En un mundo donde los superhéroes adoptan el lado más oscuro de su fama y celebridad masiva, un grupo de justicieros conocidos informalmente como "The Boys", se propusieron acabar con superhéroes corruptos sin más que coraje y voluntad que pelear sucio.

Es el año 2200 y el sistema solar ha sido completamente colonizado. El detective Josephus Miller, nacido en el cinturón de asteroides, recibe el encargo de encontrar a una heredera que ha desaparecido, la joven Juliette Andromeda Mao. A esa causa se une James Holden, el errático capitán de un carguero de hielo que se ve involucrado en un incidente por las tensas relaciones que existen entre Marte, la Tierra y el Cinturón. Pronto descubrirán que la desaparición de la chica entraña una conspiración universal.

Covert Affairs se enfoca en una joven estudiante de la CIA, Annie Walker (Perabo), que misteriosamente es llamada a las oficinas centrales para trabajar como una operativa de campo. Walker se unió a la CIA mientras todavía se recuperaba de una relación con un misterioso ex-novio que parece ser de interés particular para sus nuevos jefes. Ella promete nunca dejarse herir nuevamente, pero eso parece ser un deseo demasiado complicado. Junto a Perabo, la serie presenta a Christopher Gorham como Auggie Anderson, un agente de inteligencia de la CIA que fue cegado durante una misión y es el guía de Annie dentro de este mundo de burocracia e intriga. La serie presenta un gran reparto secundario que incluye a Peter Gallagher (The OC), Kari Matchett (Leverage) y Anne Dudek (House).