The US and Russia reveal Stargate Command and its operations to representatives of the other permanent members of the United Nations Security Council.

Un grupo de nómadas en un planeta alienígena encuentran a Daniel Jackson desnudo en medio de ruinas y lo acogen. Jonas traduce la tableta que Daniel dijo que era importante y descubre que describe la última ciudad que los Antiguos estaban construyendo antes de la plaga. Supone que la lista de direcciones que Jack introdujo en la computadora al guardar los datos de los Antiguos eran puestos avanzados Antiguos en orden temporal. Por lo tanto, la última de las direcciones debería ser la "Ciudad Perdida". SG-1 visita el planeta y se encuentra con el pueblo nómada, que ahora habita las ruinas de la ciudad Antigua. Allí encuentran a Daniel, pero descubren que ha perdido la memoria. Deben recuperar sus recuerdos para descubrir el secreto para derrotar a Anubis.

El documentalista sigue siendo un dolor de cabeza para ellos, el SGC se enfrenta a un dilema inesperado. Con la mitad del equipo SG-13 en otro planeta luchando contra los Jaffa enemigos, los equipos SG 1, 5 y 7 entran como refuerzo. En medio de un intenso fuego, O'Neill recibe un disparo de un bastón en el pecho. Las numerosas muertes en el enfrentamiento afectan duramente al SGC y el Senador Kinsey ordena una investigación completa sobre el asunto.

The discovery of the Stargate creates a war between two nations on the planet Tegalus with Daniel in the middle of it.

SG-1 regresa temprano de una misión solo para darse cuenta de que ellos y el Gral. Landry no están en la misma página en lo que respecta a la misión que acaban de completar. La confusión se resuelve rápidamente cuando el "verdadero" SG-1 regresa en el momento correcto. La Dra. Lam los examina a todos y concluye que son idénticos y piensa que podrían ser clones. Sin embargo, Sam cree que podrían haber venido de un universo paralelo como resultado del agujero negro que crearon cuando destruyeron el punto de apoyo de los Ori. A medida que llegan más equipos de SG-1 de otros universos alternativos, uno de ellos incluye al Dr. Fraiser y otro incluye al Tok'ra Martouf. Queda en manos de Sam y Martouf encontrar una manera de enviarlos a todos a casa.

Sam logra activar un dispositivo antiguo que encontraron en el sitio de Glastonbury y ella y Mitchell son trasladados a una fase que los hace invisibles para todos. Daniel pronto descubre qué está sucediendo, pero la solución propuesta por el Dr. Lee envía a Daniel al mismo plano que Sam y Mitchell. Allí, él es capaz de traducir información que explica que Merlín había creado un arma contra los Ori y proporciona una dirección de la puerta donde se puede encontrar. Mientras tanto, Teal'c viaja a un planeta Jaffa que ha enviado una llamada de socorro. Los dos eventos están relacionados.

El equipo se va a otro mundo y termina en serios problemas. Mientras tanto, Landry se enfrenta a tener que decidir si Vala puede ser confiable para quedarse en el SGC.

SG-1 queda atrapado en medio de una guerra después de que los Jaffa utilizan un arma poderosa para matar a 10.000 seguidores de Ori.