El documentalista sigue siendo un dolor de cabeza para ellos, el SGC se enfrenta a un dilema inesperado. Con la mitad del equipo SG-13 en otro planeta luchando contra los Jaffa enemigos, los equipos SG 1, 5 y 7 entran como refuerzo. En medio de un intenso fuego, O'Neill recibe un disparo de un bastón en el pecho. Las numerosas muertes en el enfrentamiento afectan duramente al SGC y el Senador Kinsey ordena una investigación completa sobre el asunto.

The newly inaugurated President of the United States is briefed by the Head of the Joint Chiefs of Staff on the Stargate program. Former Senator, now Vice President, Kinsey attempts to get his running mate to back his policies for the program, but the president decides to look into the situation himself. Kinsey gets Richard Woolsey to convince the president of his agenda.

SG-1 encuentra un híbrido Goa'uld-Humano en estasis en un laboratorio abandonado de los Goa'uld y lo llevan de vuelta a la Tierra para estudiarlo, donde descubren que fue creado utilizando el ADN de Anubis.

SG-1 is tasked to accompany members of the International Oversight Advisory, including Richard Woolsey, on a tour of the Gamma site. The visitors are suitably impressed but everyone is put in danger when a carnivorous insect escapes from the lab. The base is locked down and no one is allowed to travel through the gate. The bug is linked to the Ori - it's appeared on several planets that they've visited - and Daniel thinks it may be their follow-up to the virus. SG-1 and the IOA visitors take refuge in a cave, but Gen. Landrey is left with little choice but to flood the planet with a deadly neurotoxin to destroy the bugs. SG-1 looks for away out before that happens.

A medida que la invasión Ori continúa, Vala y Daniel deben lidiar con su líder, la joven hija de Vala, quien es envejecida rápidamente por los Ori para servir a sus propósitos.

El equipo se va a otro mundo y termina en serios problemas. Mientras tanto, Landry se enfrenta a tener que decidir si Vala puede ser confiable para quedarse en el SGC.

Daniel Jackson, quien fue dejado atrás luchando contra Adria mientras los demás miembros de SG-1 escapaban a través del Stargate, es encontrado trabajando como un Prior: el mejor en el negocio, que no necesita usar amenazas para convencer a las personas de convertirse a Origin. Con la esperanza de que aún quede algo de su personalidad, el equipo (junto con el General Jack O'Neill) lo secuestra. Daniel explica cómo temporalmente tiene la personalidad y el conocimiento de Merlin en sí mismo, y permitió deliberadamente que Adria lo convirtiera en un Prior, mientras se retrasaba para terminar el arma de Merlin que ella quería, esperando conseguir una nave Ori para el lado de la Tierra. Pero el tiempo se acaba, ya que el equipo tardó inesperadamente mucho en capturarlo. Aún así, los generales, Carter y Vala son muy reacios a liberarlo y abrir el agujero de gusano que necesita para traer el arma. Incluso la Casa Blanca quiere matarlo, o en el mejor de los casos, mantenerlo en estasis hasta que sea revertido a su naturaleza humana mediante la manipulación genética de Merlin. Pero luego su plan se desperdicia, a menos que los demás puedan ser entrenados para hacerlo en su lugar (así que solo ellos corren riesgo, no toda la galaxia en caso de que Daniel sea el Caballo de Troya de Adria). Después de darles la información necesaria, Daniel se libera repentinamente mientras Richard Woolsey está con él y toma el control de una nave espacial después de teletransportar también a Jack, justo después de que los demás hayan emprendido su misión hacia el escondite de Adria, donde Daniel, a punto de ser revertido genéticamente, llega justo a tiempo para inclinar la balanza a su favor.