En Coruscant, la Duquesa Satine es acusada de haber creado un grupo terrorista. La Duquesa Satine y Obi-Wan intentan descubrir los verdaderos origenes del grupo mientras huyen de las autoridades y de un asesino de la "Guardia de la Muerte".

Anakin, Obi-Wan y Ashoka deben forjar una quebradiza alianza con cuatro cazarrecompensas para protejer a un granjero local de Hondo Onhaka y su banda de piratas.

La bestia Zillo ha sido trasladada a Coruscant. Se reabre el debate sobre salvar su vida o extinguir la especie para investigar en ella, pero nadie contaba con el poder de la bestia cuando escapa y causa graves desastres en la ciudad. Los Jedi deberán retenerla, aunque Palpatine tiene otros planes para ella.

Ashoka acompaña a la senadora Amidala a visitar a su antigua mentora, Mina Bouteri, que acompañó a Padmé en su infancia en Naboo. Pero Mina Bouteri es separatisata. Padmé viaja a Raxus a negociar la paz para evitar que se inviertan más fondos en la creación de clones pero el conde Dooku, que se entera de que los separatistas estan negociando a espaldas de él y sus compinches del Clan Bancario y de la Tecno-Unión, junto con el general Grievous traman un atentado…

Los senadores Padmé Amidala, Bail Organa y Farr Onaconda luchan contra un nuevo proyecto de ley en el Senado para comprar nuevos clones de la República. Pero alguien no le gusta su oposición y trata de persuadirlos a salir de ella.

Cuando el conde Dooku llama a las Hermanas de la Noche buscando un reemplazo para Ventress, ella y sus familiares aprovechan la oportunidad para vengarse. Ventress visita el otro lado de Dathomir y los machos del planeta buscan el guerrero más brutal y poderoso entre ellos. A través de su brujería, las Hermanas de la Noche transforman a Savage Opres en un monstruoso asesino diseñado para obedecer su nuevo maestro.

Anakin y Obi-Wan, que han sido enviados a localizar a la misteriosa asesina detrás de la muerte de varios Jedis, pronto se encuentran en el camino el monstruoso aprendiz que Ventress ha creado: Savage Opres. Sin embargo, Dooku y Asajj también descubren que este nuevo aprendiz tiene voluntad propia…

Con la ayuda de R2-D2 y un escuadrón de droides de batalla capturados, un equipo de élite de Jedis y soldados clon encabezados por Obi-Wan Kenobi y Anakin Skywalker van en una misión para liberar a al maestro Jedi Even Piell de una prisión separatista.

Con los presos liberados y el guardián intentando desesperadamente impedir que se los lleven, Obi-Wan y Anakin buscan una manera de salir de la ciudadela y volver a Coruscant. La prisión, sin embargo, tiene más trampas, peligros y riesgos en el almacén peor de lo que habían imaginado y deben trabajar más allá de sus diferencias para poder escapar.

Mientras que buscan la manera de salir de la cárcel de la Ciudadela, la nave del equipo de élite de Jedis es destruida, lo que les obliga a esperar a que los rescaten la flota de la República. En el camino al punto de encuentro se encuentran con las ondas de los escuadrones de droides, que tienen que luchar con el fin de evacuar a los presos liberados y guardar la información que poseen.

Obi-Wan finge su propia muerte y se hace pasar por otra persona (como Rako Hardeen) en una prisión de la República, con el fin de reunir información sobre un complot para secuestrar al canciller Palpatine de un convicto llamado Moralo Eval. Una vez allí, se entera de que otro preso, el famoso cazarrecompensas Cad Bane, también está involucrado. Mientras tanto, Anakin busca venganza por la muerte de su antiguo maestro.

Después de haber escapado de la cárcel, Obi-Wan, Cad Bane y Moralo Eval huyen a través de la galaxia, perseguidos por Anakin y Ahsoka. Obi-Wan tiene que encontrar una manera de advertir a sus compañeros Jedi para que sepan quien es y poner fin a su persecución sin descubrirse.

El conde Dooku invita a algunos de los mejores cazarrecompensas de la galaxia, incluyendo Cad Bane y aún el camuflado Obi-Wan, para competir en una carrera de obstáculos conocida como "La caja", con la participación en el complot para secuestrar al canciller Palpatine y como recompensa la supervivencia. Después de enfrentarse a muchos desafíos en la caja, Obi-Wan sobrevive, junto con Cad Bane y cuatro cazarrecompensas más. Cad Bane es nombrado por Dooku para dirigir la operación de secuestro contra Palpatine en Naboo.

El canciller supremo Palpatine va a Naboo custodiado por los caballeros Jedi. Mientras tanto, Cad Bane, el aún camuflado Obi-Wan y otros cazarrecompensas ponen su plan en acción, pero falla cuando Obi-Wan advierte a los Jedi. Con los cazarrecompensas bajo la custodia de la República Obi-Wan quiere volver a su ser original. Lo que Obi-Wan no se dio cuenta fue que Dooku le estaba escuchando cuando alertó a Mace Windu y Anakin Skywalker. Dooku intenta de nuevo más tarde secuestrar a Palpatine cuando está solo con Anakin. Obi-Wan se da cuenta, y Anakin y Obi-Wan luchan contra Dooku mientras protegen al canciller. Dooku se escapa de Naboo, dejando a Anakin y Obi-Wan con Palpatine.

Con Ahsoka Tano capturada por los piratas, los aprendices Jedi trabajan juntos para infiltrarse en la guarida de los piratas, usando su ingenio y valentía para engañar a Hondo Ohnaka y lanzar un audaz rescate.

R2-D2 y otros droides de la República reciben una misión para devolver un holocrón encriptado en manos de los separatistas.

Después de que su nave se estrelle en un planeta desolado, D-Squad y el coronel Gascon deben encontrar una manera de volver a Coruscant, o ser abandonados para siempre.

D-Squad y el coronel Gascon descubren que Abafar, el planeta en donde se encuentran atrapados, es controlado por los separatistas, pero también descubren un comando clon de la República llamado Gregor, quien ha estado varado también en el planeta. Deben trabajar juntos para salir del planeta de forma segura.

D-Squad descubre que el crucero está cargado con explosivos y se dirigen a una estación espacial que tendrá lugar un congreso de la República.

Después de que Vizsla fuera asesinado por Darth Maul, Satine es liberada, le pide ayuda al consejo Jedi y es nuevamente capturada. El consejo se niega a intervenir por tratarse de un conflicto interno, sin embargo, Kenobi acude en su ayuda, siendo capturado con Satine, al poco tiempo de liberarla. Satine es asesinada por Maul, y Kenobi es liberado por los remanentes de la Guardia de la Muerte. Los Mandalorianos comienzan una batalla, el Maestro Sith "Darth Sidious" llega a Mandalore y se enfrenta con Savage Opress y Maul, asesinando al primero y dejando casi muerto al segundo.

Ahsoka es culpada del asesinato de Letta, que fue asesinada por una estrangulación mediante la fuerza de un ser desconocido. Mientras huye de la prisión de máxima seguridad de Coruscant, es llevada a un lugar para poder escapar de los clones que la siguen.

Ahsoka se refugia en los niveles inferiores de Coruscant siendo ayudada por su amiga Jedi Barris Offee. Mientras tanto, en el consejo se decide que Anakin y Plo Koon irán a buscar a Ahsoka. Esta le pide ayuda a Asajj Ventress para encontrar al Jedi que está tratando de culparla por crímenes que no hizo.

Ashoka es capturada y la sacan de la orden Jedi. Anakin busca a Ventress y ella le cuenta que puede ser Barris Offee quien culpa a Ashoka. Anakin lucha con Barris y lleva a Barris al juzgado donde están juzgando a Ashoka. Pero al final, Ashoka se marcha del templo Jedi.

Cincos todavía está tratando de encontrar respuestas acerca de las misteriosas acciones del cadete clon Tup. Con la esperanza de hablar personalmente con el canciller Palpatine, Cincos se encuentra a sí mismo de repente acusado de intentar asesinar al Canciller.

Mientras que está en una misión humanitaria al planeta Scipio, el antiguo amor de Padmé Amidala llamado Rush Clovis se pone en contacto con ella para pedirle ayuda. Después de haber hecho una postura en contra de la corrupción en su planeta, Clovis se ha convertido en el blanco del cazarecompensas Embo. Junto con Padmé, ahora trata de salir de su planeta y buscar ayuda.

De vuelta a Coruscant, Clovis hace un trato dudoso de convertirse en el líder de su clan que está profundamente sumido en la corrupción. Anakin no confía en Clovis, causando tensiones en su relación con Padmé.

Trace toma una decisión precipitada después de enterarse de que lo que están transportando es para el Sindicato Pyke.

Después de ser encarcelados por los Pykes, Ahsoka Tano y las hermanas Martez logran escapar audazmente de su fortaleza. Juntos, huyen a través de la ciudad hacia su barco, desesperados por evadir a las fuerzas de Pyke en busca de "Deuda peligrosa".

Ahsoka negocia por la libertad de las hermanas y hace un sorprendente descubrimiento.