Cuando las Leyendas descubren que han roto la continuidad temporal, Rip Hunter llega junto a su nueva organización, Time Bureau, para aligerar su tarea en el estreno de la tercera temporada. Pero una nueva amenaza surge cuando Rory descubre a Julio César en Aruba.

Después de regresar de una misión, Zari queda atrapada en un bucle temporal que provoca que la misma situación se repita una y otra vez. Zari cree que los secretos de sus compañeros encierran la respuesta a por qué está ocurriendo esto.

El equipo revisa qué tótems hay en el mundo, encuentran dos y deciden encontrar primero el tótem de fuego; sin embargo, Darhk llega allí, convirtiéndolo en un empate, donde cada lado tiene dos tótems. Sara tiene una cita con Ava. Mientras ella está fuera, el equipo lleva la Waverider a las Bahamas en el 1717 y aterriza en el Triángulo de las Bermudas, donde se encuentran con un grupo de piratas, dirigido por Edward Teach, que incluye a Damien Darhk, quien procede a robar el tótem de Amaya. Al enterarse de los problemas del equipo, Sara abandona su cita con Ava y va a ayudarlos. La Waverider es atacada por balas de cañón lanzadas por Darhk, y finalmente es abordada por Barbanegra y su tripulación, aunque Ava viene para ayudar a Sara a luchar contra ellos. La mayoría del equipo escapa; sin embargo, Ray atormentado por la culpa, regresa con la esperanza de remendar un error que hizo hacia Darhk y su hija, a cambio del tótem de Amaya. A pesar de su buena acción, es capturado por Darhk y su hija. Mientras tanto, Wally ayuda a Rip a neutralizar a un Agente del Tiempo, y le quita la gabardina del Buró del Tiempo, y los dos terminan emborrachándose y cantando karaoke en 1992. Rip finalmente le dice a Wally que tal vez es hora de que deje de descansar y se vaya salir a buscar su aventura.

Ray está secuestrado por Damien y Nora en Berlín en la década de 1930, y se encuentran con un hombre que ha guardado el trabajo sobre la fusión fría dentro de la muñeca de su hija. Los Darhks tienen la intención de obligar a Ray a usar la investigación de fusión fría para reavivar el Tótem de Fuego. Rip trae a Wally con las Leyendas, que, junto a Ava intentan encontrar a Ray. Gracias a Darhk, el tótem de Amaya se ha corrompido, y los Darhk intentan causar anacronismos para debilitar la prisión que tiene a Mallus. Cuando es arrinconado por Nora, Ray abre un agujero en el muro de Berlín, causando otra aberración, permitiendo que las Leyendas lo ubiquen a él y usan Wally para rescatarlo y recuperar el tótem de fuego. El Director Bennett es asesinado por Grodd, convirtiendo a Ava en el oficial superior de la Oficina del Tiempo, permitiendo que Rip regrese a trabajar. Wally tiene la intención de ir con Rip y Ava, pero Sara lo convence de que se una a las Leyendas, y Rip lo felicita. Antes de irse, Rip le ordena a Gideon que borre el archivo de Ava, alegando que Sara nunca debe saber el secreto de Ava.

Las Leyendas se enteran de que una tragedia misteriosa destruyó la cuna del rock and roll; se embarcan en una misión para salvar la música y se encuentran con el sexto y último tótem; el Tótem de la Muerte; Zari ayuda al miembro más nuevo.

El poder de Mallus sobre Sara vuelve a aparecer y ella lleva uno de los tótems sin siquiera saberlo; Rory debe conquistar su lado oscuro; Sharpe busca ayuda en un lugar inesperado.

Ava desaparece, Sara y Ray inician la búsqueda; Amaya le encarga a Zari que entrene a Rory para que controle su poder totémico; Nate y Wally emprenden una misión con una persona poco probable para obtener un tótem.

Las Leyendas se enfrentan a dos anacronismos a la vez para mantener a raya a Mallus. Sara y Rip se unen para evitar que Grodd vaya a por otra víctima, mientras Nate y Wally tratan de impedir que Amaya cambie su futuro.

Las Leyendas intentan derrotar a Mallus usando los tótems, pero las cosas no salen como esperaban y Rip debe improvisar. El equipo termina en el Lejano Oeste, donde se encuentran con su viejo amigo Jonah Hex.

Las Leyendas se enteran de que una tragedia misteriosa destruyó la cuna del rock and roll; se embarcan en una misión para salvar la música y se encuentran con el sexto y último tótem; el Tótem de la Muerte; Zari ayuda al miembro más nuevo.

El equipo revisa qué tótems hay en el mundo, encuentran dos y deciden encontrar primero el tótem de fuego; sin embargo, Darhk llega allí, convirtiéndolo en un empate, donde cada lado tiene dos tótems. Sara tiene una cita con Ava. Mientras ella está fuera, el equipo lleva la Waverider a las Bahamas en el 1717 y aterriza en el Triángulo de las Bermudas, donde se encuentran con un grupo de piratas, dirigido por Edward Teach, que incluye a Damien Darhk, quien procede a robar el tótem de Amaya. Al enterarse de los problemas del equipo, Sara abandona su cita con Ava y va a ayudarlos. La Waverider es atacada por balas de cañón lanzadas por Darhk, y finalmente es abordada por Barbanegra y su tripulación, aunque Ava viene para ayudar a Sara a luchar contra ellos. La mayoría del equipo escapa; sin embargo, Ray atormentado por la culpa, regresa con la esperanza de remendar un error que hizo hacia Darhk y su hija, a cambio del tótem de Amaya. A pesar de su buena acción, es capturado por Darhk y su hija. Mientras tanto, Wally ayuda a Rip a neutralizar a un Agente del Tiempo, y le quita la gabardina del Buró del Tiempo, y los dos terminan emborrachándose y cantando karaoke en 1992. Rip finalmente le dice a Wally que tal vez es hora de que deje de descansar y se vaya salir a buscar su aventura.

Ray está secuestrado por Damien y Nora en Berlín en la década de 1930, y se encuentran con un hombre que ha guardado el trabajo sobre la fusión fría dentro de la muñeca de su hija. Los Darhks tienen la intención de obligar a Ray a usar la investigación de fusión fría para reavivar el Tótem de Fuego. Rip trae a Wally con las Leyendas, que, junto a Ava intentan encontrar a Ray. Gracias a Darhk, el tótem de Amaya se ha corrompido, y los Darhk intentan causar anacronismos para debilitar la prisión que tiene a Mallus. Cuando es arrinconado por Nora, Ray abre un agujero en el muro de Berlín, causando otra aberración, permitiendo que las Leyendas lo ubiquen a él y usan Wally para rescatarlo y recuperar el tótem de fuego. El Director Bennett es asesinado por Grodd, convirtiendo a Ava en el oficial superior de la Oficina del Tiempo, permitiendo que Rip regrese a trabajar. Wally tiene la intención de ir con Rip y Ava, pero Sara lo convence de que se una a las Leyendas, y Rip lo felicita. Antes de irse, Rip le ordena a Gideon que borre el archivo de Ava, alegando que Sara nunca debe saber el secreto de Ava.

El poder de Mallus sobre Sara vuelve a aparecer y ella lleva uno de los tótems sin siquiera saberlo; Rory debe conquistar su lado oscuro; Sharpe busca ayuda en un lugar inesperado.

Después de regresar de una misión, Zari queda atrapada en un bucle temporal que provoca que la misma situación se repita una y otra vez. Zari cree que los secretos de sus compañeros encierran la respuesta a por qué está ocurriendo esto.

Las Leyendas se enfrentan a dos anacronismos a la vez para mantener a raya a Mallus. Sara y Rip se unen para evitar que Grodd vaya a por otra víctima, mientras Nate y Wally tratan de impedir que Amaya cambie su futuro.

Cuando las Leyendas descubren que han roto la continuidad temporal, Rip Hunter llega junto a su nueva organización, Time Bureau, para aligerar su tarea en el estreno de la tercera temporada. Pero una nueva amenaza surge cuando Rory descubre a Julio César en Aruba.

Ava desaparece, Sara y Ray inician la búsqueda; Amaya le encarga a Zari que entrene a Rory para que controle su poder totémico; Nate y Wally emprenden una misión con una persona poco probable para obtener un tótem.

Las Leyendas intentan derrotar a Mallus usando los tótems, pero las cosas no salen como esperaban y Rip debe improvisar. El equipo termina en el Lejano Oeste, donde se encuentran con su viejo amigo Jonah Hex.