Arvin Sloanen se preocupa por una llamada que ha recibido hasta tal punto que ordena a Jack que se encargue del tema y el envía a que Marcus R. Dixon (Carl Lumbly) la investigue. Mientras Syd le cuenta que la caja de música esta en manos de Sark (David Anders) pero que no podrá utilizarla porque ha sido destruida, aunque más tarde los restos son recuperados en un refugio de Sark junto con un hombre, Claus Richter (Jim Hanna), en muy mal estado por una suero inyectado por el propio Sark. Se trata de un hombre que trabaja para la madre de Syd, Irina, y que fue el encargado de esconder la Biblia que Irina había conseguido en Barcelona; pero existe un mapa para recuperarla. Sydney tras ser rescatada del hielo y ya en las oficinas del SD-6 recibe la misión de viajar hasta Moscú para recuperar el mapa que está escondido en una biblioteca militar. El mapa revela que la Biblia está en Madagascar

Will habla con Vaughn porque necesita un trabajo y tras lo que ha pasado nadie le da trabajo ya que tiene antecedentes por una drogadicción que nunca existió. Vaughn lo ve difícil, pero puede pagarle por investigar para él. El primer trabajo es una lista de preguntas que necesita saber si han figurado en algún test de estudiantes en los últimos años. Sydney y Jack se encuentran en el hospital en Ginebra haciéndose pasar por padre e hija de una familia de alta posición. Saben que Sark realiza allí experimentos con un virus mortal y ellos intentan conseguir una muestra utilizando como tapadera un transplante de riñón y para ello tienen un dispositivo, realizado por Marshall J. Flinkman (Kevin Weisman), que han de utilizar en el quirófano para que lance un anestésico que les permita librarse del transplante, tiene 15 minutos ya que ese es el tiempo que estarán inconscientes. De vuelta, Sydney debe evitar la muerte de su madre.

Sydney debe actuar como pacificadora en la lucha de sus combatientes padres por recuperar una serie de armas nucleares que han caído en manos equivocadas. Pero cuando los Bristow se infiltran en un complejo militar abandonado, los problemas familiares quedan en un segundo plano frente a un cambio de lealtades, sorprendentes revelaciones y un descubrimiento Rambaldi que podría cambiar todo para siempre.

Cuando Sydney descubre que Marshall ha sido secuestrado, lucha contra un despiadado Sloane para liberarlo. Mientras tanto, la CIA hace todo lo posible por impedir que el SD-6 acceda a un sistema de seguridad de alto secreto y Jack se da cuenta de que la única persona que puede ayudarles es Irina.

Kane (Faye Dunaway) ordena la caza y captura del padre de Sydney, Jack Bristol (Victor Garber). Sin embargo, y a pesar de los planes de Kane, Jack consigue huir, aunque su regreso al SD6 es invitable. Por otro lado, Sydney (Jennifer Garner) y Michael (Michael Vartan) viajan a Francia a desarrollar una misión. Lo que no saben es que el SD6 ha hecho seguir a Sydney y han confirmado su encuentro con una agente de la CIA. Jack necesita averiguar la razón por la que Kane quiere eliminarlo, para ello debe solicitar la ayuda de mujer Irina.

En este episodio, el universo de Alias vive un momento de caos con la misteriosa desaparición de Sloane, lo que trae un nuevo responsable del SD-6 a la vida de Jack y Sydney. Mientras los Bristow luchan por mantener a salvo su secreto frente a éste nuevo jugador, Will y Francie hacen un asombroso descubrimiento, Sydney destapa un fallo crucial que podría echar abajo toda la alianza. Sin embargo, para poner en marcha su plan, primero debe contarle a Dixon toda la verdad.

Tras la muerte de una joven agente de la CIA, todas las sospechas recaen inmediatamente sobre su compañero y amante, el agente Jim Lennox. Sin embargo, tras ser liberado por Sydney, ella empieza a ver que entre ellos existe una conexión más estrecha al tener heridas similares y haber perdido a alquien que querían debido a su trabajo. Pero su opinión empieza a cambiar cuando Vaughn y Jack descubren que Lennox iba detrás de una tecnología que permitía a la gente cambiar su apariencia. Ahora Sydney se pregunta: ¿Es éste el verdadero Jim Lennox o su doble?.