La historia estará centrada sobre Sarah, una chica marginal y huérfana que es testigo del suicidio de una mujer. Después de haber decidido tomar la identidad de esta desconocida, a la que se parece como dos gotas de agua, ésta descubre que ambas son parte de unos clones. Descubre el escalofriante hecho de que hay más gente como ella por ahí, individuos genéticamente idénticos que fueron plantados en insospechados padres biológicos y alimentados en diferente circunstancias. Sin saber quien creó los clones, tendrá que descubrirlo a toda prisa ya que un asesino los elimina uno por uno.

Covert Affairs se enfoca en una joven estudiante de la CIA, Annie Walker (Perabo), que misteriosamente es llamada a las oficinas centrales para trabajar como una operativa de campo. Walker se unió a la CIA mientras todavía se recuperaba de una relación con un misterioso ex-novio que parece ser de interés particular para sus nuevos jefes. Ella promete nunca dejarse herir nuevamente, pero eso parece ser un deseo demasiado complicado. Junto a Perabo, la serie presenta a Christopher Gorham como Auggie Anderson, un agente de inteligencia de la CIA que fue cegado durante una misión y es el guía de Annie dentro de este mundo de burocracia e intriga. La serie presenta un gran reparto secundario que incluye a Peter Gallagher (The OC), Kari Matchett (Leverage) y Anne Dudek (House).