Las secuelas de un golpe de estado entre los Cylons conducen a más violencia, Lee se encuentra enfrentándose a Roslin durante su primera reunión con el Quórum de los Doce como el nuevo representante de Caprica, y Cally descubre la horrible verdad sobre su esposo Galen Tyrol. Mientras tanto, Starbuck busca sin rumbo la Tierra con Anders y otros oficiales de Galactica.

Gaius Baltar causes intense unrest within the fleet when he begins to openly promote belief in the Cylon god. Colonel Tigh, Galen Tyrol, and Tory Foster argue over how far they should go to ensure their secret is not revealed.

Una alianza inestable entre la Flota Colonial y los rebeldes Cylon es puesta a prueba cuando los dos grupos unen esfuerzos para eliminar un "Resurrection Hub" Cylon. Mientras tanto, Athena pierde el control cuando Hera se siente extrañamente atraída por Natalie.

El secuestro de la Presidenta Roslin por parte del Híbrido Cylon desencadena una amarga lucha de poder dentro de la Flota Colonial.

Adama considera la sugerencia de Saul y Tyrol de que la Flota debería integrar la tecnología de salto de los Cylon, ya que triplicaría la distancia que podrían cubrir antes de quedarse sin combustible. Pero la condición de los Cylon es que se les permita unirse a la Flota, por seguridad contra Cavil, que todavía está allí fuera. En última instancia, la decisión depende de la Presidenta Roslin, pero Zarek convoca al Quórum y consigue que aprueben la propuesta de que ningún Cylon pueda subir a ninguna nave colonial a menos que sea permitido por el capitán del barco. Tyrol se entera de la Dra. Cottle de que Cally hizo realizar una prueba de paternidad del niño y los resultados indicaron que Tyrol no es el padre, por lo tanto, el niño es completamente humano. Roslin comienza a recuperarse de la desesperación en la que cayó poco después de que la Flota encontrara la Tierra.

La Flota se niega a cooperar con los ingenieros cylon y Adama decide poner fin a esto. Envía un mensaje al Quórum declarando que a menos que deseen unirse a Zarek en la celda, deben poner a su gente en orden. Sin embargo, Gaeta ya ha liberado a Zarek con la ayuda de otros supuestos revolucionarios. Permiten que Zarek abandone Galactica en un raptor. Aterriza en Colonial One y entra en una reunión del Quórum. Mientras tanto, Anders es emboscado y capturado. En el CIC, Gaeta manipula astutamente a todos los demás hasta que llega el momento de que la revolución comience.

Roslin está a bordo de un raptor en camino a la Base Estelar Rebelde de los Cylon, pero Gaeta ha ordenado que lo ataquen y destruyan. Los marines han utilizado una granada aturdidora contra Adama y Tigh. Roslin logra enviar una transmisión inalámbrica para que todos escuchen y se enteren de lo que Gaeta ha hecho. Ella y los demás apenas logran llegar a la Base Estelar, donde convence a Tory y a los demás Cylon de utilizar la Flota como cobertura para evitar que Gaeta la ataque. También cree que Adama podrá salvar al resto de los Cuatro Finales. Temporalmente a salvo, los Cylon Rebeldes comienzan a votar si deben simplemente saltar y aceptar sus pérdidas. Adama es llevado ante Gaeta y Tigh es encarcelado con Caprica Six, Anders, Athena, Helo y su hija Hera. Zarek llega a bordo de Galactica en Colonial One con el Quórum. A instancias de Gaeta, Zarek acepta llevar a Adama a juicio por traición, con Romo Lampkin asignado como su abogado defensor. Solo hay un problema: el Quórum se niega a reconocer la autoridad de Zarek. Sin embargo, Zarek está decidido a seguir su máxima de "La verdad es contada por aquellos que quedan en pie". Solo Tyrol, que está solo, y Lee, que está con Starbuck, son la última esperanza de Galactica.