huye en coche y cuando Susan llama, él miente, diciéndole que tiene a los "fugitivos" en el maletero, pero Pike, otro operativo de la compañía, la llama: el recuento de reos estaba completo. Sucre detiene su furgoneta chocando contra ella, pero incluso cuando Linc la amenaza con un arma, su cómplice no cambiará a L.J. La libera y obtiene una breve prórroga para averiguar qué sucedió. Ante una audiencia fallida, Malone ahora cree que el funcionario de Justicia Richard Sullins lo está tramando para que confiese. Michael es arrastrado ante Lechero, pero no para ser castigado, sino para llevar

Después de que el helicóptero no logra rescatar a Whistler, el nuevo comandante de Sona, el General Zavala, decide hacer que Michael hable poniéndolo en una caja caliente de aislamiento expuesta al sol. Promete ayudar a cambio de la verdad, verifica la situación de L.J. y le dicen que se trata de Whistler. Whistler, dándose cuenta de que el túnel no funcionará sin el ingeniero Scofield, niega rotundamente conocer algo ante Zavala y es amenazado con tortura hasta que admite colaborar con Michael, quien lo convence de revelar el nombre de Susan/Gretchen. Mientras tanto, Lincoln tiene un breve encuentro con L.J. como motivación. Mahone está de vuelta en Sona, desesperado sin su droga. T-Bag y sus aliados están principalmente preocupados por la sucesión esperada de Lechero y otra pelea a puño limpio, ganada por Bellick. Gretchen recluta a Sucre como espía doble (o triple para Linc); luego el General Zavala la arresta y tortura. Solo la confesión de Whistler la hace admitir el secuestro de L.J. y los lleva hasta allí, pero ella logra matar al General y escapar. Michael y Whistler son devueltos a la población general, Mahone y T-Bag se unen al grupo de escape a través del túnel. El primo de Lechero, Augusto, le pide a Sammy que abra el paquete: un arma.

Michael, Whistler, Mahone y McGrady escapan de Sona, pero no todo sale según lo planeado y el intercambio se ve comprometido.

LJ y Whistler son intercambiados, pero más sorpresas surgen. Mientras tanto, los planes de T-Bag finalmente tienen éxito.

Michael, Mahone, Sucre y Lincoln intentan ingresar a la casa donde se encuentra guardada Scylla. T-Bag y Sancho se dirigen a San Diego en el desierto.

Verónica, Nick y LJ deben esconderse, mientras Bellick sin saberlo proporciona la motivación de Westmoreland para ayudar en la fuga.

Con Abruzzi volviéndose más desesperado por recuperar autoridad dentro de la prisión, parece que el tiempo de Fibonacci se ha agotado.

Michael recibe una visita de su esposa, mientras que Veronica y Nick reciben una visita de Quinn.

El agente del F.B.I. Mahone decide utilizar a L.J. para llegar a Michael y Lincoln, haciendo un trato con él y haciéndolo engañar a los dos fugitivos para que revelen su ubicación. Michael y Lincoln deciden que solo pueden hacer una cosa: rescatar a L.J. en una audaz incursión en la cárcel del condado. Solo hay un problema, Mahone está personalmente custodiando a L.J. y no lo dejará fuera de su vista.

Michael Scofield está encarcelado en la Penitenciaría Estatal de Fox River. Encuentra a su hermano, Lincoln Burrows, quien es un prisionero condenado a muerte, y le dice que va a sacarlos a ambos de la prisión.

El capitán Bellick tortura a T-Bag para obtener el dinero, durante lo cual T-Bag se traga la llave y Bellick utiliza trucos sucios para sacar la llave. Bellick y Mac dejan a T-Bag en el límite de la policía. Sarah y Michael Scofield se encuentran, pero son constantemente perseguidos por Alexander Mahone. Michael se acerca a la impotencia de Mahone. Mientras tanto, Lincoln Burrows y LJ son rescatados por el padre de Lincoln, pero aún no están protegidos de los sucios juegos políticos. Sucre intenta contactar a Maricruz, pero ese plan falla debido a que la policía estatal hace rondas.

LJ y Whistler son intercambiados, pero más sorpresas surgen. Mientras tanto, los planes de T-Bag finalmente tienen éxito.