Esta serie de ciencia ficción explora un futuro próximo muy inquietante, donde las grandes innovaciones tecnológicas de la raza humana chocan con sus peores instintos.

La historia comienza en el año 1557 cuando Mary, Reina de Escocia, tiene que partir del convento en el que vivía hacia Francia, para contraer matrimonio con el Príncipe Francis II de Francia y así sellar una alianza entre los dos países y poder combatir a Inglaterra, que amenaza con invadir Escocia. Al llegar a Francia, Mary se reencuentra con sus mejores amigas: Greer, Lola, Kenna y Aylee, quienes también son sus damas de compañía. Mary tendrá que enfrentarse a las enemistades, intrigas y traiciones que rigen la vida en la corte francesa.

Un avión Boeing 777 aterriza en el Aeropuerto Internacional JFK en Nueva York procedente de Berlín. Se detiene inerte en la pista de aterrizaje y su interior está lleno de cadáveres pálidos. Un extraño ataúd lleno de tierra es hallado en el departamento de equipaje. Así se produce la llegada de Jusef Sardu, un vampiro conocido como "El Amo" (Robert Maillet). El Dr. Goodweather (Corey Stoll), del CDC (Centro de Control de Enfermedades), investiga lo que a primera vista parece ser un virus que causó la muerte de los pasajeros del avión. A medida que su investigación continúa, Goodweather contacta con Abraham Setrakian (David Bradley), un viejo prestamista que parece saber mucho sobre este "virus" y que insinúa que podría tratarse de una plaga de vampiros.

Clary Fray descubre al cumplir 18 años que viene de una larga línea de cazadores de sombras, seres mitad ángeles, mitad humanos que protegen el mundo luchando contra demonios. Ella y sus amigos intentan detener a Valentine Morgenstern, un cazador de sombras que busca conquistar el mundo haciéndose con los instrumentos mortales, con el plan de crear un grupo de élite de seres mitad cazadores de sombras y mitad demonios.