Hay una fiesta en la cubierta de vuelo de Galactica, ya que Flat-Top acaba de realizar su milésimo aterrizaje. Sin embargo, algo sale terriblemente mal cuando un dron explota accidentalmente en un grupo de pilotos. 13 están muertos. Durante la ceremonia, Kara Thrace comienza a pensar en su difunto prometido Zak Adama. Y esos recuerdos se vuelven aún más claros cuando Adama le ordena que comience a entrenar nuevos pilotos. Ella parece muy incómoda al hacerlo. El favor que hizo por Zak al dejarlo pasar el vuelo básico parece molestarla cada vez más. Enfurecida, deja de entrenar pilotos después de solo un día. Mientras tanto, en la Caprica ocupada por los Cylon, Helo y Cylon-Sharon encuentran un refugio antiaéreo en un restaurante. Parece ser un buen lugar para quedarse por un tiempo. Hay comida, agua y medicamentos contra la radiación en abundancia.

Starbuck ha sido derribada sobre una luna estéril y debe ser rescatada antes de que se quede sin oxígeno. Adama se obsesiona con tratar de salvarla incluso cuando toda esperanza parece perdida, poniendo en riesgo a la flota. Mientras tanto, Starbuck encuentra el Cylon Raider que derribó e intenta aprender a volarlo para poder escapar.

Un Cylon humanoid se ata explosivos y comete un atentado suicida en un pasillo lleno de gente en la Galáctica. Roslin y Adama se ven obligados a revelar públicamente que los Cylons ahora tienen modelos que se parecen a los humanos, y una ola de paranoia se extiende por la flota mientras todos comienzan a ser sospechosos de ser un Cylon.

Después de que Baltar tiene una discusión con la visión de Number Six que ve en su cabeza, una copia física del modelo Cylon Number Six aparece en el CIC de la Galactica afirmando ser una mujer llamada Shelley Godfrey, quien tiene pruebas que demuestran que Baltar ha traicionado a la humanidad... excepto que ella está tratando de incriminarlo por un acto de sabotaje previo al ataque.

Galactica se encuentra con Kobol, el mundo natal perdido de la humanidad del que se dice que las 13 Tribus provienen, y que supuestamente contiene las únicas pistas sobre la ubicación de la Tierra. Roslin convence a Starbuck de robar el raider Cylon capturado y regresar a Caprica ocupada por los Cylon para recuperar un artefacto religioso que desbloqueará los secretos en Kobol.

Tigh tiene problemas con la responsabilidad de ser líder, la presidenta Roslin pierde el control sin chamalla. El equipo de Kobol descubre una batería Cylon.

La decisión de Tigh de imponer la ley marcial es protestada tanto en la flota como en la Galáctica. En Caprica, Helo y Starbuck se encuentran con otros humanos.

Mientras el Comandante Adama intenta unirse al equipo de Roslin en Kobol, la Número Seis del Dr. Baltar le dice que está loco.

La periodista D'Anna Biers está haciendo un reportaje sobre el incidente Gideon, cuando Adama y Roslin le piden que filme la vida diaria en la Galactica.

Mientras Tyrol decide comenzar a construir un nuevo caza, el virus Cylon vuelve a hacer acto de presencia. Boomer dice que esto significa que se avecina un gran ataque Cylon.

Adama y Cain encuentran un terreno común cuando Starbuck regresa con imágenes del barco Cylon. Roslin negocia una tregua temporal, mientras Starbuck planea un ataque.

La Presidente Roslin, quien está a punto de morir, cree que el bebé de Sharon es peligroso y ordena que debe morir. Mientras tanto, un grupo de terroristas dentro de la flota comienza a pedir una negociación de paz con los cylons.

Apollo investigates the murder of one of the crew and falls for a young prostitute, whom he vows to save from the rogue ship dealing with the Black Market. As well as confronting the bad guys, Apollo has to confront some past mistakes.

Dos de los raptores de Pegasus desaparecen después de una sospechosa llamada de auxilio. La presidenta Roslin debe tomar una decisión sobre el aborto que podría dañar su carrera política.

El bebé Cylon finalmente nace, lo que lleva a tomar algunas decisiones políticas. Mientras tanto, los Cylons en Caprica reflexionan sobre la vida y los humanos cuando se encuentran con un humano en particular de un episodio anterior. Esta historia explora el mundo Cylon.

El grupo en Caprica está bajo fuego de los Cylons, pero de repente se detienen. Con solo los votos de una nave por contar, Roslin está muy rezagada en las elecciones.

La fuente secreta dentro de la administración ha proporcionado a Tyrol una lista de todos los humanos programados para ser exterminados. La esposa de Tyrol, Cally, está en la lista y él se dispone a rescatarla. Sharon Agathon ha llegado a salvo al planeta, pero son emboscados por Cylons que los esperan. Se dan cuenta de que fueron traicionados y Anders encuentra pruebas contundentes que señalan la identidad del traidor. D'Anna Biers ha estado teniendo extraños sueños últimamente y un oráculo le dice que la niña Hera está viva y la sostendrá en sus brazos. Mientras tanto, Roslin asigna un equipo de hombres para proteger a la niña a toda costa. El Almirante envía el Pegasus lejos con los pocos barcos civiles restantes para continuar la búsqueda de la Tierra.

Cuando un grupo de Cylons enfermos de la Basestar infectada es llevado a Galactica, Lee descubre una forma de resolver el problema de los Cylons para siempre: destruyendo toda la raza Cylon. Mientras tanto, los actos de D'anna para descubrir si Baltar es confiable forjarán una relación inusual.

A figure from Adama's past returns to haunt him. His return raises questions about why the Cylons launched their initial attack against the Twelve Colonies.

A look at the events that took place during the year-long gap from the storyline in the Season Two finale. The story reveals the reasons for the rift between Kara ("Starbuck") and Lee ("Apollo").

La flota colonial realiza un viaje angustiante. Kat desempeña un papel vital en el éxito o fracaso del paso.

Baltar juega un juego del gato y el ratón con Adama y el Presidente, pensando que lo matarán una vez que le hayan sacado lo que quieren saber. Lee lidia con sus sentimientos por Kara, mientras lucha por mantener su matrimonio.

When a group of refugees board Galactica with a curable illness, it becomes very mysterious when they begin to die after taking the injection they do not believe in.

Las coincidencias crean nuevas alianzas a bordo de Galactica.

Las secuelas de un golpe de estado entre los Cylons conducen a más violencia, Lee se encuentra enfrentándose a Roslin durante su primera reunión con el Quórum de los Doce como el nuevo representante de Caprica, y Cally descubre la horrible verdad sobre su esposo Galen Tyrol. Mientras tanto, Starbuck busca sin rumbo la Tierra con Anders y otros oficiales de Galactica.

Una lesión grave pone fin al intento de motín a bordo del Demetrius, Kara lidera a su tripulación hacia el Basestar de los rebeldes Cylon, y Roslin comienza a entender el atractivo de Gaius Baltar para sus seguidores. Mientras tanto, Anders intenta encontrar secretamente respuestas a su propósito como miembro de los Cinco Finales.

Una alianza inestable entre la Flota Colonial y los rebeldes Cylon es puesta a prueba cuando los dos grupos unen esfuerzos para eliminar un "Resurrection Hub" Cylon. Mientras tanto, Athena pierde el control cuando Hera se siente extrañamente atraída por Natalie.

El secuestro de la Presidenta Roslin por parte del Híbrido Cylon desencadena una amarga lucha de poder dentro de la Flota Colonial.

El Híbrido sigue saltando la nave basestar, y Roslin tiene visiones. Los tres, D'Anna, están desactivados. Humanos y Cylon se enfrentan en una batalla para destruir el Resurrection Hub. Baltar está gravemente herido y Roslin debe decidir si ayudarlo o no.

Adama considera la sugerencia de Saul y Tyrol de que la Flota debería integrar la tecnología de salto de los Cylon, ya que triplicaría la distancia que podrían cubrir antes de quedarse sin combustible. Pero la condición de los Cylon es que se les permita unirse a la Flota, por seguridad contra Cavil, que todavía está allí fuera. En última instancia, la decisión depende de la Presidenta Roslin, pero Zarek convoca al Quórum y consigue que aprueben la propuesta de que ningún Cylon pueda subir a ninguna nave colonial a menos que sea permitido por el capitán del barco. Tyrol se entera de la Dra. Cottle de que Cally hizo realizar una prueba de paternidad del niño y los resultados indicaron que Tyrol no es el padre, por lo tanto, el niño es completamente humano. Roslin comienza a recuperarse de la desesperación en la que cayó poco después de que la Flota encontrara la Tierra.

Hace dieciocho meses: Saul envenena a Ellen, quien luego se encuentra descargada en un nuevo cuerpo a bordo de una Nave Base Cylon, con un único Centurión vigilándola. Después del shock inicial, ella tiene una revelación al recordar cosas que había olvidado. Día de hoy: El Dr. Cottle está operando a Anders, quien tiene una bala alojada en su cerebro. Anders comienza a recordar cosas que había olvidado. Hace dieciocho meses: Cavil va a ver a Ellen, quien lo llama John, porque ese es su "verdadero" nombre. Cavil dice que odia ese nombre. John fue el primer modelo de Cylon que *Ellen* creó. También creó otros siete. Entonces, en realidad solo hay *ocho* modelos de Cylon y los "Cinco Finales" son en realidad copias de humanos que vivieron hace 2.000 años y, juntos, crearon la Resurrección, que les permitió a ellos y a los Cylons descargarse. El número siete, Daniel, era el favorito de Ellen. Celoso, John saboteó el proceso de usar la Resurrección en Daniel, haciéndolo único. John y Ellen comienzan un debate filosófico y ético de meses sobre la interacción entre Cylon y humano. John dice que comenzó el genocidio de la humanidad porque sus "antepasados del lado Centurión eran los esclavos de la humanidad". Y él quiere justicia por eso. Día de hoy: Anders le dice a Starbuck que ha visto "todo" y necesita que Kara traiga "a los demás" - Galen, Tory, Saul y Ellen - a su lado. Anders dice que recuerda todo y sabe por qué han llegado hasta la Tierra... Adama reincorpora a Tyrol como Jefe de Ingeniería. Tyrol comienza a inspeccionar los daños que Galactica ha sufrido durante su viaje. Pero él no está preparado para lo que encuentra y Adama no está preparado para lo que Tyrol sugiere como método de reparación.

Ellen and Boomer travel to the Galactica. Saul is entranced at the sight of his wife while Adama puts Boomer in the brig. Ellen is not so pleased when she learns that Caprica Six is pregnant by Saul. Her interference and jealousy leads Six to have a miscarriage. Sam Anders survived the operation but now seems to be brain dead. Ellen is disappointed that the Final Five cannot be completely reunited. By majority vote, the Five agree that they will go off on their own, leaving the Colonial Fleet behind. Adama has agreed to have the cracks in the Galactica's hull repaired using a Cylon living resin.

Kara conoce a un pianista que le recuerda a su padre. Intenta tocar una melodía que recuerda de su infancia, y un dibujo hecho por Hera la ayuda. Mientras tanto, Boomer será juzgada por traición. Tyrol toma su lado y la ayuda a escapar.

Con Hera ahora probablemente en manos de John Cavil, el Almirante Adama envía equipos de búsqueda para localizar La Colonia, el mundo natal de los Cylon, por así decirlo, que Ellen Tigh dice que es el único lugar donde imagina que podría estar. Adama llega a regañadientes a la conclusión de que la Galactica ha llegado al final de sus días. Ordena que se detengan todas las actividades de reparación y decide despojar la nave y compartir todo lo que se pueda salvar con el resto de la flota. Mientras tanto, Starbuck comparte con Gaius Baltar lo que encontró en la Tierra inhabitable. Él posteriormente - y de manera bastante pública - la proclama como un ángel.

La Colonia está ubicada en el borde de un agujero negro con solo un punto de entrada en lo que es un campo de escombros muy grande. Sabiendo que la Galáctica ha llegado al final de la línea, el almirante Adama pide voluntarios para llevar a cabo un ataque sorpresa en la base Cylon, dándose cuenta de que puede ser el último salto de la nave. En flashbacks previos a la invasión Cylon, se presentan momentos clave en la vida de varios miembros de la tripulación. Estos incluyen el primer encuentro entre Kara Thrace y Lee Adama; la lucha del almirante Adama con su decisión de retirarse de la flota colonial; la relación de Gaius Baltar con su padre y su relación en desarrollo con Caprica Six; y Sam Anders discutiendo la motivación detrás de su carrera deportiva profesional.

Una Galáctica despojada ataca la nave Colonia de los Cylon en la esperanza de rescatar a Hera. Se revela el significado del sueño compartido en la Ópera House en Kobol. Sam Anders es trasladado en su tanque Híbrido al CIC con la esperanza de que pueda ayudar a los combatientes. Con su misión cumplida, el Almirante Adama ordena a Starbuck que elija un destino, cualquier destino, al cual la nave pueda saltar para escapar de allí. Con eso, se explica el significado de la melodía y las notas musicales. Después de saltar con éxito, la vieja Galáctica ha llegado verdaderamente al final de su vida. Se encuentra un planeta capaz de sostener vida y Lee Adama hace una propuesta radical para el futuro de la humanidad. En un salto hacia el futuro, se revela la importancia de Hera para la raza humana.

A medida que los conflictos llegan a su punto culminante, los Cylons y los humanos se enfrentan a una elección crucial.