Walter White, era un famoso investigador químico de un prestigioso Laboratorio del Gobierno, que a día de hoy ha sido relegado a enseñar a apáticos estudiantes de un Instituto en Albuquerque. Para poder llegar a fin de mes también tiene un trabajo a media jornada en un lavadero de coches. Además, él y su esposa, Skyler (Anna Gunn, Deadwood), una mujer que se ha forjado una modesta carrera en la compra-venta de artículos por eBay, están criando a Walter, Jr. (R.J. Mittle), un joven de diecisiete años, con una gran fuerza de voluntad, que tiene parálisis cerebral lo que presenta un continuo reto para la familia. Pero todas estas dificultades palidecen en relación con el nuevo descubrimiento de Walter: tiene cáncer con un pronóstico de dos años de vida.

Walter no sabe si matar o no a Krazy-8. Mientras, Marie cree que su hijo está enganchado a la marihuana y le pide a Hank que le de algún susto para que lo deje. Walter decide invitar a comer a Krazy-8, pero las cosas se tuercen cuando se marea mientras baja unos escalones. ¿Le contará lo que pasa?

Ahora que Skyler sabe su secreto, y sin conocer que el equipo de la DEA está cercano a descubrir su negocio de drogas, Walt decide contar en una barbacoa familiar las novedades de su cáncer. Aunque Hank le ofrece 5.000 dólares para su tratamiento, él rechaza el dinero. Le dice a Skyler que recurrirá al dinero de su pensión, pero en realidad utilizará el dinero que han conseguido Jesse y él vendiendo drogas.

Walter y Jesse han llegado a un acuerdo: Walter será el que “fabrique” las drogas y Jesse se encargará de su distribución en la calle. Skyler le pregunta sobre todo el tiempo que pasa fuera de casa, y él le miente diciéndole que tan solo quiere estar a solas a veces.

Tras lo ocurrido con Tuco y la paliza a uno de sus hombres que materializó delante de sus ojos Walt empieza a echar cuentas del dinero que puede necesitar su familia para salir adelante cuando él falte y llega a la conclusión de que ganando 70 mil dólares semanales por la venta de drogas sólo necesita 11 ventas más. Pero las cosas se tuercen cuando a punto de salir del desguace donde habían realizado en intercambio Tuco regresa con el hombre herido sufriendo convulsiones. El tipo acaba muriendo y Walt y Jesse intentarán poner fin por todos los medios a su acuerdo con Tuco dado el peligro que conlleva seguir tratando con él. Skyler lleva días sin cogerle el teléfono a Marie y Hank se da cuenta de que algo le pasa con su hermana. Acude a ver a Skyler para pedirle que llame a su hermana pero Skyler acaba por contarle que Marie roba aunque eso Hank ya lo sabía. Le explica que Marie acude a un psicólogo para superar su cleptomanía. Skyler no está por la labor de ayudar a su hermana porque piensa que en ese momento es ella quien tiene serios problemas.

Los hombres de Hank hacen una visita al garito de Tuco Salamanca tras encontrar a su secuaz y su cuñado muertos en el desguace de coches y han realizado una redada en el garito que Tuco paga a su novia, una joven enganchada al cristal, pero a pesar de haber atrapado a algunos de sus hombres no pudieron capturar a Tuco. Tuco es ahora la prioridad del equipo de la DEA, tras cargarse en el 98 a un hombre, en el 2003 haber acuchillado a un mexicano y ser sospechoso de la desaparición de Loco 8. Ahora, la DEA tiene pruebas contra él ya que en uno de los cadáveres encontraron una huella que le incrimina. Hank abandona a sus hombres para acudir con su esposa a ver a Skyler ya que la noche antes Walt había desaparecido de casa y no se sabe nada de él. Hank teme que Walt se haya suicidado aunque en realidad Walt y Jesse están retenidos por Tuco.

Tras lo ocurrido con Tuco y con Hank, Walt trata de cubrir sus huellas deshaciéndose del arma y haciéndose el desorientado apareciendo desnudo en un supermercado para no tener que dar explicaciones sobre donde ha estado al decir que no recuerda nada de los dos días que lleva desaparecido. Aunque su mujer se siente aliviada por su aparición, Marie ve lo ocurrido desde otro ángulo y encuentra rara la historia que llevó a su cuñado a estar desnudo en un supermercado. Mientras Hank se recupera de su tiroteo con Tuco y ya aliviado por la aparición de Walt trata de seguirle el rastro a Jesse tras encontrar su coche en manos de Tuco. Jesse acude a Badger para que le ayude a deshacerse de todo lo que les pueda relacionar con las drogas aunque la DEA sigue una pista que podría llegar directamente hasta ellos.

Mientras Walt ha de pagar la extensa factura de su tratamiento e ingreso, su recién ascendido cuñado Hank sufre las consecuencias de su encuentro con Tuco y el primer indicio le ocurre en el ascensor del trabajo ya que empieza a marearse y a perder la compostura. Jesse recupera la caravana con el dinero que le ha dado Walt, además de un coche y alquila una casa a una joven que vive en la casa de al lado. Como no quieren tratar con otro Tuco y Jesse está muy perseguido por la DEA llega a la conclusión de que pueden manejar la producción y la distribución contratando a conocidos para distribuir su producto en las calles. Walt acepta porque tras pagar la primera fase del tratamiento y su costosa coartada se ha quedado sin dinero.

Brandon "Badger" Mayhew se encuentra en un banco cuando un joven con pinta poco sospechosa le pide drogas, pero el rápidamente se da cuenta de que huele a madero y pronto localiza un par de furgonetas de la policía camufladas. Le pide una demostración de que no es poli por lo que le pide que se identifique como tal si lo es, ya que según la constitución no puede mentir. Le dice que no pero finalmente resulta ser un policía de Albuquerque a pesar de todo. Mientras Jesse se ha acostado con Jane Margolis, que ya lleva 18 meses sin tomar drogas. Walt y Jesse buscar el asesoramiento legal de un abogado para Badger, Saul Goodman. La DEA cree que puede echar el lazo a Heisenberg. Marie llama a su hermana desesperada pero como esta se ha ido a trabajar quien le contesta es Walt. Acude a casa de sus cuñados porque Marie está desesperada con Hank que ha regresado a Albuquerque sin avisar y en un estado terrible a consecuencia del asesinato de su compañero y los numerosos heridos habidos en la explosión de la bomba trampa en Juárez.

Walt y Hank entrar en una acalorada discusión en una fiesta. Skyler se abre a su jefe. Jane esconde su relación con Jesse a su padre.

Skylar se enfrenta a Walt por su secreto, Jesse se derrumba El padre de Jane, apenado, toma una decisión que resulta en una tragedia mayor.

Cuando Saul descubre que Skyler está al corriente del oscuro negocio de su marido, decide vigilarla por si se va de la lengua. Mientras, Jesse descubre que sus padres han puesto a la venta la casa donde se alojaba cuando empezó su sociedad con Walt. Por otro lado, los misteriosos mexicanos consiguen localizar a la única persona viva que conoce la verdadera identidad de Heisenberg.

Walter se ha reinstalado en la que fuera su casa, pero Skyler le quiere fuera a toda costa hasta el punto de llamar a la policía para que le echen. Mientras, Jesse recibe la visita de Saul, quién le presiona para que fuerce a Walter a volver a cocinar. Por otro lado, cerca del desierto se celebra una reunión en la que parece estar decidiendo el futuro de Walt.

Walter descubre que Saul le espiaba en su propia casa y decide cortar su relación con él. MIentras, Jesse trata de convencerle de volver al negocio, pero ante la negativa de Walt, decide seguir por su cuenta. Por otro lado, cuando Hank está a punto de volver a trasladarse a El paso, la famosa metanfetamina azul de Heisenberg vuelve a hacer aparición.

Jesse está furioso por la mitad del dinero que no recibió. Walt trata de desenmascarar al que le envió la parte que no le correspondía, pero se encuentra con una oferta practicamente irrechazable. Mientras, Skyler sigue viéndose con Ted como parte de un plan. Por otro lado, el seguimiento de la caravana de la gasolinera por parte de Hank va estrechando el cerco.

Jesse llega al laboratorio justo cuando Walt está despidiendo a Gale. De hecho, Walt se entera de lo ocurrido a Hank por el propio Pinkman, por lo que sale corriendo al hospital dejando a su viejo ayudante a solas en el laboratorio.

A Jesse no le salen las cuentas de trabajar para otro cuando antes ganaban mucho más dinero en proporción. Además, Saul le ofrece la posibilidad de lavar su dinero de una forma que no le agrada en absoluto. Mientras, Marie recibe la noticia de que el tratamiento de Hank será largo y costoso. Por otro lado, Skyler se siente amenazada por la gente que atacó a su cuñado, por lo que Walt tiene una conversación con Fring para saber en que punto de la relación laboral están.

Walt traza un plan un tanto arriesgado. Mientras tanto Hank recluta a Walter Jr.

Skyler encuentra una solución a sus problemas económicos. Walt empieza a impacientarse con Jesse.

Mientras Walt se esfuerza por proteger a su familia, Jesse recibe noticias un tanto alarmantes.

Walt y Jesse se unen a Gus. Por otro lado, Walt encuentra un aliado inesperado al contar con la ayuda de Saul.

Walter regresa a casa con la tranquilidad de haber acabado con sus problemas hasta que recuerda las cámaras del laboratorio, por lo que la policía podría encontrar el disco duro donde se almacenen las imágenes. Mientras, Saul informa a Skyler del incidente con Beneke.

Las investigaciones de Hank siguen dando resultados y los colaboradores de Fring empiezan a salir a la luz. Entre ellos un Mike que se ve tentado por Walter y Jesse para continuar el negocio y al que se le acumulan las preocupaciones cuando le encargan que silencie a todos los implicados con Gus.

Una detención en el entorno de Lydia por parte de Hank provoca que su jefe le proponga un ascenso. Mientras, durante el cumpleaños de Walt, Skyler se ve superada por la tensión acumulada.

Tras colocar un micrófono en el despacho de Hank, Walter y su equipo no saben si confiar o no en Lydia. Dependiendo su vida de una votación, Lydia ofrece a Walter la posibilidad de conseguir toda la metilamina que necesiten, aunque para ello tengan que emular a Jesse James.

Tras la situación en el desierto, Walter, MIke y Jesse valoran las pocas posibilidades que tiene por delante, aceptando la menos complicada al menos de forma temporal. Pero cuando la situación parece controlada, Mike y Jesse encuentran una nueva vía que necesita la aceptación de Walter. Mientras, Marie trata de tranquilizar a Skyler diciéndole que sabe lo suyo con Ted.

Walter llega a un acuerdo con Declan para trabajar según sus propias reglas, saliendo de esta forma Mike del negocio. Jesse tiene muy claro que quiere dejarlo también pero walter no se lo pone fácil. Mientras, Hank ve como su investigación sobre Mike ha sido cancelada por lo que busca nuevas vías de investigación.

Walt acude a Lydia para obtener la lista de hombres a silenciar. Para su sorpresa Lydia le propone expandir el negocio a límites inimaginables. Mientras, Marie trata de convencer a Skyler para que sus hijos vuelvan a casa y recomponga su familia.

Si bien el pasado de Skyler se pone al día con ella, Walt cubre sus pistas. Jesse sigue luchando con su culpa.

Jesse decide hacer un cambio, mientras que Walt y Skyler tratan de hacer frente a una demanda inesperada.

Una estrategia inusual comienza a dar sus frutos, mientras,los planes que podría cambiar todo se ponen en movimiento.

Las cosas se calientan para Walt de formas inesperadas.

Todo el mundo hace frente radicalmente a nuevas circunstancias.

Todas las cosas malas deben llegar a su fin.