Una mujer joven se da cuenta de lo oscura que puede ser la ciudad en realidad cuando se entera de la verdad sobre su pasado. Clary Fray, que descubre el día de su cumpleaños que no es quien creía ser: una descendiente de una familia con un largo recorrido como Shadowhunters, híbridos entre humano y ángel que se dedican a cazar demonios. Ahora llevada al mundo de la caza de demonios tras el secuestro de su madre, Clary debe confiar en el misterioso Jace y sus compañeros Shadowhunters Isabelle y Alec para navegar este nuevo mundo oscuro. Con su mejor amigo Simon junto a ella, Clary ahora debe vivir entre hadas, brujos, vampiros y hombres lobo para encontrar respuestas que podrían ayudar a encontrar a su madre. Nada es lo que parece, incluyendo a su amigo de la familia Luke que sabe más de lo que dice, así como el brujo enigmático Magnus Bane que podría ser la clave para desbloquear el pasado de Clary.

Con el conocimiento que Valentine sigue vivo y a la caza de La Copa Mortal, el Instituto está en alerta máxima. Sin perder tiempo, Jace salta a la acción y descubre que los recuerdos de Clary son la llave para encontrar a Jocelyn y a la Copa Mortal. Desafortunadamente, los recuerdos de Clary han sido eliminados dejándola a ella sin el recuerdo de su otra vida que la ayudaría a ella y al equipo. Con solo otra opción disponible, Jace, Isabelle y un Alec muy reacio, llevan a Clary a la Ciudad de Hueso para enfrentarse a los poderosos Hermanos Silenciosos. Mientras tanto, Luke continúa buscando a Clary, y Simon intenta aceptar la nueva vida de su mejor amiga.

Valentine tiene una nueva idea para ganarse a Jace, Simon le pide ayuda a magnus y Clary busca el equilibrio entre su vida pasada y la actual.

Jace sigue presionero mientras Clary atrapa un demonio que penetra el instituto. Por otro lado, Jocelyn podría enfrentar un importante cambio.

Clary enfrenta un gran obstáculo y la activación del pacto de sangre de Iris. Mientras tanto, Isabelle y Raphael se acercan cada vez más.

Mientras Valentine ejecuta su plan, los Shadowhunter se movilizan rápidamente para proteger al mundo subterráneo, y la vida de Clary está en peligro.

Mientras Valentine y Magnus intentan escapar de la cárcel, Jace lucha con una nueva identidad, y los shadowhunters enfrentan un posible alzamiento.

La súbita muerte de varios shadowhunters obliga a los líderes del instituto a tomar medidas polémicas para defenderse de una violenta revolución del mundo subterráneo.

Messiocre intenta descubrir porque la gente se deja engañar tan facilmente por una metira como lo es el mismisimo Messiocre aparte de un defraudador. Este año ganará el defraudador de oro.