Sydney debe actuar como pacificadora en la lucha de sus combatientes padres por recuperar una serie de armas nucleares que han caído en manos equivocadas. Pero cuando los Bristow se infiltran en un complejo militar abandonado, los problemas familiares quedan en un segundo plano frente a un cambio de lealtades, sorprendentes revelaciones y un descubrimiento Rambaldi que podría cambiar todo para siempre.

Will (Bradley Cooper) se siente un hombre nuevo por su nueva colaboración con la CIA. Irina (Lena Olin) parece sincerarse con su hija Sydney, se arrepiente de su paso por el KGB y por haber abandonado a su familia. Por otro lado, Sloan comienza a desconfiar debido a los repetidos fracasos operativos del SD6. Sark es su primer sospechoso de traición. Echelon es una complicada red de espionaje mundial. El SD6 ha decidido que es necesario acceder a ella. Si lo hace, tendrá la misma capacidad de inteligencia que la CIA. El chantaje al que está sometiendo Sloan ha despertado los recelos de Arianna (Faye Dunaway), jefa de la contrainteligencia de la Alianza. Jack Bristow es su principal sospechoso.