Tras llegar al SD-6 con el vídeo en el que aparece registrado el encuentro entre Mr.Sark y K-Directorate, la siguiente misión de Sydney y Dixon les conduce a Túnez. Allí deberán recuperar el manuscrito Rambaldi para que no llegue a manos de Sark. Sydney accede al yate en el que se encuentra escondido el manuscrito y, tras dominar a los agentes del K-Directorate, consigue hacerse con el manuscrito Rambaldi. Al regresar, Vaughn, conocedor de la buena relación que existe entre Sydney y Emily, la mujer de Sloane, plantea a la agente que utilice dicha relación para entrar en casa de Sloane y colocar un micrófono. Sydney, a pesar de sentirse incómoda con la idea de aprovecharse de ella, decide aceptar la proposición.

En su regreso, Sydney es detenida por el DSR, ya que la Agencia Nacional de Seguridad, que se encarga de los temas relacionados con fenómenos paranormales, está intentado encontrar una explicación a la aparición de la imagen de Sydney en la página 47 del código Rambaldi. Por otro lado, Sydney está siendo sometida a un importante número de test psicológicos por parte del DSR y ahora quieren obligarle a realizar otros tantos de carácter físico. Ella se niega a hacerlos y se escapa del centro, desafiando a los agentes del DSR. Más tarde, Jack descubre que los agentes del DSR no tienen el código original para descifrar el código Rambaldi, puesto que dicho código se encuentra escondido en la sede del Vaticano. A pesar de ser una misión peligrosa, Sydney convence a Vaughn para que, junto a ella, se introduzca en su interior.

Sydney descubre trágicamente que la identidad que se esconde tras el "Hombre de Nieve" no es otra que la de su compañero Noah. Kashinau no ha muerto y continúa siendo un objetivo prioritario de la CIA. El agente Vaughn y Sydney urden una trampa para hacer que Kashinau se acerque a ellos pero lo operación se complica cunado el SD 6 descubre el plan. La enfermedad de Emily, la esposa de Sloan, parece en su fase Terminal. Los médicos estiman que le quedan pocas semanas de vida y a Sloan le está afectado el proceso. En un momento de sinceridad, Emily, revela a Sydney que conoce el verdadero trabajo de su marido. La sección de seguridad debe intervenir siguiendo el protocolo.

La operación de la CIA para capturar a Shark es abortada por el SD 6. Vaughn desobedece las órdenes por salvar a Sydney y su acción hace que Shark caiga en manos del SD 6. Sloan está centrando todos sus esfuerzos por salvar a su mujer y amenaza con dejar la organización si su mujer es asesinada. El SD 6 utiliza a Shark para tender una trampa a Kashinau, Sydney y Dixon viajan a París para capturarlo pero la operación sufre un importante imprevisto. Will recibe una misteriosa llamada de teléfono que le informa que su secuestrador fue Jack Bristow.

La vida de Will está en peligro. Kashinau le tiene en su poder y no dudará en usar las torturas más crueles para que confiese. Sydney recibe una llamada de Shark: Si quiere volver a ver con vida a Will debe entregar a cambio la página y el líquido de Rambaldi en poder de la CIA y el SD 6. Jack y Sydney organizan una complicada operación para rescatar de un laboratorio del SD 6 la página 47 de Rambaldi, y de los almacenes de la CIA el líquido necesario para leerla. Dixon desconfía del comportamiento de Sydney y cree que está traicionando a su causa, Sydney no puede contarle la verdad por el momento y teme que la denuncie ante la división de seguridad.Will ha sido herido y secuestrado por Shark, quien quiere proceder a interrogarle. Sydney recibe una llamada de Shark proponiendo un intercambio.

Will habla con Vaughn porque necesita un trabajo y tras lo que ha pasado nadie le da trabajo ya que tiene antecedentes por una drogadicción que nunca existió. Vaughn lo ve difícil, pero puede pagarle por investigar para él. El primer trabajo es una lista de preguntas que necesita saber si han figurado en algún test de estudiantes en los últimos años. Sydney y Jack se encuentran en el hospital en Ginebra haciéndose pasar por padre e hija de una familia de alta posición. Saben que Sark realiza allí experimentos con un virus mortal y ellos intentan conseguir una muestra utilizando como tapadera un transplante de riñón y para ello tienen un dispositivo, realizado por Marshall J. Flinkman (Kevin Weisman), que han de utilizar en el quirófano para que lance un anestésico que les permita librarse del transplante, tiene 15 minutos ya que ese es el tiempo que estarán inconscientes. De vuelta, Sydney debe evitar la muerte de su madre.

Kane (Faye Dunaway) ordena la caza y captura del padre de Sydney, Jack Bristol (Victor Garber). Sin embargo, y a pesar de los planes de Kane, Jack consigue huir, aunque su regreso al SD6 es invitable. Por otro lado, Sydney (Jennifer Garner) y Michael (Michael Vartan) viajan a Francia a desarrollar una misión. Lo que no saben es que el SD6 ha hecho seguir a Sydney y han confirmado su encuentro con una agente de la CIA. Jack necesita averiguar la razón por la que Kane quiere eliminarlo, para ello debe solicitar la ayuda de mujer Irina.

Sydney es informada sobre la fuga de su madre. La CIA ha decidido ascender a Jack de forma que pasa a ocupar el cargo del subdirector Kendall. Jack Bristow es el agente mejor capacitado para capturar a su esposa Irina Derevko. Aunque Jack accedió a quitarle a Irina el localizador aprovechó su momento romántico para implantarle un localizador pasivo. Jack localiza a Irina en la Toscana italiana. El servicio de contraespionaje de la Agencia desconfía del agente Michael Vaughn: se ha estado reuniendo sin autorización con agentes del KGB.

El impostor que quiere hacerse pasar por Sloane cae en las redes de la organización. Para sacarle información sobre el asunto Rambaldi, el verdadero Sloane debe revivir una penosa situación para que el impostor se revele.