Un equipo de científicos cree haber encontrado la ubicación de la ciudad perdida de Atlantis. Se puede acceder a través de una dirección de la Puerta Estelar que conduce a la galaxia de Pegaso.

Rodney can't remove an Ancient device that makes him invincible but prevents him from eating or drinking. Meanwhile, there are power malfunctions throughout the city and one of the Athosians mentions seeing a shadow.

Sheppard es mordido por un insecto similar a un Wraith y está muriendo. Mientras el transportador regresa, queda atascado en la Puerta Estelar. Hay 38 minutos para encontrar una solución.

There's suspicion of a Wraith collaborator and some of the team suspect the Athosians. Ford and Sheppard find land on Atlantis' planet.

Rodney investigates a ZPM from a planet whose inhabitants kill themselves when they turned 25 years old to prevent the Wraith from feeding on them.

Atlantis offers help to the Hoffans, who are working on a defense against the Wraith.

Atlantis quiere comerciar alimentos con los Genii, una civilización simple que resulta no ser tan simple. Ellos están planeando un ataque nuclear contra los Wraith.

Una extraña niebla que genera energía permite viajar de regreso a la Tierra. Pero algo está mal.

Dos huracanes se acercan a Atlantis y es necesario evacuar. El líder del planeta que los acogerá le informa a los Genii sobre la situación.

McKay y Weir comienzan a reparar la estación de conexión a tierra, mientras Sheppard intenta luchar contra Kolya. El puddle jumper en la costa entra en el ojo de la tormenta.

El Mayor John Sheppard, Rodney McKay y dos científicos exploran un planeta donde una nave espacial de los Wraith, que se estrelló allí hace 10.000 años durante la guerra entre Atlantis y los Wraith, todavía está enviando una señal de SOS.

A team of scientists, including McKay, Zelenka and Ford, are exposed to a deadly virus. Sheppard goes after one of the scientists trying to escape.

Sheppard invita a una sacerdotisa, quien afirma no saber sobre un arma que protege su planeta de los Wraith, a Atlantis para discutir el asilo para los refugiados.

Es el cumpleaños de Elizabeth y recibe un regalo muy especial: una mujer que ha estado en estasis en un laboratorio de Atlantis durante 10.000 años y en realidad es ella misma.

El equipo está en Dagan, donde deben encontrar piedras clave para recuperar un ZPM. Zelenka descubre que Atlantis tiene un escáner espacial profundo.

McKay finds a way to send a message to Earth, leaving space for personal messages. Sheppard and Teyla are off to spy on the Wraith fleet approaching Atlantis.

Teyla is haunted by nightmares, leaving her agitated. After seeing a psychologist, an old Athosian woman tells her a secret about her ability to sense the Wraith.

McKay y Zelenka idean un plan para reparar el satélite de armas de los Antiguos. Bates y Teyla se meten en una pelea. Poco después, lo encuentran inconsciente y gravemente herido.

Toda esperanza parece perdida, hasta que el Coronel Everett llega de repente desde la Tierra. Está decidido a defender la ciudad hasta la llegada de un ZPM, traído por una nueva nave.

El Daedalus llega y las dos naves colmena son destruidas. Parece que Atlantis está a salvo, luego Zelenka detecta 12 naves más. Ford parece cambiado después de caer al agua.

McKay, Sheppard, Beckett and Weir are on the Daedalus. McKay finds a Wraith virus that is infecting ship systems and sending a signal to the Wraith.

El equipo está buscando a Ford en un planeta. Teyla y Sheppard son tomados como rehenes por un desconocido, mientras Ford intenta convencer a McKay de que es normal.

El equipo es capturado por Ford y se ven obligados a tomar la enzima Wraith. Ford tiene un plan.

El interrogatorio de Sheppard es interrumpido repentinamente. Teyla siente que otra nave colmena ha llegado. Mientras tanto, McKay intenta convencer a su guardia de llamar en busca de ayuda.

Los ingenieros de combate de Atlantis trabajan contra reloj para rescatar a cuatro de sus colegas que ahora están atrapados entre los escombros del complejo médico de Michael. Con Michael en camino, localizan rápidamente a McKay y al Mayor Lorne, pero Sheppard y Ronon están mucho más adentrados y su rescate no está asegurado. Cuando llega la nave de Michael, deciden intentar rescatar a Teyla, quien está en trabajo de parto y cerca de dar a luz. Cuando todo ha terminado, la Coronel Carter es llamada de regreso a la Tierra para una evaluación de desempeño, pero Richard Woolsey tiene algunas malas noticias para ella.

Sheppard and his team are lured to a planet and are soon put on trial for crimes against the people of the Pegasus galaxy. In flashbacks, the three judge tribunal recounts the indictment against them including the re-awakening of the Wraith and the various missions where at least a few, if not more, innocent bystanders were killed. Sheppard does his best to argue that on balance, fewer were killed by their presence than would have been the case if they had never been there. A least one of the judges is clearly determined to find them guilty while a second seems far more sympathetic. It's left to Richard Woolsey, who has now joined them, to plead the rest of their case. A lawyer by profession, Richard clearly knows how the game is played and focuses on that third judge.

El equipo es capturado por Ford y se ven obligados a tomar la enzima Wraith. Ford tiene un plan.

Teyla is haunted by nightmares, leaving her agitated. After seeing a psychologist, an old Athosian woman tells her a secret about her ability to sense the Wraith.

There's suspicion of a Wraith collaborator and some of the team suspect the Athosians. Ford and Sheppard find land on Atlantis' planet.

El interrogatorio de Sheppard es interrumpido repentinamente. Teyla siente que otra nave colmena ha llegado. Mientras tanto, McKay intenta convencer a su guardia de llamar en busca de ayuda.

El Daedalus llega y las dos naves colmena son destruidas. Parece que Atlantis está a salvo, luego Zelenka detecta 12 naves más. Ford parece cambiado después de caer al agua.

El Mayor John Sheppard, Rodney McKay y dos científicos exploran un planeta donde una nave espacial de los Wraith, que se estrelló allí hace 10.000 años durante la guerra entre Atlantis y los Wraith, todavía está enviando una señal de SOS.

El equipo está buscando a Ford en un planeta. Teyla y Sheppard son tomados como rehenes por un desconocido, mientras Ford intenta convencer a McKay de que es normal.

Rodney investigates a ZPM from a planet whose inhabitants kill themselves when they turned 25 years old to prevent the Wraith from feeding on them.

Atlantis offers help to the Hoffans, who are working on a defense against the Wraith.

Una extraña niebla que genera energía permite viajar de regreso a la Tierra. Pero algo está mal.