A medida que Jackson sufre de una dosis fatal de radiación, lucha con el valor de su vida mientras sus amigos lidian con las repercusiones emocionales y diplomáticas.

El Maestro Bra'tac llega con malas noticias: la esposa de Teal'c está gravemente enferma, y Teal'c se va para estar con ella. Poco después, se abre el portal pero no pasa nada. Entonces Carter descubre una señal de muy baja potencia que está aumentando lentamente hasta alcanzar una sobrecarga lo suficientemente poderosa como para destruir la Tierra.

El arma de Anubis continúa amenazando a la Tierra. Se intentan varios planes hasta que Jonas Quinn sugiere algo simple que podría funcionar. Mientras tanto, el Maestro Bra'tac ha descubierto el planeta desde el cual Anubis está lanzando el ataque. Él, Teal'c y Rya'c viajan allí para detenerlo.

Cuando el SGC detecta una nave Goa'uld en órbita, el SG-1 es enviado con Jacob Carter para investigar. Descubren que la nave está abandonada sin signos de vida discernibles y Sam determina que es la misma que se utilizó para secuestrar a Thor. Una vez a bordo de la nave Goa'uld, descubren que la tripulación había iniciado una secuencia de autodestrucción. O'Neill desea recuperar la nave a pesar de las advertencias de Jacob de que podría ser un caballo de Troya. Un examen del núcleo de la computadora revela que Thor pudo haber introducido un virus, pero Jacob tenía razón: es una emboscada y la nave pronto se sumerge en el océano. El SGC y la Armada llevan a cabo una operación de rescate.

El equipo SG-1 viaja a la estación científica en la Antártida cuando los científicos descubren un cuerpo antiguo en el hielo. La edad de las muestras del núcleo de hielo indica que el cuerpo es anterior a la humanidad. A medida que descongelan el cuerpo, cobra vida. Es una joven a la que llaman Ayiana. A medida que Ayiana gana fuerza, todos los que la rodean enferman al contraer un virus desconocido que creen que Ayiana portaba. La recién llegada también muestra poderes de curación y aparentemente puede curar cualquier enfermedad con solo tocar. Sin embargo, al hacerlo, se debilita hasta el punto de la muerte. Al final, solo el Coronel O'Neill queda sin tratar y el SGC busca la ayuda de los Tok'ra, quienes ofrecen una solución inesperada.

After Sam receives an emergency call from geneticist Dr. Richard Flemming, the SGC learns that he has been working for Immunotech, a company owned by Adrian Conrad, who implanted himself with a Goa'uld symbiote in order to cure himself. Fleming has now gone missing and General Hammond orders Sam, Jonas and Teal'c to investigate. They head to Oregon where Fleming lived and worked and learn from the local Sheriff that Fleming isn't the first Immunotech worker to disappear. The locals are acting strangely and seem to suffer from memory lapses. What they eventually find is a town full of Goa'uld and NID seemingly aware of everything that is going on.

El simbionte de O'Neill, Kanan, lo arrastra a un planeta gobernado por el Goa'uld Ba'al, donde Kanan estaba encubierto. Ba'al captura y tortura a O'Neill, cuya única esperanza puede estar en - ¿Daniel Jackson?!?

Stargate Command is approached by representatives of Jonas Quinn's home planet seeking military hardware. Their world is divided into three territories and there is a long history of war among them. Jonas' country fears that the other two territories are about to sign a non-aggression pact thus making them vulnerable to attack. In return for arms, they are offering an abundance of Naquadria. SGC isn't about to get involved in what amounts to a civil war but there's another possible outcome when Jonas' one-time professor, Doctor Kieran, tells them of an underground movement ready to overthrow the government and seek out a lasting peace. SG-1 travels to Jonas Quinn's home planet to obtain information on the situation there but not all is as it seems.

SG-1 está proporcionando seguridad a tres científicos que están realizando investigaciones en un planeta lejano. El warlord Goa'uld Khonsu organiza capturar al equipo SG-1 y O'Neill le dice a Jay Felger, nominalmente el líder del grupo, que use la puerta y regrese a la base. Felger está bastante enamorado del equipo SG-1, admirando sus hazañas y audacia. En lugar de seguir las órdenes de O'Neill, Felger y otro científico, Simon Coombs, se transportan a la nave Goa'uld. Lo que los científicos no saben es que la captura de SG-1 es una estratagema para permitir que Khonsu, que en realidad es un Tok'ra, transmita información. O'Neill está bastante molesto con los dos científicos, pero su presencia resulta útil al final.

Los Tok'ra se ven obligados a evacuar su base recién establecida, que está siendo atacada por los Goa'uld. Huyen al sitio Alpha del SGC. Las tensiones aumentan entre las facciones aliadas, los Jaffa Libres, los Tau'ri y los Tok'ra. Jacob y Selmak sienten que el fin de los Tok'ra está cerca, y Sam descubre que un generador de Naquadah ha sido saboteado para funcionar como una bomba. Jack sospecha de los recién llegados Tok'ra y trata de descubrir al traidor.

SG-1 realiza el primer contacto con el planeta Pangar. Parece ser un mundo pacífico que ha descubierto recientemente ruinas antiguas de los Goa'uld. Ofrecen a la Tierra su mayor descubrimiento, una droga llamada Tretonin, que dicen les mantiene totalmente libres de enfermedades. A cambio, quieren las direcciones de la puerta estelar para mundos específicos, la mayoría de los cuales resultan ser los mundos natales de los Goa'uld. Una investigación revela además que la maravillosa droga está basada en simbiontes de los Goa'uld y los Pangarans revelan otro secreto: tienen una reina simbionte, encontrada en las ruinas antiguas. Cuando un guardia pangarano resulta gravemente herido, SG-1 pide ayuda a los Tok'ra. Pronto se dan cuenta de que la reina es la fundadora de su raza.

Un equipo de noticias de televisión ha descubierto información sobre un proyecto de la Fuerza Aérea llamado "Prometheus". Creen que se trata de un generador, pero saben que utiliza Trinium, un elemento que no se encuentra en la Tierra. Para mantenerlos callados, la Fuerza Aérea les permite filmar el X-303, una nave espacial basada en tecnologías Asgard, también conocida como Prometheus. Las cosas se complican cuando el equipo de noticias se arma y toma como rehenes al Prometheus, así como a Sam y Jonas.

Después de haber recuperado el control del X-303, el equipo SG-1 se encuentra en una parte desconocida del espacio. El rescate llega en forma de los Asgard, específicamente Thor, quien necesita su ayuda. El mundo natal de los Asgard ha sido invadido por los Replicadores y también necesitan la ayuda de SG-1, así como del X-303, que es una tecnología relativamente baja. Los Asgard habían preparado una trampa para los Replicadores y esperaban usar un dispositivo de dilatación temporal que les daría el tiempo necesario para encontrar una forma de derrotarlos. El problema es que los Replicadores han desactivado el dispositivo y los Asgard quieren que SG-1 entre y lo active. Aceptan la misión, pero para cumplir con su objetivo, O'Neill enfrentará un dilema moral.

SG-1 brings back an Ancient device, the purpose of which is unknown. When Jonas touched it the device activated. Upon reaching the SGC Jonas sees a large red insect fly into a wall, but no one else can confirm his sighting. The SGC is put into lockdown, but nothing is found. Jonas suspects that the Ancient device is causing his hallucinations, but to his dismay it is set to be shipped to Area 51. When Teal'c and Jack see the bugs as well, General Hammond decides to let Jonas take a crack at deciphering the Ancient text on the device.

El senador Kinsey es disparado en el pecho durante un evento público, matándolo justo antes de la nominación presidencial de su partido. Jack es arrestado por el asesinato, y el general Hammond asigna al resto del SG-1 para descubrir la verdad.

El ex coronel Harry Maybourne se acerca a Jack con una propuesta: Jack le consigue un indulto presidencial y Harry les muestra el depósito de armas avanzadas al que Simmons intentaba llegar. Llevan a cabo el trato, pero Harry intenta traicionar a SG-1. Logra pasar por el portal que lleva al depósito, pero con un elemento inesperado, Jack. Se encuentran en un campo y el zat de Harry ha desaparecido. Sin embargo, Jack todavía tiene su P-90. Harry revela que no están en un depósito de armas, sino en una utopía. Tenía la intención de vivir el resto de su vida allí y cree que no hay forma de regresar.

The Russian SG team brings back a man who claims that his people are being experimented on by Nirrti. SG-1 investigate where the experiments are conducted, with the Russian SG team as backup. The inhabitants worship Nirrti as their god and savior from a terrible plague. SG-1 attempts to use the same device Nirrti used on the people to reverse the mutations, but the people turn on them at the arrival of Nirrti.

The US and Russia reveal Stargate Command and its operations to representatives of the other permanent members of the United Nations Security Council.

On a mission to observe a nebula, SG-1 finds a crashed ship and its three human survivors. They soon come under fire from an pair of aliens bearing the weapons of the survivors. They repel the attack, but one of the three is wounded. She is taken to the SGC for treatment while Sam attempts to repair the ship. Jack and Teal'c feel that there is more to the relationship between the aliens and these humans, and attempt to trap an alien.

Teal'c está teniendo extrañas pesadillas en las que Apophis aparece y él es humano, un bombero junto con su equipo.

Durante un crucero de prueba del Prometheus, el regulador del hiperimpulsor de la nave queda irreparablemente dañado. Se descubre que un planeta cercano está listado en la cartulina de direcciones encontrada en Abydos, por lo que podría haber un Stargate. Después de un corto salto hacia el planeta, el reactor de Naquadria se sobrecarga y debe ser eyectado. Tras la explosión del reactor sobre el planeta, causando daños, el destino del SG-1 y la tripulación del Prometheus está en manos de un mundo que antes estaba controlado por los Goa'uld y con el que tienen un comienzo difícil.

En una misión de rutina, el SG-1 se encuentra con una civilización desesperada por ser liberada de las garras de un Goa'uld. Mientras están en el planeta, Jonas se enferma y es suspendido de sus funciones. Su misteriosa enfermedad es diagnosticada como un tumor cerebral, pero le otorga la increíble habilidad de vislumbrar el futuro, ¡un futuro en el que O'Neill y el SG-1 están cayendo en una trampa!

Montando en el ascensor en el SGC, O'Neill es visitado por Daniel Jackson, quien necesita su ayuda. Daniel le dice que Anubis se dirige hacia Abydos para buscar algo llamado el Ojo de Ra, una reliquia que haría a Anubis todopoderoso. Es esencial que el SG-1 vaya a Abydos y asegure el Ojo, pero nadie lo ha visto, incluyendo a Daniel, y nadie ha podido encontrarlo. En el planeta, ven a su viejo amigo Skaara y, con la ayuda de Daniel, localizan el Ojo. También encuentran una tableta que habla de una ciudad perdida de los antiguos. Cuando Anubis y sus tropas aterrizan en masa, hay poco que alguien pueda hacer para detenerlos. Al final, queda en manos de Daniel decidir si intentará detener a Anubis, rompiendo así una regla cardinal de los Antiguos.

Un grupo de nómadas en un planeta alienígena encuentran a Daniel Jackson desnudo en medio de ruinas y lo acogen. Jonas traduce la tableta que Daniel dijo que era importante y descubre que describe la última ciudad que los Antiguos estaban construyendo antes de la plaga. Supone que la lista de direcciones que Jack introdujo en la computadora al guardar los datos de los Antiguos eran puestos avanzados Antiguos en orden temporal. Por lo tanto, la última de las direcciones debería ser la "Ciudad Perdida". SG-1 visita el planeta y se encuentra con el pueblo nómada, que ahora habita las ruinas de la ciudad Antigua. Allí encuentran a Daniel, pero descubren que ha perdido la memoria. Deben recuperar sus recuerdos para descubrir el secreto para derrotar a Anubis.

El arma superpoderosa de Anubis ha sido desactivada, pero la flota de Yu ha sido desviada al otro lado de la galaxia por el propio Yu, lo que permite que Anubis escape al hiperespacio. Jonas ha sido capturado por Anubis y Daniel todavía está a bordo de la nave de Anubis, evitando ser capturado. Anubis utiliza la sonda mental en Jonas, descubre el Naquadria y comienza su ataque a Kelowna. Los kelownianos buscan ayuda en el SGC. Jack y Sam llegan a Langara para descubrir que los kelownianos le han dado a Anubis Naquadria para asegurar su seguridad. Se comunican con Daniel, quien está tratando de liberar a Jonas. Teal'c ha convencido al primer primer ministro de Yu de buscar un nuevo líder de los Señores del Sistema, Ba'al.

In exchange for new tech for the SGC, Warrick Finn asks for their help to win a dangerous spaceship competition.

To save his job, Dr. Felger tests a new virus on the Stargate Network to help control it and it ends up disabling it instead.

During an engine cool down break from hyperspace travel the crew of the Prometheus, with Major Carter as an advisor, encounter a space craft of unknown configuration. They hail the ship to no avail; the unknown craft opens fire upon the Prometheus. Carter attempts to override the safety protocols on the hyperdrive to make a short jump into a gas cloud, but in the attempt is knocked unconscious. She awakes to find the ship devoid of all its crew and, as she tries to escape the gas cloud by herself, she begins to hallucinate.

Jonas Quinn regresa al SGC para pedir ayuda en salvar a su nación. Explica que el Naquadria originalmente era Naquadah y un Goa'uld llamado Thanos inició una reacción en cadena para transformar todo el Naquadah de su planeta en Naquadria. Una gran vena de Naquadah acaba de ser afectada y los científicos de Kelowna creen que la transformación hará que este gran depósito explote, llevándose consigo a toda su nación.

En el nuevo sitio Alpha, Sam Carter y Selmak (el simbionte que lleva Jacob Carter, su padre) están trabajando en un nuevo arma para derrotar a los superdrones de Anubis cuando el planeta es atacado por una flota de naves Goa'uld. Carter escapa con el prototipo del arma antes de que se active la autodestrucción de la base, pero se encuentra siendo perseguida por un superdrone.

The newly inaugurated President of the United States is briefed by the Head of the Joint Chiefs of Staff on the Stargate program. Former Senator, now Vice President, Kinsey attempts to get his running mate to back his policies for the program, but the president decides to look into the situation himself. Kinsey gets Richard Woolsey to convince the president of his agenda.

En una misión de rutina, el SG-1 se encuentra con una civilización desesperada por ser liberada de las garras de un Goa'uld. Mientras están en el planeta, Jonas se enferma y es suspendido de sus funciones. Su misteriosa enfermedad es diagnosticada como un tumor cerebral, pero le otorga la increíble habilidad de vislumbrar el futuro, ¡un futuro en el que O'Neill y el SG-1 están cayendo en una trampa!

Stargate Command is approached by representatives of Jonas Quinn's home planet seeking military hardware. Their world is divided into three territories and there is a long history of war among them. Jonas' country fears that the other two territories are about to sign a non-aggression pact thus making them vulnerable to attack. In return for arms, they are offering an abundance of Naquadria. SGC isn't about to get involved in what amounts to a civil war but there's another possible outcome when Jonas' one-time professor, Doctor Kieran, tells them of an underground movement ready to overthrow the government and seek out a lasting peace. SG-1 travels to Jonas Quinn's home planet to obtain information on the situation there but not all is as it seems.

Jonas Quinn regresa al SGC para pedir ayuda en salvar a su nación. Explica que el Naquadria originalmente era Naquadah y un Goa'uld llamado Thanos inició una reacción en cadena para transformar todo el Naquadah de su planeta en Naquadria. Una gran vena de Naquadah acaba de ser afectada y los científicos de Kelowna creen que la transformación hará que este gran depósito explote, llevándose consigo a toda su nación.

Cuando el SGC detecta una nave Goa'uld en órbita, el SG-1 es enviado con Jacob Carter para investigar. Descubren que la nave está abandonada sin signos de vida discernibles y Sam determina que es la misma que se utilizó para secuestrar a Thor. Una vez a bordo de la nave Goa'uld, descubren que la tripulación había iniciado una secuencia de autodestrucción. O'Neill desea recuperar la nave a pesar de las advertencias de Jacob de que podría ser un caballo de Troya. Un examen del núcleo de la computadora revela que Thor pudo haber introducido un virus, pero Jacob tenía razón: es una emboscada y la nave pronto se sumerge en el océano. El SGC y la Armada llevan a cabo una operación de rescate.

El equipo SG-1 viaja a la estación científica en la Antártida cuando los científicos descubren un cuerpo antiguo en el hielo. La edad de las muestras del núcleo de hielo indica que el cuerpo es anterior a la humanidad. A medida que descongelan el cuerpo, cobra vida. Es una joven a la que llaman Ayiana. A medida que Ayiana gana fuerza, todos los que la rodean enferman al contraer un virus desconocido que creen que Ayiana portaba. La recién llegada también muestra poderes de curación y aparentemente puede curar cualquier enfermedad con solo tocar. Sin embargo, al hacerlo, se debilita hasta el punto de la muerte. Al final, solo el Coronel O'Neill queda sin tratar y el SGC busca la ayuda de los Tok'ra, quienes ofrecen una solución inesperada.

El arma superpoderosa de Anubis ha sido desactivada, pero la flota de Yu ha sido desviada al otro lado de la galaxia por el propio Yu, lo que permite que Anubis escape al hiperespacio. Jonas ha sido capturado por Anubis y Daniel todavía está a bordo de la nave de Anubis, evitando ser capturado. Anubis utiliza la sonda mental en Jonas, descubre el Naquadria y comienza su ataque a Kelowna. Los kelownianos buscan ayuda en el SGC. Jack y Sam llegan a Langara para descubrir que los kelownianos le han dado a Anubis Naquadria para asegurar su seguridad. Se comunican con Daniel, quien está tratando de liberar a Jonas. Teal'c ha convencido al primer primer ministro de Yu de buscar un nuevo líder de los Señores del Sistema, Ba'al.

El arma de Anubis continúa amenazando a la Tierra. Se intentan varios planes hasta que Jonas Quinn sugiere algo simple que podría funcionar. Mientras tanto, el Maestro Bra'tac ha descubierto el planeta desde el cual Anubis está lanzando el ataque. Él, Teal'c y Rya'c viajan allí para detenerlo.

On a mission to observe a nebula, SG-1 finds a crashed ship and its three human survivors. They soon come under fire from an pair of aliens bearing the weapons of the survivors. They repel the attack, but one of the three is wounded. She is taken to the SGC for treatment while Sam attempts to repair the ship. Jack and Teal'c feel that there is more to the relationship between the aliens and these humans, and attempt to trap an alien.

SG-1 realiza el primer contacto con el planeta Pangar. Parece ser un mundo pacífico que ha descubierto recientemente ruinas antiguas de los Goa'uld. Ofrecen a la Tierra su mayor descubrimiento, una droga llamada Tretonin, que dicen les mantiene totalmente libres de enfermedades. A cambio, quieren las direcciones de la puerta estelar para mundos específicos, la mayoría de los cuales resultan ser los mundos natales de los Goa'uld. Una investigación revela además que la maravillosa droga está basada en simbiontes de los Goa'uld y los Pangarans revelan otro secreto: tienen una reina simbionte, encontrada en las ruinas antiguas. Cuando un guardia pangarano resulta gravemente herido, SG-1 pide ayuda a los Tok'ra. Pronto se dan cuenta de que la reina es la fundadora de su raza.

The Russian SG team brings back a man who claims that his people are being experimented on by Nirrti. SG-1 investigate where the experiments are conducted, with the Russian SG team as backup. The inhabitants worship Nirrti as their god and savior from a terrible plague. SG-1 attempts to use the same device Nirrti used on the people to reverse the mutations, but the people turn on them at the arrival of Nirrti.